src/Objects/DataManip/pdbFile/doc/pdbFile.html

   1 <H1> pdbFile </H1>
   2
   3 <UL>
   4         <LI> Structure  <DL>
   5         <DT> pdbFile
   6                 <DD> This structure is used to treat a pdb File.
   7                 <DD> pdbFile pdb;
   8                 <DD>
   9                 <DD> pdb.PDB->ResidueSequenceNumber
  10                 <DD> pdb.PDB->Coord.x
  11                 <DD> pdb.PDB->Coord.y
  12         </DL>
  13         <LI> File  <UL>
  14                 <LI> pdbFileRead (fpt, &pdb)
  15                 <LI> pdbFileWrite(fpt, &pdb)
  16         </UL>
  17         <LI> Check <UL>
  18                 <LI> pdbFileIsAtom
  19                         <DD> if(pdbFileIsAtom(&pdb)) { }
  20                 <LI> pdbFileIsCA
  21                         <DD> if(pdbFileIsCA(&pdb)) { }
  22                 <LI> pdbFileIsEndLine
  23                         <DD> if(pdbFileIsEndLine(&pdb)) { }
  24                 <LI> pdbRecordisNearby : Adjacent Residue or not
  25                         <DD> if(pdbRecordisNearby(&pdbRecord, &pdbRecord)) { }
  26                 <LI> pdbFileIsHelix
  27                         <DD> if(pdbFileIsHelix(&pdb)) { }
  28                 <LI> pdbFileIsSheet
  29                         <DD> if(pdbFileIsSheet(&pdb)) { }
  30                 <LI> pdbFileIsTurn
  31                         <DD> if(pdbFileIsTurn(&pdb)) { }
  32                 <LI> pdbFileIsNegative
  33                         <DD> if(pdbFileIsNegative(&pdb)) { }
  34                 <LI> pdbFileIsPositive
  35                         <DD> if(pdbFileIsPositive(&pdb)) { }
  36                 <LI> pdbFileIsCharge
  37                         <DD> if(pdbFileIsCharge(&pdb)) { }
  38         </UL>
  39         <LI> Check2 <UL>
  40                 <LI> lpdbDistanceCheck : mode 0: Near 1: Far ; compare the distance between pdb->current with p v.s. distance
  41                         <DD> if(lpdbDistanceCheck(&pdb, p, distance, mode)) {
  42                 <LI> lpdbDistanceNear
  43                         <DD> if(lpdbDistanceNear(&pdb, p, distance, mode)) {
  44                 <LI> lpdbDistanceFar
  45                         <DD> if(lpdbDistanceFar(&pdb, p, distance, mode)) {
  46         </UL>
  47         <LI> Get and Set  <UL>
  48                 <p><B>Get</B>
  49                 <LI> pdbFileCoordGet(&pdb, &x, &y, &z)
  50                 <LI> unsigned char pdbFileChainIdentifierGet(&pdb)
  51                 <LI> pdbFileResidueSequenceNumberGet(&pdb)
  52                 <LI> char* pdbFileResidueNameGet(&pdb,mode)
  53                 <p><B>Set</B>
  54                 <LI> pdbFileCoordSet(&pdb, x, y, z)
  55                 <LI> pdbFileChainIdentifierSetAll(&pdb, c)
  56                 <LI> pdbFileChainIdentifierSet(&pdb, c)
  57                 <LI> pdbFileTemperatureFactorSet(&pdb, (double)temp)
  58         </UL>
  59         <LI> Seeking <UL>
  60                 <LI> pdbFileTop(&pdb)
  61                 <LI> pdbFileNext(&pdb)
  62                 <LI> pdbFileNextAtom(&pdb)
  63                 <LI> pdbFileNextCA(&pdb)
  64                 <LI> pdbFileNextProtein(&pdb)
  65                 <LI> pdbFileEnd(&pdb)
  66         </UL>
  67         <LI> New, append etc. <UL>
  68                 <LI> pdbFileNew(&pdb)
  69                 <LI> pdbFileAppend(&pdb)
  70                 <LI> pdbFileFree(&pdb)
  71         </UL>
  72         <LI> Print  <UL>
  73                 <LI> pdbFilePrint(fpt, &pdb);
  74                 <LI> pdbFileRecordPrint(fpt, &pdb);
  75                 <LI> pdbFileRecordTablePrint(fpt, &pdb);
  76         </UL>
  77         <LI> Copy <UL>
  78                 <LI> pdbFileOneRecordCopy(&pdb, &src)
  79                 <LI> pdbFileCAOnlyCopyAll(&pdb, &src)
  80                 <LI> pdbFileCopyAll(&pdb, &src)
  81                 <LI> pdbFileOneProteinCopy(&pdb, &src, num)
  82                 <LI> pdbFileCAOnlyCopyAll(&pdb, &src)
  83         </UL>
  84         <LI> Translation and rotation <UL>
  85                 <LI> pdbTrans
  86                 <LI> pdbMatrixFileRead
  87                 <LI> pdbMatrixFileWrite
  88                 <LI> pdbMatrixFileFormat
  89         </UL>
  90         <LI> Transform <UL>
  91                 <LI> lpdb2mrc3d
  92                         <DD> lpdb2mrc3d(&mrc, &pdb, &linfo, mode)
  93         </UL>
  94 </UL>
  95 <HR>
  96 <A NAME="Information">
  97 <H2>Information from source codes</H2>
  98 </A>
  99 <PRE>
 100 ../src/lpdb2mrc2d.c:
 101
 102 ../src/lpdb2mrc3d.c:
 103
 104 ../src/lpdbCoord.c:
 105
 106 ../src/lpdbCoordInfo.c:
 107
 108 ../src/lpdbSelectedAtom.c:
 109
 110 ../src/lpdbSurface.c:
 111
 112 ../src/pdbFileRead.c:
 113
 114 ../src/pdbFileWrite.c:
 115
 116 ../src/pdbGet.c:
 117
 118 ../src/pdbInfoGet.c:
 119
 120 ../src/pdbRotation.c:
 121
 122 ../src/pdbSecondaryStructure.c:
 123
 124 ../src/pdbSet.c:
 125
 126 ../src/pdbTrans.c:
 127
 128 ../src/pdbUtil.c:
 129 </PRE>
 130 <HR>
 131 <A NAME="include">
 132 <H2>pdbFile.h</H2>
 133 </A>
 134 <PRE>
 135 #ifndef PDB_FILE_H
 136 #define PDB_FILE_H
 137 /*
 138 # %M% %Y% %I%
 139 # The latest update : %G% at %U%
 140 #
 141 #%Z% pdbFile.h ver %I%
 142 #%Z% Created by tacyas
 143 #%Z%
 144 #%Z% Usage : pdbFile.h
 145 #%Z% Attention
 146 #%Z%
 147 */
 148 #include <stdio.h>
 149 #include "Matrix3D.h"
 150 #include "mrcImage.h"
 151
 152 /* constant begin */
 153 #define PDB_FILE_RECORD_FULL_LENGTH (80)
 154 #define PDB_FILE_RECORD_START       (0)
 155 #define PDB_FILE_RECORD_LENGTH      (6)
 156 #define PDB_FILE_ATOM_NUMBER_START  (6)
 157 #define PDB_FILE_ATOM_NUMBER_LENGTH (5)
 158 #define PDB_FILE_ATOM_NAME_START    (12)
 159 #define PDB_FILE_ATOM_NAME_LENGTH   (4)
 160 #define PDB_FILE_LOCATION_START     (16)
 161 #define PDB_FILE_LOCATION_LENGTH    (1)
 162 #define PDB_FILE_RESIDUE_START      (17)
 163 #define PDB_FILE_RESIDUE_LENGTH     (3)
 164 #define PDB_FILE_CHAIN_IDENT_START  (21)
 165 #define PDB_FILE_CHAIN_IDENT_LENGTH (1)
 166 #define PDB_FILE_RESNUM_START       (22)
 167 #define PDB_FILE_RESNUM_LENGTH      (4)
 168 #define PDB_FILE_INSERTION_START    (26)
 169 #define PDB_FILE_INSERTION_LENGTH   (1)
 170 #define PDB_FILE_X_START            (30)
 171 #define PDB_FILE_X_LENGTH           (8)
 172 #define PDB_FILE_Y_START            (38)
 173 #define PDB_FILE_Y_LENGTH           (8)
 174 #define PDB_FILE_Z_START            (46)
 175 #define PDB_FILE_Z_LENGTH           (8)
 176 #define PDB_FILE_OCCUPANCY_START    (54)
 177 #define PDB_FILE_OCCUPANCY_LENGTH   (6)
 178 #define PDB_FILE_TEMPERATURE_START  (60)
 179 #define PDB_FILE_TEMPERATURE_LENGTH (6)
 180 #define PDB_FILE_FOOT_START         (67)
 181 #define PDB_FILE_FOOT_LENGTH        (3)
 182 #define PDB_FILE_FOOTNOTE_START     (70)
 183 #define PDB_FILE_FOOTNOTE_LENGTH    (10)
 184 #define PDB_FILE_SEGID_START        (72)
 185 #define PDB_FILE_SEGID_LENGTH       (4)
 186 #define PDB_FILE_ELEMENT_START      (76)
 187 #define PDB_FILE_ELEMENT_LENGTH     (2)
 188 #define PDB_FILE_CHARGE_START       (78)
 189 #define PDB_FILE_CHARGE_LENGTH      (2)
 190 #define MAX_RESIDUE_NUMBER          (20)
 191 #define RESIDUE_ONECHAR_MODE        (1)
 192 #define RESIDUE_THREECHAR_MODE      (3)
 193 #define PDB_FILE_ANISOU_U11_START   (28)
 194 #define PDB_FILE_ANISOU_U11_LENGTH  (7)
 195 #define PDB_FILE_ANISOU_U22_START   (35)
 196 #define PDB_FILE_ANISOU_U22_LENGTH  (7)
 197 #define PDB_FILE_ANISOU_U33_START   (42)
 198 #define PDB_FILE_ANISOU_U33_LENGTH  (7)
 199 #define PDB_FILE_ANISOU_U12_START   (49)
 200 #define PDB_FILE_ANISOU_U12_LENGTH  (7)
 201 #define PDB_FILE_ANISOU_U13_START   (56)
 202 #define PDB_FILE_ANISOU_U13_LENGTH  (7)
 203 #define PDB_FILE_ANISOU_U23_START   (63)
 204 #define PDB_FILE_ANISOU_U23_LENGTH  (7)
 205
 206 #define pdbRecordAtom       ("ATOM  ")
 207 #define pdbRecordHeteroAtom ("HETATM")
 208 #define pdbRecordANISOU     ("ANISOU")
 209 #define pdbRecordHelix      ("HELIX ")
 210 #define pdbRecordSheet      ("SHEET ")
 211 #define pdbRecordTurn       ("TURN  ")
 212 #define pdbRecordEnd        ("END   ")
 213
 214 /* constant end */
 215
 216 /* struct begin */
 217 typedef char  pdbFileParaTypeCharacter;
 218 typedef long  pdbFileParaTypeInteger;
 219 typedef float pdbFileParaTypeReal;
 220
 221 typedef struct residueName {
 222   char residueName3[4];
 223   char residueName1[2];
 224 } residueName;
 225
 226 typedef struct pdbCoord {
 227   pdbFileParaTypeReal x;
 228   pdbFileParaTypeReal y;
 229   pdbFileParaTypeReal z;
 230 } pdbCoord;
 231
 232 typedef enum pdbSecondaryStructureHelixClass {
 233         HelixClassRightHandedAlpha = 1,
 234         HelixClassRightHandedOmega = 2,
 235         HelixClassRightHandedPi    = 3,
 236         HelixClassRightHandedGammda= 4,
 237         HelixClassRightHanded310   = 5,
 238         HelixClassLeftHandedAlpha  = 6,
 239         HelixClassLeftHandedOmega  = 7,
 240         HelixClassLeftHandedGammda = 9,
 241         HelixClassPolyProline      = 10,
 242 } pdbSecondaryStructureHelixClass;
 243
 244 typedef struct pdbSecondaryStructureHelix {
 245         int  serNum;            /* Serial Number */
 246         char* helixID;          /* HelixID : Three alpahnumeric characters */
 247 /* informtion for the initial residue */
 248         char* initResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */
 249         char initChainID;       /* Chain identifier */
 250         int  initSeqNum;    /* Sequence number of the initial residue */
 251         char initICode;
 252 /* informtion for the terminal residue */
 253         char* endResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */
 254         char endChainID;        /* Chain identifier */
 255         int  endSeqNum;    /* Sequence number of the initial residue */
 256         char endICode;
 257
 258         pdbSecondaryStructureHelixClass helixClass;
 259         char* comment;
 260         int  length;
 261 } pdbSecondaryStructureHelix;
 262
 263 typedef struct pdbSecondaryStructureSheet {
 264         int  strand;            /* Strand number which starts 1 for eache strand wihtin a sheet and increases by one */
 265         char* sheetID;    /* Sheet ID */
 266         int  numStrands;    /* Number of strands in sheet */
 267
 268 /* initial residue */
 269         char* initResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */
 270         char initChainID;       /* Chain identifier */
 271         int  initSeqNum;    /* Sequence number of the initial residue */
 272         char initICode;
 273
 274 /* informtion for the terminal residue */
 275         char* endResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */
 276         char endChainID;        /* Chain identifier */
 277         int  endSeqNum;    /* Sequence number of the initial residue */
 278         char endICode;
 279
 280         int sense;  /* 0: first strand, 1: parallel, -1: anti-paralle */
 281
 282         char* curAtom; /* Registration. Atom name in current strand */
 283         char* curResName; /* Registration. Residue name in current strand */
 284         char curChainID; /* Registration. Chain ID in current strand */
 285         int  curResSeq;  /* Registration. Res sequence in current strand */
 286         char curICode;  /* Registration. Insertion code in current strand */
 287
 288         char* prevAtom; /* Registration. Atom name in current strand */
 289         char* prevResName; /* Registration. Residue name in current strand */
 290         char prevChainID; /* Registration. Chain ID in current strand */
 291         int prevResSeq;  /* Registration. Res sequence in current strand */
 292         char prevICode;  /* Registration. Insertion code in current strand */
 293 }pdbSecondaryStructureSheet;
 294
 295
 296 typedef struct pdbSecondaryStructureTurn {
 297         int  serNum;            /* Serial Number */
 298         char* turnID;           /* Turn ID : Three alpahnumeric characters */
 299 /* informtion for the initial residue */
 300         char* initResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */
 301         char initChainID;       /* Chain identifier */
 302         int  initSeqNum;    /* Sequence number of the initial residue */
 303         char initICode;
 304 /* informtion for the terminal residue */
 305         char* endResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */
 306         char endChainID;        /* Chain identifier */
 307         int  endSeqNum;    /* Sequence number of the initial residue */
 308         char endICode;
 309
 310         char* comment;
 311 }pdbSecondaryStructureTurn;
 312
 313 typedef struct pdbSecondaryStructureNo {
 314         int   serNum;           /* Serial Number */
 315         char* noID;         /* Turn ID : Three alpahnumeric characters */
 316 /* informtion for the initial residue */
 317         char* initResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */
 318         char initChainID;       /* Chain identifier */
 319         int  initSeqNum;    /* Sequence number of the initial residue */
 320         char initICode;
 321 /* informtion for the terminal residue */
 322         char* endResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */
 323         char endChainID;        /* Chain identifier */
 324         int  endSeqNum;    /* Sequence number of the initial residue */
 325         char endICode;
 326
 327         char* comment;
 328 }pdbSecondaryStructureNo;
 329
 330 typedef enum pdbFileSecondaryStructureMode {
 331         pdbFileSecondaryStructureModeNo    = 0,
 332         pdbFileSecondaryStructureModeHelix = 1,
 333         pdbFileSecondaryStructureModeSheet = 2,
 334         pdbFileSecondaryStructureModeTurn  = 3
 335 } pdbFileSecondaryStructureMode;
 336
 337 typedef struct pdbFileSecondaryStructureRecord pdbFileSecondaryStructureRecord;
 338 struct pdbFileSecondaryStructureRecord {
 339         pdbFileSecondaryStructureMode mode;
 340         pdbSecondaryStructureHelix*   helix;
 341         pdbSecondaryStructureSheet*   sheet;
 342         pdbSecondaryStructureTurn*    turn;
 343         pdbSecondaryStructureNo*      no;
 344
 345         pdbFileSecondaryStructureRecord* prev;
 346         pdbFileSecondaryStructureRecord* next;
 347 };
 348
 349 typedef struct pdbFileSecondaryStructure {
 350         int nSecondaryStructure;
 351         pdbFileSecondaryStructureRecord* top;
 352         pdbFileSecondaryStructureRecord* SecondaryStructure;
 353 } pdbFileSecondaryStructure;
 354
 355 typedef struct pdbRecord pdbRecord;
 356
 357 struct pdbRecord {
 358   pdbFileParaTypeCharacter FullRecord[PDB_FILE_RECORD_FULL_LENGTH+1];
 359
 360   pdbFileParaTypeCharacter Record[PDB_FILE_RECORD_LENGTH+1];
 361
 362 /* ATOM and HETATM Record */
 363   pdbFileParaTypeInteger   AtomSerialNumber;
 364   pdbFileParaTypeCharacter AtomName[PDB_FILE_ATOM_NAME_LENGTH+1];
 365   pdbFileParaTypeCharacter LocationIndicator;
 366   pdbFileParaTypeCharacter ResidueName[PDB_FILE_RESIDUE_LENGTH+1];
 367   pdbFileParaTypeCharacter ChainIdentifier;
 368   pdbFileParaTypeInteger   ResidueSequenceNumber;
 369   pdbFileParaTypeCharacter InsertionCode;
 370   pdbCoord                 Coord;
 371   pdbFileParaTypeReal      Occupancy;
 372   pdbFileParaTypeReal      TemperatureFactor;
 373   pdbFileParaTypeInteger   FootnoteNumber;
 374   pdbFileParaTypeCharacter Footnote[PDB_FILE_FOOTNOTE_LENGTH+1];
 375   pdbFileParaTypeCharacter SegID[PDB_FILE_SEGID_LENGTH+1];
 376   pdbFileParaTypeCharacter Element[PDB_FILE_ELEMENT_LENGTH+1];
 377   pdbFileParaTypeCharacter Charge[PDB_FILE_CHARGE_LENGTH+1];
 378
 379   int flagANISOU;
 380   pdbRecord*               pAtomforANISOU;
 381   pdbFileParaTypeReal      U11;
 382   pdbFileParaTypeReal      U22;
 383   pdbFileParaTypeReal      U33;
 384   pdbFileParaTypeReal      U12;
 385   pdbFileParaTypeReal      U13;
 386   pdbFileParaTypeReal      U23;
 387
 388   pdbRecord*               prev;
 389   pdbRecord*               next;
 390
 391 };
 392
 393 typedef struct pdbFile {
 394   pdbRecord* top;
 395   pdbRecord* PDB;
 396   pdbFileParaTypeInteger nAtom;
 397   pdbFileSecondaryStructure second;
 398 } pdbFile;
 399 /* struct end */
 400
 401 #ifdef __cplusplus
 402 extern "C" {
 403 #endif
 404
 405 /* prototype begin */
 406 /* in pdbFileRead.c */
 407 extern void pdbFileRead(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
 408 /* in pdbFileWrite.c */
 409 extern void pdbFileWrite(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
 410 extern void pdbFileWriteCoord(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
 411 /*werewolf presents*/
 412 extern void pdbFileTableWrite(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
 413 extern void pdbFileWriteSecondaryStructure(FILE* fpt, pdbFileSecondaryStructure* second);
 414
 415
 416 extern void pdbMatrixFileFormat(FILE* fpt);
 417 extern void pdbMatrixFileRead(FILE* fpt, Matrix3D Matrix);
 418 extern void pdbMatrixFileWrite(FILE* fpt, Matrix3D Matrix);
 419
 420 extern void pdbTrans(pdbFile* pdb, Matrix3D Matrix);
 421 //extern void pdbTransCuda(pdbFile* pdb, Matrix3D Matrix);
 422 extern void pdbTransCuda(float* hv, int n, Matrix3D Matrix);
 423
 424 extern void pdbFileResidueSequenceNumberIncrementAll(pdbFile* pdb, int n);
 425 extern void pdbFileResidueSequenceNumberIncrement(pdbFile* pdb, int n);
 426
 427 extern void pdbFileChainIdentifierSetAll(pdbFile* pdb, unsigned char c);
 428 extern void pdbFileChainIdentifierSet(pdbFile* pdb, unsigned char c);
 429 extern unsigned char pdbFileChainIdentifierGet(pdbFile* pdb);
 430
 431 extern pdbFileParaTypeReal pdbFileTemperatureFactorGet(pdbFile* pdb);
 432 extern void pdbFileTemperatureFactorSet(pdbFile* pdb, double temp);
 433
 434 extern pdbFileParaTypeReal pdbFileOccupancyGet(pdbFile* pdb);
 435 extern void pdbFileOccupancySet(pdbFile* pdb, double temp);
 436
 437 extern long pdbFileCoordSet(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal x, pdbFileParaTypeReal y, pdbFileParaTypeReal z);
 438
 439 extern long pdbFileCoordGet(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal* x, pdbFileParaTypeReal* y, pdbFileParaTypeReal* z);
 440 extern long pdbFileResidueSequenceNumberGet(pdbFile* pdb);
 441 extern char* pdbFileResidueNameGet(pdbFile* pdb,int mode);
 442
 443 extern pdbRecord* pdbFileTop(pdbFile* pdb);
 444 extern pdbRecord* pdbFileTopPointer(pdbFile* pdb);
 445 extern pdbRecord* pdbFileNext(pdbFile* pdb);
 446 extern pdbRecord* pdbFileNextAtom(pdbFile* pdb);
 447 extern pdbRecord* pdbFileNextCA(pdbFile* pdb);
 448 extern pdbRecord* pdbFilePrev(pdbFile* pdb);
 449 extern pdbRecord* pdbFilePrevAtom(pdbFile* pdb);
 450 extern pdbRecord* pdbFilePrevCA(pdbFile* pdb);
 451 extern long pdbFileEnd(pdbFile* pdb);
 452 extern long pdbFileGoToEnd(pdbFile* pdb);
 453 extern long pdbFileIsEndLine(pdbFile* pdb);
 454 extern long pdbFileIsAtom(pdbFile* pdb);
 455 extern long pdbFileIsANISOU(pdbFile* pdb);
 456 extern long pdbRecordIsNearby(pdbRecord record1,pdbRecord record2);
 457 extern long pdbFileIsCA(pdbFile* pdb);
 458 extern long pdbFileIsNegative(pdbFile* pdb);
 459 extern long pdbFileIsPositive(pdbFile* pdb);
 460 extern long pdbFileIsCharge(pdbFile* pdb);
 461 extern long pdbFileIsSecondaryStructure(pdbFile* pdb);
 462 extern long pdbFileIsHelix(pdbFile* pdb);
 463 extern long pdbFileIsSheet(pdbFile* pdb);
 464 extern long pdbFileIsTurn(pdbFile* pdb);
 465 extern pdbRecord* pdbFileNew(pdbFile* pdb);
 466 extern pdbRecord* pdbFileAppend(pdbFile* pdb);
 467 extern pdbRecord* pdbFileFree(pdbFile* pdb);
 468 extern pdbRecord* pdbFileRecordPrint(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
 469
 470 extern pdbFileParaTypeInteger pdbZValueGet(pdbFile* pdb);
 471 /*werewolf presented*/
 472 extern pdbRecord* pdbFileRecordTablePrint(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
 473
 474 extern pdbFileSecondaryStructureRecord* pdbFileSecondaryStructureRecordPrint(FILE* fpt, pdbFileSecondaryStructureRecord* second);
 475 extern pdbRecord* pdbFileCAOnlyCopy(pdbFile* pdb, pdbFile* src);
 476 extern void pdbFileCAOnlyCopyAll(pdbFile* pdb, pdbFile* src);
 477 extern void pdbFileCopyAll(pdbFile* dst, pdbFile* src);
 478 extern void pdbFileAppendAll(pdbFile* dst, pdbFile* src);
 479 extern pdbRecord* pdbFileOneRecordCopy(pdbFile* dst, pdbFile* src);
 480 extern void pdbFileOneProteinCopy(pdbFile* dst, pdbFile* src, long num);
 481
 482
 483 extern void pdbRotationFollowingEulerAngle(pdbFile* pdb, char Mode[4], pdbFileParaTypeReal rot1, pdbFileParaTypeReal rot2, pdbFileParaTypeReal rot3);
 484 extern void pdbRotationFollowingEulerAngleInverse(pdbFile* pdb, char Mode[4], pdbFileParaTypeReal rot1, pdbFileParaTypeReal rot2, pdbFileParaTypeReal rot3);
 485 extern void pdbRotationXYZ(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);
 486 extern void pdbRotationZYX(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);
 487 extern void pdbRotationZXY(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);
 488 extern void pdbRotationYXZ(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);
 489
 490 extern int pdbSecondaryStructureSetFromPDB(pdbFile* pdb, pdbFileSecondaryStructure* second);
 491 extern int pdbNoSecondaryStructureSetFromPDB(pdbFile* pdb, pdbFileSecondaryStructure* second);
 492 extern int pdbSecondaryStructureAppend(pdbFileSecondaryStructure* second);
 493 extern pdbFileSecondaryStructureMode pdbFileWithSecondaryStructure(pdbFile* pdb, pdbFileSecondaryStructure* second);
 494
 495 /* prototype end */
 496
 497 #ifdef __cplusplus
 498 }
 499 #endif
 500 #endif /* PDB_FILE_H */
 501 </PRE>