doc/Objects/ctfInfo.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>
   4 ctfInfo
   5 </TITLE>
   6 </HEAD>
   7 <BODY bgcolor="#ffffcc">
   8 <H1> ctfInfo Object </H1>
   9
  10 <H2> <A HREF="#information"> information from souce codes</A></H2>
  11 <H2> <A HREF="#include"> include file </A></H2>
  12 <HR>
  13 <A NAME="Information">
  14 <H2>Information from source codes</H2>
  15 </A>
  16 <PRE>
  17 </PRE>
  18 <HR>
  19 <A NAME="include">
  20 <H2>ctfInfo.h</H2>
  21 </A>
  22 <PRE>
  23 #ifndef CTF_INFO_H
  24 #define CTF_INFO_H
  25 #include <stdio.h>
  26
  27 /* constant begin */
  28 #define ctfInfoModeWithAmplitudeContrast    0x0f
  29 #define ctfInfoModeWithMTF                  0x10
  30 #define ctfInfoModeWithIlluminationAngle    0x20
  31 #define ctfInfoModeWithEnergySpread         0x40
  32 #define ctfInfoModeAbsoluteValue            0x100
  33
  34 typedef enum ctfInfoMode {
  35         ctfInfoModePhaseCTFOnly   = 0,
  36         ctfInfoModePhaseAndAmpCTF = 1
  37 } ctfInfoMode;
  38
  39 typedef enum ctfInfoMTFMode {
  40         ctfInfoMTFModeSingleExp = 0,
  41         ctfInfoMTFModeSingleLorentzian = 1,
  42         ctfInfoMTFModeBoth      = 2,
  43         ctfInfoMTFModeLinear    = 3,
  44         ctfInfoMTFModeBothSum   = 4,
  45         ctfInfoMTFModePolynomial = 5
  46 } ctfInfoMTFMode;
  47 /* constant end */
  48
  49 /* struct begin */
  50 typedef struct moleculrEnvelope {
  51         char* filename;
  52         int   nR;
  53         float* R;
  54         float* Envelope;
  55         int    mode;
  56 } molecularEnvelope;
  57
  58 typedef struct ctfInfo {
  59         float kV;      /* kV */
  60         float defocus; /* A : Underfocus is plus, while overfocus is minus*/
  61         float Cc;      /* mm */
  62         float dE;
  63         float Cs;      /* mm */
  64         float Ain;     /* mrad : Illumination Angle */
  65         long  flagWin; /* Windowing */
  66         float CutLow;  /* Windowing: CutLow  A-1 */
  67         float CutHigh; /* Windowing: CutHigh A-1 */
  68
  69         float I0;      /* Intensity */
  70         float Isignal; /* Intensity of signal */
  71
  72         float ratioOfAmpToPhase; /* The ratio of amp to phase */
  73
  74         float Inoise;  /* Intensity of noise : Isignal*/
  75         long  flagWhiteNoise;
  76         float WhiteNoise;  /* Affected by MTF(R) */
  77
  78         long  flagWhiteNoiseRaising;
  79         float WhiteNoiseRaising; /* WhiteNoise Raising depending upon R */
  80
  81         long  flagMaxWhiteNoise;
  82         float MaxWhiteNoise; /* max White Noise*/
  83
  84         long  flagNdependentWhiteNoise;
  85         float NdependentWhiteNoise; /* max White Noise*/
  86
  87         float Inoise2; /* Intensity of noise */
  88         long  flagWhiteNoise2;
  89         float WhiteNoise2; /* Not Affected by MTF(R)*/
  90
  91         int   flagAstigmatism;
  92         float defocus2D[2];      /* A : Normally [0]: Max [1]: Min */
  93         float defocus0axis;      /* radian : angle of the defocus2D[0]-axis */
  94
  95         long mode;
  96
  97         long  flagMagnification;
  98         float Magnification;
  99
 100         /* MTF(R): Modulation Transfer Function */
 101         ctfInfoMTFMode MTFMode;
 102         float BofMTF;  /* Exponential: exp(-B R)   */
 103         float BofMTF2; /* Lorentzian : 1/(B*B+R*R) */
 104         float WeightOfSecondTermForMTF; /* 0 <-> 1 */
 105         /*for PolynomialExpNoise*//*d = degree*/
 106         float BofMTFd2;
 107         float BofMTFd3;
 108         float BofMTFd4;
 109         float BofMTFd5;
 110         float BofMTFd6;
 111
 112         /* Molecular Envelope: Scattering Factor */
 113         /* For Gaussian */
 114         float MolecEnv;                   /* A : */
 115         /* For Table */
 116         long  flagMolecEnvTable;
 117         molecularEnvelope MolecEnvTable;
 118         /* For Lorentzian */
 119         long flagElastic;
 120         float Elastic;
 121         float ElasticShift;
 122         float ElasticWidth;
 123         float ElasticRing;
 124         float ElasticRingPosition;
 125         float ElasticRingWidth;
 126
 127         /* Stage Vibration */
 128         long  flagVibration;
 129         long  VibrationMode;
 130         float BofVibration;
 131
 132         /* Aliasing and Sampling */
 133         long flagAliasing;
 134         float NyquistFrequency;
 135         long flagSampling;
 136
 137         /* Inelastic Signal */
 138         /* For Gaussian */
 139         long flagWithInElastic;
 140         float InElasticGaussian;
 141         /* For Table */
 142         long flagWithInElasticTable;
 143         molecularEnvelope InElasticEnvTable;
 144         /* Lorentzian */
 145         long flagInElastic;
 146         float InElastic;
 147         float InElasticShift;
 148         float InElasticWidth;
 149         float InElasticRing;
 150         float InElasticRingPosition;
 151         float InElasticRingWidth;
 152 } ctfInfo;
 153 /* struct end */
 154
 155
 156 #ifdef __cplusplus
 157 extern "C" {
 158 #endif
 159
 160 /* prototype begin */
 161
 162 extern void ctfInfoSendByPVM(ctfInfo* info, int tid, long mode);
 163 extern void ctfInfoRecieveByPVM(ctfInfo* info, int tid, long mode);
 164 extern float ctfSignalFunction(ctfInfo* info, float R, long mode);
 165 extern float ctfNoiseFunction(ctfInfo* info, float R, long mode);
 166 extern float ctfNoise2Function(ctfInfo* info, float R, long mode);
 167 extern float ctfSignalPowerFunction(ctfInfo* info, float R, long mode);
 168 extern float ctfNoisePowerFunction(ctfInfo* info, float R, long mode);
 169 extern float ctfNoise2PowerFunction(ctfInfo* info, float R, long mode);
 170 extern float ctfScatteringFunction(ctfInfo* info, float R, long mode);
 171 extern float ctfMolecularEnvelopeFunction(ctfInfo* info, float R, long mode);
 172 extern float ctfMolecularEnvelopeInElasticFunction(ctfInfo* info, float R, long mode);
 173 extern float ctfVibrationFunction(ctfInfo* info, float R, long mode);
 174 extern float ctfFunction(ctfInfo* info, float R, long mode);
 175 extern float ctfFunctionSampling(float R, float Nyquist, long mode);
 176 extern void  ctfFunctionPVMStart(ctfInfo* info, float R, int tid, long mode);
 177 extern float ctfFunctionPVMEnd(ctfInfo* info, float R, int tid, long mode);
 178 extern void  ctfFunctionPVMServer();
 179 extern float ctfEnvelopFunction(ctfInfo* info, float R, long mode);
 180 extern float ctfMTFFunction(ctfInfo* info, float R, long mode);
 181 extern float ctfFunction2D(ctfInfo* info, float X, float Y, long mode);
 182 extern float wavelengthOfElectron(float E);
 183 extern float defocusDeterminationFromThonRing(ctfInfo* info, float R, long n, long mode);
 184 extern void ctfWeightForCorrectionUsage(FILE* fpt);
 185 extern float ctfWeightForCorrection2D(ctfInfo* info, float X, float Y, long mode);
 186 extern float ctfWeightForCorrection(ctfInfo* info, float R, long mode);
 187 extern void lmolecularEnvelopeFileRead(FILE* fpt, molecularEnvelope* mol, int mode);
 188 extern void lmolecularEnvelopeFileWrite(FILE* fpt, molecularEnvelope* mol, int mode);
 189 extern void lmolecularEnvelopeResampling(molecularEnvelope* dst, molecularEnvelope* src, float dR, float RMax, int mode);
 190 extern float lmolecularEnvelopeDataGet(molecularEnvelope* src, float R, int mode);
 191 extern void ctfInfoRead(FILE* fpt, ctfInfo* ctf, char* pre, int mode);
 192 extern void ctfInfoWrite(FILE* fpt, ctfInfo ctf, char* pre, int mode);
 193 /* prototype end */
 194
 195 #ifdef __cplusplus
 196 };
 197 #endif
 198
 199 #endif
 200 </PRE>
 201 </BODY>
 202 </HTML>