doc/SmallTools/mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization
  10 Options:
  11     [-I[nputFileList]    In                  (NULL      ).as(inFileListNoOpen    ) ] :Essential :InputDataFileList
  12     [-o[utput]           Out                 (NULL      ).as(outFileNoOpen       ) ] :Essential :OutputDataFile
  13     [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
  14     [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
  15     [-dt[heta]           dtheta              (1         ).as(Real                ) ] :Optional  :dtheta
  16     [-dp[si]             dpsi                (1         ).as(Real                ) ] :Optional  :dpsi
  17     [-m[odeof]s[election]ms                  (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :modeofselection
  18     [-i[nitial]r[andom]d[ata]ird                 (1         ).as(Integer             ) ] :Optional  :InitialRandomData
  19     [-M[ax]C[ount]       MC                  (100       ).as(Integer             ) ] :Optional  :MaxCount
  20     [-F[ileName]H[eader] FileNameHeader      (EulerAngle).as(String              ) ] :Optional  :FileNameHeader
  21     [-m[odeof]i[nitial]d[ada]mid                 (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :modeofinitialdata
  22     [-i[nputFile]i[nitial]d[ata]InInitial           (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :InputDataFileOfInitialData
  23     [-m[odeof]s[tart]p[oint]msp                 (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :mode of start point
  24     [-m[odeof]a[ngular]a[rea]maa                 (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :mode of angular area
  25     [-p[revious]dt[heta] pdtheta             (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :previous dtheta
  26     [-p[revious]dp[si]   pdpsi               (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :previous dpsi
  27     [-m[ode]L[calculation]modeL               (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode of L calculation
  28     [-m[ode]T[hreshold]A[ngularweight]modeTA              (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode of Threshold of AngularWeight
  29     [-m[ode]c[alculation]a[rea]modeCA              (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :mode of Lvalue of calculation area
  30     [-t[hreshold]c[alculation]a[rea]TCA                 (0         ).as(Real                ) ] :Optional  :Threshold of Lvalue of calculation area
  31     [-m[ode]f[ix]        modeF               (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :mode of fix
  32
  33 ----- ModeSelection -----
  34 -ms : 0 : random
  35     : 1 : myself (-ird)
  36
  37 ----- Mode --------------
  38 -m : 0 : input data --> sinogram
  39    : 1 :            --> sinogramFT
  40
  41 ----- Angle -------------
  42 -dt    : DEGREE
  43 -dp    : DEGREE
  44 -pdt   : DEGREE
  45 -pdp   : DEGREE
  46
  47 ----- ModeOfInitialData -------------
  48 -mid : 0 : There is not initial data
  49        1 : There is     initial data (-iid)
  50
  51 ----- ModeOfLcalculation -------------
  52 -mL : 0 : differential of length
  53       1 : differential of phase
  54       2 : addition to derivation1D (multiply)
  55       3 : addition to derivation1D (difference)
  56
  57 ----- ModeOfThresholdAngularWeight -------------
  58 -mTA : 0 : 1.0e-4
  59        1 : 1 degree
  60        2 : dpsi
  61
  62 ----- ModeOfStartPoint -------------
  63 -msp : 0 : origin
  64        1 : initial data (-iid)
  65
  66 ----- ModeOfAngularArea -------------
  67 -maa : 0 : all area
  68        1 : aroud previous delta (-pdt -pdp)
  69
  70 ----- ModeOfCalculationArea -------------
  71 -mca : 0 : all area
  72        1 : cut under -tca(1/angstrom)
  73
  74 ----- ModeOfFix -------------
  75 -mf : 0 : don't fix one plane
  76       1 :       fix one plane (first file is fixed)
  77
  78 </PRE>
  79 </BODY>
  80 </HTML>