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Modify Makefile for util/src
[eos/base.git] / src / Tools / pdbUtil / pdbChargeFit / src / pdbChargeFit.html
index d9a63fd..a429b73 100755 (executable)
@@ -1 +1,29 @@
-/bin/bash: pdbChargeFit: そのようなファイルやディレクトリはありません
+<HTML>
+<HEAD>
+<TITLE>pdbChargeFit</TITLE>
+</HEAD>
+<BODY>
+<H1>pdbChargeFit</H1>
+<H2>Usage</H2>
+<PRE>
+Usage: pdbChargeFit
+Options:
+    [-i[nput]f[ixed pdb] InFix               (NULL      ).as(inFile              ) ] :Essential :InputFixedPdbFile
+    [-i[nput]m[oved pdb] InMove              (NULL      ).as(inFile              ) ] :Essential :InputMovedPdbFile
+    [-o[utput]           OutTxt              (NULL      ).as(outFile             ) ] :Essential :OutputTextFile
+    [-s[ymmetry of helix(degree/A)]symmetry            (0.47096   ).as(Real                ) ] :Optional  :default: 13/28
+    [-zmin               zmin                (-28       ).as(Real                ) ] :Optional  :minimum z
+    [-zmax               zmax                (28        ).as(Real                ) ] :Optional  :maximum z
+    [-zDel[ta]           zDel                (1         ).as(Real                ) ] :Optional  :delta z
+    [-mind[istance]      mind                (1         ).as(Real                ) ] :Optional  :set atoms distance to mind
+    [-maxd[istance]      maxd                (5         ).as(Real                ) ] :Optional  :ignore atoms distance
+    [-a[xis coordinate]  axisX               (70        ).as(Real                ) 
+                         axisY               (70        ).as(Real                ) ] :Optional  :(x, y)
+    [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
+    [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
+----- Algorythm -----
+score = Sum(1/SQR(length))
+, where length is the set of length between charged atoms
+</PRE>
+</BODY>
+</HTML>