src/Tools/rec3d/commonLinesSearchByVoting/src/commonLinesSearchByVoting.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>commonLinesSearchByVoting</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>commonLinesSearchByVoting</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: commonLinesSearchByVoting
  10 Options:
  11     [-i[nput]            In                  (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :InputCorrelationMapList
  12     [-i[nput]c[ommonLines]InC                 (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :InputCommonLinesList
  13     [-i[nput]c[orrect]c[ommonLines]InCC                (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :InputCorrectCommonLinesList
  14     [-o[utput]           Out                 (NULL      ).as(outFile             ) ] :Essential :OutputFilteredCommonLinesList
  15     [-o[utput]a[ll]      OutA                (NULL      ).as(outFile             ) ] :Optional  :OutputAllCommonLinesList
  16     [-o[utput]d[etecting]r[ate]OutDR               (NULL      ).as(outFile             ) ] :Optional  :OutputDetectingRate
  17     [-o[utput]d[etecting]r[ate]a[ll]OutDRA              (NULL      ).as(outFile             ) ] :Optional  :OutputDetectingRateALL
  18     [-o[utput]p[eaks]h[istgram]OutPH               (NULL      ).as(outFile             ) ] :Optional  :OutputPeaksHistgram
  19     [-e[stimation]n[umber]en                  (1         ).as(Integer             ) ] :Optional  :EstimationNumber
  20     [-th[resholdLevel]   th                  (1         ).as(Integer             ) ] :Optional  :ThresholdLevel
  21     [-histgramCreate[Flag]                                                          ] :Optional  :HistgramCreateFlag
  22     [-extend[VotingFlag]                                                           ] :Optional  :ExtendVotingFlag
  23     [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
  24     [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
  25 ----- Additional Usage -----
  26 Common lines are filtered only top G*100/sqrt(N) %, where N is the number of projections.
  27 -extend Option
  28     Execute extended voting.
  29 -m Option
  30     0: normal
  31     1: self voting (each angle histgram peak is multiplyed by its correlation value)
  32 -th Option
  33     :
  34    -1: G = 2^(-1)
  35     0: G = 2^0
  36     1: G = 2^1
  37     2: G = 2^2
  38     :
  39 -en Option
  40     Estimation number of common line in a map.
  41     Running time is proportional to this number.
  42     Default; 1: the largest value in a correlation map is detected as common line.
  43 MapList Format
  44     numOfProjection1 numOfProjection2 mapFileName
  45            :                :              :
  46 CLinesList Format
  47     numOfProjection1 numOfProjection2 [ degOfProjection1 degOfProjection2 degDiff cor ] mapFileName
  48            :                :                 :                :            :      :         :
  49 Voting Algorithm by Amit Singer et al (2010),
  50 "Detecting consistent common lines in cryo-EM by voting " (doi:10.1016/j.jsb.2009.11.003)
  51 ----------------------------
  52 </PRE>
  53 </BODY>
  54 </HTML>