doc/SmallTools/mrcImageCTFCompensation.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>mrcImageCTFCompensation</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>mrcImageCTFCompensation</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: mrcImageCTFCompensation
  10 Options:
  11     [-i[nput]            In                  (stdin     ).as(inFile              ) ] :Essential :InputFile
  12     [-o[utput]           Out                 (stdout    ).as(outFile             ) ] :Essential :OutputDataFile
  13     [-info[mation]       Info                (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :InformationFile(Essense only)
  14     [-info[mation]2      Info2               (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :InformationFile2(Display2 ctfinfo format)
  15     [-kV                 kV                  (200       ).as(Real                ) ] :Optional  :AccVol[kV]
  16     [-Cs                 Cs                  (2.1       ).as(Real                ) ] :Optional  :Cs[mm]
  17     [-df                 Defocus             (27000     ).as(Real                ) ] :Optional  :Defocus[A]:under(+)
  18     [-white              WhiteNoise          (0.1       ).as(Real                ) ] :Optional  :WhiteNoise(N/S)
  19     [-SinWin             SinWinRmin          (0.1       ).as(Real                )
  20                          SinWinRmax          (1.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :Windowing by sine function from Rmin[/A] to Rmax[/A].Default: No Window.
  21     [-A[mplitude contrast]Amp                 (0.1       ).as(Real                ) ] :Optional  :The ratio of amplitude contrast to phase contrast
  22     [-Astig[matism]      dfMin               (0         ).as(Real                )
  23                          dfMax               (0         ).as(Real                )
  24                          asAxis              (0         ).as(Real                ) ] :Optional  :With Astigmatism
  25     [-NoAstig[matism]                                                              ] :Optional  :Without Astigmatism
  26     [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
  27     [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
  28 ----- mode -----
  29 mode 0: No Correction
  30 mode 1: x ctf/|ctf|, phase flipping
  31 mode 2: x ctf,       phase flipping and ctf-multiplying
  32 mode 3: x 1/ctf    (0.1<|ctf|       phase flipping and ctf-divided
  33 mode 4: x ctf/(SQR(ctf)+SQR(NS))    phase-flipping + Winner Filtering
  34 mode 5: x SQR(ctf) x ctf/|ctf|      phase-flipping + ctf-Weighted
  35 mode 6: x 1/|ctf|  (0.1<|ctf|)      No phase-flipping + ctf-divided
  36 mode 7: x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS))  No phase flipping + Winner Filtering
  37 mode 8: x  ctf /(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R)))  phase flipping + Winner Filtering + NS-raising
  38 mode 9: x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R)))  No phase flipping + Winner Filtering + NS-raising
  39 ----- Note -----
  40 You can enter information from -info
  41 Info file was made by llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo -oI
  42 defocus Cs kV AmplitudeContrast
  43 ----- Note1 -----
  44 -NoStig is the highest priority and so -Astig and parameters in -info2 are ignored.
  45 </PRE>
  46 </BODY>
  47 </HTML>