src/test/java/org/xerial/lens/LensTest.java

   1 /*--------------------------------------------------------------------------
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  15  *--------------------------------------------------------------------------*/
  16 //--------------------------------------
  17 // XerialJ
  18 //
  19 // LensTest.java
  20 // Since: Feb 23, 2009 6:02:27 PM
  21 //
  22 // $URL$
  23 // $Author$
  24 //--------------------------------------
  25 package org.xerial.lens;
  26
  27 import static org.junit.Assert.assertEquals;
  28 import static org.junit.Assert.assertNotNull;
  29
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.List;
  33 import java.util.Map;
  34
  35 import org.junit.After;
  36 import org.junit.Before;
  37 import org.junit.Test;
  38 import org.xerial.core.XerialException;
  39 import org.xerial.silk.SilkUtilTest;
  40 import org.xerial.util.FileResource;
  41 import org.xerial.util.Pair;
  42 import org.xerial.util.log.Logger;
  43
  44 public class LensTest
  45 {
  46     private static Logger _logger = Logger.getLogger(LensTest.class);
  47
  48     @Before
  49     public void setUp() throws Exception
  50     {}
  51
  52     @After
  53     public void tearDown() throws Exception
  54     {}
  55
  56     static class GeneTableOneToMany
  57     {
  58         public String trackName;
  59         public Map<Coordinate, List<Gene>> sequenceTable;
  60     }
  61
  62     /**
  63      * Example of showing that adder with two arguments corresponds to a
  64      * Map<Key, Collection<Value>> parameter.
  65      *
  66      * @author leo
  67      *
  68      */
  69     static class GeneTableWithMapAdder
  70     {
  71         private Map<Coordinate, List<Gene>> sequenceTable;
  72
  73         @OneToMany(key = "coordinate", value = "gene")
  74         public void add(Coordinate coordinate, Gene gene)
  75         {
  76             List<Gene> geneList = sequenceTable.get(coordinate);
  77             if (geneList == null)
  78             {
  79                 geneList = new ArrayList<Gene>();
  80                 sequenceTable.put(coordinate, geneList);
  81             }
  82             geneList.add(gene);
  83         }
  84     }
  85
  86     static class GeneTableOneToOne
  87     {
  88         public List<Pair<Coordinate, Gene>> geneList;
  89     }
  90
  91     static class GeneTableOneToOneWithAdder
  92     {
  93         public List<Pair<Coordinate, Gene>> geneList;
  94
  95         @OneToMany(key = "coordinate", value = "gene")
  96         public void add(Coordinate coordinate, Gene gene)
  97         {
  98             geneList.add(Pair.newPair(coordinate, gene));
  99         }
 100     }
 101
 102     static class Gene
 103     {
 104         private String name;
 105         private long start;
 106         private String strand;
 107         private String sequence;
 108     }
 109
 110     @Test
 111     public void testTranslateSilk() throws IOException, XerialException
 112     {
 113         GeneTableOneToMany g = Lens.translateSilk(FileResource.find(LensTest.class, "../silk/sequence.silk"),
 114                 GeneTableOneToMany.class);
 115
 116         assertNotNull(g);
 117         assertEquals(2, g.sequenceTable.size());
 118
 119     }
 120
 121     @Test
 122     public void testMapping() throws Exception
 123     {
 124         Coordinate c = Lens.translateSilk(FileResource.find(SilkUtilTest.class, "../silk/sequence.silk"),
 125                 Coordinate.class);
 126         _logger.info(c);
 127         assertNotNull(c);
 128         assertEquals("utgb", c.group);
 129         assertEquals("human", c.species);
 130         assertEquals("hg18", c.revision);
 131         assertEquals("chr1", c.name);
 132
 133     }
 134 }