OSDN Git Service

For consistency
authorTakuo Yasunaga <yasunaga@bio.kyutech.ac.jp>
Sat, 15 Jun 2013 00:22:16 +0000 (09:22 +0900)
committerTakuo Yasunaga <yasunaga@bio.kyutech.ac.jp>
Sat, 15 Jun 2013 00:22:16 +0000 (09:22 +0900)
hostdepend/ALPHALINUX5/util/ALPHALINUX5/include/GL/foomesa.h
hostdepend/HP/util/HP/include/GL/foomesa.h
hostdepend/HP/util/HP/man/mann/safe.n
hostdepend/I386LINUX/src/Tools/pdbUtil/pdbRhoFit/src/I386LINUX/pdbRhofit
hostdepend/X86LINUX64/util/X86LINUX64/share/ri/1.9.1/system/REXML/Parsers/XPathParser/predicate-i.ri
include/eos.h [changed mode: 0644->0755]
lib/pdbFile.rb
src/Tools/llData/llDataAverage/src/test/all.out

index 4c8f0df..2b6fcb5 100755 (executable)
@@ -1,9 +1,9 @@
-/* $Id: foomesa.h,v 1.1.1.1 2002/02/01 06:35:43 tacyas Exp $ */
+/* $Id: FooMesa.h,v 1.1.1.1 2002/02/01 06:35:42 tacyas Exp $ */
 
 /*
  * Mesa 3-D graphics library
- * Version:  3.0
- * Copyright (C) 1995-1998  Brian Paul
+ * Version:  2.2
+ * Copyright (C) 1995-1997  Brian Paul
  *
  * This library is free software; you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU Library General Public
 
 
 /*
- * $Log: foomesa.h,v $
- * Revision 1.1.1.1  2002/02/01 06:35:43  tacyas
+ * $Log: FooMesa.h,v $
+ * Revision 1.1.1.1  2002/02/01 06:35:42  tacyas
  * Initail Import Into CVS
  *
- * Revision 1.1  1998/06/02 01:34:18  brianp
+ * Revision 1.2  1997/02/03 20:03:20  brianp
+ * patches for BeOS
+ *
+ * Revision 1.1  1996/09/15 14:30:09  brianp
  * Initial revision
  *
  */
@@ -62,7 +65,7 @@ extern void FooMesaDestroyVisual( FooMesaVisual visual );
 
 
 extern FooMesaBuffer FooMesaCreateBuffer( FooMesaVisual visual,
-                                          void *your_window_id );
+                                          int /* your window id */ );
 
 extern void FooMesaDestroyBuffer( FooMesaBuffer buffer );
 
@@ -87,3 +90,4 @@ extern void FooMesaSwapBuffers( FooMesaBuffer buffer );
 #endif
 
 #endif
+
index bb89408..b3e12e0 100755 (executable)
@@ -1,9 +1,9 @@
-/* $Id: foomesa.h,v 1.1.1.1 2002/02/01 06:33:25 tacyas Exp $ */
+/* $Id: FooMesa.h,v 1.1.1.1 2002/02/01 06:33:24 tacyas Exp $ */
 
 /*
  * Mesa 3-D graphics library
- * Version:  3.0
- * Copyright (C) 1995-1998  Brian Paul
+ * Version:  2.2
+ * Copyright (C) 1995-1997  Brian Paul
  *
  * This library is free software; you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU Library General Public
 
 
 /*
- * $Log: foomesa.h,v $
- * Revision 1.1.1.1  2002/02/01 06:33:25  tacyas
+ * $Log: FooMesa.h,v $
+ * Revision 1.1.1.1  2002/02/01 06:33:24  tacyas
  * Initail Import Into CVS
  *
- * Revision 1.1  1998/06/02 01:34:18  brianp
+ * Revision 1.2  1997/02/03 20:03:20  brianp
+ * patches for BeOS
+ *
+ * Revision 1.1  1996/09/15 14:30:09  brianp
  * Initial revision
  *
  */
@@ -62,7 +65,7 @@ extern void FooMesaDestroyVisual( FooMesaVisual visual );
 
 
 extern FooMesaBuffer FooMesaCreateBuffer( FooMesaVisual visual,
-                                          void *your_window_id );
+                                          int /* your window id */ );
 
 extern void FooMesaDestroyBuffer( FooMesaBuffer buffer );
 
@@ -87,3 +90,4 @@ extern void FooMesaSwapBuffers( FooMesaBuffer buffer );
 #endif
 
 #endif
+
index cd50765..9664772 100755 (executable)
@@ -4,7 +4,7 @@
 '\" See the file "license.terms" for information on usage and redistribution
 '\" of this file, and for a DISCLAIMER OF ALL WARRANTIES.
 '\" 
-'\" RCS: @(#) $Id: safe.n,v 1.3 1999/04/16 00:46:36 stanton Exp $
+'\" SCCS: @(#) safe.n 1.11 97/10/31 12:51:13
 '\" 
 '\" The definitions below are for supplemental macros used in Tcl/Tk
 '\" manual entries.
@@ -67,7 +67,7 @@
 '\" .UL arg1 arg2
 '\"    Print arg1 underlined, then print arg2 normally.
 '\"
-'\" RCS: @(#) $Id: man.macros,v 1.3 1999/04/16 00:46:35 stanton Exp $
+'\" SCCS: @(#) man.macros 1.9 97/08/22 18:50:59
 '\"
 '\"    # Set up traps and other miscellaneous stuff for Tcl/Tk man pages.
 .if t .wh -1.3i ^B
@@ -80,8 +80,8 @@
 .   ie !"\\$2"" .TP \\n()Cu
 .   el          .TP 15
 .\}
-.ta \\n()Au \\n()Bu
 .ie !"\\$3"" \{\
+.ta \\n()Au \\n()Bu
 \&\\$1 \\fI\\$2\\fP    (\\$3)
 .\".b
 .\}
@@ -246,8 +246,9 @@ Database Class:     \\fB\\$3\\fR
 .BS
 '\" Note:  do not modify the .SH NAME line immediately below!
 .SH NAME
-Safe\ Base \- A mechanism for creating and manipulating safe interpreters.
+Safe Base \- A mechanism for creating and manipulating safe interpreters.
 .SH SYNOPSIS
+.PP
 \fB::safe::interpCreate\fR ?\fIslave\fR? ?\fIoptions...\fR?
 .sp
 \fB::safe::interpInit\fR \fIslave\fR ?\fIoptions...\fR?
@@ -284,7 +285,7 @@ hosting application to any party.
 .PP
 The Safe Base allows a master interpreter to create safe, restricted
 interpreters that contain a set of predefined aliases for the \fBsource\fR,
-\fBload\fR, \fBfile\fR, \fBencoding\fR, and \fBexit\fR commands and
+\fBload\fR, \fBfile\fR and \fBexit\fR commands and
 are able to use the auto-loading and package mechanisms.
 .PP
 No knowledge of the file system structure is leaked to the
@@ -480,12 +481,6 @@ the \fBfile\fR command; it allows only \fBdirname\fR, \fBjoin\fR,
 subcommands. For more details on what these subcommands do see the manual
 page for the \fBfile\fR command.
 .TP
-\fBencoding\fR ?\fIsubCmd args...\fR?
-The \fBenconding\fR alias provides access to a safe subset of the
-subcommands of the \fBencoding\fR command;  it disallows setting of
-the system encoding, but allows all other subcommands including
-\fBsystem\fR to check the current encoding.
-.TP
 \fBexit\fR
 The calling interpreter is deleted and its computation is stopped, but the
 Tcl process in which this interpreter exists is not terminated.
@@ -502,9 +497,9 @@ is to prevent.
 .PP
 The commands available in a safe interpreter, in addition to
 the safe set as defined in \fBinterp\fR manual page, are mediated aliases
-for \fBsource\fR, \fBload\fR, \fBexit\fR, and safe subsets of
-\fBfile\fR and \fBencoding\fR. The safe interpreter can also auto-load
-code and it can request that packages be loaded.
+for \fBsource\fR, \fBload\fR, \fBexit\fR, and a safe subset of \fBfile\fR.
+The safe interpreter can also auto-load code and it can request that
+packages be loaded.
 .PP
 Because some of these commands access the local file system, there is a
 potential for information leakage about its directory structure.
index 9be8659..03f7062 100755 (executable)
Binary files a/hostdepend/I386LINUX/src/Tools/pdbUtil/pdbRhoFit/src/I386LINUX/pdbRhofit and b/hostdepend/I386LINUX/src/Tools/pdbUtil/pdbRhoFit/src/I386LINUX/pdbRhofit differ
index a4893c6..9247087 100644 (file)
Binary files a/hostdepend/X86LINUX64/util/X86LINUX64/share/ri/1.9.1/system/REXML/Parsers/XPathParser/predicate-i.ri and b/hostdepend/X86LINUX64/util/X86LINUX64/share/ri/1.9.1/system/REXML/Parsers/XPathParser/predicate-i.ri differ
old mode 100644 (file)
new mode 100755 (executable)
index 4b3f07b..1623452 100644 (file)
@@ -4,27 +4,28 @@ require 'molvie'
 require "tk"
 
 class PdbFile
-       def file_read
-               puts"ok"
-               info= MolvieRuby::MolvieInfo.new
-               @@info = info
-               puts"ok2"
-               @@info.In = Tk.getOpenFile
-               puts info.In
-               @@info.fptIn =MolvieRuby.fopen(@@info.In,"r")
-               puts "neko\n"
-               if(info.fptIn == nil)
-                       puts("PDBFile Not Opend:",@@info.In)
-               else 
-                       puts("Opened PDBFile:", @@info.In)
-               end
-               MolvieRuby::lmolviePDBread(info.fptIn)
-       end
-       
-       def get_pdb
-       puts @@info.In
-       return @@info
-       end
 
+#def initialize
+#@fname = fname
+#@info = molvieInfo::new
+#end
+
+def file_read
+puts"ok"
+fname = Tk.getOpenFile
+@fname = fname
+puts @fname
+if @fname == nil
+puts"file loading Error\n"
+end
+fptIn= open(@fname)
+
+puts"okokok\n"
+Molvie.start(@fname)
+end
+
+def fname
+return @fname
+end
 
 end
index d9f910c..d29295b 100755 (executable)
@@ -1,20 +1,4 @@
-## Fit and Average Step ##
-model2-0.avg model2-0.avg        0.000000        0.000000        0.000000        1.000000     0
-model2-0.avg model2-10.avg       10.019984       19.629629       40.185184        1.000000     0
-model2-0.avg model2-20.avg        9.910504       10.000000       40.185184        1.000000     0
-model2-0.avg model2-30.avg        6.098182        0.185185       40.000000        1.000000     0
-## Fit and Average Step ##
-model2-0.avg model2-0.avg        0.000000        0.000000        0.000000        1.000000     0
-model2-0.avg model2-10.avg       10.019984       19.629629       40.185184        1.000000     0
-model2-0.avg model2-20.avg        9.910504       10.000000       40.185184        1.000000     0
-model2-0.avg model2-30.avg        6.098182        0.185185       40.000000        1.000000     0
-## Fit and Average Step ##
-model2-0.avg model2-0.avg        0.000000        0.000000        0.000000        1.000000     0
-model2-0.avg model2-10.avg       10.019984       19.629629       40.185184        1.000000     0
-model2-0.avg model2-20.avg        9.910504       10.000000       40.185184        1.000000     0
-model2-0.avg model2-30.avg        6.098182        0.185185       40.000000        1.000000     0
-## Fit and Average Step ##
-model2-0.avg model2-0.avg        0.000000        0.000000        0.000000        1.000000     0
-model2-0.avg model2-10.avg       10.019984       19.629629       40.185184        1.000000     0
-model2-0.avg model2-20.avg        9.910504       10.000000       40.185184        1.000000     0
-model2-0.avg model2-30.avg        6.098182        0.185185       40.000000        1.000000     0
+model2-0.fitavg 1.0 
+model2-10.fitavg 1.0 
+model2-20.fitavg 1.0 
+model2-30.fitavg 1.0