cp $(INPUT).$(INI_MRC_EXT) $(INPUT).$(INPUT_2D_EXT);
InitialSiemensStar::
- mrcImageSiemensStar -o $(INPUT).$(INPUT_2D_EXT)tmp -m 2 -Shape $(SSTAR_SHAPE);
- mrcImageNoiseAdd -i $(INPUT).$(INPUT_2D_EXT)tmp -o $(INPUT).$(INPUT_2D_EXT) -NS $(NSRATIO) -SD 1;
- rm $(INPUT).$(INPUT_2D_EXT)tmp;
+ mrcImageSiemensStar -o $(INPUT).$(INPUT_2D_EXT) -m 2 -Shape $(SSTAR_SHAPE);
ProcessForInput::
make $(INPUT).$(CTF_2D_EXT);
rm $*.$(INPUT_2D_EXT)tmp
.$(INPUT_2D_EXT).$(CTF_2D_EXT):
- mrcImageCTFObservation -i $*.$(INPUT_2D_EXT) -o $*.$(CTF_2D_EXT) -ctfMode $(CTF_MODE) \
+ mrcImageCTFObservation -i $*.$(INPUT_2D_EXT) -o $*.$(CTF_2D_EXT)tmp -ctfMode $(CTF_MODE) \
-kV $(CTF_KV) -Cs $(CTF_CS) -df $(CTF_DEFOCUS) -Ain $(CTF_AIN);
+ mrcImageNoiseAdd -i $(INPUT).$(CTF_2D_EXT)tmp -o $(INPUT).$(CTF_2D_EXT) -NS $(NSRATIO) -SD 1;
+ rm $(INPUT).$(CTF_2D_EXT)tmp;
.$(OUT_CTF_EXT).tiff:
mrc2tiff -i $*.$(OUT_CTF_EXT) -o $*_ctf.tiff
##### Commands #####
ProcessForInput2::
- mrcImageCTFObservation -i $(INPUT).$(INPUT_2D_EXT) -o $(INPUT)-2.$(CTF_2D_EXT) -ctfMode $(CTF2_MODE) \
+ mrcImageCTFObservation -i $(INPUT).$(INPUT_2D_EXT) -o $(INPUT)-2.$(CTF_2D_EXT)tmp -ctfMode $(CTF2_MODE) \
-kV $(CTF2_KV) -Cs $(CTF2_CS) -df $(CTF2_DEFOCUS) -Ain $(CTF2_AIN);
+ mrcImageNoiseAdd -i $(INPUT).$(CTF_2D_EXT)tmp -o $(INPUT).$(CTF_2D_EXT) -NS $(NSRATIO) -SD 1;
+ rm $(INPUT).$(CTF_2D_EXT)tmp;
ln -s $(INPUT)-2.$(CTF_2D_EXT) $(INPUT)-2.mrc;
mrc2tiff -i $(INPUT)-2.$(INPUT_2D_EXT) -o $(INPUT)-2_org.tiff;
mrc2tiff -i $(INPUT)-2.$(CTF_2D_EXT) -o $(INPUT)-2_i.tiff -I;