<div class="centered" lang="en">
<h1>Molby</h1>
<h2>Interactive Molecular Modeling Software<br />with Integrated Ruby Interpreter</h2>
-<h3>Version 1.0</h3> <!-- version -->
+<h3>Version 1.1.0</h3> <!-- version -->
<h3>Toshi Nagata</h3>
<p><a href="http://molby.osdn.jp/index-en.html">http://molby.osdn.jp/index-en.html</a></p>
</div>
<div class="centered" lang="ja">
<h1>Molby</h1>
<h2>対話型分子モデリングソフトウェア<br />（Ruby インタプリタ内蔵）</h2>
-<h3>Version 1.0</h3> <!-- version -->
+<h3>Version 1.1.0</h3> <!-- version -->
<h3>永田 央</h3>
<p><a href="http://molby.osdn.jp/index.html">http://molby.osdn.jp/index.html</a></p>
</div>
Molby runs on the following platforms.
</p>
<ul>
-<li>Microsoft Windows (XP or later, 32 bit or 64 bit).</li>
-<li>Mac OS X (10.6 or later, 64 bit Intel).</li>
+<li>Microsoft Windows (7 or later, 32 bit or 64 bit).</li>
+<li>Mac OS X (10.12 or later, 64 bit Intel).</li>
</ul>
<p>
<h3>3-1. Microsoft Windows</h3>
<p>
-The Windows version is provided either as a zip archive (<code>MolbyWin.zip</code>) or a standard setup package (<code>SetupMolbyWin.exe</code>).
+The Windows version is provided either as a zip archive (<code>MolbyWin32.zip</code>, <code>MolbyWin64.zip</code>) or a standard setup package (<code>SetupMolbyWin32.exe</code>, <code>SetupMolbyWin.exe</code>).
</p>
<p>
To use the zip archive, expand all contents in your favorite place, and double-click the "Molby" icon.
<h3>3-2. Mac OS X</h3>
<p>
-The Mac version is provided as a zip archive (<code>MolbyMac.zip</code>). Double-click the archive, and you will get a folder including the Molby application. Drag it to the "Applications" folder in your hard drive.
-</p>
-<p>
-<span class="italic">Note:</span> The Mac version is provided as a universal binary, which runs natively on both PowerPC and Intel platforms.
+The Mac version is provided as a zip archive (<code>MolbyMac.zip</code>, <code>MolbyMacLegacy.zip</code> for MacOS 10.6 to 10.11). Double-click the archive, and you will get a folder including the Molby application. Drag it to the "Applications" folder in your hard drive.
</p>
<h2>4. Uninstallation</h2>
Molbyは以下のプラットフォームで動作します。
</p>
<ul>
-<li>Microsoft Windows (XPまたはそれ以降, 32ビットまたは64ビット).</li>
-<li>Mac OS X (10.6 またはそれ以降、64ビット).</li>
+<li>Microsoft Windows (7またはそれ以降, 32ビットまたは64ビット).</li>
+<li>Mac OS X (10.12 またはそれ以降、64ビット).</li>
</ul>
<p>
<h3>3-1. Microsoft Windows</h3>
<p>
-Windows版は、zip アーカイブ（<code>MolbyWin32.zip</code>:32 ビット版, <code>MolbyWin64.zip</code>: 64ビット版）、または標準のセットアップパッケージ (<code>SetupMolbyWin32.exe</code>: 32ビット版、<code>SetupMolbyWin64.exe</code>: 64ビット版) で配布されています。どちらも内容は同じです。
+Windows版は、zip アーカイブ（<code>MolbyWin32.zip</code>:32 ビット版, <code>MolbyWin64.zip</code>: 64ビット版）、または標準のセットアップパッケージ (<code>SetupMolbyWin32.exe</code>: 32ビット版、<code>SetupMolbyWin64.exe</code>: 64ビット版) で配布されています。
</p>
<p>
Zip アーカイブを使う時は、最初に内容をすべて展開してください。展開したフォルダの中に Molby アプリケーションがあるので、ダブルクリックして起動してください。
<h3>3-2. Mac OS X</h3>
<p>
-Mac版は、zip アーカイブ (<code>MolbyMac.zip</code>) で配布されています。アーカイブをダブルクリックすると、内容が展開されて新しいフォルダができます。Molby アプリケーションがその中にありますので、ハードディスクの「アプリケーション」フォルダにドラッグコピーしてください。
-</p>
-<p>
-<span class="italic">注:</span> Version 1.0 から、Mac 版は 64 bit のみになりました。
+Mac版は、zip アーカイブ (<code>MolbyMac.zip</code>, <code>MolbyMacLegacy.zip</code> [10.6〜10.11用]) で配布されています。アーカイブをダブルクリックすると、内容が展開されて新しいフォルダができます。Molby アプリケーションがその中にありますので、ハードディスクの「アプリケーション」フォルダにドラッグコピーしてください。
</p>
<h2>4. アンインストール</h2>
Molby is a copyrighted product of Toshi Nagata.
</p>
<p>
-Copyright (C) 2008-2019 Toshi Nagata <!-- copyright -->
+Copyright (C) 2008-2022 Toshi Nagata <!-- copyright -->
</p>
<p>
I ask for citation of the following paper in published works that utilize Molby:
<p>
Toshi Nagata, "Molby - Graphical Molecular Modeling Software with Integrated Ruby Interpreter,"
<br />
-<i>Bull. Chem. Soc. Jpn.</i> <b>2014,</b>
in press. DOI:<a href="http://dx.doi.org/10.1246/bcsj.20140093">10.1246/bcsj.20140093</a>
+<i>Bull. Chem. Soc. Jpn.</i> <b>2014,</b>
<i>87,</i> 902-904. DOI:<a href="http://dx.doi.org/10.1246/bcsj.20140093">10.1246/bcsj.20140093</a>
</p>
</blockquote>
<p>
<a href="http://ambermd.org/">AmberTools 1.3</a>: Copyright (C) Junmei Wang, Ross C. Walker, Michael F. Crowley, Scott Brozell and David A. Case
</li>
<li>
-<a href="http://www.wxwidgets.org/">wxWidgets 3.0.0</a>: Copyright (C) 1992-2013 Julian Smart, Robert Roebling, Vadim Zeitlin and other members of the wxWidgets team. Portions (c) 1996 Artificial Intelligence Applications Institute
+<a href="http://www.wxwidgets.org/">wxWidgets 3.2.0</a>: Copyright (C) 1992-2022 Julian Smart, Robert Roebling, Vadim Zeitlin and other members of the wxWidgets team. Portions (c) 1996 Artificial Intelligence Applications Institute
</li>
<li>
<a href="http://www.ruby-lang.org/">Ruby 2.0.0</a>: Copyright (C) 1993-2013 Yukihiro Matsumoto
<a href="http://web.ornl.gov/sci/ortep/">ORTEP III</a>: The citation is made like below. There are no copyright notice, but it is likely to be put in public domain.<br />
Burnett, M. N.; Johnson, C. K. <i>ORTEP-III: Oak Ridge Thermal Ellipsoid Plot Program for Crystal Structure Illustrations,</i> Oak Ridge National Laboratory Report ORNL-6895, 1996.
</li>
+<li>
+<a href="http://janpa.sourceforge.net/">JANPA</a>: Copyright (C) 2014, Tymofii Nikolaienko.<br />
+See <a href="../etc/JANPA_license.txt">the software license for JANPA package of programs</a>.
+</li>
</ul>
<h2>2. License</h2>
<p>
-Molby is distributed under the GNU General Public License (version 2).
+Molby is distributed under the GNU General Public License (version 3).
</p>
<blockquote>
<p>
Molby: Interactive Molecular Modeling Software with Integrated Ruby Interpreter
</p>
<p>
-Copyright (C) 2008-2019 Toshi Nagata <!-- copyright -->
+Copyright (C) 2008-2022 Toshi Nagata <!-- copyright -->
</p>
<p>
This program is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU General Public License as published by
-the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
+the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
(at your option) any later version.
</p>
<p>
Molby の著作権は永田 央が保持しています。
</p>
<p>
-Copyright (C) 2008-2019 Toshi Nagata <!-- copyright -->
+Copyright (C) 2008-2022 Toshi Nagata <!-- copyright -->
</p>
<p>
Molby を利用した成果を発表される際は、以下の論文を引用していただくようお願いします。
<blockquote>
<p>
Toshi Nagata, "Molby - Graphical Molecular Modeling Software with Integrated Ruby Interpreter," <br />
-<i>Bull. Chem. Soc. Jpn.</i> <b>2014,</b>
in press. DOI:<a href="http://dx.doi.org/10.1246/bcsj.20140093">10.1246/bcsj.20140093</a>
+<i>Bull. Chem. Soc. Jpn.</i> <b>2014,</b>
<i>87,</i> 902-904. DOI:<a href="http://dx.doi.org/10.1246/bcsj.20140093">10.1246/bcsj.20140093</a>
</p>
</blockquote>
<p>
<a href="http://ambermd.org/">AmberTools 1.3</a>: Copyright (C) Junmei Wang, Ross C. Walker, Michael F. Crowley, Scott Brozell and David A. Case
</li>
<li>
-<a href="http://www.wxwidgets.org/">wxWidgets 3.0.0</a>: Copyright (C) 1992-2013 Julian Smart, Robert Roebling, Vadim Zeitlin and other members of the wxWidgets team. Portions (c) 1996 Artificial Intelligence Applications Institute
+<a href="http://www.wxwidgets.org/">wxWidgets 3.2.0</a>: Copyright (C) 1992-2022 Julian Smart, Robert Roebling, Vadim Zeitlin and other members of the wxWidgets team. Portions (c) 1996 Artificial Intelligence Applications Institute
</li>
<li>
<a href="http://www.ruby-lang.org/">Ruby 2.0.0</a>: Copyright (C) 1993-2013 Yukihiro Matsumoto
<a href="http://web.ornl.gov/sci/ortep/">ORTEP III</a>: The citation is made like below. There are no copyright notice, but it is likely to be put in public domain.<br />
Burnett, M. N.; Johnson, C. K. <i>ORTEP-III: Oak Ridge Thermal Ellipsoid Plot Program for Crystal Structure Illustrations,</i> Oak Ridge National Laboratory Report ORNL-6895, 1996.
</li>
+<li>
+<a href="http://janpa.sourceforge.net/">JANPA</a>: Copyright (C) 2014, Tymofii Nikolaienko.<br />
+See <a href="../etc/JANPA_license.txt">the software license for JANPA package of programs</a>.
+</li>
</ul>
<h2>2. ライセンス</h2>
<p>
-Molby は <a href="../etc/gpl.txt">GNU General Public License (GNU 一般公衆利用許諾契約書, version 2)</a> に従って配布します。
+Molby は <a href="../etc/gpl.txt">GNU General Public License (GNU 一般公衆利用許諾契約書, version 3)</a> に従って配布します。
</p>
<blockquote>
<p>
Molby: 対話型分子モデルソフトウェア（Ruby インタプリタ内蔵）
</p>
<p>
-Copyright (C) 2008-2019 Toshi Nagata <!-- copyright -->
+Copyright (C) 2008-2022 Toshi Nagata <!-- copyright -->
</p>
<p>
-このプログラムはフリーソフトウェアです。あなたはこれを、フリーソフトウェア財団によって発行された GNU 一般公衆利用許諾契約書(バージョン2か、希望によってはそれ以降のバージョンのうちどれか)の定める条件の下で再頒布または改変することができます。
+このプログラムはフリーソフトウェアです。あなたはこれを、フリーソフトウェア財団によって発行された GNU 一般公衆利用許諾契約書(バージョン3か、希望によってはそれ以降のバージョンのうちどれか)の定める条件の下で再頒布または改変することができます。
</p>
<p>
このプログラムは有用であることを願って頒布されますが、*全くの無保証* です。商業可能性の保証や特定の目的への適合性は、言外に示されたものも含め全く存在しません。詳しくはGNU 一般公衆利用許諾契約書をご覧ください。
</table>
<p><img src="../etc/md_08.png" /><img src="../etc/md_09.png" /></p>
<p>
-溶媒箱を開いたまま、目的とする分子（溶質）を新しいウィンドウで開くか作成します。溶質分子のウィンドウを最前面にした状態で、"Script" メニューから "Solvate..." コマンドを選びます。
+溶媒箱を開いたまま、目的とする分子（溶質）を新しいウィンドウで開くか作成します。溶質分子のウィンドウを最前面にした状態で、"MM/MD" メニューから "Solvate..." コマンドを選びます。
</p>
<p><img src="../etc/md_10.png" /></p>
<p>
</p>
<p><img src="../etc/coord_18.png" /></p>
<p>
-There is another important step before estimating the UFF parameters. Click on the "Bonds" button, and the bond length table is shown as below.
-</p>
-<p><img src="../etc/coord_19.png" /></p>
-<p>
-Look at the rightmost two columns, named "r0" and "real_r". The value "r0" is the equilibrium bond length, and "real_r" is the present bond length. You see that "r0" is 0.000 for Pt-Cl and Pt-N bonds. If you do not give values, then the values in the "real_r" column are used. Apparently these bond lengths are too small, so we correct the "r0" values. Appropriate values would be 2.30 for Pt-Cl and 2.00 for Pt-N. If you have other favorite values based on your experience, please feel free to use them.
+Now we need to assign UFF parameters for the metal atoms. Click the button "Guess UFF Parameters for Bonds and Angles Including Metal Atoms".
</p>
-<p><img src="../etc/coord_20.png" /></p>
+<p><img src="../etc/coord_24.png" /></p>
<p>
-You can check the "Angles" page as well. In this case, all values can be left as 0.0.
+Open the "Bonds" page, and check the columns "k" and "r0". You will find there the proposed values of force constant and equilibrium bond length, according to the UFF force field. If you find, by some reason, the values are not appropriate, then you can change them by hand.
</p>
-<p><img src="../etc/coord_21.png" /></p>
+<p><img src="../etc/coord_25.png" /></p>
<p>
-Now you can hit the "Guess UFF Parameters for Bonds..." button. Make sure that the "k" and "a0" values are now set. Look at the "Bonds" and "Atoms" pages as well and see how the parameters are changed.
+You can check the "Angles" page as well. Check the columns "k" and "a0", for the force constant and equilibrium bond angle. Note that, in the case of square planar or octahedral metal center, there are "cis" and "trans" angles. The program will assign "trans" if the current bond angle is larger than 135 degree, and "cis" otherwise. So, if your starting geometry is not quite optimal, be careful to check the angle parameters.
</p>
-<p><img src="../etc/coord_22.png" /></p>
+<p><img src="../etc/coord_26.png" /></p>
<p>
Close this dialog, and go into MM/MD calculations as usual. For example, you can perform energy minimization and get the structure like below.
</p>
-<p><img src="../etc/coord_23.png" /></p>
+<p><img src="../etc/coord_27.png" /></p>
<h2>2. Compounds Containing Metal-π Bonds</h2>
<p>
Compounds containing metal-π bonds are also problematic in molecular mechanics calculations. The implementation of metal-π bonds in Molby is based on the proposal by Doman and coworkers (<i>J. Am. Chem. Soc.</i> <b>114,</b> 7262-7272 (1992)). Herein we will see how to build a molecular model of ferrocene.
次に、各原子の "UFF type" を設定します。前の段階で UFF type を仮に設定してありますが、一通り見直して、必要なら変更してください。UFF type はポップアップメニューで選択することができます。
</p>
<p><img src="../etc/coord_18.png" /></p>
+
<p>
-UFF パラメータの設定にはもう一つ大切な作業があります。"Bonds" ボタンを押して、結合テーブルを下のように表示してください。
-</p>
-<p><img src="../etc/coord_19.png" /></p>
-<p>
-一番右の２つの列、"r0" と "real_r" を見てください。"r0" の値は平均結合長で、"real_r" は現在の結合長です。Pt-Cl と Pt-N 結合を見ますと、"r0" の値はどちらも 0.000 になっています。このままだと、分子力学計算の結合長（結合エネルギーが最小になる距離）として "real_r" の値がそのまま使われます。現在の real_r の値は、Pt-Cl, Pt-N の距離としては短すぎます。Pt-Cl は 2.30 Å, Pt-N は 2.00 Å 程度が適当でしょう。他に適当な値の候補があるなら、それを使っていただいて構いません。
+今度は、金属原子のパラメータを設定します。"Guess UFF Parameters for Bonds and Angles Including Metal Atoms" ボタンを押してください。
</p>
-<p><img src="../etc/coord_20.png" /></p>
+<p><img src="../etc/coord_24.png" /></p>
<p>
-"Angle" のページも同様にチェックしましょう。今回は、角度の方はすべて 0.0 のままで構いません。
+"Bonds" ページを開いて、"k" と "r0" の列を見てください。UFF 分子力場から予測された「力の定数」と「結合長」が入っているはずです。何らかの理由で、値が適切ではないと考えた場合は、手動で変更することもできます。
</p>
-<p><img src="../etc/coord_21.png" /></p>
+<p><img src="../etc/coord_25.png" /></p>
<p>
-"Guess UFF Parameters for Bonds..." ボタンを押します。"k", "a0" の値がセットされたことを確かめてください。"Bonds", "Atoms" のページに戻り、これらのパラメータもセットされていることを確かめてください。
+"Angles" ページも同じようにチェックしてください。"k" と "a0" の列に「力の定数」と「結合角」が入っています。金属中心が、平面正方形、または八面体構造の場合は、"cis" と "trans" の角度があります。プログラムは、現在の結合角が 135度よりも大きければ "trans" とみなし、小さければ "cis" とみなします。現在の構造が理想的な構造から離れている場合は、角度のパラメータを注意深くチェックしてください。
</p>
-<p><img src="../etc/coord_22.png" /></p>
+<p><img src="../etc/coord_26.png" /></p>
<p>
このダイアログを閉じて、MM/MD 計算を通常のように進めます。例えば、エネルギー最小化を行うと、下のような構造が得られます。
</p>
-<p><img src="../etc/coord_23.png" /></p>
+<p><img src="../etc/coord_27.png" /></p>
<h2>2. 金属-π 結合を持つ化合物</h2>
<p>
分子力学計算では、金属-π結合を持つ化合物の取り扱いも厄介です。Molby は、Doman らの方法 (<i>J. Am. Chem. Soc.</i> <b>114,</b> 7262-7272 (1992)) に準じて金属-π結合の分子力学計算を実装しています。ここでは、フェロセンの分子モデルを作成してみます。
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