doc/SmallTools/mrcImageClusterAnalysis.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>mrcImageClusterAnalysis</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>mrcImageClusterAnalysis</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: mrcImageClusterAnalysis
  10 Options:
  11     [-I[nput array of file]In                  (NULL      ).as(inFileListNoOpen    ) ] :Essential :InputDataFiles
  12     [-o[utput]           Out                 (stdout    ).as(outFile             ) ] :Optional  :OutputDataFile
  13     [-O[utput]                                                                     ] :Optional  :Output: averaged images: filename is xxxx.avg: xxxx is input filename.
  14     [-N[umberOfClusters] N                   (1         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Number of clusters
  15     [-Min[imumCorrelation]Min                 (0.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :Minimum: Correlation: Conditions for ending
  16     [-Iter[ation]                                                                  ] :Optional  :IterationFlag
  17     [-A[uto]R[otation]   AutoRotation        (72        ).as(Integer             ) ] :Optional  :AutoRotation: rotation divided by this value
  18     [-A[utoRot]Range     ARMin               (0         ).as(Real                )
  19                          ARMax               (360       ).as(Real                ) ] :Optional  :AutoRotationRange
  20     [-A[uto]R[otation]iter[ation]AutoRotationIteration(2         ).as(Integer             ) ] :Optional  :AutoRotationIteration
  21     [-A[uto]R[otation]MethodAutoRotationMethod  (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Method for Correlation for Auto Rotation
  22     [-M[odeForCorrelation]correlationMode     (19        ).as(Integer             ) ] :Optional  :Correlation Mode for AutoRotation
  23     [-Log                Log                 (stdout    ).as(appendFile          ) ] :Optional  :Log: Output
  24     [-Log2               Log2                (NULL      ).as(appendFile          ) ] :Optional  :Log2: Output: ClusterNode Only
  25     [-LogIn              LogIn               (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :previousLog: Input
  26     [-prevF[ileNum]      prevFileNum         (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :previousLogFileNum: Input
  27     [-pthread            pthread             (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :pthread: Input
  28     [-NoRecalc                                                                     ] :Optional  :No recalculation of distances
  29     [-pvm                                                                          ] :Optional  :Parallel Analysis by PVM
  30     [-pvmList            pvmList             (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :pvmList: Input
  31     [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
  32     [-m[ode]             mode                (2         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
  33 ----- Additional Usage -----
  34 Distance between clusters: mode
  35         mode 0: By Correlation
  36         mode 1: By Euclid Distance
  37         mode 2: By Ward Method (default) : Euclid Length (no rotation) or its square (rotation)
  38         mode 3: By Ward Method using Linear Correlation : (1 - Correlation)/(1 + Correlation)
  39         mode 4: By Linear Correlation :                   (1 - Correlation)/(1 + Correlation)
  40 </PRE>
  41 </BODY>
  42 </HTML>