src/blast.h

   1 #ifndef __blast_h_
   2 #define __blast_h_
   3
   4 /*      $Id: blast.h,v 1.2 2006/02/20 08:29:20 akinjo Exp $      */
   5
   6 /* data structure for PSI-BLAST profile (PSSM) */
   7
   8 /* maximum sequence length */
   9 #define MAXSEQ 1000
  10 /* secondary structure */
  11 #ifndef HALF_WINDOW_S
  12 #define HALF_WINDOW_S 9
  13 #endif
  14
  15 /* contact number */
  16 #ifndef HALF_WINDOW_N
  17 #define HALF_WINDOW_N 9
  18 #endif
  19
  20 /* residue-wise contact order */
  21 #ifndef HALF_WINDOW_O
  22 #define HALF_WINDOW_O 26
  23 #endif
  24
  25 #if NI_LEVEL==3
  26 # define NI_UNITS_S ((2*HALF_WINDOW_S+1)*21 + 40)
  27 # define NI_UNITS_N ((2*HALF_WINDOW_N+1)*21 + 40)
  28 # define NI_UNITS_O ((2*HALF_WINDOW_O+1)*21 + 40)
  29 #elif (NI_LEVEL==1 || NI_LEVEL==2)
  30 # define NI_UNITS_S ((2*HALF_WINDOW_S+1)*21 + 20)
  31 # define NI_UNITS_N ((2*HALF_WINDOW_N+1)*21 + 20)
  32 # define NI_UNITS_O ((2*HALF_WINDOW_O+1)*21 + 20)
  33 #else
  34 # define NI_UNITS_S ((2*HALF_WINDOW_S+1)*21)
  35 # define NI_UNITS_N ((2*HALF_WINDOW_N+1)*21)
  36 # define NI_UNITS_O ((2*HALF_WINDOW_O+1)*21)
  37 #endif
  38
  39 #define NO_UNITS_S (3)
  40 #define NO_UNITS_N (1)
  41 #define NO_UNITS_O (1)
  42
  43 typedef struct _pssm {
  44   int len;
  45   char *fname;
  46   char seq[MAXSEQ];
  47   double prof[MAXSEQ][21];
  48   double compo[20]; /* AA composition */
  49
  50   /* site-dependent composition weighted by seq. sep.*/
  51   double wlcompo[MAXSEQ][20];
  52 } pssm_t;
  53
  54 typedef struct _ans {
  55   int len;
  56   int nh, ne, nc;
  57   double ave_cn,sd_cn;
  58   double ave_co,sd_co;
  59   char ss[MAXSEQ];
  60   double svec[MAXSEQ][NO_UNITS_S];
  61   double nvec[MAXSEQ];
  62   double ovec[MAXSEQ];
  63 } ans_t;
  64
  65
  66 #define MAXFILES 720
  67
  68 typedef struct _mydata {
  69   int nent;
  70   long ndat;
  71   pssm_t pssm[MAXFILES];
  72   ans_t ans[MAXFILES];
  73   char *xxfile[MAXFILES];
  74 } mydata_t;
  75
  76 extern const char amino1[]; /* one-letter amino acid code */
  77
  78 extern void read_pssm(const char *file, pssm_t *prof);
  79 extern void read_ans(const char *file, ans_t *ans);
  80 extern void pssm2iunit(const int window, const int ind, const pssm_t *apssm,
  81                        double iunit[]);
  82 extern int read_file_list(char list[], mydata_t *adata);
  83
  84 double mymax3(double st[], int *ind);
  85 extern void secdp(int len, double y[][3], char psec[]);
  86 extern void secmax(int len, double y[][3], char psec[]);
  87 #endif /* __blast_h_ */