doc/SmallTools/mrcImageModelCreate.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>mrcImageModelCreate</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>mrcImageModelCreate</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: mrcImageModelCreate
  10 Options:
  11     [-o[utput]           Out                 (NULL      ).as(outFile             ) ] :Essential :OutputDataFile
  12     [-i[nput]            In                  (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :InputDataFile
  13     [-nx                 nx                  (70        ).as(Integer             ) ] :Optional  :Real length = nx * lx
  14     [-ny                 ny                  (70        ).as(Integer             ) ] :Optional  :Real length = ny * ly
  15     [-nz                 nz                  (100       ).as(Integer             ) ] :Optional  :Real lenght = nz * lz
  16     [-r                  r                   (1         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Radius[pixel]
  17     [-l                  l                   (1         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Length[pixel]
  18     [-lx                 lx                  (5.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :Pixel Size[Angstrom]
  19     [-ly                 ly                  (5.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :Pixel Size[Angstrom]
  20     [-lz                 lz                  (5.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :Pixel Size[Angstrom]
  21     [-radius             radius              (150       ).as(Real                ) ] :Optional  :filament radius [A]
  22     [-n                  nHelix              (3         ).as(Integer             ) ] :Optional  :n-helix
  23     [-dz                 zPitch              (143       ).as(Real                ) ] :Optional  :pitch [A]
  24     [-dphi               deltaPhi            (40        ).as(Real                ) ] :Optional  :rotation angle [degree]
  25     [-phi                phiAngle            (120       ).as(Real                ) ] :Optional  :rotation angle in the same level [degree]
  26     [-sz                 startZ              (0         ).as(Real                ) ] :Optional  :start z [A]
  27     [-ez                 endZ                (500       ).as(Real                ) ] :Optional  :end z [A]
  28     [-sphi               startPhi            (0         ).as(Real                ) ] :Optional  :start angle [degree]
  29     [-sphi2              startPhi2           (40        ).as(Real                ) ] :Optional  :start angle 2 [degree]
  30     [-inMode             inMode              (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :inMode
  31     [-units              units               (9         ).as(Integer             ) ] :Optional  :units number
  32     [-fm                 fm                  (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :formation
  33     [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
  34     [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
  35 >>>>
  36 -nx -ny -nz : image size[pixel]
  37 -lx -ly -lz : pixel/voxel size[Angstrom]
  38 >>>> Mode <<<< (-m)
  39 0: Circle(a right cylinder:3D) and Triangle(a trigonal prism:3D)
  40        Optional argument : -nx -ny -nz -r
  41 1: Thick Filaments
  42                 Example
  43        Optional argument
  44        -nx -ny -nz Image Size
  45        -lx -ly -lz Pixel Size
  46        -radius filament radius 150[A]
  47        -n  three helix
  48        -dz  pitch 143[A]
  49        -dphi rotation angle 40[degree]
  50        -phi rotation angle in the same level 120[degree]
  51        -sz  start z 0[A]
  52        -ez  end z 800[A]
  53        -sphi start phi 0[degree]
  54        -----------------------
  55        -inMode Centre = 0
  56        -inMode Origin = 1
  57        -----------------------
  58        -units 9
  59        -fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=9 and n=3)
  60         0: normal
  61         1: 3 sphere on the same z
  62                 Phi 0 , 30 , 60 degree
  63            2: 3 sphere on the differnt z  and on the differnt radius
  64                 Phi 0 , 30 , 60 degree
  65                 Z  0 , 30 , 60 A
  66                 Radius 0 ,1.2 ,1.4 times
  67            3: 3 sphere on the same z and on the different radius
  68                 Phi 0 , 30 , 60 degree
  69                 Z  0 ,  0 ,  0 A
  70                 Radius 0 ,1.2 ,1.4 times
  71        -----------------------
  72        -units 3
  73        -fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=3 and n=3)
  74         0: abnormal
  75 2: Dot(2D)
  76 3: Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D
  77        Optional argument : -nx -ny
  78 4: Another Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D
  79        Optional argument : -nx -ny
  80 5: Another Projection of 2 Sphere for 2D
  81        Optional argument : -nx -ny
  82 6: SheppLogan 2D
  83        Optional argument : -nx -ny
  84 7: SheppLogan 3D
  85        Optional argument : -nx -ny -nz
  86 8: Cylinder 3D
  87        Optional argument : -nx -ny -nz -r -l
  88 </PRE>
  89 </BODY>
  90 </HTML>