MolLib/Dcd.h

   1 /*
   2  *  Dcd.h
   3  *  Molby
   4  *
   5  *  Created by Toshi Nagata on 09/01/20.
   6  *  Copyright 2009 Toshi Nagata. All rights reserved.
   7  *
   8  This program is free software; you can redistribute it and/or modify
   9  it under the terms of the GNU General Public License as published by
  10  the Free Software Foundation version 2 of the License.
  11
  12  This program is distributed in the hope that it will be useful,
  13  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  14  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  15  GNU General Public License for more details.
  16  */
  17
  18 #ifndef __DCD_H__
  19 #define __DCD_H__
  20
  21 #include <stdio.h>
  22 #include <stdlib.h>
  23 #include <string.h>
  24 #include <unistd.h>
  25 #include <fcntl.h>
  26 #include <ctype.h>
  27 #include <math.h>
  28
  29 #ifdef __cplusplus
  30 extern "C" {
  31 #endif
  32
  33 typedef int Int32;
  34 typedef float SFloat32;
  35
  36 typedef struct DcdRecord {
  37     int fd;                 /*  File descripter  */
  38         int reverse_endian;     /*  Need to reverse endian?  */
  39     Int32 natoms;               /*  Number of atoms  */
  40         Int32 nframes;          /*  Number of frames  */
  41         Int32 nstart;           /*  Start timestep  */
  42         Int32 ninterval;        /*  Number of timesteps between frames  */
  43         Int32 nend;             /*  Last timestep  */
  44         Int32 with_unitcell;    /*  Has a unit cell information?  */
  45     SFloat32 delta;         /*  Step time  */
  46     SFloat32 globalcell[6]; /*  cell size and origin; used when with_unitcell == 0 */
  47     off_t header_size;      /*  Header size  */
  48 } DcdRecord;
  49
  50 int DcdOpen(const char *name, DcdRecord *dr);
  51 int DcdCreate(const char *name, DcdRecord *dr);
  52 int DcdClose(DcdRecord *dr);
  53 int DcdReadFrame(DcdRecord *dr, int index, SFloat32 *xp, SFloat32 *yp, SFloat32 *zp, SFloat32 *cellp);
  54 int DcdWriteFrame(DcdRecord *dr, int index, const SFloat32 *xp, const SFloat32 *yp, const SFloat32 *zp, const SFloat32 *cellp);
  55
  56 #ifdef __cplusplus
  57 }
  58 #endif
  59
  60 #endif /* __DCD_H__ */