<p>
An example of preliminary MD run is presented here. We use 2,2'-dimethoxybiphenyl again. In a similar way as in the <a href="mm_minimize.html">step six</a>, create a model and assign MM parameters (including the partial charges on the atoms).
</p>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_01.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_01.png" /></p>
<p>
Select MM/MD → Molecular Dynamics. A setting dialog opens. Although this dialog resembles that in MM minimization, it shows different parameters that are relevant to the MD calculation.
</p>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_02.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_02.png" /></p>
<p>
The "timestep" parameter defines the minimum time increment in solving the equation of motions. The "target temperature" defines the temperature of the system. Before running the MD calculation, all atoms are let to have random velocities with the Boltzmann distribution corresponding to the target temperature. In addition, the velocities are modified so that the temperature is kept constant. The "steps per frame" and "number of frames" parameters have the same meaning as in the MM minimization. The screenshot shows 10 as the "steps per frame"; this is an appropriate value for MM minimization, however for MD calculations a larger value would be more appropriate (like 100).
</p>
<p>
Pressing the "Advanced..." button opens another dialog with other parameters. The meanings of the parameters are described in the embedded Ruby document, in the <a href="molby_rb/MDArena.html">MDArena</a> page.
</p>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_03.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_03.png" /></p>
<p>
Return to the original MD dialog (by pressing "Close" in the advanced settings dialog), and press "OK". The MD run starts, and new frames are accumulated. If you find something is wrong, or want to stop before getting the specified number of frames, you can stop the MD run by pressing Command-period (Mac) or Control-period (Windows).
</p>
<span class="italic">Note:</span> There is no guarantee that Molby creates the exactly same input as the official AMBER modeling tools, nor the generated files are valid inputs for the SANDER module. You may need to modify them by hand.
</p>
<p>
-To creat SANDER input files, select "Create SANDER input..." command in the "MM/MD" → "Tools" submenu.
+To creat SANDER input files, select "Create SANDER input..." command in the "MM/MD" menu.
</p>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_04.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_04.png" /></p>
<p>
You will be asked first for the file name for the "prmtop" file. Please be sure to add ".prmtop" extension. The other file, "inpcrd" file, is created as the same name with the ".prmtop" extension replaced by the ".inpcrd" extension.
</p>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_05.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_05.png" /></p>
<p>
Subsequently, you will be asked to select one of the two versions of the prmtop files. The older one, "AMBER8/NAMD", allows you to use the output file by NAMD (see below).
</p>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_06.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_06.png" /></p>
<p>
Now you can transfer your files to the workstation running SANDER. To perform the simulation, you still need to create the instruction file for SANDER, which you should already know if you are using AMBER.
</p>
<p>
After the simulation is over, you can get the trajectory file ("mdcrd" file) back and import to Molby. Use "Import..." command in the "File" menu, select "AMBER mdcrd file (*.crd; *.mdcrd)", and specify the file.
</p>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_07.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_07.png" /></p>
<h2>3. Using Molby with NAMD: Creating Inputs and Importing Outputs</h2>
<p>
You can also use the NAMD software package for production run. NAMD is developed by the Theoretical Biophysics Group in the University of Illinois at Urbana-Champaign, and the official information is found at their web site (<a href="http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/">http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/</a>). NAMD can use the AMBER "prmtop" as the input, by use of the instruction <code>amber yes</code>. See NAMD Users' Guide for details.
J. Phys. Chem. 1995, 99, 6208.
</td></tr>
</table>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_08.png" /><img src="../etc/tutorial_7_09.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_08.png" /><img src="../etc/md_09.png" /></p>
<p>
-While keeping the solvent box open, create or open the target (solute) molecule in a separate window. With this solute molecule in the front window, select "Solvate..." command from the "Script" menu. A dialog box opens.
+While keeping the solvent box open, create or open the target (solute) molecule in a separate window. With this solute molecule in the front window, select "Solvate..." command in the "MM/MD" menu.
</p>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_10.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_10.png" /></p>
+<p>
+A dialog box opens.
+</p>
+<p><img src="../etc/md_11.png" /></p>
<p>
In the popup menu "Choose solvent box:", you will find the solvent box you opened earlier. Note that this popup menu lists <span class="italic">all</span> open molecules that have the associated periodic box (or unit cell). This can lead to a confusing situation that, if you have another solvated structure also open, that structure will also be listed in this popup menu, because a solvated structure always have a periodic box. Therefore, please take care so that you choose the right solvent box.</p>
<p class="note">
The "Box offset" parameters define the thickness of the solvent layer surrounding the solute molecule. More specifically, the periodic box of the solvated structure is determined as follows: the minimum cuboid that can surround the solute molecule is defined, and all the faces are offset by the "Box offset" distances to the outside direction. On the other hand, it is possible to define the size of the periodic box explicitly for any of the three (x, y, z) directions. If you wish to do this, give a negative number for that direction. (For example, if you want the periodic box to be 40 Å in the x direction, give -40 as the first "Box offset" parameter.)
</p>
<p class="note">
-The size of the periodic box can be checked by selecting "MM/MD" → "Define Unit Cell" menu command.
+The size of the periodic box can be checked by selecting "Xtal" → "Unit Cell..." menu command, or in the property table (the "unit cell" property).
</p>
<p>
The "Exclusion limit distance" defines the minimum allowed distance between the solvent and solute molecules. The solvent molecule is removed when it has atoms with smaller distances than this parameter from the solute molecule.
<p>
予備的な MD 計算の例を示します。また 2,2'-ジメトキシビフェニルを使います。<a href="mm_minimize.html">第六段階</a>と同様に、モデルを作成して分子力場パラメータを決定してください（原子上の部分電荷も）。
</p>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_01.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_01.png" /></p>
<p>
MM/MD メニューの "Molecular Dynamics" を選ぶと、設定ダイアログが開きます。このダイアログは分子力場によるエネルギー最小化の時と似ていますが、MD 計算に使う他のパラメータを表示しています。
</p>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_02.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_02.png" /></p>
<p>
"Timestep" パラメータは、運動方程式を解くときの最小時間刻みを表します。"Target temperature" は系の温度を表します。MD 計算が始まる際に、すべての原子はこの温度に対応するボルツマン分布に従ってランダムな速度を与えられます。さらに、MD 計算中は温度が一定に保たれるように速度が調整されます。"Steps per frame" と "number of frames" パラメータは分子力学によるエネルギー最小化の時と同じ意味を持ちます。このスクリーンショットでは "steps per frame" が 10 になっています。これはエネルギー最小化では適切な値ですが、分子動力学の場合はもう少し大きな値（たとえば 100）の方がより適切です。
</p>
<p>
"Advanced..." ボタンを押すと、他のパラメータを持つ別のダイアログが開きます。これらのパラメータの意味は、内蔵 Ruby インタプリタのリファレンスで <a href="molby_rb/MDArena.html">MDArena</a> のページに書かれています。
</p>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_03.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_03.png" /></p>
<p>
元の MD 設定ダイアログに戻り（詳細設定ダイアログで "Close" ボタンを押す）、"OK" を押します。MD 計算が始まり、新しいフレームが追加されて行きます。何か問題があったり、指定したフレーム数よりも前に計算を止めたいときは、コマンド-ピリオド (Mac) かコントロール-ピリオド (Windows) を使ってください。
</p>
<span class="italic">注：</span> Molby が AMBER 付属のモデリングツールと同じ入力ファイルを作成する保証はありませんし、SANDER モジュールへの正しい入力になっている保証もありません。手作業で修正が必要な場合もあるかもしれません。
</p>
<p>
-SANDER の入力ファイルを作るには、"MM/MD" → "Tools" サブメニューから "Create SANDER input..." コマンドを選んでください。
+SANDER の入力ファイルを作るには、"MM/MD" メニューから "Create SANDER input..." コマンドを選んでください。
</p>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_04.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_04.png" /></p>
<p>
最初に "prmtop" ファイルの名前を聞かれます。必ず ".prmtop" 拡張子をつけるようにしてください。もう一つの "inpcrd" ファイルは、".prmtop" を ".inpcrd" に置き換えた名前で保存されます。
</p>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_05.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_05.png" /></p>
<p>
次に、prmtop ファイルの２つのバージョンのうち１つを選ぶように促されます。古い方、"AMBER8/NAMD" を使えば、NAMD ソフトウェアパッケージ（下記参照）でも使える入力ファイルができます。
</p>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_06.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_06.png" /></p>
<p>
これで、SANDER が走るワークステーションにファイルを転送することができます。シミュレーションを実行するためには、SANDER の命令ファイルを作らなければなりませんが、AMBER をお使いの方ならやり方はよくご存知でしょう。
</p>
<p>
計算が終了したら、トラジェクトリファイル ("mdcrd" ファイル) を取得して、Molby にインポートすることができます。"File" メニューの "Import..." コマンドを選び、ファイルタイプとして "AMBER mdcrd file (*.crd; *.mdcrd)" を選んで、ファイルを読み込んでください。
</p>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_07.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_07.png" /></p>
<h2>3. NAMD とともに使う：入力の作成と出力結果のインポート</h2>
<p>
本格的な計算を行うために NAMD を使うこともできます。NAMD はイリノイ大学アーバナ・シャンペーン校の理論生物物理グループが開発したソフトウェアパッケージです。公式ウェブサイトは <a href="http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/">http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/</a> です。NAMD は AMBER の "prmtop" を入力として使うことができます（<code>amber yes</code> 命令を使う）。詳しくは NAMD のユーザーズガイドをご覧ください。
J. Phys. Chem. 1995, 99, 6208.
</td></tr>
</table>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_08.png" /><img src="../etc/tutorial_7_09.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_08.png" /><img src="../etc/md_09.png" /></p>
+<p>
+溶媒箱を開いたまま、目的とする分子（溶質）を新しいウィンドウで開くか作成します。溶質分子のウィンドウを最前面にした状態で、"Script" メニューから "Solvate..." コマンドを選びます。
+</p>
+<p><img src="../etc/md_10.png" /></p>
<p>
-溶媒箱を開いたまま、目的とする分子（溶質）を新しいウィンドウで開くか作成します。溶質分子のウィンドウを最前面にした状態で、"Script" メニューから "Solvate..." コマンドを選びます。ダイアログが開きます。
+ダイアログが開きます。
</p>
-<p><img src="../etc/tutorial_7_10.png" /></p>
+<p><img src="../etc/md_11.png" /></p>
<p>
ポップアップメニュー "Choose solvent box:" には、さきほど開いた溶媒箱がリストされているはずです。注意していただきたいのは、このポップアップメニューには周期境界（または単位格子）を持つすべての分子がリストされることです。このため、紛らわしいことに、別の溶媒和構造を同時に開いていると、その構造もこのポップアップメニューに登場してしまいます（溶媒和構造は必ず周期境界を持っていますから）。ですから、正しい溶媒箱を選ぶように十分に注意してください。
</p>
"Box offset" パラメータは、溶質分子の回りを囲む溶媒層の厚さを指定します。言い換えると、これから作成する溶媒和構造の周期境界は次のように決められます：まず溶質を囲む最小の直方体を算出し、それぞれの面を外側に向かって Box offsect パラメータ分だけ移動させます。一方、x, y, z のそれぞれの方向に対して、周期境界の大きさを決めたい場合もあります。このときは、その方向の Box offset パラメータに負の値を指定してください。（たとえば、x 方向の周期境界を大きさを 40 Å にしたい時は、"Box offset" の最初のパラメータを -40 にしてください。）
</p>
<p class="note">
-周期境界の箱の大きさは、"MM/MD" → "Define Unit Cell" メニューを選ぶと見ることができます。</p>
+周期境界の箱の大きさは、"Xtal" → "Define Unit Cell" メニューを選ぶと見ることができます。また、属性テーブルの "unit cell" でも見られます。</p>
<p>
"Exclusion limit distance" は、溶質分子と溶媒分子の原子間距離の最小値を定めます。溶媒分子のある原子が溶質分子からこの距離以内に近づいているとき、その溶媒分子は取り除かれます。
</p>
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