src/test/java/org/xerial/silk/schema/SilkSchemaTest.java

   1 /*--------------------------------------------------------------------------\r
   2  *  Copyright 2009 Taro L. Saito\r
   3  *\r
   4  *  Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");\r
   5  *  you may not use this file except in compliance with the License.\r
   6  *  You may obtain a copy of the License at\r
   7  *\r
   8  *     http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0\r
   9  *\r
  10  *  Unless required by applicable law or agreed to in writing, software\r
  11  *  distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,\r
  12  *  WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.\r
  13  *  See the License for the specific language governing permissions and\r
  14  *  limitations under the License.\r
  15  *--------------------------------------------------------------------------*/\r
  16 //--------------------------------------j\r
  17 // XerialJ\r
  18 //\r
  19 // SilkSchemaTest.java\r
  20 // Since: Jul 3, 2009 3:31:38 PM\r
  21 //\r
  22 // $URL$\r
  23 // $Author$\r
  24 //--------------------------------------\r
  25 package org.xerial.silk.schema;\r
  26 \r
  27 import static org.junit.Assert.*;\r
  28 \r
  29 import org.junit.After;\r
  30 import org.junit.Before;\r
  31 import org.junit.Test;\r
  32 import org.xerial.lens.Lens;\r
  33 import org.xerial.lens.relation.Node;\r
  34 import org.xerial.lens.relation.query.AmoebaJoinHandlerBase;\r
  35 import org.xerial.lens.relation.query.QuerySet;\r
  36 import org.xerial.lens.relation.query.StreamAmoebaJoin;\r
  37 import org.xerial.lens.relation.schema.Schema;\r
  38 import org.xerial.silk.SilkParser;\r
  39 import org.xerial.util.FileResource;\r
  40 import org.xerial.util.log.Logger;\r
  41 \r
  42 public class SilkSchemaTest {\r
  43 \r
  44     private static Logger _logger = Logger.getLogger(SilkSchemaTest.class);\r
  45 \r
  46     @Before\r
  47     public void setUp() throws Exception {}\r
  48 \r
  49     @After\r
  50     public void tearDown() throws Exception {}\r
  51 \r
  52     @Test\r
  53     public void parse() throws Exception {\r
  54         SilkSchema schema = SilkSchema\r
  55                 .parse(FileResource.open(SilkSchemaTest.class, "schema.silk"));\r
  56 \r
  57         // confirm module\r
  58         SilkModule globalModule = schema.globalModule;\r
  59         assertNotNull(globalModule.module);\r
  60         assertEquals(1, globalModule.module.size());\r
  61         SilkModule m = globalModule.module.get(0);\r
  62         assertEquals("org.utgenome", m.name);\r
  63 \r
  64         // confirm classes\r
  65 \r
  66         assertNotNull(m.classDef);\r
  67         assertEquals(7, m.classDef.size());\r
  68         for (SilkClass c : m.classDef) {\r
  69             if (c.name.equals("Coordinate")) {\r
  70                 assertNull(c.belongsTo);\r
  71             }\r
  72             else if (c.name.equals("Locus")) {\r
  73                 assertEquals("Coordinate", c.belongsTo);\r
  74             }\r
  75             else if (c.name.equals("Gene")) {\r
  76 \r
  77             }\r
  78             else if (c.name.equals("Exon")) {\r
  79                 assertEquals("Gene", c.belongsTo);\r
  80             }\r
  81             else if (c.name.equals("CDS")) {\r
  82                 assertEquals("Gene", c.belongsTo);\r
  83             }\r
  84             else if (c.name.equals("Reference")) {\r
  85 \r
  86             }\r
  87             else if (c.name.equals("Read")) {\r
  88                 assertEquals("Reference", c.belongsTo);\r
  89             }\r
  90 \r
  91         }\r
  92 \r
  93         // confirm relation\r
  94         //        assertNotNull(schema.relation);\r
  95         //        assertEquals(1, schema.relation.size());\r
  96         //        SilkRelation r = schema.relation.get(0);\r
  97         //        assertEquals("Alignment", r.name);\r
  98         //        assertEquals(2, r.attribute.size());\r
  99 \r
 100         _logger.info(Lens.toSilk(schema));\r
 101 \r
 102         //_logger.info(schema.toGraphviz());\r
 103 \r
 104     }\r
 105 \r
 106     @Test\r
 107     public void buildQuery() throws Exception {\r
 108 \r
 109         SilkSchema schema = SilkSchema.parse(FileResource.open(SilkSchemaTest.class, "read.silk"));\r
 110 \r
 111         _logger.info(Lens.toSilk(schema));\r
 112 \r
 113         QuerySet qs = schema.buildAmoebaJoinQuery();\r
 114 \r
 115         _logger.info(qs);\r
 116 \r
 117         StreamAmoebaJoin aj = new StreamAmoebaJoin(qs, new AmoebaJoinHandlerBase() {\r
 118 \r
 119             public void leaveNode(Schema schema, Node node) throws Exception {\r
 120                 _logger.trace(String.format("leave %s in %s", node, schema));\r
 121             }\r
 122 \r
 123             public void newAmoeba(Schema schema, Node coreNode, Node attributeNode)\r
 124                     throws Exception {\r
 125                 _logger.trace(String.format("amoeba (%s, %s)", coreNode, attributeNode));\r
 126             }\r
 127 \r
 128             public void text(Schema schema, Node coreNode, Node textNode, String text)\r
 129                     throws Exception {\r
 130                 _logger.trace(String.format("text (%s, %s:%s)", coreNode, textNode, text));\r
 131             }\r
 132         });\r
 133 \r
 134         aj.sweep(new SilkParser(FileResource.open(SilkSchemaTest.class, "../scaffold5001.silk")));\r
 135 \r
 136     }\r
 137 \r
 138 }\r