src/Tools/pdbUtil/pdbShapeFit/src/pdbShapeFit.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>pdbShapeFit</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>pdbShapeFit</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: pdbShapeFit
  10 Options:
  11     [-i[nput]pdb[File]   InPDB               (NULL      )] :Essential :InputDataFile
  12     [-i[nput]mrc[File]   InMRC               (NULL      )] :Essential :InputDataFile
  13     [-C[ontour]          Contour             (0.0       )] :Essential :Contour
  14     [-C[ontour]M[ode]    ContourMode         (0         )] :Optional  :ContourMode: refer to mrcImageContourSurfaceCreate
  15     [-o[utput of ]mrc    OutMRC              (NULL      )] :Optional  :OutputDataFile
  16     [-o[utput of ]txt    OutTxt              (stdout    )] :Optional  :OutputDataFile
  17     [-o[utput of ]pdb    OutPDB              (NULL      )] :Optional  :OutputDataFile
  18     [-xmin               xmin                (0         )] :Optional  :xmin for fitting
  19     [-xmax               xmax                (0         )] :Optional  :xmax for fitting
  20     [-xd[elta]           xDelta              (1         )] :Optional  :delta x for fitting
  21     [-ymin               ymin                (0         )] :Optional  :ymin for fitting
  22     [-ymax               ymax                (0         )] :Optional  :ymax for fitting
  23     [-yd[elta]           yDelta              (1         )] :Optional  :delta y for fitting
  24     [-zmin               zmin                (0         )] :Optional  :zmin for fitting
  25     [-zmax               zmax                (82        )] :Optional  :zmax for fitting
  26     [-zd[elta]           zDelta              (1         )] :Optional  :delta z for fitting
  27     [-E[uler]A[ngle]     EulerAngle          (ZOYS      )] :Optional  :Euler Angle for three-angle
  28     [-phimin             phimin              (0         )] :Optional  :phimin for fitting(degree)
  29     [-phimax             phimax              (194       )] :Optional  :phimax for fitting(degree)
  30     [-phid[elta]         phiDelta            (2         )] :Optional  :delta phi for fitting(degree)
  31     [-psimin             psimin              (0         )] :Optional  :psimin for fitting(degree)
  32     [-psimax             psimax              (0         )] :Optional  :psimax for fitting(degree)
  33     [-psid[elta]         psiDelta            (2         )] :Optional  :delta psi for fitting(degree)
  34     [-thetamin           thetamin            (0         )] :Optional  :thetamin for fitting(degree)
  35     [-thetamax           thetamax            (0         )] :Optional  :thetamax for fitting(degree)
  36     [-thetad[elta]       thetaDelta          (2         )] :Optional  :delta theta for fitting(degree)
  37     [-P[DB]C[ontour]M[ode]surfaceMode         (0         )] :Optional  :PDB SurfaceMode: refer to pdbSurface
  38     [-order              order               (1.7       )] :Optional  :order: refer to pdbSurface
  39     [-refine             refine              (2         )] :Optional  :refine: refer to pdbSurface
  40     [-size               size                (3         )] :Optional  :size: refer to pdbSurface
  41     [-weight             weight              (100       )] :Optional  :weight: refer to pdbSurface
  42     [-mergin             mergin              (3.0       )] :Optional  :mergin: refer to pdbSurface
  43     [-thres              thresHold           (0.0       )] :Optional  :threshold: refer to pdbSurface
  44     [-I[nverse]          ] :Optional  :Black is High Density.
  45     [-Centre             ] :Optional  :Filament-axis is x=0, y=0
  46     [-c[onfig]           configFile          (NULL      )] :Optional  :ConfigurationFile
  47     [-m[ode]             mode                (0         )] :Optional  :Mode
  48 ----- Additional Usage -----
  49     -ipdb   : Filename : An atomic model to be fitted (PDB)
  50     -imrc   : Filename : 3-D density map (mrc-formated)
  51     -omrc   : Filename : fitting score map (MRC)
  52                          z=0: a max-score map of an phi-z plane which includes a max score point.
  53                               The max score mean a maximum score in all x-y-psi-theta plane with specific values of phi and z.
  54                          z=1: a max-score map of an psi-theta plane which includes a max score point.
  55                               The max score mean a maximum score in all x-y plane with specific values of psi, theta, phi and z.
  56                          z=2: a score map of an x-y plane which includes a max score point.
  57     -otxt   : Filename : fitting results (Text)
  58     -opdb   : Filename : An atomic model with a maximum score after fitting
  59     -x|y|zmin   : Initial value of z (should <= zmax)
  60     -x|y|zmax   : Final   value of z
  61     -x|y|zd     : Delta z for fitting (should !=0)
  62     -phi|psi|thetamin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
  63     -phi|psi|thetamax : Final value of phi  (should !=0)
  64     -phi|psi|thetad   : Delta phi for fitting (should >0)
  65     -C      : Contour level of map file
  66     -Inverse: Protein has high density on the image
  67     -Centre : Filament-axis in an inPDBFile is along the line of x=0, y=0
  68     -EA     : Euler Angle Set : ZOYS: z -> y -> x
  69     -c      : Not used now
  70     -m   0 : Count the atom number inside the contour.
  71 </PRE>
  72 </BODY>
  73 </HTML>