src/test/java/org/xerial/lens/ObjectMapperTest.java

   1 /*--------------------------------------------------------------------------
   2  *  Copyright 2009 Taro L. Saito
   3  *
   4  *  Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
   5  *  you may not use this file except in compliance with the License.
   6  *  You may obtain a copy of the License at
   7  *
   8  *     http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
   9  *
  10  *  Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
  11  *  distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
  12  *  WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
  13  *  See the License for the specific language governing permissions and
  14  *  limitations under the License.
  15  *--------------------------------------------------------------------------*/
  16 //--------------------------------------
  17 // XerialJ
  18 //
  19 // ObjectMapperTest.java
  20 // Since: May 19, 2009 1:33:50 PM
  21 //
  22 // $URL$
  23 // $Author$
  24 //--------------------------------------
  25 package org.xerial.lens;
  26
  27 import static org.junit.Assert.*;
  28
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.List;
  31 import java.util.Map;
  32
  33 import org.junit.After;
  34 import org.junit.Before;
  35 import org.junit.Test;
  36 import org.xerial.lens.LensTest.Gene;
  37 import org.xerial.lens.ObjectLensTest.PropReader;
  38 import org.xerial.silk.SilkParser;
  39 import org.xerial.util.FileResource;
  40 import org.xerial.util.log.Logger;
  41
  42 public class ObjectMapperTest {
  43     private static Logger _logger = Logger.getLogger(ObjectMapperTest.class);
  44
  45     @Before
  46     public void setUp() throws Exception {}
  47
  48     @After
  49     public void tearDown() throws Exception {}
  50
  51     public static class CoordinateData {
  52         public String group;
  53         public String name;
  54         public String species;
  55         public String revision;
  56
  57         @Override
  58         public String toString() {
  59             return String.format("group=%s, name=%s, species=%s, revision=%s", group, name,
  60                     species, revision);
  61         }
  62
  63     }
  64
  65     // query: (gene, name, start, end, strand)
  66     public static class GeneData {
  67         public final int id;
  68         public final String name;
  69         public final long start;
  70         public final long end;
  71         public final String strand;
  72
  73         private StringBuilder sequence = new StringBuilder();
  74
  75         public GeneData(int id, String name, long start, long end, String strand) {
  76             this.id = id;
  77             this.name = name;
  78             this.start = start;
  79             this.end = end;
  80             this.strand = strand;
  81         }
  82
  83         public void appendSequence(String seq) {
  84             sequence.append(seq);
  85         }
  86
  87         @Override
  88         public String toString() {
  89             return String.format("id=%d, name=%s, start=%s, end=%s, strand=%s, sequence=%s", id,
  90                     name, start, end, strand, sequence.toString());
  91         }
  92     }
  93
  94     public static class GeneDB {
  95         public final String description;
  96
  97         public GeneDB(String description) {
  98             this.description = description;
  99         }
 100
 101         public void addCoordinate_Gene(CoordinateData c, GeneData g) {
 102             _logger.debug(String.format("c(%s), g(%s)", c, g));
 103         }
 104
 105         public void addCoordinate(CoordinateData c) {
 106             _logger.debug(c);
 107         }
 108
 109         public void addGene(GeneData g) {
 110             _logger.debug(g);
 111         }
 112
 113     }
 114
 115     @Test
 116     public void map() throws Exception {
 117         ObjectMapper mapper = new ObjectMapper(GeneDB.class);
 118         GeneDB gdb = mapper.map(GeneDB.class, new SilkParser(FileResource.find(
 119                 ObjectMapperTest.class, "gene.silk")));
 120
 121         assertEquals("gene data", gdb.description);
 122     }
 123
 124     public static enum MARK {
 125         SPADE, HEART, CLOVER, DIAMOND
 126     }
 127
 128     public static class EnumData {
 129         public List<MARK> mark;
 130     }
 131
 132     @Test
 133     public void enumBind() throws Exception {
 134         EnumData ret = Lens.loadSilk(EnumData.class, FileResource.find(ObjectMapperTest.class,
 135                 "enum.silk"));
 136         assertEquals(6, ret.mark.size());
 137
 138     }
 139
 140     public static class Read {
 141         public long viewstart;
 142         public long viewend;
 143     }
 144
 145     @Test
 146     public void primitiveTypeBind() throws Exception {
 147         Read r = Lens.loadSilk(Read.class, FileResource.find(ObjectMapperTest.class, "long.silk"));
 148         assertEquals(1721L, r.viewstart);
 149         assertEquals(2871L, r.viewend);
 150     }
 151
 152     public static class MyGene extends Gene {
 153
 154     }
 155
 156     public static class Rename {
 157         ArrayList<MyGene> genes = new ArrayList<MyGene>();
 158
 159         public void addCoordinate_Gene(Coordinate c, MyGene g) {
 160             genes.add(g);
 161         }
 162
 163     }
 164
 165     @Test
 166     public void rename() throws Exception {
 167         Rename r = Lens.loadSilk(Rename.class, FileResource.find(ObjectMapperTest.class,
 168                 "gene.silk"));
 169         assertEquals(2, r.genes.size());
 170
 171     }
 172
 173     @Test
 174     public void property() throws Exception {
 175         PropReader p = Lens.loadSilk(PropReader.class, FileResource.open(ObjectMapperTest.class,
 176                 "property.silk"));
 177
 178         assertEquals(2, p.prop.size());
 179         assertEquals("hello", p.prop.get("db.name"));
 180         assertEquals("sqlite", p.prop.get("db.type"));
 181     }
 182
 183     public static class MapField {
 184         public Map<Integer, String> id_name;
 185     }
 186
 187     @Test
 188     public void mapPutter() throws Exception {
 189         MapField m = Lens.loadSilk(MapField.class, FileResource.open(ObjectMapperTest.class,
 190                 "map.silk"));
 191         assertNotNull(m.id_name);
 192         assertEquals(2, m.id_name.size());
 193         String n1 = m.id_name.get(1);
 194         String n2 = m.id_name.get(2);
 195         assertEquals("leo", n1);
 196         assertEquals("yui", n2);
 197     }
 198
 199     public static class Person {
 200         public int id;
 201         public String name;
 202
 203         @Override
 204         public String toString() {
 205             return Lens.toJSON(this);
 206         }
 207     }
 208
 209     public static class ClassRoom {
 210         public String name;
 211
 212         @Override
 213         public String toString() {
 214             return Lens.toJSON(this);
 215         }
 216     }
 217
 218     public static class ComplexMapField {
 219         public Map<Person, ClassRoom> classes;
 220     }
 221
 222     @Test
 223     public void complexMapField() throws Exception {
 224         ComplexMapField m = Lens.loadSilk(ComplexMapField.class, FileResource.open(
 225                 ObjectMapperTest.class, "map2.silk"));
 226         assertEquals(2, m.classes.size());
 227
 228         _logger.debug(Lens.toJSON(m.classes));
 229     }
 230 }