OSDN Git Service

(root) / molby / Molby.git / commitdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: bf510a0)
The built-in structures of cycloalkanes are updated
authortoshinagata1964 <toshinagata1964@a2be9bc6-48de-4e38-9406-05402d4bc13c>
Sun, 20 Oct 2013 06:30:56 +0000 (06:30 +0000)
committertoshinagata1964 <toshinagata1964@a2be9bc6-48de-4e38-9406-05402d4bc13c>
Sun, 20 Oct 2013 06:30:56 +0000 (06:30 +0000)
git-svn-id: svn+ssh://svn.sourceforge.jp/svnroot/molby/trunk@404 a2be9bc6-48de-4e38-9406-05402d4bc13c

Scripts/mbsf/alicyclic/cyclobutane.mbsf patch | blob | history
Scripts/mbsf/alicyclic/cyclohexane.mbsf patch | blob | history
Scripts/mbsf/alicyclic/cyclopentane.mbsf patch | blob | history
Scripts/mbsf/alicyclic/cyclopropane.mbsf patch | blob | history
Scripts/mbsf/fragment_def.rb patch | blob | history

diff --git a/Scripts/mbsf/alicyclic/cyclobutane.mbsf b/Scripts/mbsf/alicyclic/cyclobutane.mbsf
index 71fe739..3c7738b 100644 (file)
--- a/Scripts/mbsf/alicyclic/cyclobutane.mbsf
+++ b/Scripts/mbsf/alicyclic/cyclobutane.mbsf
@@ -1,32 +1,32 @@
 !:atoms
 ! idx seg_name res_seq res_name name type charge weight element atomic_number occupancy temp_factor int_charge
-0 MAIN 1 CBT C1 c3 -0.00353 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
-1 MAIN 1 CBT H11 hc 0.00177 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-2 MAIN 1 CBT H12 hc 0.00177 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-3 MAIN 1 CBT C2 c3 -0.00353 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
-4 MAIN 1 CBT H21 hc 0.00177 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-5 MAIN 1 CBT H22 hc 0.00177 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-6 MAIN 1 CBT C3 c3 -0.00353 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
-7 MAIN 1 CBT H31 hc 0.00177 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-8 MAIN 1 CBT H32 hc 0.00177 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-9 MAIN 1 CBT C4 c3 -0.00353 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
-10 MAIN 1 CBT H41 hc 0.00177 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-11 MAIN 1 CBT H42 hc 0.00177 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+0 MAIN 1 CBT C1 cy -0.03368 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
+1 MAIN 1 CBT H11 hc 0.01684 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+2 MAIN 1 CBT H12 hc 0.01684 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+3 MAIN 1 CBT C2 cy -0.03368 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
+4 MAIN 1 CBT H21 hc 0.01684 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+5 MAIN 1 CBT H22 hc 0.01684 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+6 MAIN 1 CBT C3 cy -0.03368 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
+7 MAIN 1 CBT H31 hc 0.01684 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+8 MAIN 1 CBT H32 hc 0.01684 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+9 MAIN 1 CBT C4 cy -0.03368 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
+10 MAIN 1 CBT H41 hc 0.01684 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+11 MAIN 1 CBT H42 hc 0.01684 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
 
 !:positions ; frame 0
-! idx x y z
-0 0.09510873 0.42296547 0.67454986
-1 -0.29829705 1.02543431 -0.13627522
-2 -0.73590500 -0.09659789 1.13784696
-3 1.28583734 -0.48684553 0.28229631
-4 1.58569435 -0.41414050 -0.75692159
-5 1.14813096 -1.53613494 0.51724917
-6 2.19806792 0.28061820 1.27138096
-7 3.02903956 0.80021029 0.80804053
-8 2.59153544 -0.32182896 2.08219215
-9 1.00732651 1.19039636 1.66367180
-10 1.14501616 2.23970199 1.42878169
-11 0.70746654 1.11762469 2.70288420
+! idx x y z [sx sy sz]
+0 0.32008000 0.77648000 0.24985200
+1 0.36988500 1.46428700 -0.58774200
+2 -0.71327800 0.48035900 0.39029800
+3 1.37846800 -0.34339500 0.13275100
+4 1.72400100 -0.60820200 -0.86008800
+5 1.06168500 -1.24892600 0.63948900
+6 2.31811400 0.50687700 1.01712600
+7 2.99356800 1.11026200 0.41979000
+8 2.89664400 -0.00674200 1.77656100
+9 1.08563900 1.31682000 1.47866000
+10 1.19493600 2.39136900 1.57161900
+11 0.67716200 0.93115600 2.40684700
 
 !:bonds
 ! from1 to1 from2 to2 from3 to3 from4 to4
@@ -76,11 +76,12 @@ debug_output_level 0
 step 0
 coord_output_freq 10
 energy_output_freq 10
-coord_frame 135
+coord_frame 336
 timestep 1
 cutoff 9
 electro_cutoff 9
 pairlist_distance 10
+switch_distance 8
 temperature 300
 andersen_freq 50
 andersen_coupling 0.1
@@ -101,18 +102,16 @@ alchemical_delta_lambda 0.1
 
 !:parameters
 ! type1 type2 k r0
-bond c3 hc 337.299999 1.092000 ![gaff] SOURCE3  2815    0.0040    0.0059
-bond c3 c3 303.100018 1.535000 ![gaff] SOURCE1 14664    0.0043    0.0048
+bond cy hc 334.500013 1.094000 ![gaff] SOURCE3    63    0.0012    0.0014
+bond cy cy 286.799986 1.554000 ![gaff] SOURCE1   742    0.0013    0.0041
 ! type1 type2 type3 k a0
-angle hc c3 hc 39.400002 108.349996 ![gaff] SOURCE3 2380   0.7199   0.9006
-angle c3 c3 hc 46.400000 110.050002 ![gaff] SOURCE3 2092   0.5379   0.6991
-angle c3 c3 c3 63.200000 110.629995 ![gaff] SOURCE3  507   1.7605   2.7845
+angle hc cy hc 39.199999 109.040002 ![gaff] SOURCE3   28   0.4802   0.5962
+angle cy cy hc 44.799999 115.139996 ![gaff] SOURCE3  114   0.7232   0.8364
+angle cy cy cy 70.199997 87.610003 ![gaff] SOURCE3   32   1.1419   1.5407
 ! type1 type2 type3 type4 k periodicity phi0
-dihe hc c3 c3 hc 0.150000 3 0.000000 ![gaff] Junmei et al, 1999
-dihe c3 c3 c3 hc 0.160000 3 0.000000 ![gaff] Junmei et al, 1999
-dihe c3 c3 c3 c3 0.200000 1 180.000005 ![gaff] Junmei et al, 1999
+dihe X cy cy X 0.160000 3 0.000000 ![gaff] same as X-c3-c3-X
 ! type eps r_eq eps14 r_eq14 atomic_number weight
-vdw c3 0.109400 1.908000 0.109400 1.908000 6 12.010000 ![gaff] Sp3 C
+vdw cy 0.086000 1.908000 0.086000 1.908000 6 12.010000 ![gaff] Sp3 carbons in square systems
 vdw hc 0.015700 1.487000 0.015700 1.487000 1 1.008000 ![gaff] H bonded to aliphatic carbon without electrwd. group
 
 !:velocity
@@ -147,9 +146,9 @@ vdw hc 0.015700 1.487000 0.015700 1.487000 1 1.008000 ![gaff] H bonded to alipha
 
 !:trackball
 ! scale; trx try trz; theta_deg x y z
-0.000000
-0.000000 0.000000 0.000000
-103.570824 -0.936221 0.190556 -0.295260
+0.702022
+-0.114659 -0.035178 -0.097297
+131.498245 -0.517758 -0.305212 -0.799232
 
 !:view
 show_unit_cell 0
diff --git a/Scripts/mbsf/alicyclic/cyclohexane.mbsf b/Scripts/mbsf/alicyclic/cyclohexane.mbsf
index 967290d..8ccbf56 100644 (file)
--- a/Scripts/mbsf/alicyclic/cyclohexane.mbsf
+++ b/Scripts/mbsf/alicyclic/cyclohexane.mbsf
@@ -16,82 +16,82 @@
 13 MAIN 1 CHX H51 hc -0.01014 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
 14 MAIN 1 CHX H52 hc -0.01014 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
 15 MAIN 1 CHX C6 c3 0.02028 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
-16 MAIN 1 CHX H61 hc -0.01014 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-17 MAIN 1 CHX H62 hc -0.01014 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+16 MAIN 1 CHX H62 hc -0.01014 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+17 MAIN 1 CHX H61 hc -0.01014 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
 
 !:positions ; frame 0
-! idx x y z
+! idx x y z [sx sy sz]
 0 -0.37191979 -0.01470847 -0.04533071
-1 -0.75956029 -0.01758412 -1.06061947
-2 -0.69639261 -0.94754613 0.41364630
+1 -0.69639261 -0.94754613 0.41364630
+2 -0.75956029 -0.01758412 -1.06061947
 3 1.15921830 0.03103315 -0.06545907
 4 1.55271053 -0.83785433 -0.58630743
 5 1.48408579 0.90448274 -0.62908631
 6 1.73647111 0.10263286 1.35176821
-7 2.81961168 0.18159574 1.31107702
-8 1.51218359 -0.82462353 1.87714401
+7 1.51218359 -0.82462353 1.87714401
+8 2.81961168 0.18159574 1.31107702
 9 1.15083751 1.28073591 2.13661683
 10 1.53848192 1.28362024 3.15190405
 11 1.47530662 2.21357078 1.67763142
 12 -0.38030014 1.23499061 2.15674936
-13 -0.77379399 2.10387643 2.67759924
-14 -0.70516396 0.36153957 2.72037649
+13 -0.70516396 0.36153957 2.72037649
+14 -0.77379399 2.10387643 2.67759924
 15 -0.95755584 1.16339033 0.73952318
-16 -2.04069583 1.08442098 0.78021752
-17 -0.73327535 2.09064904 0.21414856
+16 -0.73327535 2.09064904 0.21414856
+17 -2.04069583 1.08442098 0.78021752
 
 !:bonds
 ! from1 to1 from2 to2 from3 to3 from4 to4
-0 1 0 2 3 4 3 5
-6 8 6 7 3 6 9 10
-9 11 6 9 12 14 12 13
-9 12 15 16 15 17 12 15
+0 2 0 1 3 4 3 5
+6 7 6 8 3 6 9 10
+9 11 6 9 12 13 12 14
+9 12 15 17 15 16 12 15
 0 3 0 15
 
 !:angles
 ! a1 b1 c1 a2 b2 c2 a3 b3 c3
-1 0 2 4 3 5 8 6 7
-4 3 6 5 3 6 3 6 8
-3 6 7 10 9 11 8 6 9
-7 6 9 3 6 9 6 9 10
-6 9 11 14 12 13 10 9 12
-11 9 12 6 9 12 9 12 14
-9 12 13 16 15 17 14 12 15
-13 12 15 9 12 15 12 15 16
-12 15 17 1 0 3 2 0 3
+2 0 1 4 3 5 7 6 8
+4 3 6 5 3 6 3 6 7
+3 6 8 10 9 11 7 6 9
+8 6 9 3 6 9 6 9 10
+6 9 11 13 12 14 10 9 12
+11 9 12 6 9 12 9 12 13
+9 12 14 17 15 16 13 12 15
+14 12 15 9 12 15 12 15 17
+12 15 16 2 0 3 1 0 3
 0 3 4 0 3 5 0 3 6
-1 0 15 2 0 15 3 0 15
-0 15 16 0 15 17 0 15 12
+2 0 15 1 0 15 3 0 15
+0 15 17 0 15 16 0 15 12
 
 !:dihedrals
 ! a1 b1 c1 d1 a2 b2 c2 d2
-4 3 6 8 4 3 6 7
-5 3 6 8 5 3 6 7
-8 6 9 10 8 6 9 11
+4 3 6 7 4 3 6 8
+5 3 6 7 5 3 6 8
 7 6 9 10 7 6 9 11
+8 6 9 10 8 6 9 11
 3 6 9 10 3 6 9 11
-10 9 12 14 10 9 12 13
-11 9 12 14 11 9 12 13
-6 9 12 14 6 9 12 13
-14 12 15 16 14 12 15 17
-13 12 15 16 13 12 15 17
-9 12 15 16 9 12 15 17
-1 0 3 4 1 0 3 5
-1 0 3 6 2 0 3 4
-2 0 3 5 2 0 3 6
-1 0 15 16 1 0 15 17
-1 0 15 12 2 0 15 16
-2 0 15 17 2 0 15 12
-3 0 15 16 3 0 15 17
+10 9 12 13 10 9 12 14
+11 9 12 13 11 9 12 14
+6 9 12 13 6 9 12 14
+13 12 15 17 13 12 15 16
+14 12 15 17 14 12 15 16
+9 12 15 17 9 12 15 16
+2 0 3 4 2 0 3 5
+2 0 3 6 1 0 3 4
+1 0 3 5 1 0 3 6
+2 0 15 17 2 0 15 16
+2 0 15 12 1 0 15 17
+1 0 15 16 1 0 15 12
+3 0 15 17 3 0 15 16
 3 0 15 12 15 0 3 4
 15 0 3 5 15 0 3 6
 4 3 6 9 5 3 6 9
-0 3 6 8 0 3 6 7
-0 3 6 9 8 6 9 12
-7 6 9 12 3 6 9 12
+0 3 6 7 0 3 6 8
+0 3 6 9 7 6 9 12
+8 6 9 12 3 6 9 12
 10 9 12 15 11 9 12 15
-6 9 12 15 14 12 15 0
-13 12 15 0 9 12 15 0
+6 9 12 15 13 12 15 0
+14 12 15 0 9 12 15 0
 
 !:md_parameters
 log_file (null)
@@ -108,6 +108,7 @@ timestep 1
 cutoff 9
 electro_cutoff 9
 pairlist_distance 10
+switch_distance 8
 temperature 300
 andersen_freq 50
 andersen_coupling 0.1
@@ -186,9 +187,9 @@ vdw hc 0.015700 1.487000 0.015700 1.487000 1 1.008000 ![gaff] H bonded to alipha
 
 !:trackball
 ! scale; trx try trz; theta_deg x y z
-0.000000
-0.000000 0.000000 0.000000
-217.841995 0.991193 -0.132331 0.004939
+0.595067
+-0.038946 -0.063301 -0.104564
+123.340775 0.160038 -0.958649 0.235331
 
 !:view
 show_unit_cell 0
diff --git a/Scripts/mbsf/alicyclic/cyclopentane.mbsf b/Scripts/mbsf/alicyclic/cyclopentane.mbsf
index 91d3fa7..8bcd050 100644 (file)
--- a/Scripts/mbsf/alicyclic/cyclopentane.mbsf
+++ b/Scripts/mbsf/alicyclic/cyclopentane.mbsf
@@ -1,38 +1,38 @@
 !:atoms
 ! idx seg_name res_seq res_name name type charge weight element atomic_number occupancy temp_factor int_charge
-0 MAIN 1 CPN C1 c3 0.01523 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
-1 MAIN 1 CPN H11 hc -0.00762 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-2 MAIN 1 CPN H12 hc -0.00762 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-3 MAIN 1 CPN C2 c3 0.01523 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
-4 MAIN 1 CPN H21 hc -0.00762 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-5 MAIN 1 CPN H22 hc -0.00762 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-6 MAIN 1 CPN C3 c3 0.01523 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
-7 MAIN 1 CPN H31 hc -0.00762 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-8 MAIN 1 CPN H32 hc -0.00762 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-9 MAIN 1 CPN C4 c3 0.01523 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
-10 MAIN 1 CPN H41 hc -0.00762 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-11 MAIN 1 CPN H42 hc -0.00762 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-12 MAIN 1 CPN C5 c3 0.01523 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
-13 MAIN 1 CPN H51 hc -0.00762 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-14 MAIN 1 CPN H52 hc -0.00762 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+0 MAIN 1 CPN C1 c3 0.01466 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
+1 MAIN 1 CPN H11 hc -0.00733 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+2 MAIN 1 CPN H12 hc -0.00733 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+3 MAIN 1 CPN C2 c3 0.01466 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
+4 MAIN 1 CPN H21 hc -0.00733 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+5 MAIN 1 CPN H22 hc -0.00733 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+6 MAIN 1 CPN C3 c3 0.01466 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
+7 MAIN 1 CPN H31 hc -0.00733 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+8 MAIN 1 CPN H32 hc -0.00733 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+9 MAIN 1 CPN C4 c3 0.01466 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
+10 MAIN 1 CPN H41 hc -0.00733 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+11 MAIN 1 CPN H42 hc -0.00733 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+12 MAIN 1 CPN C5 c3 0.01466 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
+13 MAIN 1 CPN H51 hc -0.00733 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+14 MAIN 1 CPN H52 hc -0.00733 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
 
 !:positions ; frame 0
-! idx x y z
-0 -0.19744991 0.23585164 0.43220845
-1 -0.21422703 1.04106825 -0.29904357
-2 -1.03249136 -0.42078992 0.21081692
-3 1.15684933 -0.48657856 0.39489067
-4 1.53667092 -0.61145021 -0.61339689
-5 1.04704831 -1.48170012 0.81644562
-6 2.09814572 0.36536213 1.28331184
-7 2.82528872 0.90360556 0.68489399
-8 2.66205483 -0.26464352 1.96276076
-9 1.18315997 1.34912793 2.05534299
-10 1.26684228 2.34578038 1.63140389
-11 1.44925240 1.42909785 3.10381976
-12 -0.24390233 0.82321468 1.84499292
-13 -0.99962524 1.59223952 1.96735132
-14 -0.46335659 0.03470786 2.56157300
+! idx x y z [sx sy sz]
+0 -0.33442540 0.21615778 0.45111071
+1 -0.47373300 1.01704520 -0.27177307
+2 -1.12407878 -0.50981202 0.28708980
+3 1.07041764 -0.38714499 0.31035494
+4 1.38446551 -0.47922541 -0.72376218
+5 1.07764186 -1.38788045 0.73286621
+6 1.99782424 0.54288154 1.13256757
+7 2.62952920 1.14208574 0.48568788
+8 2.66271866 -0.03603847 1.76448163
+9 1.06098796 1.44377978 1.97625939
+10 1.02751155 2.44420304 1.55427825
+11 1.39553886 1.54570099 3.00299701
+12 -0.32731208 0.79714180 1.86727435
+13 -1.13516122 1.49833047 2.04948641
+14 -0.42523609 -0.00743241 2.59284831
 
 !:bonds
 ! from1 to1 from2 to2 from3 to3 from4 to4
@@ -95,6 +95,7 @@ timestep 1
 cutoff 9
 electro_cutoff 9
 pairlist_distance 10
+switch_distance 8
 temperature 300
 andersen_freq 50
 andersen_coupling 0.1
@@ -167,9 +168,9 @@ vdw hc 0.015700 1.487000 0.015700 1.487000 1 1.008000 ![gaff] H bonded to alipha
 
 !:trackball
 ! scale; trx try trz; theta_deg x y z
-0.000000
-0.000000 0.000000 0.000000
-126.035088 -0.950792 0.110747 -0.289361
+0.636059
+-0.080057 -0.045731 -0.120222
+90.213722 0.560648 0.788788 -0.251968
 
 !:view
 show_unit_cell 0
diff --git a/Scripts/mbsf/alicyclic/cyclopropane.mbsf b/Scripts/mbsf/alicyclic/cyclopropane.mbsf
index 511decc..e8dd78d 100644 (file)
--- a/Scripts/mbsf/alicyclic/cyclopropane.mbsf
+++ b/Scripts/mbsf/alicyclic/cyclopropane.mbsf
@@ -1,26 +1,26 @@
 !:atoms
 ! idx seg_name res_seq res_name name type charge weight element atomic_number occupancy temp_factor int_charge
-0 MAIN 1 CPP C1 c3 -0.25091 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
-1 MAIN 1 CPP H11 hc 0.12546 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-2 MAIN 1 CPP H12 hc 0.12546 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-3 MAIN 1 CPP C2 c3 -0.25091 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
-4 MAIN 1 CPP H21 hc 0.12546 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-5 MAIN 1 CPP H22 hc 0.12546 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-6 MAIN 1 CPP C3 c3 -0.25091 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
-7 MAIN 1 CPP H31 hc 0.12546 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
-8 MAIN 1 CPP H32 hc 0.12546 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+0 MAIN 1 CPP C1 cx -0.25082 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
+1 MAIN 1 CPP H11 hc 0.12541 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+2 MAIN 1 CPP H12 hc 0.12541 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+3 MAIN 1 CPP C2 cx -0.25082 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
+4 MAIN 1 CPP H21 hc 0.12541 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+5 MAIN 1 CPP H22 hc 0.12541 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+6 MAIN 1 CPP C3 cx -0.25082 12.01070 C 6 1.000000 0.000000 0
+7 MAIN 1 CPP H31 hc 0.12541 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
+8 MAIN 1 CPP H32 hc 0.12541 1.00790 H 1 1.000000 0.000000 0
 
 !:positions ; frame 0
-! idx x y z
-0 0.43402633 0.34672893 0.72715097
-1 0.14003774 1.18801304 0.12444481
-2 -0.31830214 0.02387227 1.42515412
-3 1.31409933 -0.69352818 0.10623366
-4 1.61644299 -0.55711709 -0.91720332
-5 1.15810297 -1.72125782 0.38350580
-6 1.87020247 0.23933899 1.13711198
-7 2.54935753 1.00785618 0.81219247
-8 2.09101732 -0.15628438 2.11290186
+! idx x y z [sx sy sz]
+0 0.43392657 0.34677819 0.72704995
+1 0.13994072 1.18797449 0.12421963
+2 -0.31839425 0.02404579 1.42511890
+3 1.31396152 -0.69359437 0.10627000
+4 1.61627799 -0.55735546 -0.91719794
+5 1.15795080 -1.72127604 0.38371236
+6 1.87011191 0.23942341 1.13698741
+7 2.54927132 1.00787803 0.81192845
+8 2.09095342 -0.15605291 2.11283096
 
 !:bonds
 ! from1 to1 from2 to2 from3 to3 from4 to4
@@ -67,6 +67,7 @@ timestep 1
 cutoff 9
 electro_cutoff 9
 pairlist_distance 10
+switch_distance 8
 temperature 300
 andersen_freq 50
 andersen_coupling 0.1
@@ -87,17 +88,16 @@ alchemical_delta_lambda 0.1
 
 !:parameters
 ! type1 type2 k r0
-bond c3 hc 337.299999 1.092000 ![gaff] SOURCE3  2815    0.0040    0.0059
-bond c3 c3 303.100018 1.535000 ![gaff] SOURCE1 14664    0.0043    0.0048
+bond cx hc 345.800001 1.086000 ![gaff] SOURCE3    44    0.0009    0.0011
+bond cx cx 337.299999 1.499000 ![gaff] SOURCE1  1204    0.0159    0.0183
 ! type1 type2 type3 k a0
-angle hc c3 hc 39.400002 108.349996 ![gaff] SOURCE3 2380   0.7199   0.9006
-angle c3 c3 hc 46.400000 110.050002 ![gaff] SOURCE3 2092   0.5379   0.6991
-angle c3 c3 c3 63.200000 110.629995 ![gaff] SOURCE3  507   1.7605   2.7845
+angle hc cx hc 38.600000 114.470002 ![gaff] SOURCE3   19   0.2816   0.3295
+angle cx cx hc 45.800000 117.919992 ![gaff] SOURCE3   92   0.7174   1.1927
+angle cx cx cx 85.300004 63.750001 ![gaff] SOURCE2   11   6.2810  11.0052
 ! type1 type2 type3 type4 k periodicity phi0
-dihe hc c3 c3 hc 0.150000 3 0.000000 ![gaff] Junmei et al, 1999
-dihe c3 c3 c3 hc 0.160000 3 0.000000 ![gaff] Junmei et al, 1999
+dihe X cx cx X 0.160000 3 0.000000 ![gaff] same as X-c3-c3-X
 ! type eps r_eq eps14 r_eq14 atomic_number weight
-vdw c3 0.109400 1.908000 0.109400 1.908000 6 12.010000 ![gaff] Sp3 C
+vdw cx 0.086000 1.908000 0.086000 1.908000 6 12.010000 ![gaff] Sp3 carbons in triangle systems
 vdw hc 0.015700 1.487000 0.015700 1.487000 1 1.008000 ![gaff] H bonded to aliphatic carbon without electrwd. group
 
 !:velocity
@@ -126,9 +126,9 @@ vdw hc 0.015700 1.487000 0.015700 1.487000 1 1.008000 ![gaff] H bonded to alipha
 
 !:trackball
 ! scale; trx try trz; theta_deg x y z
-0.000000
-0.000000 0.000000 0.000000
-44.344196 -0.681719 0.674688 -0.282940
+0.757698
+-0.120611 0.003582 -0.065683
+97.036163 -0.929609 0.218390 -0.296873
 
 !:view
 show_unit_cell 0
diff --git a/Scripts/mbsf/fragment_def.rb b/Scripts/mbsf/fragment_def.rb
index 44136b6..caeccc2 100644 (file)
--- a/Scripts/mbsf/fragment_def.rb
+++ b/Scripts/mbsf/fragment_def.rb
@@ -38,6 +38,8 @@ class Molecule
        ["cyclooctyl", "cyclooctane", "H11"],
        ["C8H15", "cyclooctyl"],
 
+       ["cyclohexane (twist boat)", "alicyclic/cyclohexane-twist-boat.mbsf"],
+
     "Aromatic",
     ["benzene", "aromatic/benzene.mbsf"],
     ["C6H6", "benzene"],
Molecular Modeling Software
About OSDN
Find Software
Develop Software
Help