doc/Objects/mrcImage.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE> mrcImage </TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1> mrcImage </H1>
   7 <H2> Concept </H2>
   8         <A HREF="#include">mrcImage.h</A>
   9 <H2> Data Structure </H2>
  10 <H2> Member Function </H2>
  11 <UL>
  12 <LI> Momory Control for mrcImage <UL>
  13                 <LI>mrcInit
  14                 <LI>mrcImageFree
  15         </UL>
  16 <LI> File Control for mrcImage-formatted file <UL>
  17                 <LI>mrcFileRead <UL>
  18                                 <DD> mrcHeaderRead and mrcImageRead
  19                                 <DD> No initialization is required.
  20                         <LI>mrcImageRead
  21                                 <DD> Read image following header information
  22                         <LI>mrcHeaderRead
  23                 </UL>
  24                 <LI>mrcFileWrite
  25         </UL>
  26
  27         <LI> Subtration : in lmrcImageSubtraction.c <DL>
  28                 <DT>lmrcImageSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in, double value);
  29                         <DD>out := in  - value
  30                 <DT>lmrcImageMeanSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in);
  31                         <DD>out := in  - mean of in
  32                 <DT>lmrcImageMinSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in);
  33                         <DD>out := in  - min  of in
  34                 <DT>lmrcImageMaxSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in);
  35                         <DD>out := in  - max  of in
  36                 <DT>lmrcImageSubtractionCalc(mrcImage* out, mrcImage* in1, mrcImage* in2);
  37                         <DD>out := in1 - in2
  38         </DL>
  39
  40         <LI> Rotation : in lmrcImageRotation.c : mrcImage.h<DL>
  41                 <DT> 3D: lmrcImageRotation3DFollowingEulerAngle
  42                         <DD> Rotation of a 3D image
  43                 <DT> 3D: lmrcImageRotation3DZXY
  44                         <DD> Rotation ZXY of a 3D image
  45                 <DT> 2D: lmrcImageRotation2D
  46                         <DD> Rotation of a 2D image
  47                 <DT> 2D: lmrcImageRotationPeriodicBoundary
  48                         <DD> Rotation of a 2D image
  49         </DL>
  50     <LI> Correlation : in lmrcImageCorrelation <DL>
  51                 <DT>double lmrcImageEuclidDistanceCalc(mrcImage* in1, mrcImage* in2, int mode)
  52                         <DD> return Euclid Distnce <UL>
  53                         <LI> 0: sigma<SUB>i</SUB>(in1<SUB>i</SUB> - in2<SUB>i</SUB>)<SUP>2</SUP>
  54                         <LI> 1: sqrt(sigma<SUB>i</SUB>(in1<SUB>i</SUB> - in2<SUB>i</SUB>)<SUP>2</SUP>)
  55                         <LI> 2: the above number / pixelNumber;
  56                         </UL>
  57                         <DD>
  58                 <DT>lmrcImageCorralation(mrcImage* out, mrcImage* in, mrcImage* ref, long mode);
  59                         <DD>
  60                 <DT>void lmrcImageCorrelationRefinement(mrcImage* out, mrcImage* shift,
  61                                 mrcImage* in, mrcImage* ref,
  62                                 lmrcImageCorrelationRefinementInfo* info, long mode)
  63                         <DD> While two images are shifted in Fourier space, i.e. phase shift,
  64                                 the best match is searched.
  65                 <DT>double lmrcImageLinearCorrelation(mrcImage* in1, mrcImage* in2, long mode)
  66                         <DD> Calculate the linear correlation, i.e. statistical correlation
  67                 <DT>void lmrcImageAutoRotationCorrelation(mrcImage* out,  mrcImage* cor,
  68                                 mrcImage* in, mrcImage* ref,
  69                                 lmrcImageAutoRotationCorrelationInfo* linfo, int mode)
  70                         <DD> While a reference image is rotated, lmrcImageCorrelation is used.
  71                 <DT>void lmrcImageAutoRotationCorrelationRotationalCrossCorrelationFunction(
  72                         mrcImage* out,  mrcImage* cor,
  73                         mrcImage* in, mrcImage* ref,
  74                         lmrcImageAutoRotationCorrelationInfo* linfo, int mode)
  75                         <DD> After two images are tranformed from Descartes into Polar coordinates,
  76                          lmrcImageCorrelation is used.
  77                 <DT>void lmrcImageAutoRotationCorretionForManyReferences(mrcImage* in, mrcImage* ref,
  78                                 lmrcImageAutoRotationCorrelationForManyReferencesInfo* info,
  79                                 lmrcImageAutoRotationCorrelationInfo* linfo,
  80                                 int mode)
  81                         <DD> Auto Rotational correlation for many references.
  82         </DL>
  83         <LI> Classifilcation <UL>
  84                 <LI> ClusterAnalysis <UL>
  85                         <LI> lmrcImageClusterAnalysis
  86                         <LI> lmrcImageClusterAnalysisByIteration
  87                         <LI> lmrcImageDistanceCalc <UL>
  88                                 <LI> lmrcImageDistanceCalc0 <UL>
  89                                         <DD> Interface method for DistanceCalc
  90                                         <LI> lmrcImageDistanceCalc
  91                                         <LI> lmrcImageDistanceCalcWithAutoRotation
  92                                         <LI> lmrcImageDistanceCalcByWardMethod
  93                                         <LI> lmrcImageDistanceCalcByWardMethodWithAutoRotation
  94                                 </UL>
  95                         <LI> lmrcImageClusterMerge
  96                         <LI> lmrcImageClusterAnalysisDistanceToLog(FILE* fpt, ...);
  97                                 <DD> Output the log file during analysis
  98                 </UL>
  99         </UL>
 100 </UL>
 101 <HR>
 102 <A NAME="Information">
 103 <H2>Information from source codes</H2>
 104 </A>
 105 <PRE>
 106 </PRE>
 107 <HR>
 108 <A NAME="include">
 109 <H2>mrcImage.h</H2>
 110 </A>
 111 <PRE>
 112 #ifndef MRC_IMAGE_H
 113 #define MRC_IMAGE_H
 114 /*
 115 # %M% %Y% %I%
 116 # The latest update : %G% at %U%
 117 #
 118 #%Z% mrcImage.h ver %I%
 119 #%Z% Created by tacyas
 120 #%Z%
 121 #%Z% Usage : mrcImage.h
 122 #%Z% Attention
 123 #%Z%
 124 */
 125
 126 /* mrcImage.h
 127 *    Language:   C or CC(c++)
 128 *    Editor  :   tacyas.tkyemg.u_tokyo
 129 *    Date    :   1990-1992
 130 *    Modified:   2012 for CCP4(2000)
 131 */
 132
 133 /*
 134 *       Header File for MRC Format
 135 *       Edited by Tac
 136 */
 137
 138 #include <stdio.h>
 139 #include <math.h>
 140 #include "genUtil.h"
 141 #include "Matrix3D.h"
 142
 143 /* struct begin */
 144
 145 /* Status Mask */
 146 #ifdef M68
 147 typedef unsigned int mrcStatusMask;
 148 #else
 149 typedef unsigned int mrcStatusMask;
 150 #endif
 151
 152 /* Status */
 153 #ifdef M68
 154 typedef unsigned int mrcStatusType;
 155 #else
 156 typedef unsigned int mrcStatusType;
 157 #endif
 158
 159 /* struct end */
 160
 161 /* constant begin */
 162
 163 #define  mrcStatusMask_ExitFailure  ((mrcStatusMask)0x80000000L)
 164 #define  mrcStatusMask_Warning      ((mrcStatusMask)0x40000000L)
 165 #define  mrcStatusMask_Information  ((mrcStatusMask)0x20000000L)
 166 #define  mrcStatusMask_Message      ((mrcStatusMask)0x10000000L)
 167 #define  mrcStatusMask_1B           ((mrcStatusMask)0x08000000L)
 168 #define  mrcStatusMask_1A           ((mrcStatusMask)0x04000000L)
 169 #define  mrcStatusMask_19           ((mrcStatusMask)0x02000000L)
 170 #define  mrcStatusMask_18           ((mrcStatusMask)0x01000000L)
 171 #define  mrcStatusMask_17           ((mrcStatusMask)0x00800000L)
 172 #define  mrcStatusMask_16           ((mrcStatusMask)0x00400000L)
 173 #define  mrcStatusMask_15           ((mrcStatusMask)0x00200000L)
 174 #define  mrcStatusMask_14           ((mrcStatusMask)0x00100000L)
 175 #define  mrcStatusMask_ReferMRCInfo ((mrcStatusMask)0x00080000L)
 176 #define  mrcStatusMask_Mode         ((mrcStatusMask)0x00040000L)
 177 #define  mrcStatusMask_ReferMemory  ((mrcStatusMask)0x00020000L)
 178 #define  mrcStatusMask_ReferFile    ((mrcStatusMask)0x00010000L)
 179
 180 #define  MRC_Status_OK              ((mrcStatusType)0x00000000L)
 181
 182 #define  MRC_FileCanNotOpened       ((mrcStatusType)0x00000000L|mrcStatusMask_ReferFile)
 183 #define  MRC_ImageHeaderCanNotRead  ((mrcStatusType)0x00000001L|mrcStatusMask_ReferFile)
 184 #define  MRC_ImageDataCanNotRead    ((mrcStatusType)0x00000002L|mrcStatusMask_ReferFile)
 185 #define  MRC_ImageHeaderCanNotWrite ((mrcStatusType)0x00000003L|mrcStatusMask_ReferFile)
 186 #define  MRC_ImageDataCanNotWrite   ((mrcStatusType)0x00000004L|mrcStatusMask_ReferFile)
 187 #define  MRC_FileCanNotClosed       ((mrcStatusType)0x00000005L|mrcStatusMask_ReferFile)
 188
 189 #define  MRC_MemoryNotAllocate      ((mrcStatusType)0x00000000L|mrcStatusMask_ReferMemory)
 190
 191 #define  MRC_ModeNotSupported       ((mrcStatusType)0x00000000L|mrcStatusMask_Mode)
 192 #define  MRC_ModeZNot1FFTMode       ((mrcStatusType)0x00000001L|mrcStatusMask_Mode)
 193
 194 #define  MRC_SizeOfZero             ((mrcStatusType)0x00000000L|mrcStatusMask_ReferMRCInfo)
 195
 196
 197 extern char* mrcImageGeneralTypeList[];
 198
 199 /* constant end */
 200
 201 /* struct begin */
 202 typedef union MRC_Status_t {
 203     mrcStatusType all;
 204     struct Content {
 205 #ifdef M68
 206         unsigned char level;
 207         unsigned char category;
 208         short detail;
 209 #else
 210         short detail;
 211         unsigned char category;
 212         unsigned char level;
 213 #endif
 214         } status;
 215 } MRC_Status_t;
 216
 217 #ifdef M68
 218 typedef int mrcImageParaTypeInteger;
 219 #else
 220 typedef int mrcImageParaTypeInteger;
 221 #endif
 222
 223 typedef float mrcImageParaTypeReal;
 224 typedef unsigned char mrcImageParaTypeCharacter;
 225
 226 typedef struct mrcImageParaTypeIntegerCoord {
 227         mrcImageParaTypeInteger x;
 228         mrcImageParaTypeInteger y;
 229         mrcImageParaTypeInteger z;
 230 } mrcImageParaTypeIntegerCoord;
 231
 232 typedef struct mrcImageParaTypeRealCoord {
 233         mrcImageParaTypeReal x;
 234         mrcImageParaTypeReal y;
 235         mrcImageParaTypeReal z;
 236 } mrcImageParaTypeRealCoord;
 237 /* struct end */
 238
 239 /*
 240 *  MRC Image Header
 241 *  Edited by Tac
 242 */
 243 /* Header Size */
 244 /* constant begin */
 245 #define MRC_HEADER (1024)
 246 #define MRC_TAILER (1024)
 247
 248 /* Image Data Type */
 249 /* for compatibility */
 250 typedef mrcImageParaTypeInteger mrcImageMode;
 251 #define MRC_char_image           ((mrcImageMode)0)
 252 #define MRC_short_image          ((mrcImageMode)1)
 253 #define MRC_float_image          ((mrcImageMode)2)
 254 #define MRC_complex_short_ft     ((mrcImageMode)3)
 255 #define MRC_complex_float_ft     ((mrcImageMode)4)
 256 #define MRC_long_image           ((mrcImageMode)101)
 257 #define MRC_double_image             ((mrcImageMode)102)
 258 #define MRC_complex_long_ft      ((mrcImageMode)103)
 259 #define MRC_complex_double_ft    ((mrcImageMode)104)
 260 #define MRC_complex_short_fft    ((mrcImageMode)1003)
 261 #define MRC_complex_float_fft    ((mrcImageMode)1004)
 262 #define MRC_complex_long_fft     ((mrcImageMode)1103)
 263 #define MRC_complex_double_fft   ((mrcImageMode)1104)
 264 #define MRC_NotSuppotedMode      ((mrcImageMode)0xffffffffL)
 265
 266 #define mrcCharImage             ((mrcImageMode)0)
 267 #define mrcShortImage            ((mrcImageMode)1)
 268 #define mrcFloatImage            ((mrcImageMode)2)
 269 #define mrcComplexShortFT        ((mrcImageMode)3)
 270 #define mrcComplexFloatFT        ((mrcImageMode)4)
 271 #define mrcComplexFloatOneDimFT  ((mrcImageMode)5)
 272 // Change of IMOD
 273 #define mrcUShortImage           ((mrcImageMode)6)
 274 #define mrcCharImageRGB          ((mrcImageMode)16)
 275 // Change for IMOD: (6,7) -> (26,27)
 276 #define mrcFloatRadonImage       ((mrcImageMode)26)
 277 #define mrcFloatRadonFT          ((mrcImageMode)27)
 278 #define mrcLongImage             ((mrcImageMode)101)
 279 #define mrcDoubleImage           ((mrcImageMode)102)
 280 #define mrcComplexLongFT         ((mrcImageMode)103)
 281 #define mrcComplexDoubleFT       ((mrcImageMode)104)
 282 #define mrcComplexShortFFT       ((mrcImageMode)1003)
 283 #define mrcComplexFloatFFT       ((mrcImageMode)1004)
 284 #define mrcComplexLongFFT        ((mrcImageMode)1103)
 285 #define mrcComplexDoubleFFT      ((mrcImageMode)1104)
 286 #define mrcNotSuppotedMode       ((mrcImageMode)0xffffffffL)
 287
 288 #define MRC_MAX_LABEL_N    (10)
 289 #define MRC_MAX_LABEL_LEN  (80)
 290 #define MRC_MAX_EXTRA      (29)
 291 #define MRC_MAX_EXTRA_CCP4 (15)
 292 /* constant end */
 293
 294 /* struct begin */
 295
 296 /* Image Header */
 297 typedef struct _mrcImageHeader {
 298         mrcImageParaTypeIntegerCoord        N;      /* Data Numbers */
 299         mrcImageMode                        Mode;   /* Data Type */
 300         mrcImageParaTypeIntegerCoord        StartN; /* First in map */
 301         mrcImageParaTypeIntegerCoord        M;      /* Number of Intervals */
 302         mrcImageParaTypeRealCoord           Length; /* Cell Dimensions : Angstrom */
 303         mrcImageParaTypeReal                Alpha;  /* Cell Angle : Degree */
 304         mrcImageParaTypeReal                Beta;
 305         mrcImageParaTypeReal                Gamma;
 306         mrcImageParaTypeInteger             MAPC;   /* Which Axis Corresponds to Columns */
 307         mrcImageParaTypeInteger             MAPR;   /* Which Axis Corresponds to Rows */
 308         mrcImageParaTypeInteger             MAPS;   /* Which Axis Corresponds to Sections */
 309         mrcImageParaTypeReal                AMin;   /* Minimum Density Value */
 310         mrcImageParaTypeReal                AMax;   /* Maximum Density Value */
 311         mrcImageParaTypeReal                AMean;  /* Mean Density Value */
 312         mrcImageParaTypeInteger             ISPG;   /* Space Group */
 313         mrcImageParaTypeInteger             NSYMBT; /* Number of bytes */
 314         mrcImageParaTypeReal                EXTRA[MRC_MAX_EXTRA]; /* Extra, user defined storage space */
 315     mrcImageParaTypeReal                OriginX;
 316     mrcImageParaTypeReal                OriginY;
 317     mrcImageParaTypeInteger             LabelN;
 318     char                                Label[MRC_MAX_LABEL_N][MRC_MAX_LABEL_LEN];
 319 } _mrcImageHeader;
 320
 321 /* For CCP4 2000 : Current New */
 322 typedef struct _mrcImageHeaderCCP4 {
 323         mrcImageParaTypeIntegerCoord        N;      /* Data Numbers */
 324         mrcImageMode                        Mode;   /* Data Type */
 325         mrcImageParaTypeIntegerCoord        StartN; /* First in map */
 326         mrcImageParaTypeIntegerCoord        NI;     /* Number of Intervals */
 327         mrcImageParaTypeRealCoord           Length; /* Cell Dimensions : Angstrom */
 328         mrcImageParaTypeReal                Alpha;  /* Cell Angle : Degree */
 329         mrcImageParaTypeReal                Beta;
 330         mrcImageParaTypeReal                Gamma;
 331         mrcImageParaTypeInteger             MAPC;   /* Which Axis Corresponds to Columns */
 332         mrcImageParaTypeInteger             MAPR;   /* Which Axis Corresponds to Rows */
 333         mrcImageParaTypeInteger             MAPS;   /* Which Axis Corresponds to Sections */
 334         mrcImageParaTypeReal                AMin;   /* Minimum Density Value */
 335         mrcImageParaTypeReal                AMax;   /* Maximum Density Value */
 336         mrcImageParaTypeReal                AMean;  /* Mean Density Value */
 337         mrcImageParaTypeInteger             ISPG;   /* Space Group */
 338         mrcImageParaTypeInteger             NSYMBT; /* Number of bytes used for storing symmetry operators */
 339         mrcImageParaTypeInteger             LSKFLG; /* Flag for Skew transformation */
 340         mrcImageParaTypeReal                            SKWMAT[9]; /* Skew matrix S */
 341         mrcImageParaTypeReal                            SKWTRN[3]; /* Skew translation */
 342         mrcImageParaTypeReal                EXTRA[MRC_MAX_EXTRA_CCP4]; /* Extra, user defined storage space */
 343     mrcImageParaTypeCharacter                   MAP[4];
 344     mrcImageParaTypeInteger                     MARCHST;
 345     mrcImageParaTypeReal                ARMS;
 346     mrcImageParaTypeInteger             LabelN;
 347     char                                Label[MRC_MAX_LABEL_N][MRC_MAX_LABEL_LEN];
 348 } _mrcImageHeaderCCP4;
 349
 350 /* For IMOD: Current New */
 351 typedef struct _mrcImageHeaderIMOD {
 352         mrcImageParaTypeIntegerCoord        N;      /* Data Numbers */
 353         mrcImageMode                        Mode;   /* Data Type */
 354         mrcImageParaTypeIntegerCoord        StartN; /* First in map */
 355         mrcImageParaTypeIntegerCoord        M;      /* Number of Intervals */
 356         mrcImageParaTypeRealCoord           Length; /* PixelSize=Len/M: Angstrom */
 357         mrcImageParaTypeReal                Alpha;  /* Cell Angle : Degree */
 358         mrcImageParaTypeReal                Beta;
 359         mrcImageParaTypeReal                Gamma;
 360         mrcImageParaTypeInteger             MAPC;   /* Which Axis Corresponds to Columns */
 361         mrcImageParaTypeInteger             MAPR;   /* Which Axis Corresponds to Rows */
 362         mrcImageParaTypeInteger             MAPS;   /* Which Axis Corresponds to Sections */
 363         mrcImageParaTypeReal                AMin;   /* Minimum Density Value */
 364         mrcImageParaTypeReal                AMax;   /* Maximum Density Value */
 365         mrcImageParaTypeReal                AMean;  /* Mean Density Value */
 366         mrcImageParaTypeInteger             ISPG;   /* Space Group */
 367         mrcImageParaTypeInteger             NSYMBT; /* Number of bytes used for extended header */
 368         short                               creatid; /* Flag for Skew transformation */
 369         short                               extra1[15]; /* Flag for Skew transformation */
 370         short                               nint;
 371         short                               nreal; /*l Skew matrix S */
 372         mrcImageParaTypeReal                extra2[5]; /* Extra, user defined storage space */
 373         mrcImageParaTypeInteger             imodStamp;
 374         mrcImageParaTypeInteger             imodFlags;
 375         short                               idtype;
 376         short                               lnes;
 377         short                               nd1;
 378         short                               nd2;
 379         short                               vd1;
 380         short                               vd2;
 381         mrcImageParaTypeReal                tiltangles[6]; /* Extra, user defined storage space */
 382         mrcImageParaTypeReal                xorg; /* Extra, user defined storage space */
 383         mrcImageParaTypeReal                yorg; /* Extra, user defined storage space */
 384         mrcImageParaTypeReal                zorg; /* Extra, user defined storage space */
 385     mrcImageParaTypeCharacter                   MAP[4];
 386     mrcImageParaTypeInteger                     MARCHST;
 387     mrcImageParaTypeReal                ARMS;
 388     mrcImageParaTypeInteger             LabelN;
 389     char                                Label[MRC_MAX_LABEL_N][MRC_MAX_LABEL_LEN];
 390 } _mrcImageHeaderIMOD;
 391
 392
 393 typedef union mrcImageHeader {
 394   unsigned char           All[MRC_HEADER];
 395   mrcImageParaTypeInteger Int[MRC_HEADER/4];
 396   mrcImageParaTypeReal    Real[MRC_HEADER/4];
 397   _mrcImageHeader         Cont;
 398   _mrcImageHeaderCCP4     ContCCP4;
 399   _mrcImageHeaderIMOD     ContIMOD;
 400 } mrcImageHeader;
 401
 402
 403 #define FEI_EXTENDED_HEADER_EACH (128)
 404
 405 typedef struct _FEIextendedHeader {
 406         mrcImageParaTypeReal aTilt;   // Alpha tilt, in degrees
 407         mrcImageParaTypeReal bTilt;   // Beta tilt, in degrees
 408         mrcImageParaTypeReal xStage;  // Stage x position.
 409                                                                   // Normally in SI units (meters),
 410                                                                   // but some older files may be in micrometers.
 411                                                                   // Check by looking at values for x,y,z.
 412                                                                   // If one of these exceeds 1, it will be micrometers.
 413         mrcImageParaTypeReal yStage;  // Stage y position. For testing of units see x_stage.
 414         mrcImageParaTypeReal zStage;  // Stage z position. For testing of units see x_stage.
 415         mrcImageParaTypeReal xShift;  // Image shift x. For testing of units see x_stage.
 416         mrcImageParaTypeReal yShift;  // Image shift y. For testing of units see x_stage.
 417         mrcImageParaTypeReal defocus;
 418         mrcImageParaTypeReal expTime;
 419         mrcImageParaTypeReal mean;
 420         mrcImageParaTypeReal tiltAxis;
 421         mrcImageParaTypeReal pixelSize;
 422         mrcImageParaTypeReal magnification;
 423         mrcImageParaTypeReal ht;
 424         mrcImageParaTypeReal binning;
 425         mrcImageParaTypeReal appliedDefocus;
 426         mrcImageParaTypeReal reminder[FEI_EXTENDED_HEADER_EACH/4-16];
 427 } _FEIextendedHeader;
 428
 429 typedef union FEIextendedHeader {
 430         mrcImageParaTypeReal Real[FEI_EXTENDED_HEADER_EACH/4];
 431         _FEIextendedHeader   Cont;
 432 } FEIextendedHeader;
 433
 434
 435 /* struct end */
 436
 437 /*
 438         Tailer
 439 */
 440 /* constant begin */
 441 #define  mrcImageTailerMode2DProjection 0
 442 /* constant end */
 443
 444 /* struct begin */
 445 typedef struct _mrcImageTailer {
 446         char                            Code[4];
 447         mrcImageParaTypeInteger         Mode;
 448         char                        EulerAngleMode[4];
 449         mrcImageParaTypeReal            Rot1;
 450         mrcImageParaTypeReal            Rot2;
 451         mrcImageParaTypeReal            Rot3;
 452         mrcImageParaTypeInteger         Mirror;
 453 } _mrcImageTailer;
 454
 455
 456 typedef union mrcImageTailer {
 457   unsigned char           All[MRC_TAILER];
 458   mrcImageParaTypeInteger Int[MRC_TAILER/4];
 459   mrcImageParaTypeReal    Real[MRC_TAILER/4];
 460   _mrcImageTailer         Cont;
 461 } mrcImageTailer;
 462
 463
 464 typedef char mrcImageSymmetryOperator;
 465
 466 /*
 467 mrcImage Structure
 468 */
 469 typedef struct mrcImage {
 470     mrcImageHeader          Header;
 471     size_t BytePerImage;
 472     mrcImageParaTypeInteger BytePerBand;
 473     mrcImageParaTypeInteger BandPerPixel;
 474     size_t PixelPerImage;
 475     mrcStatusType           status;
 476     char*           Image;
 477     unsigned char*  ImageCharImage;
 478     unsigned short* ImageShortImage;
 479     unsigned long*  ImageLongImage;
 480     float*          ImageFloatImage;
 481     double*         ImageDoubleImage;
 482
 483         /* Tailer */
 484         mrcImageTailer*         Tailer;
 485         mrcImageParaTypeInteger numTailer;
 486
 487         /* FEIextendedHeader */
 488         FEIextendedHeader*      FEIHeader;
 489         mrcImageParaTypeInteger numFEIHeader;
 490
 491         /* Dummy */
 492         char*     dummyHeader;
 493         mrcImageParaTypeInteger dummyHeaderByte;
 494
 495         /* Swap Bytes */
 496         mrcImageParaTypeInteger flagByteSwap;
 497
 498         /* flag CCP4-2000 */
 499         mrcImageParaTypeInteger   flagCCP4;
 500         mrcImageParaTypeInteger   ImageOffset;
 501         mrcImageSymmetryOperator* SymmetryOperator;
 502 } mrcImage;
 503
 504 typedef struct mrcImageInformation {
 505     double mean;
 506     double rootMeanSquare;
 507     double meanOfSphereSurface;
 508     double sdOfSphereSurface;
 509     double seOfSphereSurface;
 510     double meanOfCylinderSurface;
 511     double sdOfCylinderSurface;
 512     double seOfCylinderSurface;
 513     double meanOfEdge;
 514     double sdOfEdge;
 515     double seOfEdge;
 516     double max;
 517         mrcImageParaTypeRealCoord maxCoord;
 518     double min;
 519         mrcImageParaTypeRealCoord minCoord;
 520     double sd;
 521     double se;
 522         double rmax;
 523         long flagrmax;
 524         double RMS; /* Root mean square */
 525         int mode;
 526
 527         /* For Search Area */
 528         int flagXrange;
 529         int flagYrange;
 530         int flagZrange;
 531         double XrangeMin;
 532         double XrangeMax;
 533         double YrangeMin;
 534         double YrangeMax;
 535         double ZrangeMin;
 536         double ZrangeMax;
 537
 538         int flagCentre;
 539         double CentreX;
 540         double CentreY;
 541         double CentreZ;
 542 } mrcImageInformation;
 543
 544 /* struct end */
 545
 546 /* constant begin */
 547 typedef enum mrcImageInformationMode {
 548         meanOfAll             = 0,
 549     meanOfSphereSurface   = 1,
 550     meanOfCylinderSurface = 2,
 551     meanOfEdge            = 3,
 552     meanOfCentre          = 4,
 553     meanOfSparse          = 5,
 554         meanOf2DEdgeY         = 6,
 555         RMSofAllPixels       = 7
 556 } mrcImageInformationMode;
 557
 558 /*
 559 *  Define
 560 */
 561 #define HeaderN       Header.Cont.N
 562 #define HeaderMode    Header.Cont.Mode
 563 #define HeaderStartN  Header.Cont.StartN
 564 #define HeaderM       Header.Cont.M
 565 #define HeaderLength  Header.Cont.Length
 566 #define HeaderAlpha   Header.Cont.Alpha
 567 #define HeaderBeta    Header.Cont.Beta
 568 #define HeaderGamma   Header.Cont.Gamma
 569 #define HeaderMAPC    Header.Cont.MAPC
 570 #define HeaderMAPR    Header.Cont.MAPR
 571 #define HeaderMAPS    Header.Cont.MAPS
 572 #define HeaderAMin    Header.Cont.AMin
 573 #define HeaderAMax    Header.Cont.AMax
 574 #define HeaderAMean   Header.Cont.AMean
 575 #define HeaderISPG    Header.Cont.ISPG
 576 #define HeaderNSYMBT  Header.Cont.NSYMBT
 577 #define HeaderLSKFLG  Header.ContCCP4.LSKFLG
 578 #define HeaderEXTRA   Header.Cont.EXTRA
 579 #define HeaderOriginX Header.Cont.OriginX
 580 #define HeaderOriginY Header.Cont.OriginY
 581 #define HeaderLabelN  Header.Cont.LabelN
 582 #define HeaderLabel   Header.Cont.Label
 583
 584 typedef enum mrcPixelDataType {
 585     mrcPixelRePart = 0,
 586     mrcPixelImPart,
 587     mrcPixelMag,
 588     mrcPixelPow,
 589     mrcPixelLogMag,
 590     mrcPixelLogPow,
 591     mrcPixelPhase
 592 } mrcPixelDataType;
 593
 594 typedef enum mrcPixelDataHowToGet {
 595     mrcPixelHowNearest = 0,
 596     mrcPixelHowLinear,
 597     mrcPixelHowCubicConv,
 598     mrcPixelHowPolySig
 599 } mrcPixelDataHowToGet;
 600
 601 /* constant end */
 602
 603 /* struct begin */
 604 typedef struct lmrcImageSmoothingInfo  {
 605         long mode;
 606         mrcImageParaTypeReal sx; /* Filter kernel size */
 607         mrcImageParaTypeReal sy;
 608         mrcImageParaTypeReal sz;
 609         double sigma;            /* for Lee-Sigma filter  */
 610 } lmrcImageSmoothingInfo;
 611
 612 typedef struct lmrcImageCVEInfo {
 613         long sx; /* CVE domain size. */
 614         long sy; /* Apr.30,1996 */
 615         long sz;
 616 } lmrcImageCVEInfo;
 617
 618 typedef struct lmrcImageTfunctionInfo {
 619         long sx; /* Tfunction domain size. */
 620         long sy; /* June 11,1996 */
 621         long sz;
 622 } lmrcImageTfunctionInfo;
 623
 624 typedef struct lmrcImageHighlightInfo {
 625         long mode;
 626         float Bias; /* May 1,1996 */
 627         float Grad;
 628 } lmrcImageHighlightInfo;
 629
 630 typedef struct lmrcImageLowPassFilterInfo
 631 {
 632         long mode; /* June 4,1996 */
 633         float hvp, width;
 634 } lmrcImageLowPassFilterInfo;
 635
 636 typedef struct lmrcImageHighPassFilterInfo
 637 {
 638         long mode; /* June 5,1996 */
 639         float hvp, width;
 640         float pathWindowLow;
 641         float pathWindowHigh;
 642 } lmrcImageHighPassFilterInfo;
 643
 644 typedef struct lmrcImageBandPassFilterInfo
 645 {
 646         long mode; /* June 5,1996 */
 647         float hvl, hvh, wl, wh;
 648         int flagLowWeight;
 649         double lowWeight;
 650 } lmrcImageBandPassFilterInfo;
 651
 652 /* struct end */
 653 /* Utility Routines */
 654 #ifdef __cplusplus
 655 extern "C" {
 656 #endif
 657 /* prototype begin */
 658 /* in mrcInit.c */
 659 extern mrcStatusType mrcInit(mrcImage* mrc, char* filaname);
 660 extern mrcStatusType mrcDefaultHeaderValueSet(mrcImage* mrc);
 661 extern mrcStatusType mrcDefaultHeaderValueSetOnlyFixedValue(mrcImage* mrc);
 662 extern mrcStatusType mrcHiddenDataSet(mrcImage* mrc, long mode);
 663 extern void mrcImageFree(mrcImage* mrc, char* message);
 664 /* in mrcTailer.c */
 665 extern void mrcTailerInit(mrcImage* mrc, long mode);
 666 extern void mrcTailerCopy(mrcImage* dst, mrcImage* src, long mode);
 667   /* mode 1: Tailer Memory Allocation */
 668 /* in mrcRead.c */
 669 extern mrcStatusType mrcFileReadGeneral  (mrcImage* mrc, char* filename, char* type, char* message, long mode);
 670 extern mrcStatusType mrcImageReadGeneral  (mrcImage* mrc, char* filename, char* type, char* message, long mode);
 671 extern mrcStatusType mrcHeaderReadGeneral(mrcImage* mrc, char* filename, char* type, char* message, long mode);
 672 extern mrcStatusType mrcTailerReadGeneral(mrcImage* mrc, char* filename, char* type, char* message, long mode);
 673 extern mrcStatusType mrcFileGeneralListPrint(FILE* fpt);
 674
 675 extern mrcStatusType mrcFileRead  (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
 676 extern mrcStatusType mrcImageRead (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
 677 extern mrcStatusType mrcHeaderRead(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
 678 extern mrcStatusType mrcTailerRead(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
 679
 680 extern mrcStatusType mrcFileReadFEIextendedMRC  (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
 681 extern mrcStatusType mrcImageReadFEIextendedMRC (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
 682 extern mrcStatusType mrcHeaderReadFEIextendedMRC(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
 683 extern mrcStatusType mrcTailerReadFEIextendedMRC(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
 684
 685 extern mrcStatusType mrcFileReadIMODextendedMRC  (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
 686 extern mrcStatusType mrcImageReadIMODextendedMRC (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
 687 extern mrcStatusType mrcHeaderReadIMODextendedMRC(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
 688 extern mrcStatusType mrcTailerReadIMODextendedMRC(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
 689
 690 extern int mrcImageByteSwap(mrcImage* mrc, long mode);
 691 /* in mrcWrite.c */
 692 #define mrcFileWriteModeGet(x)     BYTE4GETBYTE(x,0)
 693 #define mrcImageWriteModeGet(x)    BYTE4GETBYTE(x,1)
 694 #define mrcHeaderWriteModeGet(x)   BYTE4GETBYTE(x,2)
 695 #define mrcTailerWriteModeGet(x)   BYTE4GETBYTE(x,3)
 696
 697 #define mrcFileWriteMode_InfoPrint         1
 698 #define mrcFileWriteMode_NoCallForStatData 2
 699
 700 extern mrcStatusType mrcFileWrite  (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
 701 extern mrcStatusType mrcImageWrite (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
 702 extern mrcStatusType mrcHeaderWrite(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
 703 extern mrcStatusType mrcTailerWrite(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
 704 /* in mrcWrite.c */
 705 extern mrcStatusType mrcFileWriteLowerResolution(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long sample , long mode);
 706 /* in mrcGet.c */
 707 extern double mrcImageDataGetbyAU(mrcImage* mrc,
 708                               mrcImageParaTypeReal x /* Angstrom */,
 709                               mrcImageParaTypeReal y /* Angstrom */,
 710                               mrcImageParaTypeReal z /* Angstrom */,
 711                               double* data,
 712                               mrcPixelDataType mode,
 713                               mrcPixelDataHowToGet how);
 714 extern double mrcPixelDataGet(mrcImage* mrc,
 715                               mrcImageParaTypeReal x /* Pixel Unit */,
 716                               mrcImageParaTypeReal y /* Pixel Unit */,
 717                               mrcImageParaTypeReal z /* Pixel Unit */,
 718                               double* data,
 719                               mrcPixelDataType mode,
 720                               mrcPixelDataHowToGet how);
 721
 722 extern void mrcPixelsDataGet(float* data, mrcImageParaTypeRealCoord* inCoord, int nPixel, mrcImage* in, mrcPixelDataType type, mrcPixelDataHowToGet howto);
 723 extern void mrcPixelDataGetbyMatrix3D(mrcImage* out, mrcImage* in, Matrix3D mat, mrcPixelDataHowToGet mode, int mode2);
 724
 725 static inline double mrcPixelDataGetFloatImage(mrcImage* img,
 726                 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)
 727 {
 728         return img->ImageFloatImage[x + y*img->HeaderN.x + z*img->HeaderN.x*img->HeaderN.y];
 729 }
 730
 731 static inline double mrcPixelDataGetFloatFTRe(mrcImage* fft,
 732                 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)
 733 {
 734         return fft->ImageFloatImage[2*(x + y*(fft->HeaderN.x/2+1) + z*(fft->HeaderN.x/2+1)*fft->HeaderN.y)];
 735 }
 736 static inline double mrcPixelDataGetFloatFTIm(mrcImage* fft,
 737                 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)
 738 {
 739         return fft->ImageFloatImage[2*(x + y*(fft->HeaderN.x/2+1) + z*(fft->HeaderN.x/2+1)*fft->HeaderN.y)+1];
 740 }
 741
 742 /* in mrcImageSet.c */
 743 extern void mrcInfoSet(mrcImage* mrc, FILE* fptIn, FILE* fptOut, mrcImageParaTypeInteger mode);
 744
 745 /* prototype end */
 746
 747 /* struct begin */
 748 /* in mrcImageDataSet.c */
 749 typedef enum mrcImageDataSetMode {
 750         mrcImageDataSetModeCentre = 0,
 751         mrcImageDataSetModeOrigin = 1
 752 } mrcImageDataSetMode;
 753 /* struct end */
 754
 755 /* prototype begin */
 756 extern void mrcImageDataSet(mrcImage* out,
 757                                                         mrcImage* in,
 758                                                         mrcImageParaTypeReal x,
 759                                                         mrcImageParaTypeReal y,
 760                                                         mrcImageParaTypeReal z,
 761                                                         float phi,
 762                                                         mrcImageDataSetMode  mode);
 763
 764 /* in mrcSet.c */
 765 extern double mrcImageDataSetbyAU(mrcImage* mrc,
 766                               mrcImageParaTypeReal x /* Angstrom */,
 767                               mrcImageParaTypeReal y /* Angstrom */,
 768                               mrcImageParaTypeReal z /* Angstrom */,
 769                               double data,
 770                               mrcPixelDataType mode);
 771 extern double mrcPixelDataSet(mrcImage* mrc,
 772                               mrcImageParaTypeReal x /* Pixel Unit */,
 773                               mrcImageParaTypeReal y /* Pixel Unit */,
 774                               mrcImageParaTypeReal z /* Pixel Unit */,
 775                               double data,
 776                               mrcPixelDataType mode);
 777
 778 static inline void mrcPixelDataSetFloatImage(mrcImage* img,
 779                 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z, double data)
 780 {
 781         img->ImageFloatImage[x + y*img->HeaderN.x + z*img->HeaderN.x*img->HeaderN.y] = (float)data;
 782 }
 783
 784 static inline void mrcPixelDataSetFloatFTRe(mrcImage* fft,
 785                 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z, double data)
 786 {
 787         fft->ImageFloatImage[2*(x + y*(fft->HeaderN.x/2+1) + z*(fft->HeaderN.x/2+1)*fft->HeaderN.y)] = (float)data;
 788 }
 789
 790 static inline void mrcPixelDataSetFloatFTIm(mrcImage* fft,
 791                 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z, double data)
 792 {
 793         fft->ImageFloatImage[2*(x + y*(fft->HeaderN.x/2+1) + z*(fft->HeaderN.x/2+1)*fft->HeaderN.y)+1] = (float)data;
 794 }
 795
 796
 797 extern void mrcStatDataSet(mrcImage* mrc, mrcImageParaTypeInteger mode);
 798
 799
 800
 801 /* in mrcImageInfo.c */
 802 extern void lmrcImageXSection(mrcImage* proj, mrcImage* img, double Y);
 803 extern void lmrcImageYSection(mrcImage* proj, mrcImage* img, double X);
 804 extern void lmrcImageXProjection(mrcImage* proj, mrcImage* img);
 805 extern void lmrcImageYProjection(mrcImage* proj, mrcImage* img);
 806 extern void lmrcImageZProjection(mrcImage* proj, mrcImage* img);
 807 extern void lmrcImageXYProjection(mrcImage* proj, mrcImage* img);
 808 extern void lmrcImageYZProjection(mrcImage* proj, mrcImage* img);
 809 extern void lmrcImageZXProjection(mrcImage* proj, mrcImage* img);
 810         /* Histgram */
 811         /* Frequecy max -> 1 */
 812 extern void lmrcImageHistgram(double** hist, unsigned long nlevel, mrcImage* img);
 813 extern void lmrcImageHistgram2(double** hist, double delta, mrcImage* img);
 814 extern void lmrcImageHistgram5(double** hist, unsigned long nlevel, double Low, double High, mrcImage* img);
 815         /* Frequency */
 816 extern void lmrcImageHistgram3(double** hist, unsigned long nlevel, mrcImage* img);
 817 extern void lmrcImageHistgram4(double** hist, double delta, mrcImage* img);
 818 extern void lmrcImageHistgram6(double** hist, unsigned long nlevel, double Low, double High, mrcImage* img);
 819 extern void lmrcImageInformation(mrcImageInformation* info, mrcImage* img);
 820
 821
 822 /* in mrcImageCopy.c */
 823 extern void lmrcImageCopy(mrcImage* dst, mrcImage* src, mrcImageParaTypeRealCoord to);
 824
 825 /* in mrcUtil.c */
 826 extern int IsFloatImage(mrcImage* mrc, char* message, mrcImageParaTypeInteger mode);
 827 extern int IsFloatFT(mrcImage* mrc, char* message, mrcImageParaTypeInteger mode);
 828 extern int IsImage(mrcImage* mrc, char* message, mrcImageParaTypeInteger mode);
 829 extern int IsFT(mrcImage* mrc, char* message, mrcImageParaTypeInteger mode);
 830 extern int IsFFT(mrcImage* mrc, char* message, mrcImageParaTypeInteger mode);
 831 extern void mrcImageInfoSet(mrcImage* mrc, FILE* fptIn, FILE* fptOut, long mode);
 832
 833 /* in mrcImageOperation.c */
 834 extern void lmrcImageDividedByImage(mrcImage* img, mrcImage* i1, mrcImage* i2);
 835 extern void lmrcImagetMapForZero(mrcImage* t, mrcImage* avg, mrcImage* se);
 836 extern void lmrcImageSN(mrcImage* sn, mrcImage* avg, mrcImage* sig);
 837 extern void lmrcImageDividedByReal(mrcImage* img, double d);
 838 extern void lmrcImageDividedByRealForOnlyPositive(mrcImage* img, double d);
 839 extern void lmrcImageAddedByReal(mrcImage* img, double d);
 840 extern void lmrcImageStdDev(mrcImage* sig, mrcImage* avg, mrcImage* avg2, long num);
 841 extern void lmrcImageStdErr(mrcImage* sig, mrcImage* avg, mrcImage* avg2, long num);
 842 extern void lmrcImageAdd(mrcImage* img2, mrcImage* img1, long* num);
 843 extern void lmrcSQRImageAdd(mrcImage* img2, mrcImage* img1, long* num);
 844 extern void lmrcImageSquare(mrcImage* in);
 845 extern void lmrcImageRoot(mrcImage* in ,double eps);
 846 extern void lmrcImageAbs(mrcImage* out, mrcImage* in);
 847 extern void lmrcImageConvolution(mrcImage* out, mrcImage* in,  mrcImage* kernel, int mode);
 848
 849 /* in mrcImageToIntImage.c */
 850 extern void lmrcImageToIntImage(mrcImage* dst, mrcImage* src, mrcImageParaTypeInteger mode);
 851
 852
 853 extern void lfft2d(mrcImage* fft, mrcImage* img);
 854
 855 extern void lmrcImageFFT(mrcImage* fft, mrcImage* img, long mode);
 856 extern void lmrcImageFFTFirstDimensionOnly(mrcImage* fft, mrcImage* img, long mode);
 857 #ifdef FFTW
 858 extern void lmrcImageFFTWFlagSet(unsigned int flag);
 859 #endif
 860 extern void lmrcFFTFGconj(mrcImage* out, mrcImage* in1, mrcImage* in2);
 861 extern void lmrcFFTFxG(mrcImage* out, mrcImage* in1, mrcImage* in2);
 862 extern void lmrcImageCorrelation(mrcImage* out, mrcImage* in, mrcImage* ref, long mode);
 863 extern void lmrcImageCorrelationModePrint(FILE* fpt);
 864
 865 #include "ctfInfo.h"
 866 extern void lmrcImageCorrelationWithCTFCompensation(mrcImage* out, mrcImage* in, ctfInfo* inctf, mrcImage* ref, ctfInfo* refctf, long mode);
 867
 868
 869 /* in mrcError.c */
 870 extern mrcStatusType mrcError(char* message, char* inRtnName, char* callRtnName, mrcStatusType status);
 871 extern mrcStatusType mrcErrorMsg(FILE* fpt, char* message, char* inRtnName, char* callRtnName, mrcStatusType status);
 872 /* in lmrcFFTInfo.c */
 873 #include "Vector.h"
 874 extern floatVector* lmrcFSInfoXAxisMag(mrcImage* fft);
 875 extern floatVector* lmrcFSInfoXAxisPhase(mrcImage* fft);
 876 extern floatVector* lmrcFSInfoYAxisMag(mrcImage* fft);
 877 extern floatVector* lmrcFSInfoYAxisPhase(mrcImage* fft);
 878 /* The returned values are not magnitudes but powers */
 879 extern floatVector* lmrcFSInfoScatteringAngularDistribution(mrcImage* fft);
 880 extern floatVector* lmrcFSInfoScatteringAngularDistributionAverage(mrcImage* fft);
 881 extern floatVector* lmrcFSInfoScatteringAngularDistributionSD(mrcImage* fft);
 882 extern floatVector* lmrcFSInfoSpacing(mrcImage* fft);
 883 extern floatVector** lmrcFSInfoScatteringAngularDistributionDivisionAverage(mrcImage* fft, mrcImageParaTypeReal axis, mrcImageParaTypeInteger n, int mode);
 884 extern floatVector** lmrcFSInfoScatteringAngularDistributionDivisionSD(mrcImage* fft, mrcImageParaTypeReal axis, mrcImageParaTypeInteger n, int mode);
 885 extern floatVector** lmrcFSInfoScatteringAngularDistributionDivisionAverageDelR(mrcImage* fft, mrcImageParaTypeReal axis, mrcImageParaTypeInteger n, mrcImageParaTypeReal delR, int mode);
 886 extern floatVector** lmrcFSInfoScatteringAngularDistributionDivisionSDDelR(mrcImage* fft, mrcImageParaTypeReal axis, mrcImageParaTypeInteger n, mrcImageParaTypeReal delR, int mode);
 887 /* in mrcImageCheckSameSize.c */
 888 extern void lmrcImageCheckSameSize(mrcImage* in, mrcImage* ref);
 889
 890 /* in mrcImageCheckFFT.c */
 891 extern void lmrcImageCheckFFT(mrcImage* in, mrcImage* ref);
 892
 893 /* in lmrcImageSmoothing */
 894 extern void lmrcImageSmoothingModeInfo(FILE* fpt);
 895 extern void lmrcImageSmoothing(mrcImage* dst, mrcImage* src, lmrcImageSmoothingInfo* info, long mode);
 896
 897 /* in lmrcImageCVE */
 898 extern void lmrcImageCVE(mrcImage* dst, mrcImage* src, lmrcImageCVEInfo* info);
 899
 900 /* in lmrcImageTfunction */
 901 extern void lmrcImageTfunction(mrcImage* dst, mrcImage* src, lmrcImageTfunctionInfo* info, long mode);
 902
 903 /* in lmrcImageHighlighting */
 904 extern void lmrcImageHighlightingInfoPrint(FILE* fpt);
 905 extern void lmrcImageHighlighting(mrcImage* dst, mrcImage* src, lmrcImageHighlightInfo* info);
 906
 907 /* in lmrcImageLowPassFilter */
 908 extern void lmrcImageLowPassFilter(mrcImage* dst, mrcImage* src, lmrcImageLowPassFilterInfo* info, long mode);
 909
 910 /* in lmrcImageHighPassFilter */
 911 extern void lmrcImageHighPassFilter(mrcImage* dst, mrcImage* src, lmrcImageHighPassFilterInfo* info, long mode);
 912
 913 /* in lmrcImageBandPassFilter */
 914 extern void lmrcImageBandPassFilter(mrcImage* dst, mrcImage* src, lmrcImageBandPassFilterInfo* info, long mode);
 915
 916 /* in lmrcImageShrink */
 917 extern void lmrcImageShrink(mrcImage* dst, mrcImage* src, mrcImageParaTypeIntegerCoord S, long mode);
 918
 919 /* in lmrcImageShift */
 920 extern void lmrcImageShift(mrcImage* out, mrcImage* in, mrcImageParaTypeRealCoord shift, mrcPixelDataHowToGet mode);
 921 extern void lmrcImageShiftFollowingGC(mrcImage* out, mrcImage* in, int mode);
 922
 923 /* in mrcImagePrint */
 924 extern  void mrcInfoPrint(FILE* fpt, mrcImage* mrc, mrcImageParaTypeInteger mode);
 925
 926
 927 /* prototype end */
 928
 929 /* in lmrcImageMultiCTFCompensation.c */
 930 /* struct begin */
 931 #include "ctfInfo.h"
 932 typedef enum lmrcImageMultiCTFCompensationSolventFlatteningMode {
 933         lmrcImageMultiCTFCompensationSolventFlatteningModeDensityPeakIsSolvent=0,
 934         lmrcImageMultiCTFCompensationSolventFlatteningModeDefinedSTDIsSolvent=1
 935 } lmrcImageMultiCTFCompensationSolventFlatteningMode;
 936
 937 typedef struct lmrcImageMultiCTFCompensationInfo {
 938         long   maxiteration;
 939         double okrms;
 940         long   diversefactor;
 941         double z;
 942         long   nhist;
 943         FILE*  logfile;
 944         lmrcImageMultiCTFCompensationSolventFlatteningMode solventMode;
 945         float  definedSTD;
 946 } lmrcImageMultiCTFCompensationInfo;
 947 /* struct end */
 948
 949 #include "ctfInfo.h"
 950
 951 /* prototype begin */
 952
 953 extern void lmrcImageMultiCTFCompensationInfoInit(lmrcImageMultiCTFCompensationInfo* info);
 954 extern void lmrcImageMultiCTFCompensationInfoSet(lmrcImageMultiCTFCompensationInfo* info);
 955 extern void lmrcImageMultiCTFCompensation(mrcImage* dst, mrcImage* src, ctfInfo* ctf, long nfile, lmrcImageMultiCTFCompensationInfo info, long mode);
 956
 957 /* in lmrcImageCTFObservation.c */
 958 extern void lmrcImageCTFObservation(mrcImage* dst, mrcImage* src, ctfInfo* ctf, long mode);
 959 extern void lmrcImagesCTFObservation(mrcImage* dst, mrcImage* src, ctfInfo* ctf, long mode);
 960
 961 /* in lmrcImageCTFCompensation.c */
 962 extern void lmrcImageCTFCompensation(mrcImage* src, ctfInfo* ctf, long mode);
 963
 964 /* prototype end */
 965
 966
 967 /* in lmrcImageCTFSN.c */
 968 /* struct begin */
 969 typedef struct lmrcImageCTFSNInfo
 970 {
 971         long mode, deg1, deg2;
 972         ctfInfo ctf;
 973 } lmrcImageCTFSNInfo;
 974 /* struct end */
 975
 976 /* prototype begin */
 977 extern void lmrcImageCTFSN(mrcImage *outMrc, const mrcImage *inMrc, lmrcImageCTFSNInfo *info, long mode);
 978 /* prototype end */
 979
 980 /* in lmrcImageFourierPowerSpectrum.c */
 981 /* struct begin */
 982 typedef struct mrcImageFourierPowerSpectrum
 983 {
 984         long n;
 985         double d, *h;
 986 } mrcImageFourierPowerSpectrum;
 987
 988 typedef struct lmrcImageFourierPowerSpectrumInfo
 989 {
 990         double dX, dY, dZ;
 991 } lmrcImageFourierPowerSpectrumInfo;
 992 /* struct end */
 993
 994 /* prototype begin */
 995
 996 extern mrcImageFourierPowerSpectrum lmrcImageFourierPowerSpectrumMakeSpectrum(const mrcImage *inFFT, lmrcImageFourierPowerSpectrumInfo *info);
 997 extern void lmrcImageFourierPowerSpectrumDeleteSpectrum(mrcImageFourierPowerSpectrum theSpectrum);
 998 extern mrcImageFourierPowerSpectrum lmrcImageFourierPowerSpectrum(const mrcImage *inMrc, lmrcImageFourierPowerSpectrumInfo *info, long mode);
 999
1000 extern void lmrcImageRotation3DModePrint(FILE* fpt);
1001 extern void lmrcImageRotation3DFollowingEulerAngle(mrcImage* dst, mrcImage* src, const char* m,
1002         mrcImageParaTypeReal rot1, mrcImageParaTypeReal rot2, mrcImageParaTypeReal rot3, mrcPixelDataHowToGet mode, int mode2);
1003
1004 #include "Matrix3D.h"
1005 extern void lmrcImageRotation3DFollowingMatrix3D(mrcImage* dst, mrcImage* src, Matrix3D mat, mrcPixelDataHowToGet mode, int mode2);
1006
1007 extern void lmrcImageRotation3DZXY(mrcImage* dst, mrcImage* src,
1008         mrcImageParaTypeReal rotx, mrcImageParaTypeReal roty, mrcImageParaTypeReal rotz, mrcPixelDataHowToGet mode, int mode2);
1009
1010 extern void lmrcImageRotation2D(mrcImage* dst, mrcImage* src, double angle, mrcPixelDataHowToGet mode);
1011 extern void lmrcImageRotation2DPeriodicBoundary(mrcImage* dst, mrcImage* src, double angle, mrcPixelDataHowToGet mode);
1012
1013 /* in mrcImageSectionGet.c */
1014 extern char* mrcImageSectionGetModeDescription(long mode);
1015 extern void mrcImageSectionGet(mrcImage* dst, mrcImage* src, mrcImageParaTypeReal z, long mode);
1016
1017 /* in mrcImageSectionSet.c */
1018 extern void mrcImageSectionSet(mrcImage* dst, mrcImage* src, mrcImageParaTypeReal z, long mode);
1019
1020 extern double lmrcImageMaxDataGet(mrcImage* src, long mode);
1021
1022 /* in lmrcImageStack.c */
1023 extern void lmrcImageStackAlloc(mrcImage* dst, mrcImage* src, int N, int* sp, int mode);
1024 extern void lmrcImageStackPush(mrcImage* dst, mrcImage* src, int* sp, int mode);
1025
1026 /* prototype end */
1027
1028 #ifdef __cplusplus
1029 };
1030 #endif
1031
1032 #endif  /* MRC_IMAGE_H */
1033 </PRE>
1034 </HTML>
1035 </HEAD>