Scripts/commands.rb

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   2 #  commands.rb
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   4 #  Created by Toshi Nagata on 2008/06/28.
   5 #  Copyright 2008 Toshi Nagata. All rights reserved.
   6 #
   7 # This program is free software; you can redistribute it and/or modify
   8 # it under the terms of the GNU General Public License as published by
   9 # the Free Software Foundation version 2 of the License.
  10 #
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
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  16 class Molecule
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  18   def cmd_assign_residue
  19     sel = self.selection
  20         if sel.length == 0
  21           sel = self.atom_group
  22         end
  23         atoms = sel.inspect.sub!("IntGroup[", "").sub!("]", "")
  24     hash = Dialog.run("Assign Residue") {
  25           layout(2,
  26                 item(:text, :title=>"New residue name/number\n(like \"RES.1\")\nfor atoms #{atoms}"),
  27             item(:textfield, :width=>120, :tag=>"residue"))
  28     }
  29     if hash[:status] == 0
  30           residue = hash["residue"]
  31           assign_residue(sel, residue)
  32         end
  33   end
  34
  35   def cmd_offset_residue
  36     sel = self.selection
  37         if sel.length == 0
  38           sel = self.atom_group
  39         end
  40         atoms = sel.inspect.sub!("IntGroup[", "").sub!("]", "")
  41     hash = Dialog.run("Offset Residues") {
  42           layout(2,
  43                 item(:text, :title=>"Offset residue number:\nfor atoms #{atoms}"),
  44             item(:textfield, :width=>120, :tag=>"offset"))
  45     }
  46         if hash[:status] == 0
  47           offset = hash["offset"].to_i
  48           offset_residue(sel, offset)
  49         end
  50   end
  51
  52   def cmd_sort_by_residue
  53     sel = self.selection
  54         if sel.length == 0
  55           sel = self.atom_group
  56         end
  57         sorted = sel.sort_by { |i| [self.atoms[i].res_seq, i] }
  58         ary = []
  59         j = 0
  60         (0...natoms).each { |i|
  61           if sel.include?(i)
  62             ary << sorted[j]
  63                 j += 1
  64                 break if j >= sorted.length
  65           else
  66             ary << i
  67           end
  68         }
  69         self.renumber_atoms(ary)
  70   end
  71
  72   def cmd_delete_frames
  73     n = nframes
  74     return if n == 0
  75         hash = Dialog.run("Delete Frames") {
  76           layout(2,
  77             item(:text, :title=>"Start"),
  78             item(:textfield, :width=>120, :tag=>"start", :value=>"0"),
  79                 item(:text, :title=>"End"),
  80                 item(:textfield, :width=>120, :tag=>"end", :value=>(n - 1).to_s),
  81                 item(:text, :title=>"Keeping frames every..."),
  82                 -1,
  83                 item(:text, :title=>"Step"),
  84                 item(:textfield, :width=>120, :tag=>"step", :value=>"0"))
  85         }
  86         if hash[:status] == 0
  87           sframe = Integer(hash["start"])
  88           eframe = Integer(hash["end"])
  89           step = Integer(hash["step"])
  90           return if sframe > eframe
  91           eframe = n - 1 if eframe >= n
  92           fgroup = IntGroup[sframe..eframe]
  93           if step > 0
  94             while sframe <= eframe
  95                   fgroup.delete(sframe)
  96                   sframe += step
  97                 end
  98           end
  99           remove_frames(fgroup)
 100         end
 101   end
 102
 103   def cmd_reverse_frames
 104     n = nframes
 105     return if n == 0
 106         hash = Dialog.run("Reverse Frames") {
 107           layout(2,
 108             item(:text, :title=>"Start"),
 109             item(:textfield, :width=>120, :tag=>"start", :value=>"0"),
 110                 item(:text, :title=>"End"),
 111                 item(:textfield, :width=>120, :tag=>"end", :value=>(n - 1).to_s))
 112         }
 113         if hash[:status] == 0
 114           sframe = Integer(hash["start"])
 115           eframe = Integer(hash["end"])
 116           return if sframe > eframe
 117           eframe = n - 1 if eframe >= n
 118           frames = (0...sframe).to_a + (sframe..eframe).to_a.reverse + ((eframe + 1)...n).to_a
 119           reorder_frames(frames)
 120         end
 121   end
 122
 123   def cmd_extra_properties
 124     mol = self
 125         get_count = lambda { |it| mol.nframes }
 126         get_value = lambda { |it, row, col|
 127           if col == 0
 128             row.to_s
 129           else
 130             sprintf("%.8f", mol.get_property(col - 1, row)) rescue ""
 131           end
 132     }
 133     Dialog.new("Extra Props:" + mol.name, nil, nil, :resizable=>true, :has_close_box=>true) {
 134           names = nil
 135           on_document_modified = lambda { |m|
 136             if (n = m.property_names) != names
 137                   names = n
 138                   col = [["frame", 40]] + names.map { |nn| [nn, 120] }
 139                   item_with_tag("table")[:columns] = col
 140                 end
 141                 item_with_tag("table")[:refresh] = true
 142           }
 143           layout(1,
 144                 item(:table, :width=>320, :height=>300, :flex=>[0,0,0,0,1,1], :tag=>"table",
 145                   :on_count=>get_count,
 146                   :on_get_value=>get_value),
 147             :flex=>[0,0,0,0,1,1]
 148           )
 149           set_min_size(320, 200)
 150           listen(mol, "documentModified", on_document_modified)
 151           listen(mol, "documentWillClose", lambda { |m| close } )
 152           on_document_modified.call(mol)
 153           show
 154         }
 155   end
 156
 157   #  DEBUG
 158   def cmd_test
 159     $test_dialog = Dialog.new("Test") { item(:text, :title=>"test"); show }
 160   end
 161
 162 end
 163
 164 module Kernel
 165   def ask_scratch_dir
 166     sdir = get_global_settings("global.scratch_dir")
 167         while 1
 168       p = Dialog.open_panel("Please select scratch directory", sdir, nil, true)
 169           if p
 170             if p =~ / /
 171                   error_message_box("Please avoid path containing a white space.\n" + p.sub(/ /, "<!> <!>"))
 172                   sdir = p
 173                   next
 174                 else
 175                   set_global_settings("global.scratch_dir", p)
 176                   return p
 177             end
 178           else
 179             return nil
 180           end
 181         end
 182   end
 183 end
 184
 185 register_menu("Assign residue...", :cmd_assign_residue, :non_empty)
 186 register_menu("Offset residue...", :cmd_offset_residue, :non_empty)
 187 register_menu("Sort by residue", :cmd_sort_by_residue, :non_empty)
 188 register_menu("", "")
 189 register_menu("Delete Frames...", :cmd_delete_frames, lambda { |m| m && m.nframes > 1 } )
 190 register_menu("Reverse Frames...", :cmd_reverse_frames, lambda { |m| m && m.nframes > 1 } )
 191 register_menu("", "")
 192 register_menu("Open Extra Properties Window...", :cmd_extra_properties, lambda { |m| m && m.property_names.count > 0 } )
 193 #register_menu("cmd test", :cmd_test)
 194