doc/SmallTools/defocusDeterminationFromThonRing.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>defocusDeterminationFromThonRing</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>defocusDeterminationFromThonRing</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: defocusDeterminationFromThonRing
  10 Options:
  11     [-i[nput]            In                  (stdin     ).as(inFile              ) ] :Optional  :InputDataFile
  12     [-i[nput] N[ame]     InN                 (stdin     ).as(String              ) ] :Optional  :InputNameInInformationFile
  13     [-i[nput] R[eference]InR                 (stdin     ).as(String              ) ] :Optional  :InputReferenceForLength
  14     [-o[utput]           Out                 (stdout    ).as(outFile             ) ] :Optional  :OutputDataFile
  15     [-o[utput] I[nformation]OutI                (stdout    ).as(outFile             ) ] :Optional  :OutputInformationFile
  16     [-o[utput] I[nformation]OutI2               (stdout    ).as(outFile             ) ] :Optional  :OutputInformationFile
  17     [-o[utput] I[nformation]OutI3               (stdout    ).as(outFile             ) ] :Optional  :OutputInformationFile
  18     [-kV                 kV                  (200       ).as(Real                ) ] :Optional  :kV
  19     [-Cs                 Cs                  (2.1       ).as(Real                ) ] :Optional  :Cs[mm]
  20     [-A[mplitude contrast]AoverP              (0.05      ).as(Real                ) ] :Optional  :The ratio of amplitude contrast to phase contrast
  21     [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
  22     [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
  23     [-ctfMode            ctfMode             (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :CTFMode
  24     [-truePitch          truePitch           (430       ).as(Real                ) ] :Optional  :True Pitch
  25     [-PixelSize          PixelSize           (5         ).as(Real                ) ] :Optional  :Pixel Size [A]
  26     [-deltadY            deltadY             (0.5       ).as(Real                ) ] :Optional  :A range of deltadY to determine dY.
  27     [-R[/A]              R                   (NULL      ).as(Real                ) ... ] :Variable  :ThonRing[/A]
  28 ----- Additional Usage -----
  29 >>>> o[uput] I[nformation] <<<<
  30 This file is used for [mrcImageMultiCTFCompensation and mrcImageCTFCompensation]
  31 >>>> o[uput] I[nformation] 2<<<<
  32 This file is used for [llDataCTFCompensate -I2]
  33 >>>> o[uput] I[nformation] 3<<<<
  34 This file is used for [llExtractWithLayerSeparation]
  35 Options: -truePitch, -PixelSize, -deltadY and -ctfMode
  36 >>>> ctfMode <<<<
  37  0: Phase CTF
  38  1: PhaseCTF + ratio*AmpCTF
  39 >>>> mode <<<<
  40 No action
  41 </PRE>
  42 </BODY>
  43 </HTML>