SingleParticle/3DReconstruction0/Makefile

   1 #
   2 #       This is makefile of Sample for 3D-Reconstrucion.
   3 #
   4
   5 #### Root Makefile ####
   6 MAKE_ROOT=3DReconstruction0
   7
   8 #### Input extention ####
   9 # These extensions must all be different.
  10 IN_PDB_EXT=pdb
  11 IN_3D_EXT=ini3d
  12 IN_2D_EXT=ini2d
  13 IN_ROI_EXT=roibase
  14 IN_PAD_EXT=roi
  15 IN_CORR_EXT=pad
  16 REF_3D_EXT=ref3d
  17 REF_2D_EXT=ref2d
  18 OUT_CORR_EXT=corinfo
  19 NOR_CMAP_EXT=cornor1
  20 NOR_CORR_EXT=corinfo
  21 3D_INFO_EXT=3dinfo
  22 3D_LIST_EXT=3dlst
  23 3D_DIV_EXT=3ddivlst
  24 OUT_FIT_EXT=norfit
  25 OUT_3D_EXT=3d
  26 IN_TIFF_EXT=mrc
  27
  28
  29 #### Suffixes rule ####
  30 .SUFFIXES: .$(IN_PDB_EXT) .$(IN_3D_EXT) .$(IN_ROI_EXT) .$(IN_2D_EXT) .$(REF_3D_EXT) .$(REF_2D_EXT) .$(IN_PAD_EXT) .$(IN_CORR_EXT) .$(OUT_CORR_EXT) .$(NOR_CORR_EXT) .cordst .cornor1 .cornor2 .cornor3 .cornor4 .$(3D_INFO_EXT) .$(OUT_FIT_EXT) .$(3D_LIST_EXT) $(3D_DIV_EXT) .$(OUT_3D_EXT) .$(IN_TIFF_EXT) .tiff .txt
  31
  32
  33 #### INCLUDE ####
  34 SHELL=/bin/bash
  35
  36 -include ${EOS_HOME}/tutorial/TIPS/Help/Makefile/Makefile-lib
  37 -include IN_ROI_LIST
  38 -include IN_PAD_LIST
  39 -include IN_CORR_LIST
  40 -include OUT_CORR_LIST
  41 -include 3D_INFO_LIST
  42 -include NOR_CORR_LIST
  43 -include OUT_3D_LIST
  44 -include IN_TIFF_LIST
  45 -include 3D_LIST_LIST
  46
  47
  48 #### Definition ####
  49 # Target structure name
  50 TARGET=Target
  51
  52 # Interpolation mode(CommonSetting: Input, Ref, Output)
  53 IN_MODE=2
  54
  55 ###For Input Data
  56 ## For mrc3Dto2D(Input)
  57 # RotMode
  58 IN_ROTMODE=XEYS
  59 # Rot1
  60 IN_ROT1MIN=0
  61 IN_ROT1MAX=0
  62 IN_ROT1D=15
  63 IN_ROT1N=`expr \( $(IN_ROT1MAX) - $(IN_ROT1MIN) \) / $(IN_ROT1D) + 1`
  64 # Rot2
  65 IN_ROT2MIN=0
  66 IN_ROT2MAX=345
  67 IN_ROT2D=15
  68 IN_ROT2N=`expr \( $(IN_ROT2MAX) - $(IN_ROT2MIN) \) / $(IN_ROT2D) + 1`
  69 # Rot3
  70 IN_ROT3MIN=0
  71 IN_ROT3MAX=0
  72 IN_ROT3D=10
  73 IN_ROT3N=`expr \( $(IN_ROT3MAX) - $(IN_ROT3MIN) \) / $(IN_ROT3D) + 1`
  74 # 0:Mercator 1:Mollweide
  75 IN_EX_MODE=0
  76 # Noise/Signal-Ratio(if you wish no-noise, set 0)
  77 NSRATIO=0
  78
  79 ## Pre-processing(Pad)
  80 # InputPadSize
  81 PAD_W=64
  82 PAD_H=64
  83
  84
  85 ###For Ref Data
  86 ## For Ref Volume
  87 # Molecule Number
  88 MOLNUM=43000
  89
  90 ## mrc3Dto2D(Ref)
  91 # RotMode
  92 ROTMODE=$(IN_ROTMODE)
  93 # Rot1
  94 ROT1MIN=$(IN_ROT1MIN)
  95 ROT1MAX=$(IN_ROT1MAX)
  96 ROT1D=$(IN_ROT1D)
  97 ROT1N=`expr \( $(ROT1MAX) - $(ROT1MIN) \) / $(ROT1D) + 1`
  98 # Rot2
  99 ROT2MIN=$(IN_ROT2MIN)
 100 ROT2MAX=$(IN_ROT2MAX)
 101 ROT2D=$(IN_ROT2D)
 102 ROT2N=`expr \( $(ROT2MAX) - $(ROT2MIN) \) / $(ROT2D) + 1`
 103 # Rot3
 104 ROT3MIN=$(IN_ROT3MIN)
 105 ROT3MAX=$(IN_ROT3MAX)
 106 ROT3D=$(IN_ROT3D)
 107 ROT3N=`expr \( $(ROT3MAX) - $(ROT3MIN) \) / $(ROT3D) + 1`
 108 # Expansion mode
 109 # 0:Mercator 1:Mollweide
 110 EX_MODE=$(IN_EX_MODE)
 111
 112 ### For mrcImageCorrelation
 113 # Rot(2D)
 114 STEP=12
 115 ROTMIN=0
 116 ROTMAX=359
 117 nROT=`echo "" | awk 'BEGIN {printf 360 / $(STEP)}'`
 118
 119 # mode
 120 COR_MODE=18
 121
 122 # For Reduce List(range :0 <= p < 100)(if you wish no-reduce, set 0.)
 123 REDUCE_P=0
 124
 125 # For Divide List(range: 0 <= p < 100)(if you wish no-divide, set 0.)
 126 DEVIDE_P=0
 127
 128 # For Fourier Shell Correlation
 129 THRES_FSC=0.5
 130
 131 #### For Works ####
 132 JOP_NUM=-j 3
 133
 134
 135 #### Rules of the list created ####
 136 $(IN_PAD_EXT):$(IN_ROI_LIST:.$(IN_ROI_EXT)=.$(IN_PAD_EXT))
 137 $(IN_CORR_EXT):$(IN_PAD_LIST:.$(IN_PAD_EXT)=.$(IN_CORR_EXT))
 138 $(OUT_CORR_EXT):$(IN_CORR_LIST:.$(IN_CORR_EXT)=.$(OUT_CORR_EXT))
 139 $(NOR_CORR_EXT):$(OUT_CORR_LIST:.$(OUT_CORR_EXT)=.$(NOR_CORR_EXT))
 140 cordst:$(OUT_CORR_LIST:.$(OUT_CORR_EXT)=.cordst)
 141 $(3D_INFO_EXT):$(NOR_CORR_LIST:.$(NOR_CORR_EXT)=.$(3D_INFO_EXT))
 142 $(OUT_FIT_EXT):$(3D_INFO_LIST:.$(3D_INFO_EXT)=.$(OUT_FIT_EXT))
 143 $(IN_TIFF_EXT):$(OUT_3D_LIST:.$(OUT_3D_EXT)=.$(IN_TIFF_EXT))
 144 tiff:$(IN_TIFF_LIST:.$(IN_TIFF_EXT)=.tiff)
 145 txt:$(3D_LIST_LIST:.$(3D_LIST_EXT)=.txt)
 146
 147 IN_ROI_LIST::
 148         touch IN_ROI_LIST
 149         echo "IN_ROI_LIST=\\" > IN_ROI_LIST
 150 #       ls -1 *.$(IN_ROI_EXT) >> IN_ROI_LIST
 151 #       ls -1 *.$(IN_ROI_EXT) |  sed s/$(IN_ROI_EXT)/$(IN_ROI_EXT)\\\\/ >> IN_ROI_LIST
 152         ls -1 *.$(IN_ROI_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(IN_ROI_EXT)/$(IN_ROI_EXT)\\\\/ >> IN_ROI_LIST
 153         echo "" >> IN_ROI_LIST
 154
 155 IN_PAD_LIST::
 156         touch IN_PAD_LIST
 157         echo "IN_PAD_LIST=\\" > IN_PAD_LIST
 158 #       ls -1 *.$(IN_PAD_EXT) >> IN_PAD_LIST
 159 #       ls -1 *.$(IN_PAD_EXT) |  sed s/$(IN_PAD_EXT)/$(IN_PAD_EXT)\\\\/ >> IN_PAD_LIST
 160         ls -1 *.$(IN_PAD_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(IN_PAD_EXT)/$(IN_PAD_EXT)\\\\/ >> IN_PAD_LIST
 161         echo "" >> IN_PAD_LIST
 162
 163 IN_CORR_LIST::
 164         touch IN_CORR_LIST
 165         echo "IN_CORR_LIST=\\" > IN_CORR_LIST
 166 #       ls -1 *.$(IN_CORR_EXT) >> IN_CORR_LIST
 167 #       ls -1 *.$(IN_CORR_EXT) |  sed s/$(IN_CORR_EXT)/$(IN_CORR_EXT)\\\\/ >> IN_CORR_LIST
 168         ls -1 *.$(IN_CORR_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(IN_CORR_EXT)/$(IN_CORR_EXT)\\\\/ >> IN_CORR_LIST
 169         echo "" >> IN_CORR_LIST
 170
 171 OUT_CORR_LIST::
 172         touch OUT_CORR_LIST
 173         echo "OUT_CORR_LIST=\\" > OUT_CORR_LIST
 174 #       ls -1 *.$(OUT_CORR_EXT) >> OUT_CORR_LIST
 175 #       ls -1 *.$(OUT_CORR_EXT) |  sed s/$(OUT_CORR_EXT)/$(OUT_CORR_EXT)\\\\/ >> OUT_CORR_LIST
 176         ls -1 *.$(OUT_CORR_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(OUT_CORR_EXT)/$(OUT_CORR_EXT)\\\\/ >> OUT_CORR_LIST
 177         echo "" >> OUT_CORR_LIST
 178
 179 3D_INFO_LIST::
 180         touch 3D_INFO_LIST
 181         echo "3D_INFO_LIST=\\" > 3D_INFO_LIST
 182 #       ls -1 *.$(3D_INFO_EXT) >> 3D_INFO_LIST
 183 #       ls -1 *.$(3D_INFO_EXT) |  sed s/$(3D_INFO_EXT)/$(3D_INFO_EXT)\\\\/ >> 3D_INFO_LIST
 184         ls -1 *.$(3D_INFO_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(3D_INFO_EXT)/$(3D_INFO_EXT)\\\\/ >> 3D_INFO_LIST
 185         echo "" >> 3D_INFO_LIST
 186
 187 NOR_CORR_LIST::
 188         touch NOR_CORR_LIST
 189         echo "NOR_CORR_LIST=\\" > NOR_CORR_LIST
 190 #       ls -1 *.$(NOR_CORR_EXT) >> NOR_CORR_LIST
 191 #       ls -1 *.$(NOR_CORR_EXT) |  sed s/$(NOR_CORR_EXT)/$(NOR_CORR_EXT)\\\\/ >> NOR_CORR_LIST
 192         ls -1 *.$(NOR_CORR_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(NOR_CORR_EXT)/$(NOR_CORR_EXT)\\\\/ >> NOR_CORR_LIST
 193         echo "" >> NOR_CORR_LIST
 194
 195 OUT_3D_LIST::
 196         touch OUT_3D_LIST
 197         echo "OUT_3D_LIST=\\" > OUT_3D_LIST
 198 #       ls -1 *.$(OUT_3D_EXT) >> OUT_3D_LIST
 199 #       ls -1 *.$(OUT_3D_EXT) |  sed s/$(OUT_3D_EXT)/$(OUT_3D_EXT)\\\\/ >> OUT_3D_LIST
 200         ls -1 *.$(OUT_3D_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(OUT_3D_EXT)/$(OUT_3D_EXT)\\\\/ >> OUT_3D_LIST
 201         echo "" >> OUT_3D_LIST
 202
 203 IN_TIFF_LIST::
 204         touch IN_TIFF_LIST
 205         echo "IN_TIFF_LIST=\\" > IN_TIFF_LIST
 206 #       ls -1 *.$(IN_TIFF_EXT) >> IN_TIFF_LIST
 207 #       ls -1 *.$(IN_TIFF_EXT) |  sed s/$(IN_TIFF_EXT)/$(IN_TIFF_EXT)\\\\/ >> IN_TIFF_LIST
 208         ls -1 *.$(IN_TIFF_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(IN_TIFF_EXT)/$(IN_TIFF_EXT)\\\\/ >> IN_TIFF_LIST
 209         echo "" >> IN_TIFF_LIST
 210
 211 IN_TIFF_LIST2::
 212         touch IN_TIFF_LIST2
 213         rm IN_TIFF_LIST2
 214 #       ls -1 *.$(IN_TIFF_EXT) >> IN_TIFF_LIST2
 215         ls -1 *.$(IN_TIFF_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n >> IN_TIFF_LIST2
 216         echo "" >> IN_TIFF_LIST2
 217
 218 3D_LIST_LIST::
 219         touch 3D_LIST_LIST
 220         echo "3D_LIST_LIST=\\" > 3D_LIST_LIST
 221 #       ls -1 *.$(3D_LIST_EXT) >> 3D_LIST_LIST
 222 #       ls -1 *.$(3D_LIST_EXT) |  sed s/$(3D_LIST_EXT)/$(3D_LIST_EXT)\\\\/ >> 3D_LIST_LIST
 223         ls -1 *.$(3D_LIST_EXT) | sort -t . -k1,1 -k2 -n |  sed s/$(3D_LIST_EXT)/$(3D_LIST_EXT)\\\\/ >> 3D_LIST_LIST
 224         echo "" >> 3D_LIST_LIST
 225
 226 #### Commands ####
 227 help_3DReconstruction0::
 228         @echo "This is makefile of Sample."
 229
 230 Initial::
 231         make $(TARGET).$(IN_3D_EXT);
 232         make $(TARGET).$(IN_2D_EXT);
 233         make TestData2DSet;
 234         make TestData;
 235
 236 First::
 237         make IN_PAD_LIST;
 238         make Ref3d_ellipse;
 239         cp $(TARGET).$(REF_3D_EXT)ini $(TARGET).$(REF_3D_EXT);
 240         make $(JOP_NUM) $(IN_CORR_EXT);
 241
 242 All::
 243         make IN_CORR_LIST;
 244         make $(TARGET).$(REF_2D_EXT);
 245         make $(JOP_NUM) $(OUT_CORR_EXT);
 246 #       make OUT_CORR_LIST;
 247 #       make ReduceLIST;
 248 #       make CorDistribution;
 249 #       make $(TARGET).$(NOR_CMAP_EXT);
 250 #       make CorNormalize;
 251         make NOR_CORR_LIST;
 252         touch $(TARGET).$(3D_LIST_EXT);
 253         rm $(TARGET).$(3D_LIST_EXT);
 254         make $(JOP_NUM) $(3D_INFO_EXT);
 255         make 3D_INFO_LIST;
 256         make $(JOP_NUM) $(OUT_FIT_EXT);
 257         make 3D;
 258         make RMSD;
 259         make 3DTiff
 260
 261 Again::
 262         touch *.$(IN_CORR_EXT);
 263         cp $(TARGET).$(OUT_3D_EXT) $(TARGET).$(REF_3D_EXT);
 264         TMPNAME=`date +%y%m%d%H%M%S`;   \
 265         mv $(TARGET).$(3D_LIST_EXT)   $(TARGET).$$TMPNAME.$(3D_LIST_EXT);       \
 266         mv $(TARGET).$(OUT_3D_EXT)     $(TARGET).$$TMPNAME.$(OUT_3D_EXT);
 267
 268 TestData2DSet::
 269         mrcInfo -i $(TARGET).$(IN_2D_EXT) -o INFO;
 270         @loopmax=$$(cat INFO | awk '/Tailer/ {printf("%d\n", $$3)}'); \
 271         LineMax=`expr $$loopmax \* 4`; \
 272         for (( LoopNum = 0; LoopNum < $$loopmax; LoopNum++ )) \
 273         do \
 274                 WorkNum=`expr $$LoopNum \* 4 + 4`; \
 275                 rdata=$$(tail -$$LineMax INFO | head -$$WorkNum | tail -1); \
 276                 rot1=$$(echo $$rdata | awk '{printf"%s", $$1}' ); \
 277                 rot2=$$(echo $$rdata | awk '{printf"%s", $$2}' ); \
 278                 rot3=$$(echo $$rdata | awk '{printf"%s", $$3}' ); \
 279                 mrcImageSectionGet -i $(TARGET).$(IN_2D_EXT) -o $(TARGET)-$$rot1-$$rot2-$$rot3.$(IN_ROI_EXT) -z $$LoopNum; \
 280         done;
 281
 282 TestData::
 283         make IN_ROI_LIST;
 284         make $(JOP_NUM) $(IN_PAD_EXT);
 285
 286 Ref3d_ellipse::
 287         rfile=$$(head -2 IN_PAD_LIST | tail -1 | sed -e s/\\\\//); \
 288         mrcInfo -i $$rfile -o RINFO;
 289         pdbPCA -i $(TARGET).pdb -oPDB PDB -oU ARRAY;
 290         pdbInfo -i PDB -o PINFO;
 291         pData=$$(head -3 PINFO | tail -1); \
 292         rData=$$(head -5 RINFO | tail -1); \
 293         length=$$(echo $$rData | awk '{printf("%f", $$4)}'); \
 294         rx=$$(echo $$pData | awk -v v=$$length '{printf("%f", $$8)}'); \
 295         ry=$$(echo $$pData | awk -v v=$$length '{printf("%f", $$7)}'); \
 296         rz=$$(echo $$pData | awk -v v=$$length '{printf("%f", $$9)}'); \
 297         nx=$$(echo "$$rx * $$length" | bc); \
 298         ny=$$(echo "$$ry * $$length" | bc); \
 299         nz=$$(echo "$$rz * $$length" | bc); \
 300         mrcImageGaussSphere     -o $(TARGET).tmp  -m 2 \
 301                                                 -sigmax $$rx -sigmay $$ry -sigmaz $$rz \
 302                                                 -W $$nx -H $$ny -S $$nz \
 303                                                 -size $$length; \
 304         mrcImageVolumeCalc -i $(TARGET).tmp -o RINFO -M $(MOLNUM) -D $$length -I 1; \
 305         volume=$$(cat RINFO | awk '/ContourLevel\(100\):/ {printf("%f\n", $$2)}'); \
 306         mrcImageBinalization -i $(TARGET).tmp -o $(TARGET).$(REF_3D_EXT)ini -t $$volume;
 307         rm RINFO;
 308         rm PDB;
 309         rm PINFO;
 310         rm ARRAY;
 311         rm $(TARGET).tmp;
 312
 313 CorDistribution::
 314         touch $(TARGET).cordst;
 315         rm $(TARGET).cordst;
 316         @rfile=$$(head -2 OUT_CORR_LIST | tail -1 | sed -e s/\\\\//); \
 317         lmax=`expr $$(cat $$rfile | tail -2 | head -1 | awk '{printf("%d\n", $$1)}') \* 2 + 2`; \
 318         fmax=$$(wc -w OUT_CORR_LIST | awk '{printf("%d\n", $$1)}'); \
 319         for (( LoopNum = 1; LoopNum <= lmax ; LoopNum += 2 )) \
 320         do \
 321                 echo CorDistribution: $$LoopNum / $$lmax; \
 322                 Data=""; \
 323                 for (( LoopFile = 2; LoopFile <= fmax; LoopFile++ )) \
 324                 do \
 325                         rfile=$$(head -$$LoopFile OUT_CORR_LIST | tail -1 | sed -e s/\\\\//); \
 326                         Data+="$$(head -$$LoopNum $$rfile | tail -1 | awk '{printf("%15.6f", $$7)}') "; \
 327                 done; \
 328                 echo $$Data >> $(TARGET).cordst; \
 329         done;
 330
 331 CorNormalize::
 332         @lmax=$$(wc -l $(TARGET).$(NOR_CMAP_EXT) | awk '{printf("%d\n", $$1)}'); \
 333         fmax=`expr $$(wc -w $(TARGET).$(NOR_CMAP_EXT) | awk '{printf("%d\n", $$1)}') / $$lmax`; \
 334         for (( LoopFile = 1; LoopFile <= fmax; LoopFile++ )) \
 335         do \
 336                 echo CorNormalize: $$LoopFile / $$fmax; \
 337                 WorkNum=`expr $$LoopFile + 1`; \
 338                 rfile=$$(head -$$WorkNum OUT_CORR_LIST | tail -1 | sed -e s/\\\\//); \
 339                 wfile=$$(echo $$rfile | sed -e s/$(OUT_CORR_EXT)/$(NOR_CORR_EXT)/); \
 340                 touch $$wfile; \
 341                 rm $$wfile; \
 342                 for (( LoopNum = 1; LoopNum <= lmax ; LoopNum++ )) \
 343                 do \
 344                         NorData=$$(head -$$LoopNum $(TARGET).$(NOR_CMAP_EXT) | tail -1 | awk -v x=$$LoopFile '{printf("%15.6f", $$x)}'); \
 345                         WorkNum=`expr $$LoopNum \* 2 - 1`; \
 346                         Data=$$(head -$$WorkNum $$rfile | tail -1 | awk -v v="$$NorData" '{printf("%s %s %s %s %s %s ", $$1, $$2, $$3, $$4, $$5, $$6)}; {printf("%15.6f", v)}; {printf(" %s %s %s %s %s %s %s %s %s %s %s %s\n\n", $$8, $$9, $$10, $$11, $$12, $$13, $$14, $$15, $$16, $$17, $$18, $$19)}'); \
 347                         echo $$Data >> $$wfile; \
 348                 done; \
 349         done;
 350
 351 3D::
 352         @if [ $(DEVIDE_P) -eq 0 ]; then \
 353                 make $(TARGET).$(OUT_3D_EXT); \
 354         else \
 355                 make RefAngleList; \
 356                 make DivideLIST; \
 357                 make TMP3D; \
 358                 make CompareRandom; \
 359         fi;
 360
 361 RMSD::
 362         mrcImageNormalizedSubtraction -i1 $(TARGET).$(OUT_3D_EXT) -i2 $(TARGET).$(IN_3D_EXT) -o $(TARGET).tmp > INFO;
 363         cat INFO | awk '/RMSD/ {printf("%s      "), $$0}' >> $(TARGET).rmsd;
 364         mrcImageNormalizedSubtraction -i1 $(TARGET).$(OUT_3D_EXT) -i2 $(TARGET).$(REF_3D_EXT) -o $(TARGET).tmp > INFO;
 365         cat INFO | awk '/RMSD/ {printf("%s\n"), $$0}' >> $(TARGET).rmsd;
 366         @rmsd=$$(cat INFO | awk '/RMSD/ {printf("%f"), $$2}'); \
 367         if [ $$(echo "$$rmsd <= 0" | bc ) -eq 1 ]; then \
 368                 touch END; \
 369         fi;
 370
 371 3DTiff::
 372         @for (( loop_num = 0; loop_num <= 2; loop_num++ ))      \
 373         do \
 374                 export loop_num; \
 375                 make $(TARGET).$(IN_TIFF_EXT); \
 376                 mv $(TARGET).$(IN_TIFF_EXT) $(TARGET)$$loop_num.$(IN_TIFF_EXT); \
 377         done;
 378         make IN_TIFF_LIST;
 379         make tiff;
 380
 381 3DTiffAll::
 382         make OUT_3D_LIST;
 383         @for (( loop_num = 0; loop_num <= 2; loop_num++ ))      \
 384         do \
 385                 export loop_num; \
 386                 make $(IN_TIFF_EXT); \
 387                 make ListTiff; \
 388                 rm *.$(IN_TIFF_EXT); \
 389         done;
 390
 391 ListTiff::
 392         make IN_TIFF_LIST2;
 393         Number=`expr $$(wc -l IN_TIFF_LIST2 | awk '{printf("%d", $$1)}') / 1`; \
 394         mrcImageMake2DArrayImage -i IN_TIFF_LIST2 -o $(TARGET).tmp -N $$Number;
 395         mrc2tiff -i $(TARGET).tmp -o $(TARGET)$$loop_num.tiff;
 396
 397 ReduceLIST::
 398         @line=`expr $$(wc -l OUT_CORR_LIST | awk '{printf("%d", $$1)}') - 2`; \
 399         endline=`expr $$line \* \( 100 - $(REDUCE_P) \) / 100 + 1`; \
 400         worknum=`expr $$line + 1`; \
 401         cp OUT_CORR_LIST TMP$$worknum; \
 402         cp OUT_CORR_LIST OUT_CORR_LIST_TMP; \
 403         for (( ; $$endline < $$line; line-- )) \
 404         do \
 405                 worknum=`expr $$line + 1`; \
 406                 random=`expr $$RANDOM % $$line + 2`; \
 407                 sed -e "$$random , $$random d" TMP$$worknum > TMP$$line; \
 408                 rm TMP$$worknum; \
 409                 echo $$line / $$endline Delete L:$$random; \
 410         done; \
 411         cat TMP`expr $$line + 1` > OUT_CORR_LIST; \
 412         rm TMP`expr $$line + 1`;
 413
 414 DivideLIST::
 415         touch $(TARGET).$(3D_DIV_EXT);
 416         rm $(TARGET).$(3D_DIV_EXT);
 417         @line=$$(wc -l $(TARGET).$(3D_LIST_EXT) | awk '{printf("%d", $$1)}'); \
 418         endline=`expr $$line \* \( 100 - $(DEVIDE_P) \) / 100 + 1`; \
 419         worknum=`expr $$line + 1`; \
 420         cp $(TARGET).$(3D_LIST_EXT) TMP$$worknum; \
 421         cp $(TARGET).$(3D_LIST_EXT)  $(TARGET)_TMP.$(3D_LIST_EXT); \
 422         for (( ; $$endline < $$line; line-- )) \
 423         do \
 424                 worknum=`expr $$line + 1`; \
 425                 random=`expr $$RANDOM % $$line + 2`; \
 426                 head -$$random TMP$$worknum | tail -1 >> $(TARGET).$(3D_DIV_EXT); \
 427                 sed -e "$$random , $$random d" TMP$$worknum > TMP$$line; \
 428                 rm TMP$$worknum; \
 429                 echo $$line / $$endline Select L:$$random; \
 430         done; \
 431         cat TMP`expr $$line + 1` > $(TARGET).$(3D_LIST_EXT); \
 432         rm TMP`expr $$line + 1`;
 433
 434 TMP3D::
 435         mrc2Dto3D -I $(TARGET).$(3D_LIST_EXT) -o TMP.$(OUT_3D_EXT) -InterpolationMode $(IN_MODE) -Double -CounterThreshold 0.5 -m 1 -WeightMode 2 -DoubleCounter TMP.dc;
 436
 437 CompareRandom::
 438         touch TMP0.$(OUT_3D_EXT);
 439         rm TMP0.$(OUT_3D_EXT);
 440         @line=$$(wc -l $(TARGET).$(3D_DIV_EXT) | awk '{printf("%d", $$1)}'); \
 441         for (( LoopNum = 1; $$LoopNum <= $$line; LoopNum++ )) \
 442         do \
 443                 echo "CompareRandom $$LoopNum / $$line"; \
 444                 head -$$LoopNum $(TARGET).$(3D_DIV_EXT) | tail -1 > TMP1; \
 445                 lmax=$$(wc -l $(TARGET).cordst | awk '{printf("%d\n", $$1)}'); \
 446                 randomline=`expr $$RANDOM % $$lmax + 1`; \
 447                 rData=$$(head -$$randomline REF_ANGLE_LIST | tail -1); \
 448                 randomRot1=$$(echo $$rData | awk '{printf("%f", $$1)}'); \
 449                 randomRot2=$$(echo $$rData | awk '{printf("%f", $$2)}'); \
 450                 randomRot3=$$(echo $$rData | awk '{printf("%f", $$3)}'); \
 451                 echo $$randomRot1 $$randomRot2 $$randomRot3; \
 452                 cat TMP1 | awk -v v1=$$randomRot1 -v v2=$$randomRot2 -v v3=$$randomRot3 '{printf("%s %s %d %d %d\n", $$1, $$2, v1, v2, v3)}' > TMP2; \
 453                 mrc2Dto3D -I TMP1 -o TMP1.$(OUT_3D_EXT) -InterpolationMode $(IN_MODE) -Double -CounterThreshold 0.5 -m 1 -WeightMode 2 -DoubleCounter TMP1.dc; \
 454                 mrc2Dto3D -I TMP2 -o TMP2.$(OUT_3D_EXT) -InterpolationMode $(IN_MODE) -Double -CounterThreshold 0.5 -m 1 -WeightMode 2 -DoubleCounter TMP2.dc; \
 455                 mrcImageFourierShellCorrelation -i1 TMP1.$(OUT_3D_EXT) -i2 TMP.$(OUT_3D_EXT) | awk '$(THRES_FSC) <= $$2 {print $$0} $(THRES_FSC) > $$2 {exit}' | tail -1 > TMP; \
 456                 mrcImageFourierShellCorrelation -i1 TMP2.$(OUT_3D_EXT) -i2 TMP.$(OUT_3D_EXT) | awk '$(THRES_FSC) <= $$2 {print $$0} $(THRES_FSC) > $$2 {exit}' | tail -1 >> TMP; \
 457                 rData=$$(cat TMP); \
 458                 r1=$$(echo $$rData | awk '{print $$1}'); \
 459                 c1=$$(echo $$rData | awk '{print $$2}'); \
 460                 r2=$$(echo $$rData | awk '{print $$4}'); \
 461                 c2=$$(echo $$rData | awk '{print $$5}'); \
 462                 echo "TMP0.$(OUT_3D_EXT)" > AVR_LIST; \
 463                 echo "TMP0.dc" > WGT_LIST; \
 464                 if [ $$(echo "$$r1 > $$r2" | bc) -eq 1 ]; then \
 465                         UseNum=1; \
 466                 elif [ $$(echo "$$r1 < $$r2" | bc) -eq 1 ]; then \
 467                         echo Change; \
 468                         UseNum=2; \
 469                 elif [ $$(echo "$$c1 >= $$c2" | bc) -eq 1 ]; then \
 470                         UseNum=1; \
 471                 else \
 472                         echo Change; \
 473                         UseNum=2; \
 474                 fi; \
 475                 if [ -e TMP0.$(OUT_3D_EXT) ]; then \
 476                         echo "TMP$$UseNum.$(OUT_3D_EXT)" >> AVR_LIST; \
 477                         echo "TMP$$UseNum.dc" >> WGT_LIST; \
 478                         mrcImageAverage -i AVR_LIST -o TMPTMP.$(OUT_3D_EXT) -w WGT_LIST -oW TMPTMP.dc; \
 479                         cp TMPTMP.$(OUT_3D_EXT) TMP0.$(OUT_3D_EXT); \
 480                         cp TMP0.dc TMPTMP.dc; \
 481                 else \
 482                         cp TMP$$UseNum.$(OUT_3D_EXT) TMP0.$(OUT_3D_EXT); \
 483                         cp TMP$$UseNum.dc TMP0.dc; \
 484                 fi; \
 485         done;
 486         if [ -e TMP0.$(OUT_3D_EXT) ]; then \
 487                 echo "TMP.$(OUT_3D_EXT)" > AVR_LIST; \
 488                 echo "TMP.dc" > WGT_LIST; \
 489                 echo "TMP0.$(OUT_3D_EXT)" >> AVR_LIST; \
 490                 echo "TMP0.dc" >> WGT_LIST; \
 491                 mrcImageAverage -i AVR_LIST -o $(TARGET).$(OUT_3D_EXT) -w WGT_LIST -oW $(TARGET).dc; \
 492         else \
 493                 cp TMP.$(OUT_3D_EXT) $(TARGET).$(OUT_3D_EXT); \
 494                 cp TMP.dc $(TARGET).dc; \
 495         fi;
 496
 497 RefAngleList::
 498         touch REF_ANGLE_LIST;
 499         rm REF_ANGLE_LIST;
 500         mrcInfo -i $(TARGET).$(REF_2D_EXT) -o INFO;
 501         @loopmax=$$(cat INFO | awk '/Tailer/ {printf("%d\n", $$3)}'); \
 502         LineMax=`expr $$loopmax \* 4`; \
 503         for (( LoopNum = 0; LoopNum < $$loopmax; LoopNum++ )) \
 504         do \
 505                 WorkNum=`expr $$LoopNum \* 4 + 4`; \
 506                 rdata=$$(tail -$$LineMax INFO | head -$$WorkNum | tail -1); \
 507                 echo $$rdata | awk '{printf"%s %s %s\n", $$1, $$2, $$3}' >> REF_ANGLE_LIST; \
 508         done;
 509
 510 clean all::
 511         rm *.$(IN_PDB_EXT);
 512         rm *.$(IN_3D_EXT);
 513         rm *.$(IN_2D_EXT);
 514         rm *.$(IN_ROI_EXT);
 515         rm *.$(IN_PAD_EXT);
 516         rm *.$(IN_CORR_EXT);
 517         rm *.$(REF_3D_EXT);
 518         rm *.$(REF_2D_EXT);
 519         rm *.$(OUT_CORR_EXT);
 520         rm *.$(NOR_CMAP_EXT);
 521         rm *.$(NOR_CORR_EXT);
 522         rm *.$(3D_INFO_EXT);
 523         rm *.$(3D_LIST_EXT);
 524         rm *.$(3D_DIV_EXT);
 525         rm *.$(OUT_FIT_EXT);
 526         rm *.$(OUT_3D_EXT);
 527         rm *.$(IN_TIFF_EXT);
 528
 529 Test::
 530         make REF_ANGLE_LIST;
 531
 532 ##### Commands(Input to Output) #####
 533 .$(IN_PDB_EXT).$(IN_3D_EXT):
 534         pdb2mrc -i $(TARGET).$(IN_PDB_EXT) -o $(TARGET).$(IN_3D_EXT) -m 1;
 535
 536 .$(IN_3D_EXT).$(IN_2D_EXT):
 537         mrc3Dto2D -i $(TARGET).$(IN_3D_EXT) -o $(TARGET).$(IN_2D_EXT) -EulerMode $(IN_ROTMODE) \
 538                                 -Rot1 $(IN_ROT1MIN) $(IN_ROT1MAX) $(IN_ROT1D) \
 539                                 -Rot2 $(IN_ROT2MIN) $(IN_ROT2MAX) $(IN_ROT2D) \
 540                                 -Rot3 $(IN_ROT3MIN) $(IN_ROT3MAX) $(IN_ROT3D) \
 541                                 -m $(IN_EX_MODE) -InterpolationMode $(IN_MODE);
 542
 543 .$(IN_ROI_EXT).$(IN_PAD_EXT):
 544         mrcImageNoiseAdd -i $*.$(IN_ROI_EXT) -o $*.$(IN_PAD_EXT) -NS $(NSRATIO);
 545
 546 .$(IN_PAD_EXT).$(IN_CORR_EXT):
 547         mrcImageWindowing -i $*.$(IN_PAD_EXT) -o $*.mask -W 0.1 0.0 0.05 0.0 -m 18;
 548         mrcImagePad -i $*.mask -o $*.padtmp -W $(PAD_W) -H $(PAD_H) -m 3;
 549         mrcImageWindowing -i $*.padtmp -o $*.$(IN_CORR_EXT) -W 0.1 0.0 0.1 0.0 -m 2;
 550         rm $*.mask;
 551         rm $*.padtmp;
 552
 553 .$(REF_3D_EXT).$(REF_2D_EXT):
 554         mrc3Dto2D -i $*.$(REF_3D_EXT) -o $*.tmp -EulerMode $(ROTMODE) -InterpolationMode $(IN_MODE) -Rot2 $(ROT2MIN) $(ROT2MAX) $(ROT2D) -Rot1 $(ROT1MIN) $(ROT1MAX) $(ROT1D) -Rot3 $(ROT3MIN) $(ROT3MAX) $(ROT3D) -m $(EX_MODE);
 555         rfile=$$(head -2 IN_CORR_LIST | tail -1 | sed -e s/\\\\//); \
 556         mrcInfo -i $$rfile -o INFO;
 557         Data=$$(head -1 INFO | tail -1); \
 558         xPad=$$(echo $$Data | awk '{printf("%d", $$4)}'); \
 559         yPad=$$(echo $$Data | awk '{printf("%d", $$5)}'); \
 560         mrcImage3DPad -i $*.tmp -o $*.$(REF_2D_EXT) -Nx $$xPad -Ny $$yPad -M 1 -v 0;
 561         rm $*.tmp;
 562         rm INFO;
 563
 564 .$(IN_CORR_EXT).$(OUT_CORR_EXT):
 565         mrcImageAutoRotationCorrelation -i $*.$(IN_CORR_EXT) -r $(TARGET).$(REF_2D_EXT) -cor $*.cor -O $*.$(OUT_CORR_EXT) -n $(nRot) -m $(COR_MODE) -range $(ROTMIN) $(ROTMAX) -nRot1 $(ROT1N) -nRot2 $(ROT2N) -nRot3 $(ROT3N) 2> /dev/null
 566
 567 .cordst.cornor1:
 568         touch $*.cornor1;
 569         rm $*.cornor1;
 570         @lmax=$$(wc -l $*.cordst | awk '{printf("%d\n", $$1)}'); \
 571         fmax=`expr $$(wc -w $*.cordst | awk '{printf("%d\n", $$1)}') / $$lmax`; \
 572         for (( LoopNum = 1; LoopNum <= $$lmax; LoopNum++ )) \
 573         do \
 574                 echo CorNormalize1: $$LoopNum / $$lmax; \
 575                 ave=0; \
 576                 DataL="$$(head -$$LoopNum $*.cordst | tail -1) "; \
 577                 for (( LoopFile = 1; LoopFile <= fmax; LoopFile++ )) \
 578                 do \
 579                         ave=$$(echo $$DataL | awk -v x=$$LoopFile -v v=$$ave '{v+=$$x} END{print v}'); \
 580                 done; \
 581                 ave=$$(echo $$ave | awk -v v=$$ave -v u=$$fmax '{v/=u} END{print v}'); \
 582                 sigma=0; \
 583                 for (( LoopFile = 1; LoopFile <= fmax; LoopFile++ )) \
 584                 do \
 585                         sigma=$$(echo $$DataL | awk -v x=$$LoopFile -v ave=$$ave -v v=$$sigma '{v+=($$x - ave)^2} END{print v}'); \
 586                 done; \
 587                 sigma=$$(echo $$sigma | awk -v v=$$sigma -v u=$$fmax '{v=sqrt(v/u)} END{print v}'); \
 588                 Data=""; \
 589                 for (( LoopFile = 1; LoopFile <= fmax; LoopFile++ )) \
 590                 do \
 591                         Data+="$$(echo $$DataL | awk -v x=$$LoopFile -v ave=$$ave -v sigma=$$sigma '{zvalue=($$x - ave) / sigma; print zvalue}') "; \
 592                 done; \
 593                 echo $$Data >> $*.cornor1; \
 594         done;
 595
 596 .cordst.cornor2:
 597         touch $*.cornor2;
 598         rm $*.cornor2;
 599         @lmax=$$(wc -l $*.cordst | awk '{printf("%d\n", $$1)}'); \
 600         fmax=`expr $$(wc -w $*.cordst | awk '{printf("%d\n", $$1)}') / $$lmax`; \
 601         for (( LoopFile = 1; LoopFile <= $$fmax ; LoopFile++ )) \
 602         do \
 603                 avelist+="$$(cat $*.cordst | awk -v x=$$LoopFile '{v=v+$$x} END{v=v/NR; print v}') "; \
 604         done; \
 605         for (( LoopFile = 1; LoopFile <= $$fmax ; LoopFile++ )) \
 606         do \
 607                 ave=$$(echo $$avelist | awk -v x=$$LoopFile '{print $$x}'); \
 608                 sigmalist+="$$(cat $*.cordst | awk -v x=$$LoopFile -v ave=$$ave '{sigma+=($$x - ave)^2} END{sigma=sqrt(sigma/NR); print (sigma)}') "; \
 609         done; \
 610         for (( LoopNum =1; LoopNum <= $$lmax; LoopNum++ )) \
 611         do \
 612                 echo CorNormalize2: $$LoopNum / $$lmax; \
 613                 Data=""; \
 614                 for (( LoopFile = 1; LoopFile <= $$fmax; LoopFile++ )) \
 615                 do \
 616                         ave=$$(echo $$avelist | awk -v x=$$LoopFile '{print $$x}'); \
 617                         sigma=$$(echo $$sigmalist | awk -v x=$$LoopFile '{print $$x}'); \
 618                         Data+="$$(head -$$LoopNum $*.cordst | tail -1 | awk -v x=$$LoopFile -v ave=$$ave -v sigma=$$sigma '{zvalue=($$x - ave) / sigma; print zvalue}') "; \
 619                 done; \
 620                 echo $$Data >> $*.cornor2; \
 621         done;
 622
 623 .cordst.cornor3:
 624         make $*.cornor1;
 625         mv $*.cornor1 $*.cornor1.cordst;
 626         make $*.cornor1.cornor2;
 627         mv $*.cornor1.cornor2 $*.cornor3;
 628
 629 .cordst.cornor4:
 630         make $*.cornor2;
 631         mv $*.cornor2 $*.cornor2.cordst;
 632         make $*.cornor2.cornor1;
 633         mv $*.cornor2.cornor1 $*.cornor4;
 634
 635 .$(NOR_CORR_EXT).$(3D_INFO_EXT):
 636         touch $*.$(3D_INFO_EXT);
 637         rm $*.$(3D_INFO_EXT);
 638         awk '/Cor/ { printf("%15.6f %s %s %s %s %s %s %s %s %s\n", $$7,$$16,$$2,$$3,$$4,$$5,$$9,$$11,$$12,$$1)}' $*.$(NOR_CORR_EXT) | sort -n -r | sed -e s/.$(IN_CORR_EXT)/.$(OUT_FIT_EXT)/ >> $*.$(3D_INFO_EXT)
 639         head -n 1 $*.$(3D_INFO_EXT) | awk '{print $$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$1}' >> $(TARGET).$(3D_LIST_EXT)
 640
 641 .$(3D_INFO_EXT).$(OUT_FIT_EXT):
 642         Data=$$(head -1 $*.$(3D_INFO_EXT) | tail -1); \
 643         Number=$$(echo $$Data | awk '{printf("%f\n", $$10)}'); \
 644         mrcImageSectionGet -i $(TARGET).$(REF_2D_EXT) -o $*.tmp -z $$Number;
 645         mrcImageAutoRotationCorrelation -i $*.$(IN_CORR_EXT) -r $*.tmp -fit $*.$(OUT_FIT_EXT) -cor $*.cor -n $(nRot) -m $(COR_MODE) -range $(ROTMIN) $(ROTMAX) -nRot1 $(ROT1N) -nRot2 $(ROT2N) -nRot3 $(ROT3N) 2> /dev/null
 646
 647 .$(3D_LIST_EXT).$(OUT_3D_EXT):
 648         mrc2Dto3D -I $(TARGET).$(3D_LIST_EXT) -o $(TARGET).$(OUT_3D_EXT) -InterpolationMode $(IN_MODE) -Double -CounterThreshold 0.5 -m 1 -WeightMode 2;
 649
 650 .$(OUT_3D_EXT).$(IN_TIFF_EXT):
 651         echo $$loop_num;
 652         mrcImageProjection -i $*.$(OUT_3D_EXT) -o $*.$(IN_TIFF_EXT) -m $$loop_num;
 653
 654 .$(IN_TIFF_EXT).tiff:
 655         mrc2tiff -i $*.$(IN_TIFF_EXT) -o $*.tiff;
 656
 657 .$(3D_LIST_EXT).txt:
 658         sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n $*.$(3D_LIST_EXT) >> $*.txt;