Scripts/startup.rb

   1 #
   2 #  startup.rb
   3 #
   4 #  Created by Toshi Nagata.
   5 #  Copyright 2008 Toshi Nagata. All rights reserved.
   6 #
   7 # This program is free software; you can redistribute it and/or modify
   8 # it under the terms of the GNU General Public License as published by
   9 # the Free Software Foundation version 2 of the License.
  10 #
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 include Molby
  17 include Math
  18
  19 Deg2Rad = Math::PI / 180.0
  20 Rad2Deg = 180.0 / Math::PI
  21
  22 $startup_dir = Dir.pwd
  23 case RUBY_PLATFORM
  24   when /mswin|mingw|cygwin|bccwin/
  25     $platform = "win"
  26         Encoding.default_external = "shift_jis"
  27         $home_directory = ENV['USERPROFILE'].gsub(/\\/, "/")
  28   when /darwin/
  29     $platform = "mac"
  30         Encoding.default_external = "utf-8"
  31         $home_directory = ENV['HOME']
  32   else
  33     $platform = "other"
  34         Encoding.default_external = "locale"
  35         $home_directory = ENV['HOME']
  36 end
  37
  38 $backtrace = nil
  39
  40 def backtrace
  41   if $backtrace
  42     print $backtrace.join("\n")
  43   end
  44 end
  45
  46 #  Utility methods
  47 module Enumerable
  48   def sum(&block)
  49     if block
  50       self.inject(0) { |sum, v| sum + block.call(v) }
  51         else
  52           self.inject(0) { |sum, v| sum + v }
  53         end
  54   end
  55   def average(&block)
  56     sum(&block) / Float(self.length)
  57   end
  58 end
  59
  60 module Math
  61   def acos_safe(arg)
  62     if arg <= -1.0
  63       return PI
  64     elsif arg >= 1.0
  65       return 0.0
  66     else
  67       return acos(arg)
  68     end
  69   end
  70
  71   def sqrt_safe(arg)
  72     arg <= 0.0 ? 0.0 : sqrt(arg)
  73   end
  74 end
  75
  76
  77 module Kernel
  78   def filecopy(src, dst)
  79     fpin = File.open(src, "rb")
  80     return nil if fpin == nil
  81     fpout = File.open(dst, "wb")
  82     if fpout == nil
  83       fpin.close
  84       return nil
  85     end
  86     a = ""
  87     while fpin.read(4096, a)
  88       fpout.write(a)
  89     end
  90     fpin.close
  91     fpout.close
  92     return true
  93   end
  94   def mkdir_recursive(path)
  95     if FileTest.directory?(path)
  96           return 0
  97     else
  98           dir = File.dirname(path)
  99           if !FileTest.exist?(dir)
 100             mkdir_recursive(dir)
 101           end
 102       return Dir.mkdir(path)
 103         end
 104   end
 105   def create_temp_dir(tag, name = nil)
 106     #  Create a temporary directory like HomeDirectory/Molby/tag/name.xxxxxx
 107         name ||= "temp"
 108         base = $home_directory + "/Molby/" + tag
 109         mkdir_recursive(base)
 110         10000.times { |n|
 111           p = sprintf("%s/%s.%05d", base, name, n)
 112           if !FileTest.exist?(p)
 113             Dir.mkdir(p)
 114                 return p
 115           end
 116         }
 117         raise "Cannot create temporary directory in #{base}"
 118   end
 119   def rm_recursive(path)
 120     if FileTest.directory?(path)
 121           Dir.foreach(path) { |en|
 122             next if en == "." || en == ".."
 123                 rm_recursive(path + "/" + en)
 124           }
 125           Dir.rmdir(path)
 126         else
 127           File.unlink(path)
 128         end
 129   end
 130   def cleanup_temp_dir(path, option = nil)
 131     #  Clean-up temporary directories
 132         #  If option is nil, then the directory at path is removed
 133         #  If option is a number, then the directories that are in the same parent directory as path
 134         #  are removed except for the newest ones
 135         if path.index($home_directory + "/Molby/") != 0
 136           raise "Bad cleanup_temp_dir call: the path does not begin with $HOME/Molby/ (#{path})"
 137         end
 138         if !FileTest.directory?(path)
 139           raise "Bad cleanup_temp_dir call: the path is not a directory (#{path})"
 140         end
 141         option = option.to_i
 142         if option <= 0
 143           rm_recursive(path)
 144         else
 145           base = File.dirname(path)
 146           ent = Dir.entries.sort_by { |en| File.mtime("#{base}/#{en}").to_i * (-1) } - [".", ".."]
 147           if $platform == "mac"
 148             ent -= [".DS_Store"]
 149           end
 150           ent[0, option] = []  #  Remove newest #{option} entries
 151           #  Mark this directory to be ready to remove (see below)
 152           open("#{path}/.done", "w") { |fp| }
 153           #  Remove the older directories
 154           ent.each { |en|
 155             #  Check the existence of ".done" file (otherwise, we may accidentarily remove a directory
 156             #  that is still in use in other threads)
 157             if File.exist?("#{base}/#{en}/.done")
 158               rm_recursive("#{base}/#{en}")
 159                 end
 160           }
 161         end
 162   end
 163
 164   def remove_dir(dir)
 165     entries = Dir.entries(dir)
 166         entries.each { |en|
 167           next if en == "." || en == ".."
 168           fname = "#{dir}/#{en}"
 169           if File.directory?(fname)
 170             remove_dir(fname)
 171           else
 172             File.unlink(fname)
 173           end
 174         }
 175         Dir.unlink(dir)
 176   end
 177
 178   def erase_old_logs(tdir, level, keep_number)
 179     log_dir = File.dirname(tdir)
 180         if level == nil || level == "none"
 181           remove_dir(tdir)
 182         elsif level == "latest"
 183           if keep_number == nil
 184             keep_number = 5
 185           else
 186             keep_number = keep_number.to_i
 187           end
 188           entries = Dir.entries(log_dir).select { |en| en != "." && en != ".." && File.directory?("#{log_dir}/#{en}") }
 189           #  Sort by modification date
 190           entries = entries.sort_by { |en| File.mtime("#{log_dir}/#{en}").to_i }
 191           (0...entries.count - keep_number).each { |i|
 192             remove_dir("#{log_dir}/#{entries[i]}")
 193           }
 194         end
 195   end
 196
 197 end
 198
 199 class IO
 200   alias :gets_original :gets
 201   def gets(rs = $/)
 202     if rs != $/
 203           return gets_original(rs)
 204         end
 205     if @end_of_line
 206           s = gets_original(@end_of_line)
 207           if s && s.chomp!(@end_of_line)
 208             s += $/
 209           end
 210         else
 211           s = ""
 212           while c = getc
 213             if c == "\r"
 214                   #  \r or \r\n
 215                   if (c = getc) && c != "\n"
 216                     ungetc(c)
 217                     @end_of_line = "\r"
 218                   else
 219                     @end_of_line = "\r\n"
 220                   end
 221                   break
 222                 elsif c == "\n"
 223                   #  \n
 224                   @end_of_line = "\n"
 225                   break
 226                 else
 227                   s += c
 228                 end
 229           end
 230           if @end_of_line
 231             s += $/
 232           end
 233     end
 234         return s
 235   end
 236 end
 237
 238 #  Additional method definitions
 239 load "transform.rb"
 240 load "molecule.rb"
 241 load "loadsave.rb"
 242 load "formula.rb"
 243 load "dialog.rb"
 244
 245 #  Menu commands
 246 load "view.rb"
 247 load "uff.rb"
 248 load "md.rb"
 249 load "mopac6.rb"
 250 load "gamess.rb"
 251 load "crystal.rb"
 252 load "commands.rb"
 253
 254 GC.start