doc/SmallTools/pdbListRMSDCalc.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>pdbListRMSDCalc</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>pdbListRMSDCalc</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: pdbListRMSDCalc
  10 Options:
  11     [-i[nput]            In                  (NULL      ).as(inFileList          ) ] :Essential :InputDataFile
  12     [-r[ef]              Ref                 (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ReferenceDataFile
  13     [-o[utput]           Out                 (NULL      ).as(outFile             ) ] :Essential :OutputDataFile
  14     [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
  15     [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
  16 ----- Additional Usage -----
  17 >> -m
  18  0: -i only   : against average
  19  1: -i and -r : against reference
  20 >> -o
  21  Coord: Averged Coord
  22  TempFactor: against average or reference
  23 </PRE>
  24 </BODY>
  25 </HTML>