doc/SmallTools/ctfDeterminationFromMultiImage.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>ctfDeterminationFromMultiImage</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>ctfDeterminationFromMultiImage</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: ctfDeterminationFromMultiImage
  10 Options:
  11     [-i[nput]            In                  (NULL      ).as(inFileList          ) ] :Optional  :Input: mrcImageList
  12     [-i[nput]            In2                 (NULL      ).as(inFileList          ) ] :Optional  :Input: AngularDistributionList
  13     [-o[utput]           Out                 (stdout    ).as(outFile             ) ] :Optional  :Output: Result obtained by fitting procedure
  14     [-O[utput]           Out2                (.estimate ).as(String              ) ] :Optional  :Output: Estimated scattering: add this value to input filename
  15     [-Molec[ular]Env[elope]MolecEnv            (50        ).as(Real                ) ] :Optional  :Input [A]: Spread : Assign molecular envelope as Gaussian
  16     [-Molec[ular]Env[elope]2MolecEnvFile        (NULL      ).as(String              ) ] :Optional  :Input filename: Scattering Factor suggested by Table
  17     [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
  18     [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
  19 ----- Additional Usage -----
  20 ----- InFile format: -i or -i2
  21 filename defocus[A] AmpOverPhase kV Cs Cc Ai I SN MTFMode MTF MTF2 MolecEnv Magnification
  22 </PRE>
  23 </BODY>
  24 </HTML>