doc/SmallTools/mrcImageAutoFilamentExtract.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>mrcImageAutoFilamentExtract</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>mrcImageAutoFilamentExtract</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: mrcImageAutoFilamentExtract
  10 Options:
  11     [-i[nput]            In                  (NULL      )] :Essential :InputDataFile
  12     [-i[nput]S[ource]fileInS                 (NULL      )] :Essential :InputSourceFile
  13     [-o[utput]E[xtract]  OutE                (NULL      )] :Essential :OutputFileForExtraction
  14     [-o[utput]           Out                 (stdout    )] :Optional  :Output Log File
  15     [-o[utput]F[inal]    OutF                (stdout    )] :Optional  :OutputFinalFile
  16     [-r[oi]ROI           blx                 (0.0       )bly                 (0.0       )brx                 (0.0       )bry                 (0.0       )trx                 (0.0       )try                 (0.0       )tlx                 (0.0       )tly                 (0.0       )] :Optional  :Rectangle ROI
  17     [-r[oi]Unbent        roiLine             (0.0       )... ] :Variable  :
  18     [-x                  x                   (120       )] :Optional  :x range for ROI or Unbent
  19     [-d[elta]dYmax       ddYmax              (0.9       )] :Optional  :delta dY max
  20     [-d[elta]dYmin       ddYmin              (0.2       )] :Optional  :delta dY mim
  21     [-T[ransepose]       T                   (0         )] :Optional  :corresponding to mrcImageTransepose mode
  22     [-maxd[elta]Y        maxdY               (12        )] :Optional  :Maximum number of layer line
  23     [-H[eight] R[ange]   HeightRange         (0         )] :Optional  :Height Range [Pixel]
  24     [-RMaxX              RMaxX               (0.05      )] :Optional  :RMaxX [1/A] (supported mode 1)
  25     [-mag                mag                 (1.1       )] :Optional  :magnification ratio
  26     [-truePitch          truePitch           (430       )] :Optional  :True Pitch [A]
  27     [-PixelSize          PixelSize           (5         )] :Optional  :Pixel Size [A]
  28     [-finaly             finaly              (0         )] :Optional  :final y [pixel] for extraction
  29     [-Ignore             Ignore              (0         )] :Optional  :Ignore the final y
  30     [-c[onfig]           configFile          (NULL      )] :Optional  :ConfigurationFile
  31     [-m[ode]             mode                (0         )] :Optional  :Mode
  32 ----- Additional Usage -----
  33 ----- mode -----
  34 0 : Meridian Reflection
  35 1 : All layer-lines
  36 ----- NOTE for Heigth Range-----
  37 HR option is stranger than caliculated HR
  38 ----- NOTE for ROI-----
  39 -rROI, -rUnbent, -iS, -ddYmax, -ddYmin and -T options are for ROI
  40 ----- NOTE for File for Extraction-----
  41 -oE file use as extraction file.
  42 ----- NOTE for FINAL-----
  43 -finaly and -oF is for final extraction
  44 -truePitch, -Ly and -dY are for magnification change
  45 -Ignore option ignore finaly
  46 This extract do with magnification and header change
  47 </PRE>
  48 </BODY>
  49 </HTML>