doc/SmallTools/pdbChargeFit.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>pdbChargeFit</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>pdbChargeFit</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: pdbChargeFit
  10 Options:
  11     [-i[nput]f[ixed pdb] InFix               (NULL      ).as(inFile              ) ] :Essential :InputFixedPdbFile
  12     [-i[nput]m[oved pdb] InMove              (NULL      ).as(inFile              ) ] :Essential :InputMovedPdbFile
  13     [-o[utput]           OutTxt              (NULL      ).as(outFile             ) ] :Essential :OutputTextFile
  14     [-s[ymmetry of helix(degree/A)]symmetry            (0.47096   ).as(Real                ) ] :Optional  :default: 13/28
  15     [-zmin               zmin                (-28       ).as(Real                ) ] :Optional  :minimum z
  16     [-zmax               zmax                (28        ).as(Real                ) ] :Optional  :maximum z
  17     [-zDel[ta]           zDel                (1         ).as(Real                ) ] :Optional  :delta z
  18     [-mind[istance]      mind                (1         ).as(Real                ) ] :Optional  :set atoms distance to mind
  19     [-maxd[istance]      maxd                (5         ).as(Real                ) ] :Optional  :ignore atoms distance
  20     [-a[xis coordinate]  axisX               (70        ).as(Real                )
  21                          axisY               (70        ).as(Real                ) ] :Optional  :(x, y)
  22     [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
  23     [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
  24 ----- Algorythm -----
  25 score = Sum(1/SQR(length))
  26 , where length is the set of length between charged atoms
  27 </PRE>
  28 </BODY>
  29 </HTML>