CTFCorrection/CTFCorrection3/Makefile.config

   1 #
   2 #       This is Makefile for CTF Correction Demo.
   3 #
   4
   5 #### Input extention ####
   6
   7 #### Suffixes rule ####
   8 .SUFFIXES: .ctfinfoauto2 .ctfinfo1
   9
  10 #### INCLUDE ####
  11 -include ../CTFCorrection2/Makefile.config
  12 -include CTFAuto2List
  13 -include CTFInfo1List
  14
  15 #### Definition ####
  16
  17 #### Rules of the list created ####
  18 ctfinfoauto2:  $(FFTS:.fft=.ctfinfoauto2)
  19 ctfinfo1:      $(CTFAuto2List:.ctfinfoauto2=.ctfinfo1)
  20
  21 CTFAuto2List::
  22         echo "CTFAuto2List=\\" > CTFAuto2List
  23         ls -1 *.ctfinfoauto2 | sed s/ctfinfoauto2/ctfinfoauto2\\\\/ >> CTFAuto2List
  24         echo "" >> CTFAuto2List
  25
  26 CTFInfo1List::
  27         echo "CTFInfo1List=\\" > CTFInfo1List
  28         ls -1 *.ctfinfo1 | sed s/ctfinfo1/ctfinfo1\\\\/ >> CTFInfo1List
  29         echo "" >> CTFInfo1List
  30
  31 ##### Commands #####
  32 ProcessForInput2::
  33         mrcImageCTFObservation -i $(INPUT).$(INPUT_2D_EXT) -o $(INPUT)-2.$(CTF_2D_EXT)tmp -ctfMode $(CTF2_MODE) \
  34                                                         -kV $(CTF2_KV) -Cs $(CTF2_CS) -df $(CTF2_DEFOCUS) -Ain $(CTF2_AIN);
  35         mrcImageNoiseAdd -i $(INPUT).$(CTF_2D_EXT)tmp -o $(INPUT).$(CTF_2D_EXT) -NS $(NSRATIO) -SD 1;
  36         rm $(INPUT).$(CTF_2D_EXT)tmp;
  37         ln -s $(INPUT)-2.$(CTF_2D_EXT) $(INPUT)-2.mrc;
  38         mrc2tiff -i $(INPUT)-2.$(INPUT_2D_EXT) -o $(INPUT)-2_org.tiff;
  39         mrc2tiff -i $(INPUT)-2.$(CTF_2D_EXT) -o $(INPUT)-2_i.tiff -I;
  40         mrc2tiff -i $(INPUT)-2.$(CTF_2D_EXT) -o $(INPUT)-2.tif;
  41
  42 TIF2CTF2::
  43         make TIFS; make $(JN) mrc;
  44         make MRCS; make $(JN) cen;
  45         make CENS; make $(JN) nor;
  46         make NORS; make $(JN) fft;
  47         make FFTS;
  48         make $(JN) ctfinfoauto2;
  49         make CTFAutoList; make ctfinfo;
  50 #       touch $(INPUT).ctfinfo
  51 #       touch $(INPUT)-2.ctfinfo
  52         make CTFInfoList; make $(JN) ctf;
  53 #       make CTFS;
  54
  55 ImageAverage::
  56         touch CTF.list;
  57         rm CTF.list;
  58         ls -1 *.ctf >> CTF.list;
  59         mrcImageAverage -i CTF.list -o $(INPUT).avg;
  60         mrc2tiff -i $(INPUT).avg -o $(INPUT)_avg.tiff;
  61
  62 ##### Commands(Input to Output) #####
  63 .fft.ctfinfoauto2:
  64         ctfDetermine -i $*.fft -o $*.ctfinfoauto2 -D 27000 \
  65                                  -CutLow 0.025 -CutHigh 0.15 -d 3 -Cc 0.7 -Cs 2.1 \
  66                                  -BofMTF 1 -Ai 0.14 -Noise 0.2 -I0 1.3;
  67         mv $*.ctfinfoauto2  $*.ctfinfoauto;
  68
  69 .ctfinfoauto2.ctfinfo1:
  70         cat $*.ctfinfoauto2 >> $*.ctfinfo1 ;
  71         mv $*.ctfinfo1 $*.ctfinfo;
  72