doc/SmallTools/ctfWeightMapCreation.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>ctfWeightMapCreation</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>ctfWeightMapCreation</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: ctfWeightMapCreation
  10 Options:
  11     [-o[utput]           Out                 (stdout    ).as(outFile             ) ] :Optional  :OutputDataFile
  12     [-kV                 kV                  (200       ).as(Real                ) ] :Optional  :AccVol[kV]
  13     [-Cs                 Cs                  (1.7       ).as(Real                ) ] :Optional  :Cs[mm]
  14     [-df                 Defocus             (2.7       ).as(Real                ) ] :Essential :Defocus[A]:under(+)
  15     [-white              WhiteNoise          (1.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :WhiteNoise(N/S)
  16     [-noise              Noise               (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :Noise Power Spectrum
  17     [-splusn             SplusN              (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :Signal+Noise Power Spectrum
  18     [-dRinv              dRinv               (1024*5/3  ).as(Real                ) ] :Essential :dRinv[A]
  19     [-dRmaxInv           dRmaxInv            (10.0      ).as(Real                ) ] :Essential :dRmaxInv[A]
  20     [-SinWin             SinWinRminInv       (20.0      ).as(Real                )
  21                          SinWinRmaxInv       (10.0      ).as(Real                ) ] :Optional  :RminInv[A] RmaxInv[A]
  22     [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
  23     [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
  24 Mode:
  25       0: No correction  : F = G
  26       1: Phase contrast : F = G*(H/abs(H))(Only 1 or -1)
  27       2: Phase contrast : F = G*H (Winer filter (S/N << 1))
  28       3: Phase contrast : F = G/H (Inverse filter)
  29       4: Phase contrast : F = G*(H/(H*H + N*N)) (Winer filter (white noise : Required Option -white))
  30       5: Phase contrast : F = G*(H/abs(H)*abs(G*G-N*N)/(G*G)) (Winer filter: Required Option -noise, -splusn))
  31 </PRE>
  32 </BODY>
  33 </HTML>