src/Objects/DataManip/ctfInfo/src/ctffuncforbayes.h

   1 /*
   2 # ctffuncforbayes.h : $Revision$
   3 # $Date$
   4 # Created by $Author$
   5 # Usage : ctffuncforbayes.h
   6 # Attention
   7 #   $Loccker$
   8 #       $State$
   9 #
  10 */
  11 /* $Log$ */
  12
  13 #ifndef CTFFUNCFORBAYES_H
  14 #define CTFFUNCFORBAYES_H
  15
  16
  17 /* constant begin */
  18
  19
  20 /* constant end */
  21
  22 /* struct begin */
  23
  24 typedef struct ctfforbayes{
  25   int n;
  26   float* R;
  27   float rmax;
  28   float rmin;
  29   float* I;
  30   float* Ii;
  31 } ctfforbayes;
  32
  33 typedef enum intensityforbayesMode{
  34   normal = 0,
  35   logarithm  = 1,
  36 } intensityforbayesMode;
  37
  38
  39 typedef struct intensityforbayes{
  40   float* normI;
  41   float* logI;
  42   float* normII;
  43   float* logII;
  44
  45   int MTFmode;
  46   int Ainmode;
  47
  48   intensityforbayesMode mode;
  49
  50 } intensityforbayes;
  51
  52
  53 typedef enum xoflikelihoodforbayesMode{
  54   difference = 0,
  55   correlation = 1
  56 } xoflikelihoodforbayesMode;
  57
  58 typedef enum widthoflikelihoodforbayesMode{
  59   mean = 0,
  60   median = 1
  61 } widthoflikelihoodforbayesMode;
  62
  63 typedef enum defocuslikelihoodMode{
  64   lorentz = 0
  65 } defocuslikelihoodMode;
  66
  67
  68 typedef struct defocuslikelihoodforbayes{
  69   float** x;
  70   double* width;
  71
  72   xoflikelihoodforbayesMode mode0;
  73   widthoflikelihoodforbayesMode mode1;
  74   defocuslikelihoodMode mode2;
  75
  76 } defocuslikelihoodforbayes;
  77
  78 /* struct end */
  79
  80 #ifdef __cplusplus
  81 extern "C" {
  82 #endif
  83
  84 /* prototype begin */
  85
  86
  87 /* prototype end */
  88
  89 /* prototype begin */
  90 /*ctfforbayes.c*/
  91 extern void ctfforbayesInit(FILE* fpt, ctfforbayes* ctf, int mode);
  92 extern void intensityforbayesInit(intensityforbayes* intensity,int Inum, int MTFmode, int Ainmode, int mode);
  93 extern void intensitySet(ctfforbayes* ctf, intensityforbayes* intensity, int mode);
  94 extern void spatialfrequencyRead(FILE* fpt, ctfforbayes* ctf, float rmax, float rmin, int mode);
  95 extern void intensityRead(char* filename, intensityforbayes* intensity, int count, int mode);
  96
  97 extern void ctfFunctionforbayes(ctfforbayes* ctf, intensityforbayes* intensity, eosBayes* d, ctfInfo* info, defocuslikelihoodforbayes* l, int count, int mode);
  98 extern float ctfforbayesIntensityCalculation(float* parameter, float R, ctfInfo* info, int MTFmode, int Ainmode,  int mode);
  99 extern void ctfforbayesFree(ctfforbayes* ctf, intensityforbayes* intensity, defocuslikelihoodforbayes* likedihood, int numLikelihood);
 100
 101
 102   /*defocuslikelihood.c*/
 103 extern void defocusLikelihoodInit(defocuslikelihoodforbayes* l, eosBayes* d, int mode);
 104 extern void ctfforbayesXofLikelihoodCalculation(defocuslikelihoodforbayes* l, ctfforbayes* ctf, eosBayes* d, int* L, int count, int mode);
 105 extern void defocusLikelihood(defocuslikelihoodforbayes* l, ctfforbayes* ctf, eosBayes* d, int count, int mode);
 106 extern void ctfforBayesDifferenceCalculation(defocuslikelihoodforbayes* l, ctfforbayes* ctf, eosBayesDistribution* d, int numLikelihood, int* L, int count, int mode);
 107 extern void ctfforBayesMeanCalculation(defocuslikelihoodforbayes* l, eosBayesDistribution* d, int numLikelihood, int count, int mode);
 108 extern void defocusLikelihoodCalculationLorentz(defocuslikelihoodforbayes* l, eosBayesDistribution* d, int numLikelihood, int count, int mode);
 109
 110 /*ctfforbayescheck.c*/
 111 extern void ctfforbayescheckRvsValue(char* filename, float R,float value, int count);
 112 extern void ctfforbayescheckdifference(char* filename, defocuslikelihoodforbayes* l, eosBayesDistribution* d, int numLikelihood, int count, int mode);
 113 extern void ctfforbayescheckintensity(ctfforbayes ctf, eosBayesDistribution* d, int numLikelihood, int count, int mode);
 114 extern void ctfforbayescheckIntensityOfMaxPosterior(ctfforbayes ctf, eosBayesDistribution* d, int numDistribution, ctfInfo* info, int MTFmode, int Ainmode, int Intensitymode, int mode);
 115
 116 /* prototype end */
 117
 118 #ifdef __cplusplus
 119 };
 120 #endif
 121
 122 #endif  /* CTFFUNCFORBAYES_H */