doc/SmallTools/mrcImageSuperResolution.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>mrcImageSuperResolution</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>mrcImageSuperResolution</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: mrcImageSuperResolution
  10 Options:
  11     [-I[nput]            InOriginal          (NULL      )] :Essential :Input: Original
  12     [-i[nput]            InPrevious          (NULL      )] :Essential :Input: Previous
  13     [-i[nput]c[ounter]   FFTInCount          (NULL      )] :Optional  :Input: CounterforWeight FourierSpace
  14     [-o[utput]           Out                 (NULL      )] :Essential :Output: Next
  15     [-t[ime]             t                   (1         )] :Optional  :Number of time: Iteration(Real Space)
  16     [-fromp[oint]1       x00                 (0         )y00                 (0         )z00                 (0         )] :Optional  :First value near origin of coordinates: x00[pixel] y00[pixel] z00[pixel]
  17     [-top[oint]1         x01                 (2         )y01                 (2         )z01                 (2         )] :Optional  :target value: x01[pixel] y01[pixel] z01[pixel]
  18     [-fromp[oint]2       x10                 (0         )y10                 (0         )z10                 (0         )] :Optional  :First value far from origin of coordinates: x10[pixel] y10[pixel] z10[pixel]
  19     [-top[oint]2         x11                 (0         )y11                 (0         )z11                 (0         )] :Optional  :target value: x11[pixel] y11[pixel] z11[pixel]
  20     [-c[onfig]           configFile          (NULL      )] :Optional  :ConfigurationFile
  21     [-m[ode]             mode                (0         )] :Essential :RealSpaceCalculating
  22     [-LabelingMode       labelingmode        (0         )] :Optional  :LabelingMode
  23     [-max[value]         max                 (800       )] :Optional  :Density Max value:Support Constraint()
  24     [-min[value]         min                 (200       )] :Optional  :Density Min value:Support Constraint()
  25     [-sh[ape]            shape               (0         )] :Optional  :Shape:0(Rectangule),1(Globe)
  26     [-h[alf]v[alue]p[oint]hvp                 (0.0       )] :Optional  :Half value point(/[A])
  27     [-Inverse            ] :Optional  :Inverse
  28     [-nM[olecule]        nMolecule           (1         )] :Optional  :Number of Molecule
  29     [-M[olecularWeight]  MolecularWeight     (80000     )] :Optional  :MolecularWeight
  30     [-D[ensity]          Density             (1.35      )] :Optional  :Density(g/cm3)
  31     [-counter            incounter           (3.0       )] :Optional  :Counter(Fourier Space)
  32     [-d[elta]Density     deltaDens           (100.0     )] :Optional  :Delta (Convergence)
  33     [-d[elta]Area        deltaArea           (100.0     )] :Optional  :Area (Convergence)
  34     [-sub[traction]      sub                 (0.2       )] :Optional  :Subtraction(Convergence)
  35     [-ratio              ratio               (0.3       )] :Optional  :Ratio(Convergence)
  36     [-t[ime]max          tmax                (1000      )] :Optional  :Time Max(Convergence)
  37     [-w[eight]d[elta]    WeightDelta         (0.1       )] :Optional  :WeightDelta(Fourier Space)
  38     [-w[eight]m[ax]      WeightMax           (2         )] :Optional  :WeightMax(Fourier Space)
  39     [-Subtraction        ] :Optional  :Subtraction(Real Space)
  40 ----- Additional Usage -----
  41 -m Option
  42      1 : AreaAndLocation
  43      2 : Density
  44      3 : AreaAndLocationandDensity
  45     +4 : Convergence(Option)
  46    +16 : NonnegativeMode(before RealSpaceConstraint)
  47    +32 : Binarization(before RealSpaceConstraint)
  48    +64 : Labeling
  49   +128 : SixOrientation
  50   +256 : LowpassfilterMode(-hvp is required)
  51   +512 : CounterMode(-ic is required)
  52 -----------------------------------------------------
  53 -Inverse
  54 If high density means the location of protein, -Inverse is required for volume calculation.
  55 -wm and -wd
  56 weight = counter / (weightmax + counter)
  57 weightmax -> 0 (weightdelt by weightdelta)
  58 -LabelinMode
  59      0 : TheLargestLabelingSearch
  60      1 : SomeVolumeLabelingSearch
  61 -Subtraction
  62 Real Space Constraint for desolving edge problem
  63
  64 </PRE>
  65 </BODY>
  66 </HTML>