doc/SmallTools/mrcRefImageCorrelation.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>mrcRefImageCorrelation</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>mrcRefImageCorrelation</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: mrcRefImageCorrelation
  10 Options:
  11     [-i[nput]            In                  (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :InputDataFile
  12     [-r[eference]        Ref                 (NULL      ).as(inFile              ) ] :Essential :ReferenceDataFile
  13     [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
  14     [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
  15     [-I[nput array of file]InArray             (stdin     ).as(inFileList          ) ] :Optional  :InputDataFiles
  16     [-z[position]        z                   (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :z position of reference file to correlate.For mode 1 only
  17 ----- Additional Usage -----
  18 mode 0: To find the images in the reference file of min and max correlation.  Correlation is calclated in the real space.
  19 mode 1: To calculate the correlation between one image of the reference file and input file.  The calculation is performed in the fourier space and the output is a mrc image file.  option z is needed.
  20 </PRE>
  21 </BODY>
  22 </HTML>