doc/SmallTools/pdbRhoFit.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>pdbRhoFit</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>pdbRhoFit</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: pdbRhoFit
  10 Options:
  11     [-i[nput]pdb[File]   InPdb               (NULL      )] :Essential :InputDataFile
  12     [-i[nput]mrc[File]   InMrc               (NULL      )] :Essential :InputDataFile
  13     [-o[utput of ]mrc    OutMrc              (NULL      )] :Essential :OutputDataFile
  14     [-o[utput of ]txt    OutTxt              (NULL      )] :Optional  :OutputDataFile
  15     [-o[utput of ]par    OutPar              (stdout    )] :Optional  :OutputDataFile
  16     [-o[utput of ]pdb    OutPDB              (NULL      )] :Optional  :OutputDataFile
  17     [-xmin               xmin                (0         )] :Optional  :xmin for fitting
  18     [-xmax               xmax                (0         )] :Optional  :xmax for fitting
  19     [-xd[elta]           xDelta              (1         )] :Optional  :delta x for fitting
  20     [-ymin               ymin                (0         )] :Optional  :ymin for fitting
  21     [-ymax               ymax                (0         )] :Optional  :ymax for fitting
  22     [-yd[elta]           yDelta              (1         )] :Optional  :delta y for fitting
  23     [-zmin               zmin                (0         )] :Optional  :zmin for fitting
  24     [-zmax               zmax                (82        )] :Optional  :zmax for fitting
  25     [-zd[elta]           zDelta              (1         )] :Optional  :delta z for fitting
  26     [-E[uler]A[ngle]     EulerAngle          (ZOYS      )] :Optional  :Euler Angle for three-angle
  27     [-phimin             phimin              (0         )] :Optional  :phimin for fitting(degree)
  28     [-phimax             phimax              (194       )] :Optional  :phimax for fitting(degree)
  29     [-phid[elta]         phiDelta            (2         )] :Optional  :delta phi for fitting(degree)
  30     [-psimin             psimin              (0         )] :Optional  :psimin for fitting(degree)
  31     [-psimax             psimax              (0         )] :Optional  :psimax for fitting(degree)
  32     [-psid[elta]         psiDelta            (2         )] :Optional  :delta psi for fitting(degree)
  33     [-thetamin           thetamin            (0         )] :Optional  :thetamin for fitting(degree)
  34     [-thetamax           thetamax            (0         )] :Optional  :thetamax for fitting(degree)
  35     [-thetad[elta]       thetaDelta          (2         )] :Optional  :delta theta for fitting(degree)
  36     [-n[ormalize]w[eight]normalizeWeight     (100000000.0)] :Optional  :weight for normalize
  37     [-n[ormalize]C[ontour]normalizeContour    (0.0       )] :Optional  :Contour Level for Normalize
  38     [-I[nverse]          ] :Optional  :Black is High Density.
  39     [-Zminus             ] :Optional  :Shift to -z
  40     [-Tfactor            ] :Optional  :Consider T factor
  41     [-T[ factor ]lim[it] Tlim                (60        )] :Optional  :The atom will be neglected
  42     [-Centre             ] :Optional  :Filament-axis is x=0, y=0
  43     [-c[onfig]           configFile          (NULL      )] :Optional  :ConfigurationFile
  44     [-m[ode]             mode                (0         )] :Optional  :Mode
  45     [-C[ontour]          contourLevel        (0.0       )... ] :Variable  :ContourLevel
  46
  47
  48 Usage of pdbRhoFit:
  49     -ipdb   : Filename of pdb file of atomic model
  50     -imrc   : Filename of mrc file of contour map
  51     -omrc   : Filename of mrc file of fitting results
  52     -otxt   : Filename of text file of fitting results
  53     -opar   : Filename of text file of fitting results
  54     -opdb   : Filename of pdb file with a max score after fitting results
  55     -zmin   : Initial value of z (should <= zmax)
  56     -zmax   : Final value of z
  57     -zd     : Delta z for fitting (should >0)
  58     -phimin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
  59     -phimax : Final value of phi (should >0)
  60     -phid   : Delta phi for fitting (should >0)
  61     -C      : Contour level (variable and MUST be last option)
  62     -Inverse: Protein has high density on the image
  63     -Zminus : Atomic model shift to -z while fitting
  64     -Tfactor: Consider temperature factor
  65     -Tlim   : The atoms whose T factor is above Tlim will be neglected
  66     -Centre : Filament-axis is x=0, y=0
  67     -c      : Not used now
  68     -m   0 : Count the atom number inside the contour.
  69          1 : Add the densities of atoms.
  70 </PRE>
  71 </BODY>
  72 </HTML>