hostdepend/X86LINUX64ICC/include/lllDataFit.h

   1 /*
   2 # %M% %Y% %I%
   3 # The latest update : %G% at %U%
   4 #
   5 #%Z% lllDataFit.h ver %I%
   6 #%Z% Created by
   7 #%Z%
   8 #%Z% Usage : lllDataFit.h
   9 #%Z% Attention
  10 #%Z%
  11 */
  12 #ifndef LL_DATA_FIT_H
  13 #define LL_DATA_FIT_H
  14
  15 #include "llData.h"
  16 #include "ctfInfo.h"
  17
  18 /* contant begin */
  19 #define lllDataFitResidual (0x0f)
  20 #define PVALUE_MODE  (0x01)
  21 #define QVALUE_MODE  (0x02)
  22 #define RVALUE_MODE  (0x04)
  23 #define Q2VALUE_MODE (0x08)
  24
  25 #define lllDataFitFitProcess                (0xf0)
  26 #define lllDataFitFitProcessPrint           (0x10)
  27 #define lllDataFitFitProcessSameLLStructure (0x20)
  28 #define lllDataFitFitProcessMergedLL        (0x40)
  29 /* contant end */
  30
  31 /* struct begin */
  32 typedef struct llDataParaTypeRegion {
  33         llDataParaTypeReal Max;
  34         llDataParaTypeReal Min;
  35     llDataParaTypeReal Delta;
  36         llDataParaTypeReal Value;
  37 } llDataParaTypeRegion;
  38
  39 typedef struct llDataParamToFit {
  40     /* IntraMolecule Fit Parameters */
  41     llDataParaTypeRegion Omega;
  42     llDataParaTypeRegion x;   /* Axis Position */
  43     /* InterMolecule Fit Parameters */
  44     llDataParaTypeRegion  z;
  45     llDataParaTypeRegion  r;
  46     llDataParaTypeRegion  phi;
  47     llDataPole            Pole;
  48     /* Residue */
  49     llDataParaTypeReal   R;
  50     /* Control Parameters */
  51     llDataParaTypeInteger flagResolution;
  52     llDataParaTypeReal    Resolution;
  53
  54         int                        flagCTF;
  55         int                ctfCompensationMode;
  56         ctfInfo            CTF;
  57         llDataParaTypeReal ctfCutOff;
  58         int                flagllCTF;
  59         llData             llCTF;
  60
  61         int flagLLTable;
  62         llDataParaTypeInteger* llTable;
  63 } llDataParamToFit;
  64
  65 typedef struct llDataFittedParam {
  66     llDataParamToFit   Para;
  67         llDataParamToFit   PPara;
  68     llDataParamToFit   QPara;
  69     llDataParamToFit   Q2Para;
  70     llDataParamToFit   RPara;
  71         llDataParamToFit   PParaInv;
  72     llDataParamToFit   QParaInv;
  73     llDataParamToFit   Q2ParaInv;
  74     llDataParamToFit   RParaInv;
  75
  76         int flagFitFile;
  77         char* fitFileName;
  78         char* fitFileNameAnti;
  79 } llDataFittedParam;
  80 /* struct end */
  81
  82 #ifdef __cplusplus
  83 extern "C" {
  84 #endif
  85
  86 /* prototype begin */
  87
  88 /* in lllDataFit.c */
  89 extern void lllDataFitOfSeparatedLL(llData* ll1, llDataBoth* ll2, llDataFittedParam* p, long mode);
  90
  91 /* in lllDataFit.c */
  92 extern void lllDataFit(llData* ll1, llData* ll2, llDataFittedParam* p, long mode);
  93 extern void lllDataFitWithFile(llData* ll1, llData* ll2, llDataFittedParam* p, char* paramFileName, long mode);
  94
  95 /* in lllDataFit2.c */
  96 extern void lllDataFit2(llData* ll1, llData* ll2, llDataFittedParam* p, long mode);
  97
  98 /* in lllDataFitOut.c */
  99 extern void lllDataFitParamOutput(FILE* fpt, char* ref, char* dat, llDataFittedParam* para, long mode);
 100
 101
 102 /* in lllDataAxisSearch.c */
 103 extern void lllDataAxisSearch(llData* ll1, llData* ll2, llDataFittedParam* p, long mode);
 104 extern void lllDataAxisSearchWithFile(llData* ll1, llData* ll2, llDataFittedParam* p, char* paramFileName, long mode);
 105
 106 /* in lllDataAxisSearch2.c */
 107 extern void lllDataAxisSearch2(llData* ll1, llData* ll2, llDataFittedParam* p, long mode);
 108
 109 /* in llDataPhaseShift.c */
 110 extern void lllDataPhaseShiftInverse(llData* ll1, llData* ll2, llDataFittedParam* p);
 111 extern void lllDataPhaseShift(llData* ll1, llData* ll2, llDataFittedParam* p);
 112 extern void lllDataPhaseShiftIntra(llData* ll1, llData* ll2, llDataFittedParam* p);
 113 extern void lllDataPhaseShiftInter(llData* ll1, llData* ll2, llDataFittedParam* p);
 114
 115 /* in lllDataFitUtil.c */
 116 extern void lllDataFitllCTFSet(llData* ll, ctfInfo ctf, int mode);
 117 extern void lllDataNewFittedParameterSet(llDataParamToFit* param);
 118 extern void lllDataNewFittedParameterSet0(llDataParaTypeRegion* param);
 119 extern void lllDataFittedParameterSet(llDataParamToFit* param, llDataParamToFit* range);
 120 extern void lllDataFittedParameterSet0(llDataParaTypeRegion* param, llDataParaTypeRegion* region);
 121 extern void lllDataFittedParameterFree(llDataFittedParam* param);
 122 extern void lllDataFittedParameterFree0(llDataParamToFit* param);
 123
 124 /* prototype end */
 125
 126 /* struct begin */
 127 typedef struct lllDataFitPVMInfo {
 128         int* tids;
 129         int  numTask;
 130 } lllDataFitPVMInfo;
 131 /* struct end */
 132
 133 /* prototype begin */
 134
 135 extern void lllDataFitServerStart(lllDataFitPVMInfo* linfo, FILE* fpt, int numTask);
 136 extern void lllDataFitServerEnd(lllDataFitPVMInfo linfo);
 137
 138 extern void lllDataFitPVMStart(llData* llref, llData* llp, llDataFittedParam* p, int tid, long mode);
 139 extern void lllDataFitPVMEnd(llData* llref, llData* llp, llDataFittedParam* p, int tid, long mode);
 140 extern void lllDataFitPVMServer();
 141 extern void lllDataFitWithFilePVMStart(llData* llref, llData* llp, llDataFittedParam* p, char* filename, int tid, long mode);
 142 extern void lllDataFitWithFilePVMEnd(llData* llref, llData* llp, llDataFittedParam* p, char* filename, int tid, long mode);
 143
 144 extern void lllDataFittedParamSendByPVM(llDataFittedParam* p, int tid, int mode);
 145 extern void lllDataFittedParamRecieveByPVM(llDataFittedParam* p, int tid, int mode);
 146 extern void lllDataParamToFitSendByPVM(llDataParamToFit* p, int tid, int mode);
 147 extern void lllDataParamToFitSendByPVM2(llDataParamToFit* p, int tid, int mode);
 148 extern void lllDataParamToFitRecieveByPVM(llDataParamToFit* p, int tid, int mode);
 149 extern void lllDataParamToFitRecieveByPVM2(llDataParamToFit* p, int tid, int mode);
 150
 151
 152 extern void lllDataParaTypeRegionSendByPVM(llDataParaTypeRegion* p, int tid, int mode);
 153 extern void lllDataParaTypeRegionRecieveByPVM(llDataParaTypeRegion* p, int tid, int mode);
 154
 155 /* prototype end */
 156
 157 #ifdef __cplusplus
 158 };
 159 #endif
 160
 161 #endif /* LL_DATA_FIT_H */
 162