doc/SmallTools/mrcImageMasking.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>mrcImageMasking</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>mrcImageMasking</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: mrcImageMasking
  10 Options:
  11     [-i[nput]            In                  (NULL      )] :Essential :InputDataFile
  12     [-o[utput]           Out                 (NULL      )] :Essential :OutputDataFile
  13     [-nx                 nx                  (0         )] :Optional  :Default:in.HeaderN.x
  14     [-ny                 ny                  (0         )] :Optional  :Default:in.HeaderN.y
  15     [-nz                 nz                  (0         )] :Optional  :Default:in.HeaderN.z
  16     [-cx                 cx                  (0         )] :Optional  :Default:Center of image
  17     [-cy                 cy                  (0         )] :Optional  :Default:Center of image
  18     [-cz                 cz                  (0         )] :Optional  :Default:Center of image
  19     [-Rot[ation]         Euler               (0         )Rot1                (0         )Rot2                (0         )Rot3                (0         )] :Optional  :Masking Area Rotation Default: ZONS 0 0 0
  20     [-Shape              Shape               (0         )] :Optional  :Default:Circle
  21     [-Normalize          Normalize           (0         )] :Optional  :Default:No Op
  22     [-c[onfig]           configFile          (NULL      )] :Optional  :ConfigurationFile
  23     [-m[ode]             mode                (0         )] :Optional  :Mode
  24 ----- -Shape Option -----
  25     -Shape 0 : Circle : radius(nx, ny, nz)
  26     -Shape 1 : Square : radius(nx, ny, nz)
  27 ----- -m Option-----
  28     -m 0 : masked by avg
  29     -m 1 : masked by 0
  30 </PRE>
  31 </BODY>
  32 </HTML>