src/Tools/mrcImage/mrcImagePrint/src/mrcImagePrint.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>mrcImagePrint</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>mrcImagePrint</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: mrcImagePrint
  10 Options:
  11     [-i[nput]            In                  (NULL      )] :Essential :InputImageFile
  12     [-o[utput]           Out                 (stdout    )] :Optional  :OutputImageFile
  13     [-H[ighThreshold]    thresHigh           (0.0       )] :Optional  :High Threshold
  14     [-L[owThreshold]     thresLow            (1.0       )] :Optional  :Low Threshold
  15     [-Section            section             (z         )] :Optional  :[z|x|y]Section: Def: z-section
  16     [-x[Section]         xMin                (0         )xMax                (0         )] :Optional  :x section
  17     [-y[Section]         yMin                (0         )yMax                (0         )] :Optional  :y section
  18     [-z[Section]         zMin                (0         )zMax                (0         )] :Optional  :z section
  19     [-S[cale]            Scale               (1.0       )] :Optional  :Scale(Centre is Bottom Left): -S 1 := 1 mm/pixel
  20     [-A[bsolute]S[cale]  AbScale             (1.0       )] :Optional  :Scale(Centre is Bottom Left): -AS 1 := 1 mm/A (Real) or 1 mm/A-1 (Fourier Space)
  21     [-E[nlarge]          Enlarge             (1.0       )] :Optional  :Enlargement(image center is center)
  22     [-center             cx                  (0.0/* in case of FT or N.x/2.0 in case of Image*/)cy                  (0.0/* in case of FT or N.y/2.0 in case of Image */)] :Optional  :Center of a printed image
  23     [-C[ontour]          contourLevel        (1.0       )... ] :Variable  :ContourLevel
  24     [-I[nverse]          ] :Optional  :Black is High Density.
  25     [-A[uto]             ] :Optional  :HighThres=Mean-SD, LowThres=Mean+SD
  26     [-AC[ontour]         AutoContour         (10        )] :Optional  :Auto Contour(thresHigh <-> mean)
  27     [-PC[ontour]         PeakContour         (10        )] :Optional  :Peak Contour(thresHigh <-> (mean+thresHigh)/2
  28     [-AC[ontour]2        AutoContour2        (10        )] :Optional  :Auto Contour2(thresHigh <-> thresLow)
  29     [-Y[expand]          Yexpand             (1         )] :Optional  :Y-axis expanding
  30     [-RGB                Red                 (0         )Green               (0         )Blue                (0         )] :Optional  :Contour Color Mode: RGB
  31     [-RGBGradient        RedFirst            (0         )GreenFirst          (0         )BlueFirst           (0         )RedLast             (0         )GreenLast           (0         )BlueLast            (0         )] :Optional  :Contour Color GradientMode: RGB
  32     [-HSB                Hue                 (0         )Saturation          (0         )Brightness          (0         )] :Optional  :Contour Color Mode: HSB
  33     [-HSBGradient        HueFirst            (0         )SaturationFirst     (0         )BrightnessFirst     (0         )HueLast             (0         )SaturationLast      (0         )BrightnessLast      (0         )] :Optional  :Contour Color GradientMode: HSB
  34     [-LineColourRGB      LineRed             (0         )LineGreen           (0         )LineBlue            (0         )] :Optional  :Contour Color Mode: RGB
  35     [-LineColourRGBGradientLineRedFirst        (0         )LineGreenFirst      (0         )LineBlueFirst       (0         )LineRedLast         (0         )LineGreenLast       (0         )LineBlueLast        (0         )] :Optional  :Contour Color GradientMode: RGB
  36     [-LineColourHSB      LineHue             (0         )LineSaturation      (0         )LineBrightness      (0         )] :Optional  :Contour Color Mode: HSB
  37     [-LineColourHSBGradientLineHueFirst        (0         )LineSaturationFirst (0         )LineBrightnessFirst (0         )LineHueLast         (0         )LineSaturationLast  (0         )LineBrightnessLast  (0         )] :Optional  :Contour Color GradientMode: HSB
  38     [-LineChange         LineColorChange     (0.1       )] :Optional  :Contour Color Change
  39     [-LineWidthStart     LineWidthStart      (0.1       )] :Optional  :Contour Line Width Step
  40     [-LineWidthStep      LineWidthStep       (0.05      )] :Optional  :Contour Line Width Step
  41     [-ReverseOrder       ] :Optional  :Reverse Print Order
  42     [-Untwist            untwist             (0.0       )] :Optional  :Untwist Angle [degree/A], example: (-13,28) = 0.4709576
  43     [-UpsideDown         ] :Optional  :Upside Down
  44     [-Centre             ] :Optional  :Image Centre is at the centre of paper.
  45     [-CircleRadius       CircleRadius        (0.5       )] :Optional  :Radius of circles in the case of imageCircles
  46     [-m[ode]             mode                (49        )] :Optional  :Mode
  47 ----- mode -----
  48                      1: ImageDensity
  49                      2: Contour(DiffrentLineWidth)
  50                      4: Contour(SameLineWidth)
  51                      8: BlackCircles
  52                     16: Scale
  53                     32: Centre Mark
  54                 16777216: Amplitude by AsciiFile
  55                 33554432: Log of Amplitude by AsciiFile
  56                 67108864: Phase by AsciiFile
  57 ----- Attention !! -----
  58                                 -C  option is stronger than -AC and -PC
  59                                 -PC option is stronger than -AC
  60                                         -AC: (i+1)*(max-maen)  /(AC+1) + mean
  61                                         -PC: (i  )*(max+mean)/2)/AC     + (max+mean)/2
  62 ----- Attention 2!! -----
  63                                 -AS option is stronger than -S option
  64                                 The default value of -AS option is ignored.
  65                                 The default value of -S option is used.
  66                                 Both options are applied to y-axis.
  67 </PRE>
  68 </BODY>
  69 </HTML>