<link id="#header" />
<div class="centered" lang="en">
<h1>Molby</h1>
-<h2>An Interactive Molecular Modeling Software<br />with Integrated Ruby Interpreter</h2>
-<h3>Version 1.0b1</h3> <!-- version -->
+<h2>Interactive Molecular Modeling Software<br />with Integrated Ruby Interpreter</h2>
+<h3>Version 1.1.0</h3> <!-- version -->
<h3>Toshi Nagata</h3>
-<p><a href="http://molby.sourceforge.jp/index-en.html">http://molby.sourceforge.jp/index-en.html</a></p>
+<p><a href="http://molby.osdn.jp/index-en.html">http://molby.osdn.jp/index-en.html</a></p>
</div>
<div class="centered" lang="ja">
<h1>Molby</h1>
<h2>対話型分子モデリングソフトウェア<br />（Ruby インタプリタ内蔵）</h2>
-<h3>Version 1.0b1</h3> <!-- version -->
+<h3>Version 1.1.0</h3> <!-- version -->
<h3>永田 央</h3>
-<p><a href="http://molby.sourceforge.jp/index.html">http://molby.sourceforge.jp/index.html</a></p>
+<p><a href="http://molby.osdn.jp/index.html">http://molby.osdn.jp/index.html</a></p>
</div>
<hr />
<div class="contents" lang="en">
Molby runs on the following platforms.
</p>
<ul>
-<li>Microsoft Windows (XP or later).</li>
-<li>Mac OS X (10.5 or later, PowerPC or Intel).</li>
+<li>Microsoft Windows (7 or later, 32 bit or 64 bit).</li>
+<li>Mac OS X (10.12 or later, 64 bit Intel).</li>
</ul>
<p>
<h2>2. Get the Software</h2>
<p>
-Download from the official distribution web site, <a href="http://en.sourceforge.jp/projects/molby/">http://en.sourceforge.jp/projects/molby/</a>.
+Download from the official distribution web site, <a href="http://en.osdn.jp/projects/molby/">http://en.osdn.jp/projects/molby/</a>.
</p>
<h2>3. Installation</h2>
<h3>3-1. Microsoft Windows</h3>
<p>
-The Windows version is provided as a standard setup package (<code>SetupMolby.exe</code>). Double-click the setup package, and follow the instructions. If you are not sure, just select "OK" to go proceed.
+The Windows version is provided either as a zip archive (<code>MolbyWin32.zip</code>, <code>MolbyWin64.zip</code>) or a standard setup package (<code>SetupMolbyWin32.exe</code>, <code>SetupMolbyWin.exe</code>).
</p>
<p>
-After installation is finished, you will find the Molby application registered in the "Start" menu under the item "All Programs."
+To use the zip archive, expand all contents in your favorite place, and double-click the "Molby" icon.
</p>
-
-<h3>3-2. Mac OS X</h3>
<p>
-The Mac version is provided as a disk image (<code>Molby.dmg</code>). Double-click the disk image file, and you will find a virtual disk drive mounted on the desktop. Find the Molby application inside it, and drag it to the "Applications" folder in your hard drive.
+To install on your PC, start the setup package, and follow the instructions. After installation is finished, you will find the Molby application registered in the "Start" menu under the item "All Programs."
</p>
+
+<h3>3-2. Mac OS X</h3>
<p>
-<span class="italic">Note:</span> The Mac version is provided as a universal binary, which runs natively on both PowerPC and Intel platforms.
+The Mac version is provided as a zip archive (<code>MolbyMac.zip</code>, <code>MolbyMacLegacy.zip</code> for MacOS 10.6 to 10.11). Double-click the archive, and you will get a folder including the Molby application. Drag it to the "Applications" folder in your hard drive.
</p>
<h2>4. Uninstallation</h2>
<h3>4-1. Microsoft Windows</h3>
<p>
-Use the uninstaller in the Molby folder. You can access the Molby folder from the "Start" menu (Start -> All Programs -> Molby).
+If you install Molby, use the uninstaller in the Molby folder. You can access the Molby folder from the "Start" menu (Start -> All Programs -> Molby).
</p>
<h3>4-2. Mac OS X</h3>
<p>
Molbyは以下のプラットフォームで動作します。
</p>
<ul>
-<li>Microsoft Windows (XPまたはそれ以降).</li>
-<li>Mac OS X (10.5またはそれ以降, PowerPCまたはIntel).</li>
+<li>Microsoft Windows (7またはそれ以降, 32ビットまたは64ビット).</li>
+<li>Mac OS X (10.12 またはそれ以降、64ビット).</li>
</ul>
<p>
<h2>2. ソフトウェアの入手</h2>
<p>
-公式配布サイト <a href="http://sourceforge.jp/projects/molby/">http://sourceforge.jp/projects/molby/</a> から最新版をダウンロードしてください。
+公式配布サイト <a href="http://osdn.jp/projects/molby/">http://osdn.jp/projects/molby/</a> から最新版をダウンロードしてください。
</p>
<h2>3. インストール</h2>
<h3>3-1. Microsoft Windows</h3>
<p>
-Windows版は、標準のセットアップパッケージ (<code>SetupMolby.exe</code>) で配布されています。セットアップパッケージをダブルクリックして、指示に従ってください。どうしたらよいかわからない時は、"OK"を押して進んで構いません。
+Windows版は、zip アーカイブ（<code>MolbyWin32.zip</code>:32 ビット版, <code>MolbyWin64.zip</code>: 64ビット版）、または標準のセットアップパッケージ (<code>SetupMolbyWin32.exe</code>: 32ビット版、<code>SetupMolbyWin64.exe</code>: 64ビット版) で配布されています。
</p>
<p>
-インストールが終了したら、「スタート」メニューの「すべてのプログラム」の中に Molby が入っているはずです。
+Zip アーカイブを使う時は、最初に内容をすべて展開してください。展開したフォルダの中に Molby アプリケーションがあるので、ダブルクリックして起動してください。
</p>
-
-<h3>3-2. Mac OS X</h3>
<p>
-Mac版は、ディスクイメージ (<code>Molby.dmg</code>) で配布されています。ディスクイメージをダブルクリックすると、仮想ディスクがデスクトップにマウントされます。Molby アプリケーションがその中にありますので、ハードディスクの「アプリケーション」フォルダにドラッグコピーしてください。
+セットアップパッケージを使う時は、ダブルクリックして指示に従ってください。インストールが終了したら、「スタート」メニューの「すべてのプログラム」の中に Molby が入っているはずです。
</p>
+
+<h3>3-2. Mac OS X</h3>
<p>
-<span class="italic">注:</span> Mac 版は universal binary です。PowerPC, Intel の両方のマシンで動作します。
+Mac版は、zip アーカイブ (<code>MolbyMac.zip</code>, <code>MolbyMacLegacy.zip</code> [10.6〜10.11用]) で配布されています。アーカイブをダブルクリックすると、内容が展開されて新しいフォルダができます。Molby アプリケーションがその中にありますので、ハードディスクの「アプリケーション」フォルダにドラッグコピーしてください。
</p>
<h2>4. アンインストール</h2>
<h3>4-1. Microsoft Windows</h3>
<p>
-Molbyフォルダの中にアンインストーラがあります。「スタート」メニューで「すべてのプログラム」-> Molby とたどってください。
+インストールした Molby を PC から除きたい時には、Molbyフォルダの中のアンインストーラを使ってください。「スタート」メニューで「すべてのプログラム」-> Molby とたどってください。
</p>
<h3>4-2. Mac OS X</h3>
<p>
Molby is a copyrighted product of Toshi Nagata.
</p>
<p>
-Copyright (C) 2008-2014 Toshi Nagata <!-- copyright -->
+Copyright (C) 2008-2022 Toshi Nagata <!-- copyright -->
+</p>
+<p>
+I ask for citation of the following paper in published works that utilize Molby:
</p>
+<blockquote>
+<p>
+Toshi Nagata, "Molby - Graphical Molecular Modeling Software with Integrated Ruby Interpreter,"
+<br />
+<i>Bull. Chem. Soc. Jpn.</i> <b>2014,</b> <i>87,</i> 902-904. DOI:<a href="http://dx.doi.org/10.1246/bcsj.20140093">10.1246/bcsj.20140093</a>
+</p>
+</blockquote>
<p>
Molby includes the following softwares, which are copyrighted products as described below:
</p>
<a href="http://ambermd.org/">AmberTools 1.3</a>: Copyright (C) Junmei Wang, Ross C. Walker, Michael F. Crowley, Scott Brozell and David A. Case
</li>
<li>
-<a href="http://www.wxwidgets.org/">wxWidgets 3.0.0</a>: Copyright (C) 1992-2013 Julian Smart, Robert Roebling, Vadim Zeitlin and other members of the wxWidgets team. Portions (c) 1996 Artificial Intelligence Applications Institute
+<a href="http://www.wxwidgets.org/">wxWidgets 3.2.0</a>: Copyright (C) 1992-2022 Julian Smart, Robert Roebling, Vadim Zeitlin and other members of the wxWidgets team. Portions (c) 1996 Artificial Intelligence Applications Institute
</li>
<li>
<a href="http://www.ruby-lang.org/">Ruby 2.0.0</a>: Copyright (C) 1993-2013 Yukihiro Matsumoto
<a href="http://web.ornl.gov/sci/ortep/">ORTEP III</a>: The citation is made like below. There are no copyright notice, but it is likely to be put in public domain.<br />
Burnett, M. N.; Johnson, C. K. <i>ORTEP-III: Oak Ridge Thermal Ellipsoid Plot Program for Crystal Structure Illustrations,</i> Oak Ridge National Laboratory Report ORNL-6895, 1996.
</li>
+<li>
+<a href="http://janpa.sourceforge.net/">JANPA</a>: Copyright (C) 2014, Tymofii Nikolaienko.<br />
+See <a href="../etc/JANPA_license.txt">the software license for JANPA package of programs</a>.
+</li>
</ul>
<h2>2. License</h2>
<p>
-Molby is distributed under the GNU General Public License (version 2).
+Molby is distributed under the GNU General Public License (version 3).
</p>
<blockquote>
<p>
-Molby: An Interactive Molecular Modeling Software with Integrated Ruby Interpreter
+Molby: Interactive Molecular Modeling Software with Integrated Ruby Interpreter
</p>
<p>
-Copyright (C) 2008-2014 Toshi Nagata <!-- copyright -->
+Copyright (C) 2008-2022 Toshi Nagata <!-- copyright -->
</p>
<p>
This program is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU General Public License as published by
-the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
+the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
(at your option) any later version.
</p>
<p>
Molby の著作権は永田 央が保持しています。
</p>
<p>
-Copyright (C) 2008-2014 Toshi Nagata <!-- copyright -->
+Copyright (C) 2008-2022 Toshi Nagata <!-- copyright -->
+</p>
+<p>
+Molby を利用した成果を発表される際は、以下の論文を引用していただくようお願いします。
+</p>
+<blockquote>
+<p>
+Toshi Nagata, "Molby - Graphical Molecular Modeling Software with Integrated Ruby Interpreter," <br />
+<i>Bull. Chem. Soc. Jpn.</i> <b>2014,</b> <i>87,</i> 902-904. DOI:<a href="http://dx.doi.org/10.1246/bcsj.20140093">10.1246/bcsj.20140093</a>
</p>
+</blockquote>
<p>
Molby は以下のソフトウェアを含んでいます。それぞれの著作権表示は下の通りです。
</p>
<a href="http://ambermd.org/">AmberTools 1.3</a>: Copyright (C) Junmei Wang, Ross C. Walker, Michael F. Crowley, Scott Brozell and David A. Case
</li>
<li>
-<a href="http://www.wxwidgets.org/">wxWidgets 3.0.0</a>: Copyright (C) 1992-2013 Julian Smart, Robert Roebling, Vadim Zeitlin and other members of the wxWidgets team. Portions (c) 1996 Artificial Intelligence Applications Institute
+<a href="http://www.wxwidgets.org/">wxWidgets 3.2.0</a>: Copyright (C) 1992-2022 Julian Smart, Robert Roebling, Vadim Zeitlin and other members of the wxWidgets team. Portions (c) 1996 Artificial Intelligence Applications Institute
</li>
<li>
<a href="http://www.ruby-lang.org/">Ruby 2.0.0</a>: Copyright (C) 1993-2013 Yukihiro Matsumoto
<a href="http://web.ornl.gov/sci/ortep/">ORTEP III</a>: The citation is made like below. There are no copyright notice, but it is likely to be put in public domain.<br />
Burnett, M. N.; Johnson, C. K. <i>ORTEP-III: Oak Ridge Thermal Ellipsoid Plot Program for Crystal Structure Illustrations,</i> Oak Ridge National Laboratory Report ORNL-6895, 1996.
</li>
+<li>
+<a href="http://janpa.sourceforge.net/">JANPA</a>: Copyright (C) 2014, Tymofii Nikolaienko.<br />
+See <a href="../etc/JANPA_license.txt">the software license for JANPA package of programs</a>.
+</li>
</ul>
<h2>2. ライセンス</h2>
<p>
-Molby は <a href="../etc/gpl.txt">GNU General Public License (GNU 一般公衆利用許諾契約書, version 2)</a> に従って配布します。
+Molby は <a href="../etc/gpl.txt">GNU General Public License (GNU 一般公衆利用許諾契約書, version 3)</a> に従って配布します。
</p>
<blockquote>
<p>
Molby: 対話型分子モデルソフトウェア（Ruby インタプリタ内蔵）
</p>
<p>
-Copyright (C) 2008-2014 Toshi Nagata <!-- copyright -->
+Copyright (C) 2008-2022 Toshi Nagata <!-- copyright -->
</p>
<p>
-このプログラムはフリーソフトウェアです。あなたはこれを、フリーソフトウェア財団によって発行された GNU 一般公衆利用許諾契約書(バージョン2か、希望によってはそれ以降のバージョンのうちどれか)の定める条件の下で再頒布または改変することができます。
+このプログラムはフリーソフトウェアです。あなたはこれを、フリーソフトウェア財団によって発行された GNU 一般公衆利用許諾契約書(バージョン3か、希望によってはそれ以降のバージョンのうちどれか)の定める条件の下で再頒布または改変することができます。
</p>
<p>
このプログラムは有用であることを願って頒布されますが、*全くの無保証* です。商業可能性の保証や特定の目的への適合性は、言外に示されたものも含め全く存在しません。詳しくはGNU 一般公衆利用許諾契約書をご覧ください。
</p>
</blockquote>
<p>
-参考のため、GNU 一般公衆利用許諾契約書の<a href="../etc/gpl.ja.txt">非公式日本語訳</a>を添付します。ただし、正式な文書は英語版の方です。
+参考のため、GNU 一般公衆利用許諾契約書の<a href="../etc/gpl.ja.html">非公式日本語訳</a>を添付します。ただし、正式な文書は英語版の方です。
</p>
</div>
<link id="#navigation" />
</p>
<p><img src="../etc/draw_06.png" /></p>
<p>
-The "Fit to Screen" menu command, avaiable under the "Show" menu, is a convenient way to fit the whole molecule to the window.
+The "Fit to Screen" menu command, avaiable under the "View" menu, is a convenient way to fit the whole molecule to the window.
</p>
<p><img src="../etc/draw_07.png" /></p>
<p>
</p>
<p><img src="../etc/draw_06.png" /></p>
<p>
-"Show" メニューの中に "Fit to Screen" メニューコマンドがあります。このコマンドは、分子をウィンドウサイズに合わせて表示したいときに便利です。
+"View" メニューの中に "Fit to Screen" メニューコマンドがあります。このコマンドは、分子をウィンドウサイズに合わせて表示したいときに便利です。
</p>
<p><img src="../etc/draw_07.png" /></p>
<p>
</p>
<p><img src="../etc/table_12.png" /></p>
<p>
-When you build a molecule from scratch, and open the parameter table before doing any MM/MD operations, this table is likely to be empty. This is because the MM parameters are looked up only when "Molecular Dynamics..." or "Minimize..." menu command is invoked, or you use MM/MD tools like Antechamber (see Step 4 for details). After doing some of these operations, you will see a set of parameters shown in this table.
-</p>
-<p>
The parameters are grouped in several classes, namely "VDWs", "Bonds", "Angles", "Dihedrals", "Impropers", and "VDW Pairs".
</p>
<p>
</p>
<p><img src="../etc/table_12.png" /></p>
<p>
-分子を新しく作成して、MM/MD に関連する操作を何もせずにパラメータテーブルを開くと、テーブルはおそらく空のままでしょう。分子力学パラメータは、"Molecular Dynamics..." または "Minimize..." メニューコマンドを実行したときか、Antechamber のような分子力学用ツール（第四段階参照）を使った時に初めて作成されます。これらの操作をした後には、パラメータがこのテーブルに表示されます。
-</p>
-<p>
パラメータはいくつかの種類にグループ分けされています。"VDWs", "Bonds", "Angles", "Dihedrals", "Impropers", そして "VDW Pairs" です。
</p>
<p>
</p>
<p><img src="../etc/minimize_02.png" /></p>
<p>
-A dialog like below shows up. This is for execution of Antechamber on the current molecule. Turn off the "partial charge" checkbox. The "log" directory is used by AmberTools for storing intermediate files; the default value would be acceptable, but you can change it here.
+A dialog like below shows up. This is for execution of Antechamber on the current molecule. Turn off the "Calculate partial charges" checkbox, and turn on the "Guess atom types" checkbox. The "log" directory is used by AmberTools for storing intermediate files; the default value would be acceptable, but you can change it here.
</p>
<p><img src="../etc/minimize_03.png" /></p>
<p>
</p>
<p><img src="../etc/minimize_02.png" /></p>
<p>
-下のようなダイアログが現れます。これは現在の分子に対して Antechamber を実行するためのものです。一番上のチェックボックス (partial charge) をオフにしてください。"Log" ディレクトリは、AmberTools のプログラムが中間ファイルを保存するのに使います。デフォルトの位置で問題はないでしょうが、変更してもかまいません。
+下のようなダイアログが現れます。これは現在の分子に対して Antechamber を実行するためのものです。一番上のチェックボックス "Calculate partial charge" をオフ、その下の "Guess Atom Types" をオンにしてください。"Log" ディレクトリは、AmberTools のプログラムが中間ファイルを保存するのに使います。デフォルトの位置で問題はないでしょうが、変更してもかまいません。
</p>
<p><img src="../etc/minimize_03.png" /></p>
<p>
<tr><td>tip3pbox</td>
<td>water</td>
<td>Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Klein, M. L.<br />
-J. Chem. Phys. 1983, 79, 926–935.
+<i>J. Chem. Phys.</i> <b>1983,</b> <i>79,</i> 926.
</td></tr>
<tr><td>chcl3box</td>
<td>chloroform</td>
<td>Cieplak, P.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.<br />
-J. Comp. Chem. 2001, 22, 1048<br />
+<i>J. Comp. Chem.</i> <b>2001,</b> <i>22,</i> 1048.<br />
</td></tr>
<tr><td>dmsobox</td>
<td>dimethylsulfoxide</td>
<td>Fox, T.; Kollman, P. A.<br />
-J. Phys. Chem. B 1998, 102, 8070.
+<i>J. Phys. Chem. B</i> <b>1998,</b> <i>102,</i> 8070.
</td></tr>
<tr><td>meohbox</td>
<td>methanol</td>
<td>Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.<br />
-J. Phys. Chem. 1995, 99, 6208.
+<i>J. Phys. Chem.</i> <b>1995,</b> <i>99,</i> 6208.
</td></tr>
<tr><td>nmabox</td>
<td>N-methylacetamide</td>
<td>Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.<br />
-J. Phys. Chem. 1995, 99, 6208.
+<i>J. Phys. Chem.</i> <b>1995,</b> <i>99,</i> 6208.
</td></tr>
</table>
<p><img src="../etc/md_08.png" /><img src="../etc/md_09.png" /></p>
<tr><td>tip3pbox</td>
<td>water</td>
<td>Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Klein, M. L.<br />
-J. Chem. Phys. 1983, 79, 926–935.
+<i>J. Chem. Phys.</i> <b>1983,</b> <i>79,</i> 926.
</td></tr>
<tr><td>chcl3box</td>
<td>chloroform</td>
<td>Cieplak, P.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.<br />
-J. Comp. Chem. 2001, 22, 1048<br />
+<i>J. Comp. Chem.</i> <b>2001,</b> <i>22,</i> 1048.<br />
</td></tr>
<tr><td>dmsobox</td>
<td>dimethylsulfoxide</td>
<td>Fox, T.; Kollman, P. A.<br />
-J. Phys. Chem. B 1998, 102, 8070.
+<i>J. Phys. Chem. B</i> <b>1998,</b> <i>102,</i> 8070.
</td></tr>
<tr><td>meohbox</td>
<td>methanol</td>
<td>Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.<br />
-J. Phys. Chem. 1995, 99, 6208.
+<i>J. Phys. Chem.</i> <b>1995,</b> <i>99,</i> 6208.
</td></tr>
<tr><td>nmabox</td>
<td>N-methylacetamide</td>
<td>Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.<br />
-J. Phys. Chem. 1995, 99, 6208.
+<i>J. Phys. Chem.</i> <b>1995,</b> <i>99,</i> 6208.
</td></tr>
</table>
<p><img src="../etc/md_08.png" /><img src="../etc/md_09.png" /></p>
<p>
-溶媒箱を開いたまま、目的とする分子（溶質）を新しいウィンドウで開くか作成します。溶質分子のウィンドウを最前面にした状態で、"Script" メニューから "Solvate..." コマンドを選びます。
+溶媒箱を開いたまま、目的とする分子（溶質）を新しいウィンドウで開くか作成します。溶質分子のウィンドウを最前面にした状態で、"MM/MD" メニューから "Solvate..." コマンドを選びます。
</p>
<p><img src="../etc/md_10.png" /></p>
<p>
</p>
<p><img src="../etc/coord_01.png" /></p>
<p>
-We need to build the molecular structure first. One approach is to build the organic part, and put metal atoms afterwards. Here, we will go through another route, which is more suitable for coordination compounds in general.
+We need to build the molecular structure first. One approach is to build the organic part (terpy), and put metal atoms afterwards. Here, we will go through another route, namely start from the metal fragment and add ligands afterwards. In general, this approach should be more successful in building models of coordination compounds.
</p>
<p>
Select "Open Predefined..." menu item, and find "MX4 square-planar" like below.
</p>
<p><img style="vertical-align:top;" src="../etc/coord_04.png" /><img src="../etc/coord_05.png" /></p>
<p>
-You see now a phenyl group is attached to the metal atom. Select the metal-C bond, and rotate the phenyl ring so that the ring is approximately coplanar with the metal-ligand plane.
+You see now a phenyl group is attached to the metal atom. The orientation of the phenyl ring needs to be fixed. Select the metal-C bond, and rotate the phenyl ring so that the ring is approximately coplanar with the metal-ligand plane.
</p>
<p><img src="../etc/coord_06.png" /></p>
<p>
</p>
<p><img src="../etc/coord_07.png" /></p>
<p>
-Remove the hydrogen atoms and create C-C bonds. Double-click on the carbon atoms connected to the metal, and change them to "N".
+Remove the hydrogen atoms and create C-C bonds. Double-click on the carbon atoms connected to the metal, and change them to "N". Double-click on the metal atom and change it to "Pt".
</p>
<p><img style="vertical-align:top;" src="../etc/coord_08.png" /><img style="vertical-align:top;" src="../etc/coord_09.png" /><img src="../etc/coord_10.png" /></p>
<p>
</p>
<p><img src="../etc/coord_18.png" /></p>
<p>
-One more step before estimating the UFF parameters. Click on the "Bonds" button, and the bond length table is shown as below.
+Now we need to assign UFF parameters for the metal atoms. Click the button "Guess UFF Parameters for Bonds and Angles Including Metal Atoms".
</p>
-<p><img src="../etc/coord_19.png" /></p>
+<p><img src="../etc/coord_24.png" /></p>
<p>
-Look at the rightmost two columns, named "r0" and "real_r". The value "r0" is the equilibrium bond length, and "real_r" is the present bond length. You see that "r0" is 0.000 for Pt-Cl and Pt-N bonds. If you do not give values, then the values in the "real_r" column are used. Apparently these bond lengths are too small, so we correct the "r0" values. Appropriate values would be 2.30 for Pt-Cl and 2.00 for Pt-N. If you have other favorite values based on your experience, please feel free to use them.
+Open the "Bonds" page, and check the columns "k" and "r0". You will find there the proposed values of force constant and equilibrium bond length, according to the UFF force field. If you find, by some reason, the values are not appropriate, then you can change them by hand.
</p>
-<p><img src="../etc/coord_20.png" /></p>
+<p><img src="../etc/coord_25.png" /></p>
<p>
-You can check the "Angles" page as well. In this case, all values can be left as 0.0.
+You can check the "Angles" page as well. Check the columns "k" and "a0", for the force constant and equilibrium bond angle. Note that, in the case of square planar or octahedral metal center, there are "cis" and "trans" angles. The program will assign "trans" if the current bond angle is larger than 135 degree, and "cis" otherwise. So, if your starting geometry is not quite optimal, be careful to check the angle parameters.
</p>
-<p><img src="../etc/coord_21.png" /></p>
-<p>
-Now you can hit the "Guess UFF Parameters for Bonds..." button. Make sure that the "k" and "a0" values are now set. Look at the "Bonds" and "Atoms" pages as well and see how the parameters are changed.
-</p>
-<p><img src="../etc/coord_22.png" /></p>
+<p><img src="../etc/coord_26.png" /></p>
<p>
Close this dialog, and go into MM/MD calculations as usual. For example, you can perform energy minimization and get the structure like below.
</p>
-<p><img src="../etc/coord_23.png" /></p>
+<p><img src="../etc/coord_27.png" /></p>
<h2>2. Compounds Containing Metal-π Bonds</h2>
<p>
Compounds containing metal-π bonds are also problematic in molecular mechanics calculations. The implementation of metal-π bonds in Molby is based on the proposal by Doman and coworkers (<i>J. Am. Chem. Soc.</i> <b>114,</b> 7262-7272 (1992)). Herein we will see how to build a molecular model of ferrocene.
</div>
<div class="contents" lang="ja">
<h1>第八段階：配位化合物のMM/MD計算</h1>
+<h2>1. UFF (Universal Force Field) パラメータを使う</h2>
+<p>
+配位化合物の分子モデル作成にはいろいろ問題があります。主な問題は、金属原子の分子力学パラメータが用意されていないことです。一つの合理的な方法は、Rappéらによって提案された UFF (universal force field) パラメータを使うことです (<i>J. Am. Chem. Soc.</i> <b>114</b>, 10024-10035 (1992))。 分子構造から UFF パラメータを見積もるのはやや複雑な作業ですが、プログラムによって自動化することは可能です。以下に、UFF を用いた配位化合物のモデルングに Molby がどのように利用できるかを示します。
+</p>
+<p>
+例として、(terpy)PtCl の分子モデルを作ってみましょう。terpy は 2,2':6',2"-terpyridine です。
+</p>
+<p><img src="../etc/coord_01.png" /></p>
+<p>
+最初に分子構造を作らなくてはいけません。一つの方法は、まず有機分子の部分 (terpy) を作成し、金属を後から付け加えることです。ここでは、別の方法を使ってみます。つまり、最初に金属回りの配位構造から始め、あとで配位子を付け加えます。一般的には、こちらの方が配位化合物のモデリングには適しています。
+</p>
+<p>
+"File" メニューから "Open Predefined..." を選び、下のように "MX4 square-planar" を見つけてください。
+</p>
+<p><img src="../etc/coord_02.png" /></p>
+<p>
+平面四配位の "CuCl4" 構造が現れます。
+</p>
+<p><img src="../etc/coord_03.png" /></p>
+<p>
+"Select" ツールを選び、塩素原子の１つをダブルクリックして、"C6H5" とタイプします。
+</p>
+<p><img style="vertical-align:top;" src="../etc/coord_04.png" /><img src="../etc/coord_05.png" /></p>
+<p>
+金属原子にフェニル基が結合しました。環はこの向きではいけませんので、金属-炭素結合を選択して、フェニル基を回転させ、環が金属・配位子平面と同一平面になるようにします。
+</p>
+<p><img src="../etc/coord_06.png" /></p>
+<p>
+他の２つの塩素原子も同様にフェニル基に置き換えます。
+</p>
+<p><img src="../etc/coord_07.png" /></p>
+<p>
+水素原子を削除して炭素−炭素結合を作成します。それから、金属に結合している炭素原子をダブルクリックして、"N"原子に変えます。金属原子をダブルクリックして、 "Pt" に変えます。
+</p>
+<p><img style="vertical-align:top;" src="../etc/coord_08.png" /><img style="vertical-align:top;" src="../etc/coord_09.png" /><img src="../etc/coord_10.png" /></p>
+<p>
+これで分子構造はできあがりました。次に、分子力学パラメータを設定します。"MM/MD"メニューから "Guess UFF Parameters..." コマンドを選択します。
+</p>
+<p><img src="../etc/coord_11.png" /></p>
+<p>
+下のようなダイアログが開きます。表に原子が並んでいますが、この原子は (1) 金属原子、(2) 金属原子に結合している原子、(3) (2) の原子のいずれかに結合している原子、のどれかです。言い換えれば、金属原子から「結合２つ分」以内の原子が表示されています。Pt 原子の行は赤色で表示されています。分子力学パラメータが定義されていないことを表しています。配位子の原子はすでに分子力学パラメータを持っていますが、よく見ると、間違っているものもあります。例えば、ピリジンの N 原子は "n3" タイプになっていますが、これは sp3 窒素です。
+</p>
+<p><img src="../etc/coord_12.png" /></p>
+<p>
+UFF パラメータの作成はいくつかの段階を要します。最初に、配位子の原子タイプを正しく設定します。この作業は、<a href="mm_minimize.html">第六段階</a> で行ったのとほぼ同じですが、今回は金属原子を除いた部分構造について Antechamber を実行する必要があります。"Run Antechamber for Non-Metal Fragment" ボタンを押すと、この作業が自動的に行われます。各部分構造について、電荷を与える必要があるかも知れません。例えば、カテコラト配位子を使っているなら、電荷は -2 となります。
+</p>
+<p><img style="vertical-align:top;" src="../etc/coord_13.png" /><img src="../etc/coord_14.png" /></p>
+<p>
+Antechamber を走らせる部分構造は、メインウィンドウで選択されて表示されます。ここの例では、１番目の部分構造は塩素原子１個だけを含み、２番目の部分構造はターピリジンになります。
+</p>
+<p><img src="../etc/coord_15.png" /><img src="../etc/coord_16.png" /></p>
+<p>
+Antechamber を走らせると、表は下のようになります。"type" 列の値が変わっていることに注意してください。
+</p>
+<p><img src="../etc/coord_17.png" /></p>
+<p>
+次に、各原子の "UFF type" を設定します。前の段階で UFF type を仮に設定してありますが、一通り見直して、必要なら変更してください。UFF type はポップアップメニューで選択することができます。
+</p>
+<p><img src="../etc/coord_18.png" /></p>
+
+<p>
+今度は、金属原子のパラメータを設定します。"Guess UFF Parameters for Bonds and Angles Including Metal Atoms" ボタンを押してください。
+</p>
+<p><img src="../etc/coord_24.png" /></p>
+<p>
+"Bonds" ページを開いて、"k" と "r0" の列を見てください。UFF 分子力場から予測された「力の定数」と「結合長」が入っているはずです。何らかの理由で、値が適切ではないと考えた場合は、手動で変更することもできます。
+</p>
+<p><img src="../etc/coord_25.png" /></p>
+<p>
+"Angles" ページも同じようにチェックしてください。"k" と "a0" の列に「力の定数」と「結合角」が入っています。金属中心が、平面正方形、または八面体構造の場合は、"cis" と "trans" の角度があります。プログラムは、現在の結合角が 135度よりも大きければ "trans" とみなし、小さければ "cis" とみなします。現在の構造が理想的な構造から離れている場合は、角度のパラメータを注意深くチェックしてください。
+</p>
+<p><img src="../etc/coord_26.png" /></p>
+<p>
+このダイアログを閉じて、MM/MD 計算を通常のように進めます。例えば、エネルギー最小化を行うと、下のような構造が得られます。
+</p>
+<p><img src="../etc/coord_27.png" /></p>
+<h2>2. 金属-π 結合を持つ化合物</h2>
+<p>
+分子力学計算では、金属-π結合を持つ化合物の取り扱いも厄介です。Molby は、Doman らの方法 (<i>J. Am. Chem. Soc.</i> <b>114,</b> 7262-7272 (1992)) に準じて金属-π結合の分子力学計算を実装しています。ここでは、フェロセンの分子モデルを作成してみます。
+</p>
+<p><img src="../etc/ferro_01.png" /></p>
+<p>
+"Open Predefined" から "cyclopentadienyl" を選びます。
+</p>
+<p><img style="vertical-align: top;" src="../etc/ferro_02.png" /><img src="../etc/ferro_03.png" /></p>
+<p>
+５つの炭素原子を選択し、"Create Pi Anchor" メニューコマンドを実行します。
+</p>
+<p><img src="../etc/ferro_04.png" /></p>
+<p>
+"Pi anchor" とは、「親」原子の重心を座標とする仮想的な原子です。今回は、シクロペンタジエニル環の５つの炭素原子（上で選択したもの）が pi anchor の親になります。スクリーン上では、pi anchor は緑色の小さな球で表し、親原子とは緑色の半透明の棒でつないで表示されます。
+</p>
+<p><img src="../etc/ferro_05.png" /></p>
+<p>
+環を回転させて、横から見た向きにします。Pi anchor はぎりぎり見えるようにしておきます。Pi anchor から結合を出して、新しい原子を作ります。新しい原子を Fe に変えます。
+</p>
+<p><img src="../etc/ferro_06.png" /><img src="../etc/ferro_07.png" /><img src="../etc/ferro_08.png" /></p>
+<p>
+シクロペンタジエニル環と pi anchor をコピーして、同じウィンドウ内にペーストします。新しい環を Fe 原子をはさんで反対側に移動し、新しい pi anchor と Fe 原子を結合させます。
+</p>
+<p><img src="../etc/ferro_09.png" /><img src="../etc/ferro_10.png" /><img src="../etc/ferro_11.png" /></p>
+<p>
+最後に、２つの pi anchor の間に結合を作ります。これは、環の回転障壁を正しく見積もるために必要になります。Anchor 同士の結合は、半透明の緑色で示されます。
+</p>
+<p class="note">
+環の回転は「環の原子-pi anchor-金属-他の原子」という二面角項で表されます。メタロセンの場合、「他の原子」はもう一つの pi anchor になります。ところが、直線型のメタロセンだと、「pi anchor-金属-pi anchor」の角度は常に 180°付近であるため、二面角を正しく定義することができません。このため、直線型メタロセンでは、特別に「環の原子-pi anchor-pi anchor-環の原子」という二面角で環の回転を表現します。この理由で、２つの pi anchor の間に結合を作る必要があるのです。曲がったメタロセン (Cp<sub>2</sub>TiCl<sub>2</sub> など) や、ハーフサンドイッチ型の錯体では、このような扱いは不必要です。
+</p>
+<p><img src="../etc/ferro_12.png" /></p>
+<p>
+ここからは、前と同じように UFF のダイアログを使うことが出来ます。今回は、"non-metal fragments" の計算は省略します。Antechamber はシクロペンタジエニルアニオンを正しく取り扱うことができないためです。私たちのシクロペンタジエニル環はすでに正しい原子タイプを持っていますので、これをそのまま使います。
+</p>
+<p>
+Fe の UFF タイプを "Fe2+ octahedral" に変更します。
+</p>
+<p><img src="../etc/ferro_13.png" /></p>
+<p>
+"Bonds" ラベルをクリックし、"##-fe" または "fe-##" タイプの結合の "r0" パラメータの値を変更します（"##" は pi anchor を意味します）。この値は金属-π結合の距離です。フェロセンの場合は 1.66 Å になります。
+</p>
+<p><img src="../etc/ferro_14.png" /></p>
+<p>
+"Angles" ページも編集が必要です。今回は手動で金属原子を作成したため、角度が正しくなっていないからです。"fe-##-ca" タイプの角度は 90.0（上から１０行分）、"##-fe-##" タイプの角度は 180.0（一番下の行）にします。
+</p>
+<p><img src="../etc/ferro_15.png" /></p>
+<p>
+"Guess UFF Parameters..." ボタンを押して、UFF パラメータの計算を行います。
+</p>
+<p><img src="../etc/ferro_16.png" /></p>
+<p>
+これで MM/MD 計算を試すことができます。エネルギー最小化を行うと、重なり型の配置が得られます。298K で MD を行うと、Cp 環がこの温度で自由回転していることがわかります。
+</p>
+<p><img src="../etc/ferro_17.png" /></p>
</div>
<link id="#navigation" />
</div>
<li><b>Use DFT:</b> Check if you want to use DFT.</li>
<li><b>DFT type:</b> At present only B3LYP is available in this dialog.</li>
<li><b>Basis set:</b> One of PM3, STO-3G, 3-21G, 6-31G, 6-31G(d), 6-31G(d, p), 6-311G, 6-311G(d, p), or LanL2DZ.</li>
+<li><b>Load Basis Set:</b> Additional basis set can be imported from a file. The file should be in the GAMESS standard format. See the "basis_sets" directory in the "Script" directory for examples.</li>
<li><b>Use secondary basis set:</b> Check if you want to use another basis set for certain elements.</li>
<li><b>Elements:</b> The elements (comma separated) to use secondary basis set.</li>
<li><b>Basis set:</b> The secondary basis set.</li>
<li><b>Calculate electrostatic potential:</b> This is used for RESP charge calculation for AMBER.</li>
-<li><b>Execite GAMESS on this machine:</b> (0.6.5 and later) Execute GAMESS, provided that GAMESS is installed on the same computer. Specify the full path of the GAMESS executable in "Path", and the number of CPU cores for calculation in "N of CPUs."<br />
+<li><b>Include NBO instructions:</b> When GAMESS is built with NBO (natural bond orbital) support, these checkboxes generate instructions for running NBO program for the designated properties.</li>
+<li><b>Execute GAMESS on this machine:</b> (0.6.5 and later) Execute GAMESS, provided that GAMESS is installed on the same computer. Specify the full path of the GAMESS executable in "Path", and the number of CPU cores for calculation in "N of CPUs."<br />
(Note: GAMESS may not work depending on the version of the executable.)</li>
</ul>
<p>
<li><b>Use DFT:</b> DFT 計算を行うときチェックします。</li>
<li><b>DFT type:</b> このダイアログでは B3LYP のみ指定できます。</li>
<li><b>Basis set:</b> 以下の基底が指定できます：PM3, STO-3G, 3-21G, 6-31G, 6-31G(d), 6-31G(d, p), 6-311G, 6-311G(d, p), または LanL2DZ.</li>
+<li><b>Load Basis Set:</b> ファイルから追加の基底関数を読み込みます。ファイルは GAMESS の標準的なフォーマットに従っている必要があります。ファイルの例として、"Scripts" ディレクトリの中の "basis sets" ディレクトリを見てみてください。</li>
<li><b>Use secondary basis set:</b> 特定の元素のみ別の基底を使いたいときチェックします。</li>
<li><b>Elements:</b> 別の基底を使う元素（コンマで区切って複数指定できます）。</li>
<li><b>Basis set:</b> 別の基底。</li>
<li><b>Calculate electrostatic potential:</b> RESP 電荷を求めるための静電ポテンシャルの計算を行う。</li>
-<li><b>Execite GAMESS on this machine:</b> (0.6.5 以降) Molby と同じコンピュータに GAMESS がインストールされているとき、GAMESS を実行することができます。Path に GAMESS の実行ファイルのフルパス名、N of CPUs に使用する CPU のコア数を指定します。<br />
+<li><b>Include NBO instructions:</b> GAMESS が NBO (natural bond orbital) をサポートしている場合は、これらのチェックボックスで指定したものを NBO プログラムで計算させるように、コマンドを生成します。</li>
+<li><b>Execute GAMESS on this machine:</b> (0.6.5 以降) Molby と同じコンピュータに GAMESS がインストールされているとき、GAMESS を実行することができます。Path に GAMESS の実行ファイルのフルパス名、N of CPUs に使用する CPU のコア数を指定します。<br />
（注： GAMESS のバージョンによっては動作しないことがあります。）</li>
</ul>
<p>
</div>
<div class="contents" lang="ja">
<h1>第十段階：結晶構造を取り扱う</h1>
+<p>
+単結晶Ｘ線構造解析は、分子構造の重要な情報源です。Molby は、結晶情報ファイル (CIF) を読み込み、構造データを取り扱うことができます。回折データから構造解析を行うことはできませんが、結晶構造を表示したり調べたりするのに便利な機能を持っています。
+</p>
+<h2>1. CIFデータの読み込み</h2>
+<p>
+"File" メニューから "Open..." コマンドを選び、ファイルタイプとして "Crystallographic Information File (CIF)" を選択します。
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_01.png" /></p>
+<p>
+CIF を選んで "Open" を押します。CIF の中の分子は、対称操作で関連づけられた原子との間に結合を持っていることがあります。このような場合は、下のダイアログが表示されます。
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_02.png" /></p>
+<p>
+分子が無限鎖でなく、自分自身の中に結晶学的な対称性を持っている場合は、２番目の選択肢（これが標準です）でうまくいきます。分子が無限鎖の場合は、１番目の選択肢の方が合理的です。また、対称操作で分子を拡大する機能は後でも使うことができますので、この段階では「外との結合」を無視する（３番目の選択肢）ことにしても構いません。
+</p>
+<p>
+対称操作によって拡大すると、分子は下のようになります。暗い色で表示されているのは、対称操作によって作られた原子です。
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_03.png" /></p>
+<p>
+Molby の内部では、すべての原子座標は直交座標で扱われています。しかし、単位格子内の部分座標も計算することができます。属性テーブルで "xtal coords" を選ぶと、部分座標と占有数・温度因子を表示できます。
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_04.png" /><img src="../etc/xtal_05.png" /></p>
+
+<h2>2. 結晶構造を調べる</h2>
+<p>
+結晶構造を調べるためのコマンドは "Xtal" メニューにあります。
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_06.png" /></p>
+<h3>2-1. 単位格子</h3>
+<p>
+"Unit Cell" コマンドは、単位格子のパラメータを設定するのに使います。原点と単位格子の軸ベクトルを直接設定することもできます。
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_07.png" /></p>
+<h3>2-2. 対称操作</h3>
+<p>
+"Symmetry Operation" コマンドでは、対称操作を追加・削除したり、空間群を設定したりできます。
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_08.png" /></p>
+<p>
+"Select..." ボタンを押すと、もう一つ別のダイアログが開きます。ここでは、あらかじめ定義された空間群を選択することができます。230 の空間群すべてがいろいろな原点・軸の設定で登録されています（すべての選択肢が網羅されている訳ではありませんが）。
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_09.png" /></p>
+<h3>2-3. 対称操作による拡大</h3>
+<p>
+"Complete by Symmetry" コマンドは、非対称単位内の分子の部分を対称操作によって拡大するために使います。これは、CIF を読み込む時のオプションと同様に機能しますが、結果は少し違うこともあります。（その理由は、"Complete by Symmetry" コマンドでは、異なる非対称単位中の原子間の結合の有無を、結合距離から推測するためです。CIF 読み込みの場合は、CIF に書かれた結合の情報を使います。）
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_10.png" /></p>
+<p>
+"Create Packing Diagram" コマンドは、指定した部分座標の範囲（標準は単位格子全体）に存在する原子を対称操作によって生成します。
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_11.png" /><img src="../etc/xtal_12.png" /></p>
+<p>
+"Show Periodic Image" コマンドは、新しく原子を作るのではなく、単位格子の繰り返しイメージを画面上で表示するためのものです。
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_13.png" /><img src="../etc/xtal_14.png" /></p>
+<p>
+"Remove Expanded Atoms" コマンドは、対称操作によって生成された原子を削除します。２つのオプションがあります。１つは、すべての生成原子を削除するものです。もう１つは、拡張原子のみから成る部分分子を削除するものです（この場合、元の原子と同じ分子に属する拡張原子はそのまま残されます）。
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_15.png" /></p>
+<p>
+結果は下のようになります。"Show Periodic Image" で表示している繰り返しイメージはまだ表示されていることに注意してください。これは拡張原子ではないため、削除はされません。（このイメージを消すには、"Show Periodic Image" コマンドで表示を無効にしてください。）
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_16.png" /></p>
+
+<h3>2-4. 結合・角度・最適平面</h3>
+<p>
+"Bonds and Angles with Sigma..." コマンドは、原子間の距離・角度を標準偏差付きで計算するものです。
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_17.png" /></p>
+<p>
+"Add Bond" または "Add Angle" ボタンを押して新しいエントリーを作り、それからメインウィンドウで原子を１つずつクリックして指定します。例えば、"Bond" を１つ、"Angle" を１つ作ると、下のようになります。直接結合されていない原子を指定することもできます。
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_18.png" /></p>
+<p>
+計算結果を他のソフトウェアで使うためには（例えばワードプロセッサにペーストする場合）、表の行を選択して "Export to Clipboard" ボタンを押してください。計算結果はプレーンテキストでコピーされ、他のアプリケーションにペーストできるようになります。
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_19.png" /><img src="../etc/xtal_20.png" /></p>
+<p>
+"Best-Fit Planes" コマンドは、最適平面を計算し、二面角や原子・平面間距離を計算するのに使います。ダイアログが開いたら、指定したい原子をメインウィンドウで選択して "Set Current Selection" ボタンを押してください。
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_21.png" /></p>
+
+<h3>2-5. ORTEP 描画</h3>
+<p>
+"Show ORTEP" コマンドは、下のようなウィンドウを開きます。
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_22.png" /></p>
+<p>
+ORTEP 描画は、ORTEP-III プログラムで作成しています。この結果を使う時には、下のように引用してください。
+</p>
+<ul>
+<li>
+Burnett, M. N.; Johnson, C. K. <i>ORTEP-III: Oak Ridge Thermal Ellipsoid Plot Program for Crystal Structure Illustrations,</i> Oak Ridge National Laboratory Report ORNL-6895, 1996.
+</li>
+</ul>
+<p>
+このウィンドウで、原子や結合の表示方法を指定することができます。分子の向きは、メインウィンドウでの向きとだいたい同じです（完全に同じとは言えませんが）。描画結果は、ORTEP 入力ファイルで書き出すことができます。また、グラフィックファイル（EPS, PNG, TIFF）で書き出すこともできます。ビットマップ型 (PNG, TIFF) で書き出す時には、解像度は 360 dpi になります。
+</p>
+<p><img src="../etc/xtal_23.png" /></p>
</div>
<link id="#navigation" />
</div>
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