Scripts/mopac6.rb

   1 # coding: utf-8
   2 #
   3 #  mopac6.rb
   4 #
   5 #  Created by Toshi Nagata on 2013/11/01.
   6 #  Copyright 2013 Toshi Nagata. All rights reserved.
   7 #
   8 # This program is free software; you can redistribute it and/or modify
   9 # it under the terms of the GNU General Public License as published by
  10 # the Free Software Foundation version 2 of the License.
  11 #
  12 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  13 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  14 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  15 # GNU General Public License for more details.
  16
  17 class Molecule
  18
  19   #  Execute mopac6
  20   #  inpname is the input file
  21   #  mol (optional) is the molecule from which the MOPAC input was built.
  22   #  Currently not used (mopac6 is not bundled)
  23   def Molecule.execute_mopac(inpname, mol = nil)
  24
  25     #  MOPAC executable
  26     mopexe = "#{ResourcePath}/mopac/mopac606"
  27
  28         inpname = File.expand_path(inpname)
  29     inpbase = File.basename(inpname)
  30     inpdir = File.dirname(inpname)
  31     inpbody = inpbase.sub(/\.\w*$/, "")
  32
  33     #  Prepare the scratch directory in the home directory
  34     scrdir = document_home.sub(/\/My Documents/, "") + "/mopac"
  35     n = 0
  36     while File.exist?(scrdir) && !File.directory?(scrdir)
  37       if n == 0
  38         scrdir += ".1"
  39       else
  40         scrdir = scrdir.sub(".#{n}", ".#{n + 1}")
  41       end
  42       n += 1
  43     end
  44     if !File.exist?(scrdir)
  45       Dir.mkdir(scrdir)
  46     end
  47     scrdir = scrdir + "/" + inpbody + "." + $$.to_s + ".0"
  48     n = 0
  49     while File.exist?(scrdir)
  50       scrdir = scrdir.sub(".#{n}", ".#{n + 1}")
  51       n += 1
  52     end
  53     Dir.mkdir(scrdir)
  54
  55         #  Copy the input file to the scratch directory
  56         cwd = Dir.pwd
  57         filecopy(inpname, scrdir + "/FOR005")
  58         term_callback = lambda { |m, n|
  59             if File.exist?("#{scrdir}/FOR006")
  60                   filecopy("#{scrdir}/FOR006", "#{inpdir}/#{inpbody}.out")
  61                 end
  62             msg = "MOPAC execution on #{inpbase} "
  63             hmsg = "MOPAC "
  64             if n == 0
  65               msg += "succeeded."
  66                   hmsg += "Completed"
  67                   icon = :info
  68             else
  69               msg += "failed with status #{n}."
  70                   hmsg += "Failed"
  71                   icon = :error
  72             end
  73             msg += "\n(In directory #{inpdir})"
  74             message_box(msg, hmsg, :ok, icon)
  75                 erase_old_logs(scrdir, "latest", 5)  #  Keep latest 5 logs
  76         }
  77         timer_callback = nil
  78
  79         #  Execute mopac
  80         Dir.chdir(scrdir)
  81         if mol
  82           pid = mol.call_subprocess_async([mopexe], term_callback, timer_callback, "NUL", "NUL")
  83         else
  84           pid = call_subprocess([mopexe], "Running MOPAC", nil, "NUL", "NUL")
  85           term_callback.call(nil, pid)
  86         end
  87         Dir.chdir(cwd)
  88         if pid < 0
  89           error_message_box("MOPAC failed to run.")
  90           return
  91         end
  92
  93   end
  94
  95   def create_mopac
  96     if !@mopac_settings || (com = @mopac_settings["commands"]) == nil
  97           com = " PM3"
  98           (@mopac_settings ||= Hash.new)["commands"] = com
  99         end
 100         str = com + "\n"
 101         str += sprintf("# %-76.76s\n", self.name)
 102         str += sprintf("# %-76.76s\n", "Generated by Molby at #{Time.now.to_s}")
 103         #  Create geometry input
 104         geom = ""
 105         if self.natoms <= 3
 106           #  Z-matrix
 107           if self.natoms >= 1
 108             geom += atoms[0].element + "\n"
 109         if self.natoms >= 2
 110                   r = calc_bond(0, 1)
 111                   geom += sprintf("%s %.6f 1\n", atoms[1].element, r)
 112                   if self.natoms >= 3
 113                         con = atoms[2].connects
 114                         if con.include?(0)
 115                           r = calc_bond(0, 2)
 116                           a = calc_angle(2, 0, 1)
 117                           c = "1 2"
 118                         else
 119                           r = calc_bond(1, 2)
 120                           a = calc_angle(2, 1, 0)
 121                           c = "2 1"
 122                         end
 123                         geom += sprintf("%s %.6f 1 %.3f 1 %s\n", atoms[2].element, r, a, c)
 124                   end
 125                 end
 126           end
 127         else
 128           #  Cartesian
 129           atoms.each { |ap|
 130             geom += sprintf("%s %.6f 1 %.6f 1 %.6f 1\n", ap.element, ap.x, ap.y, ap.z)
 131           }
 132         end
 133         return str + geom + "\n"
 134   end
 135
 136   def cmd_create_mopac_input
 137
 138     mol = self
 139     h = Dialog.run("Create MOPAC6 Input") {
 140           layout(1,
 141             item(:text, :title=>"MOPAC input"),
 142             item(:textview, :width=>480, :height=>200, :tag=>"mopac_commands"),
 143           )
 144           item_with_tag("mopac_commands")[:font] = [:fixed, 10]
 145           item_with_tag("mopac_commands")[:value] = mol.create_mopac
 146         }
 147         #  Record the command lines for next invocation
 148         mop = h["mopac_commands"]
 149         com = (mop.split(/[\r\n]/))[0..0].join("\n")
 150         (@mopac_settings ||= Hash.new)["commands"] = com
 151         if h[:status] == 0
 152           basename = (self.path ? File.basename(self.path, ".*") : self.name)
 153       fname = Dialog.save_panel("Export MOPAC input file:", self.dir, basename + ".mopin", "MOPAC input file (*.mopin)|*.mopin|All files|*.*")
 154           return nil if !fname
 155       open(fname, "w") { |fp|
 156             fp.write(mop)
 157           }
 158         end
 159
 160   end
 161
 162 #  if lookup_menu("Create MOPAC6 Input...") < 0
 163 #    register_menu("", "")
 164 #    register_menu("Create MOPAC6 Input...", :cmd_create_mopac)
 165 #  end
 166
 167 end