Scripts/mopac6.rb

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   2 #  mopac6.rb
   3 #
   4 #  Created by Toshi Nagata on 2013/11/01.
   5 #  Copyright 2013 Toshi Nagata. All rights reserved.
   6 #
   7 # This program is free software; you can redistribute it and/or modify
   8 # it under the terms of the GNU General Public License as published by
   9 # the Free Software Foundation version 2 of the License.
  10 #
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
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  16 class Molecule
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  18   #  Execute mopac6
  19   #  inpname is the input file
  20   #  mol (optional) is the molecule from which the MOPAC input was built.
  21   def Molecule.execute_mopac(inpname, mol = nil)
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  23     #  MOPAC executable
  24     mopexe = "#{ResourcePath}/mopac/mopac606"
  25
  26         inpname = File.expand_path(inpname)
  27     inpbase = File.basename(inpname)
  28     inpdir = File.dirname(inpname)
  29     inpbody = inpbase.sub(/\.\w*$/, "")
  30
  31     #  Prepare the scratch directory in the home directory
  32     scrdir = document_home.sub(/\/My Documents/, "") + "/mopac"
  33     n = 0
  34     while File.exist?(scrdir) && !File.directory?(scrdir)
  35       if n == 0
  36         scrdir += ".1"
  37       else
  38         scrdir = scrdir.sub(".#{n}", ".#{n + 1}")
  39       end
  40       n += 1
  41     end
  42     if !File.exist?(scrdir)
  43       Dir.mkdir(scrdir)
  44     end
  45     scrdir = scrdir + "/" + inpbody + "." + $$.to_s + ".0"
  46     n = 0
  47     while File.exist?(scrdir)
  48       scrdir = scrdir.sub(".#{n}", ".#{n + 1}")
  49       n += 1
  50     end
  51     Dir.mkdir(scrdir)
  52
  53         #  Copy the input file to the scratch directory
  54         cwd = Dir.pwd
  55         filecopy(inpname, scrdir + "/FOR005")
  56         term_callback = lambda { |m, n|
  57             if File.exist?("#{scrdir}/FOR006")
  58                   filecopy("#{scrdir}/FOR006", "#{inpdir}/#{inpbody}.out")
  59                 end
  60             msg = "MOPAC execution on #{inpbase} "
  61             hmsg = "MOPAC "
  62             if n == 0
  63               msg += "succeeded."
  64                   hmsg += "Completed"
  65                   icon = :info
  66             else
  67               msg += "failed with status #{n}."
  68                   hmsg += "Failed"
  69                   icon = :error
  70             end
  71             msg += "\n(In directory #{inpdir})"
  72             message_box(msg, hmsg, :ok, icon)
  73                 erase_old_logs(scrdir, "latest", 5)  #  Keep latest 5 logs
  74         }
  75         timer_callback = nil
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  77         #  Execute mopac
  78         Dir.chdir(scrdir)
  79         if mol
  80           pid = mol.call_subprocess_async(mopexe, term_callback, timer_callback, "NUL", "NUL")
  81         else
  82           pid = call_subprocess(mopexe, "Running MOPAC", nil, "NUL", "NUL")
  83           term_callback.call(nil, pid)
  84         end
  85         Dir.chdir(cwd)
  86         if pid < 0
  87           error_message_box("MOPAC failed to run.")
  88           return
  89         end
  90
  91   end
  92
  93   def create_mopac
  94     if !@mopac_settings || (com = @mopac_settings["commands"]) == nil
  95           com = " PM3"
  96           (@mopac_settings ||= Hash.new)["commands"] = com
  97         end
  98         str = com + "\n"
  99         str += sprintf("# %-76.76s\n", self.name)
 100         str += sprintf("# %-76.76s\n", "Generated by Molby at #{Time.now.to_s}")
 101         #  Create geometry input
 102         geom = ""
 103         if self.natoms <= 3
 104           #  Z-matrix
 105           if self.natoms >= 1
 106             geom += atoms[0].element + "\n"
 107         if self.natoms >= 2
 108                   r = calc_bond(0, 1)
 109                   geom += sprintf("%s %.6f 1\n", atoms[1].element, r)
 110                   if self.natoms >= 3
 111                         con = atoms[2].connects
 112                         if con.include?(0)
 113                           r = calc_bond(0, 2)
 114                           a = calc_angle(2, 0, 1)
 115                           c = "1 2"
 116                         else
 117                           r = calc_bond(1, 2)
 118                           a = calc_angle(2, 1, 0)
 119                           c = "2 1"
 120                         end
 121                         geom += sprintf("%s %.6f 1 %.3f 1 %s\n", atoms[2].element, r, a, c)
 122                   end
 123                 end
 124           end
 125         else
 126           #  Cartesian
 127           atoms.each { |ap|
 128             geom += sprintf("%s %.6f 1 %.6f 1 %.6f 1\n", ap.element, ap.x, ap.y, ap.z)
 129           }
 130         end
 131         return str + geom + "\n"
 132   end
 133
 134   def cmd_create_mopac_input
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 136     mol = self
 137     h = Dialog.run("Create MOPAC6 Input") {
 138           layout(1,
 139             item(:text, :title=>"MOPAC input"),
 140             item(:textview, :width=>480, :height=>200, :tag=>"mopac_commands"),
 141                 layout(2,
 142                   item(:text, :title=>"Action: "),
 143                   item(:radio, :title=>"Save only", :tag=>"save_only", :value=>1),
 144                   -1,
 145                   item(:radio, :title=>"Save and Run MOPAC", :tag=>"save_and_run")
 146                 )
 147           )
 148           radio_group("save_only", "save_and_run")
 149           item_with_tag("mopac_commands")[:font] = [:fixed, 10]
 150           item_with_tag("mopac_commands")[:value] = mol.create_mopac
 151         }
 152         #  Record the command lines for next invocation
 153         mop = h["mopac_commands"]
 154         com = (mop.split(/[\r\n]/))[0..0].join("\n")
 155         (@mopac_settings ||= Hash.new)["commands"] = com
 156         if h[:status] == 0
 157           basename = (self.path ? File.basename(self.path, ".*") : self.name)
 158       fname = Dialog.save_panel("Export MOPAC input file:", self.dir, basename + ".mopin", "MOPAC input file (*.mopin)|*.mopin|All files|*.*")
 159           return nil if !fname
 160       open(fname, "w") { |fp|
 161             fp.write(mop)
 162           }
 163           if h["save_and_run"] == 1
 164             Molecule.execute_mopac(fname, self)
 165           end
 166         end
 167
 168   end
 169
 170 #  if lookup_menu("Create MOPAC6 Input...") < 0
 171 #    register_menu("", "")
 172 #    register_menu("Create MOPAC6 Input...", :cmd_create_mopac)
 173 #  end
 174
 175 end