doc/SmallTools/llExtractCtrlFileCreate.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>llExtractCtrlFileCreate</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>llExtractCtrlFileCreate</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: llExtractCtrlFileCreate
  10 Options:
  11     [-i[nput]            In                  (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :InputDataFile
  12     [-o[utput]           Out                 (stdout    ).as(outFile             ) ] :Optional  :OutputDataFile
  13     [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
  14     [-t                  turn                (-6        ).as(Integer             ) ] :Optional  :Turn
  15     [-u                  unit                (13        ).as(Integer             ) ] :Optional  :Unit
  16     [-N                  nstrand             (1         ).as(Integer             ) ] :Optional  :N-strand
  17     [-Y1                 Y1                  (36        ).as(Integer             ) ] :Optional  :Y1 [pixel]: The Position of LayerLine which l = |t| i.e., |n|=1&&m=0 for the first time
  18     [-Y0                 Y0                  (78        ).as(Integer             ) ] :Optional  :Y0 [pixel]: The Position of LayerLine which n = 0 , l != 0 for the first time
  19     [-rmax               rmax                (250       ).as(Real                ) ] :Optional  :rmax[A]
  20     [-Rmax               Rmax                (0.1       ).as(Real                ) ] :Optional  :Rmax[/A]
  21     [-lx                 lx                  (5.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :Pixel Size
  22     [-ly                 ly                  (5.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :Pixel Size
  23     [-nx                 nx                  (1000.0    ).as(Real                ) ] :Optional  :Image Size[Pixel]
  24     [-ny                 ny                  (1000.0    ).as(Real                ) ] :Optional  :Image Size[Pixel]
  25     [-center             center              (500.0     ).as(Real                ) ] :Optional  :Center of nx (center of filament)[Pixel]
  26     [-layerline          layerline           (21.0      ).as(Real                ) ] :Optional  :Number of Layer Line
  27     [-Ax                 Ax                  (5000.0    ).as(Real                ) ] :Optional  :Length of nx (lx * nx)[A]
  28     [-dY                 dY                  (12.0      ).as(Real                ) ] :Optional  :Range of Layer Line[pixel]
  29     [-truePitch          truePitch           (430       ).as(Real                ) ] :Optional  :True Pitch
  30     [-PixelSize          PixelSize           (5         ).as(Real                ) ] :Optional  :Pixel Size [A]
  31     [-deltadY            deltadY             (0.5       ).as(Real                ) ] :Optional  :A range of deltadY to determine dY.[pixel]
  32     [-m[ode]             mode                (1         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
  33 ----- Additional Usage -----
  34 ----- mode -----
  35     0: for myosin  t=1 u=9
  36     1: for anything
  37 </PRE>
  38 </BODY>
  39 </HTML>