include/mrcRefUtil.h

   1 #ifndef MRC_REFUTIL_H
   2 #define MRC_REFUTIL_H
   3 /* type definition */
   4
   5 /* struct begin */
   6 typedef double mrcRefDegCoordinate;
   7
   8 typedef struct {
   9   mrcRefDegCoordinate ip;
  10   mrcRefDegCoordinate iw;
  11   mrcRefDegCoordinate ia;
  12   mrcRefDegCoordinate dp;
  13   mrcRefDegCoordinate dw;
  14   mrcRefDegCoordinate da;
  15   mrcRefDegCoordinate wp;
  16   mrcRefDegCoordinate ww;
  17   mrcRefDegCoordinate wa;
  18 } mrcRefHeader;
  19
  20 typedef struct {
  21   mrcRefDegCoordinate ip;
  22   mrcRefDegCoordinate iw;
  23   mrcRefDegCoordinate ia;
  24   mrcRefDegCoordinate dp;
  25   mrcRefDegCoordinate dw;
  26   mrcRefDegCoordinate da;
  27   mrcRefDegCoordinate wp;
  28   mrcRefDegCoordinate ww;
  29   mrcRefDegCoordinate wa;
  30   int mode;
  31 } mrcRefCorHeader;
  32
  33 #define mrcRefHeaderNumber 9;
  34
  35 typedef struct {
  36   mrcRefDegCoordinate ip;
  37   mrcRefDegCoordinate iw;
  38   mrcRefDegCoordinate ia;
  39   mrcRefDegCoordinate dp;
  40   mrcRefDegCoordinate dw;
  41   mrcRefDegCoordinate da;
  42   mrcRefDegCoordinate wp;
  43   mrcRefDegCoordinate ww;
  44   mrcRefDegCoordinate wa;
  45   double sy;
  46   double ey;
  47   double refsize;
  48   int inverse;
  49 } mrcpwzCorHeader;
  50
  51 /* struct end */
  52
  53 /* prototype begin */
  54 /* macros */
  55 #define surplus(a,b) (((a)/(b) > 0)?((a)-floor((a)/(b))*(b) ):((a)-floor((a)/(b)+1)*(b)))
  56 #define NormalDegree(p) (((p) > 0)?( ( surplus( ( (p)+180 ) ,360 )) - 180 ):( (surplus(((p)-180),360)) +180 ))
  57
  58 /* prototype */
  59
  60 /* in mrcRefUtil.c */
  61
  62 /* For General */
  63 void lRandShuffle(void);
  64
  65 /* For mrcImage Operation */
  66 double lmrcImageZ1Normalization(mrcImage* in ,int z);
  67 double lmrcImageNormalization(mrcImage* in ,int mode);
  68 void lmrcImageRectangleGet(mrcImage* out ,mrcImage* in ,int blx ,int bly ,int trx ,int try );
  69 void llmrcImageAdd(mrcImage* in1 ,mrcImage* in2);
  70 void llmrcImageSub(mrcImage*out ,mrcImage* in1 ,mrcImage* in2);
  71 void lmrcImageMultiplyingbyMrc(mrcImage* out ,mrcImage* in1 ,mrcImage* in2);
  72 void lmrcImageFTSetbyRArray(mrcImage* infft ,double** filterval ,int mode);
  73 double lmrcImageFTDataSetByRArray(double X ,double Y ,double Z ,double** filterval ,int mode);
  74 void lmrcImageMagnificationChange(mrcImage* out, mrcImage* in, double ratio);
  75 void lmrcImageCenterGet(mrcImage* out ,mrcImage* in ,int Nx ,int Ny ,int Nz ,float Cx ,float Cy ,float Cz ,int mode);
  76 void lmrcImageMultiplysingbyFile(mrcImage* in1 ,mrcImage* in2);
  77
  78 /* For mrcImage Statics */
  79 double lmrcImageStandardDeviation(mrcImage* in);
  80
  81 /* For Projection */
  82 void lmrcRefFilamentProjction(mrcImage* out, mrcImage* in, mrcRefDegCoordinate phi ,mrcRefDegCoordinate omega ,mrcRefDegCoordinate alpha ,int sizex ,int sizey );
  83 void lvec3mul(double* out ,double x ,double* in );
  84 void lvec3add(double* out ,double* in1 ,double* in2);
  85 void lvec3sub(double* out ,double* in1 ,double* in2);
  86 void lmrcPixelLiGet(mrcImage* mrc,
  87                     mrcImageParaTypeReal x,
  88                     mrcImageParaTypeReal y,
  89                     mrcImageParaTypeReal z,
  90                     double* data,
  91                     mrcPixelDataType mode,
  92                     mrcPixelDataHowToGet how);
  93 void lestimateradian(mrcRefDegCoordinate* lradian);
  94
  95 /* For Reference file Operation */
  96 void lmrc3DZ1Clear(mrcImage* in ,int z);
  97 void lmrcRefHeaderSet(mrcImage* out ,mrcRefHeader* in);
  98 void lmrcRefHeaderGet(mrcRefHeader* out ,mrcImage* in);
  99 void lmrc3DZ1ImgPut(mrcImage* out ,mrcImage* in ,int z);
 100 void lmrc3DZ1ImgGet(mrcImage* out ,mrcImage* in ,int z);
 101 void lmrc3DZ1FtPut(mrcImage* out ,mrcImage* in ,int Z);
 102 void lmrc3DZ1FtGet(mrcImage* out ,mrcImage* in ,int Z);
 103 double lmrcRef2DImgCorrelation(mrcImage* in1 ,mrcImage* in2 );
 104 void lmrcRefNormalization(mrcImage* in);
 105 int lmrcRefGetzCordinate(mrcRefDegCoordinate phi ,mrcRefDegCoordinate omega ,mrcRefDegCoordinate alpha ,mrcRefHeader* header);
 106 void lmrcRefGetdegreeCoordinate(mrcRefDegCoordinate* phi ,mrcRefDegCoordinate* omega ,mrcRefDegCoordinate* alpha ,int z ,mrcRefHeader* header);
 107
 108 /* For Reference statics */
 109 double lmrcRefSqrAverageZ1(mrcImage* in ,int z);
 110 double lmrcRefSqrAverage(mrcImage* in);
 111 double lmrcRefStandardDeviation(mrcImage* in);
 112 double lmrcRefVariationZ1(mrcImage* in ,int z);
 113
 114
 115 /* For Reference Correlation File Operation */
 116 void lmrcRefCorHeaderSet(mrcImage* out ,mrcRefCorHeader* in);
 117 void lmrcRefCorHeaderGet(mrcRefCorHeader* out ,mrcImage* in);
 118 double lmrcRefCorrelationGet(mrcImage* in ,mrcRefDegCoordinate p1 ,mrcRefDegCoordinate w1 ,mrcRefDegCoordinate a1 ,mrcRefDegCoordinate p2 ,mrcRefDegCoordinate w2 ,mrcRefDegCoordinate a2 ,mrcRefCorHeader* header);
 119 int lmrcRefCorrelationGetCordinate(mrcRefDegCoordinate phi ,mrcRefDegCoordinate omega ,mrcRefDegCoordinate alpha ,mrcRefCorHeader* header );
 120 void lmrcRefCorrelationGetRefxCordinate(mrcRefDegCoordinate* phi ,mrcRefDegCoordinate* omega ,mrcRefDegCoordinate* alpha ,int x ,mrcImage* in ,mrcRefCorHeader* header);
 121 void lmrcRefCorrelationGetRefyCordinate(mrcRefDegCoordinate* phi ,mrcRefDegCoordinate* omega ,mrcRefDegCoordinate* alpha ,int y ,mrcImage* in ,mrcRefCorHeader* header);
 122
 123 /* For pwz correlation file operation */
 124 void lmrcpwzCorHeaderSet(mrcImage* out ,mrcpwzCorHeader* in);
 125 void lmrcpwzCorHeaderGet(mrcpwzCorHeader* out ,mrcImage* in);
 126
 127
 128 /* in lmrcImageROInotChangeHeaderLength.c */
 129
 130 extern double lbilinearInterpolation(double* image,
 131                        unsigned long nx, unsigned long ny,
 132                        double x, double y);
 133
 134 extern double lcubicConvolutionInterpolation(double* image,
 135                                 unsigned long nx, unsigned long ny,
 136                                 double x, double y);
 137 extern double lpolyNominalInterpolation(double* image,
 138                                 unsigned long nx, unsigned long ny,
 139                                 double x, double y);
 140 extern void lpolyInitMatrix(double matrix[6][6], int m, int n);
 141 extern void lpolyInitVector(double vec[6], int m, int n, double* image, int nx, int ny);
 142 extern int lpolySolveMatrix(double matrix[6][6], double vec[6], double coefficient[6]);
 143
 144
 145 /* in mrcImageUtilityforVariance.c */
 146 void lmrcImageFilteringbyFileForVariance(mrcImage* out ,mrcImage* in ,double** filterval ,int mode);
 147
 148 /* in lmrcImageCorrelationinSpace.c */
 149 double lmrcImageCorrelationinSpace(mrcImage* in,mrcImage* ref,int mode);
 150 /* prototype end */
 151
 152 # endif /* MRC_REFUTIL_H */
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