src/Tools/mrcImage/mrcImageDeconvolution/src/mrcImageDeconvolution.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>mrcImageDeconvolution</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>mrcImageDeconvolution</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: mrcImageDeconvolution
  10 Options:
  11     [-i[nput]            In                  (NULL      ).as(inFile::mrcImage    ) ] :Essential :Input: Src
  12     [-k[ernel]           Kernel              (NULL      ).as(inFile::mrcImage    ) ] :Essential :Input: Kernel
  13     [-k[ernel]centre     KernelCentre        (1         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Input: Kernel Centre
  14     [-o[utput]           Out                 (NULL      ).as(outFile::mrcImage   ) ] :Essential :Output: Dst
  15     [-o[utput]conv       OutConv             (NULL      ).as(outFile::mrcImage   ) ] :Optional  :Output: Conv*Dst to compare with in
  16     [-O[utput]           OutASCII            (stdout    ).as(outFile::ASCII      ) ] :Optional  :Output: Param
  17     [-O[utput]RMSD       OutRMSD             (NULL      ).as(outFile::mrcImage   ) ] :Optional  :Output: Param
  18     [-thresCTF           thresCTF            (1e-4      ).as(Real                ) ] :Optional  :threshold CTF for InverseFilter
  19     [-NSRatio            NSRatio             (0.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :N/S Ratio for R-dependent Wiener Filter
  20     [-NSCoeff            NSCoeff             (0.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :N/S Coeff for R-dependent Wiener Filter
  21     [-Pad3DMode          Pad3DMode           (1         ).as(Integer             ) ] :Optional  :lmrcImage3DPad Mode
  22     [-r[max]             r                   (0         ).as(Real                ) ] :Optional  :Pad3D: [pix] Threshold radius of signal.Default is min(Nx,Ny).
  23     [-w[idth]            w                   (1         ).as(Real                ) ] :Optional  :Pad3D: [pix] Width of slope. For mode 1.
  24     [-v[alue]            v                   (0         ).as(Real                ) ] :Optional  :Pad3D: Value of out of threshold.
  25     [-Floating                                                                     ] :Optional  :Pad3D: Floating
  26     [-maxIter            maxIter             (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :maxIteration for Iterative
  27     [-minRMSD            minRMSD             (0.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :min of MRSD for Iterative
  28     [-lambda             lambda              (0.5       ).as(Real                ) ] :Optional  :lambda for Iterative
  29     [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
  30     [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
  31 ----- Additional Usage -----
  32 Deconvolution Mode
  33 0: No deconvolution
  34 1: CTF/|CTF| (phase flipping)
  35 2: CTF       (CTF-Multi)
  36 3: 1/CTF     (Inverse Filter)
  37 4: CTF/(SQR(CTF)+SQR(NS))  (Wiener Filter)
  38 5: SQR(CTF) x CTF/|CTF|    (phase flipping + ctfWeighted)
  39 6: 1/|CTF|                   (No phase-flipping: Inverse Filter)
  40 7: |CTF|/(SQR(CTF)+SQR(NS))  (No phase-flipping: Wiener Filter)
  41 8:  CTF /(SQR(CTF)+SQR(NS*exp(a*R)))  (phase-flipping:    Wiener Filter + Noise)
  42 9: |CTF|/(SQR(CTF)+SQR(NS*exp(a*R)))  (No phase-flipping: Wiener Filter + Noise)
  43 </PRE>
  44 </BODY>
  45 </HTML>