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Merge branch 'master' of git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base v2.3.1p0152
authorTakuo Yasunaga <yasunaga@bio.kyutech.ac.jp>
Mon, 8 Jun 2015 02:08:01 +0000 (11:08 +0900)
committerTakuo Yasunaga <yasunaga@bio.kyutech.ac.jp>
Mon, 8 Jun 2015 02:08:01 +0000 (11:08 +0900)
17 files changed:
1  2 
src/Objects/DataManip/dmFile/doc/dmFile.html
src/Objects/DataManip/mrcImage/src/mrcImageCopy.c
src/Objects/DataManip/pdbFile/src/pdbTrans.c
src/Objects/General/eosBayes/src/X86LINUX64
src/Tools/Config/Target.inc
src/Tools/DataManip/.Source.org
src/Tools/mrcImage/mrcImage3DPeakGet/src/X86LINUX64
src/Tools/mrcImage/mrcImage3DPeakGet/src/mrcImage3DPeakGet.html
src/Tools/mrcImage/mrcImageLocalMaximumValuesFind/src/X86LINUX64
src/Tools/mrcImage/mrcImageSNEstimate/src/X86LINUX64
src/Tools/mrcImage/mrcImageSNEstimate/src/mrcImageSNEstimate.html
src/Tools/openGL/gmolvie/src/gmolvie.html
src/Tools/pdbUtil/pdb2mrc2d/src/pdb2mrc2d.c
src/Tools/pdbUtil/pdb2mrc2d/src/test/Makefile
src/Tools/pdbUtil/pdbHomologySearch/src/pdbHomologySearch.html
src/Tools/pdbUtil/pdbMatrixCreate/src/pdbMatrixCreate.html
src/Tools/pdbUtil/pdbView/src/pdbView.html

@@@ -12,6 -12,8 +12,8 @@@
  static char __sccs_id[] = "@(#)mrcImageCopy ver1.1; Date:96/05/08 @(#)";
  #include <math.h>
  #include <stdlib.h>
 -#define DEBUG
++#undef DEBUG
+ #include "genUtil.h"
  #include "../inc/mrcImage.h"
  
  void
@@@ -16,7 -16,8 +16,8 @@@ static char __sccs_id[] = "@(#)pdbTran
  #include <math.h>
  #include <time.h>
  
--#define DEBUG
++#undef DEBUG
+ #undef DEBUG2
  #include "../inc/pdbFile.h"
  #include "String.h"
  #include "eosCuda.h"
index 0000000,0000000..949b78b
new file mode 120000 (symlink)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++../../../../../hostdepend/X86LINUX64/src/Objects/General/eosBayes/src/X86LINUX64
@@@ -38,8 -38,8 +38,10 @@@ check
        done
  
  depend: check
++      @echo ${SOURCE}; \
        @for dir in ${SOURCE}; \
        do \
++              echo $${dir}; \
                ${CD} $${dir}; make depend; ${CD} ..; \
        done
                
index 0000000,f3caea9..99e07fe
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,4 +1,2 @@@
 -bmp2mrc \
 -dm \
+ SOURCE=\
+ #LastSource
index 0000000,0000000..5a40cf3
new file mode 120000 (symlink)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++../../../../../hostdepend/X86LINUX64/src/Tools/mrcImage/mrcImage3DPeakGet/src/X86LINUX64
index 0000000,ea2d12f..f0d15b5
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,19 +1,1 @@@
 -<HTML>
 -<HEAD>
 -<TITLE>mrcImage3DPeakGet</TITLE>
 -</HEAD>
 -<BODY>
 -<H1>mrcImage3DPeakGet</H1>
 -<H2>Usage</H2>
 -<PRE>
 -Usage: mrcImage3DPeakGet
 -Options:
 -    [-i[nput]            In                  (NULL      ).as(inFile::mrcImage    ) ] :Essential :Input:3D
 -    [-I[nformation]      Info                (stdin     ).as(inFile::ASCII       ) ] :Optional  :Input:ROI Info
 -    [-o[utput]           Out                 (stdout    ).as(outFile::ASCII      ) ] :Optional  :Output:Positon
 -    [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
 -    [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
 ------ Additional Usage -----
 -</PRE>
 -</BODY>
 -</HTML>
++/bin/bash: mrcImage3DPeakGet: そのようなファイルやディレクトリはありません
index 0000000,0000000..57bb53d
new file mode 120000 (symlink)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++../../../../../hostdepend/X86LINUX64/src/Tools/mrcImage/mrcImageLocalMaximumValuesFind/src/X86LINUX64
index 0000000,0000000..11d615a
new file mode 120000 (symlink)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++../../../../../hostdepend/X86LINUX64/src/Tools/mrcImage/mrcImageSNEstimate/src/X86LINUX64
index 0000000,d96efba..6229eba
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,1 +1,1 @@@
 -/bin/bash: mrcImageSNEstimate: No such file or directory
++/bin/bash: mrcImageSNEstimate: そのようなファイルやディレクトリはありません
@@@ -1,18 -1,18 +1,1 @@@
--<HTML>
--<HEAD>
--<TITLE>gmolvie</TITLE>
--</HEAD>
--<BODY>
--<H1>gmolvie</H1>
--<H2>Usage</H2>
--<PRE>
--Usage: gmolvie
--Options:
--    [-i[nput]            In                  (NULL      ).as(inFile              ) ] :Essential :InputDataFile
--    [-o[utput]           Out                 (NULL      ).as(outFile             ) ] :Essential :OutputDataFile
--    [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
--    [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
------- Additional Usage -----
--</PRE>
--</BODY>
--</HTML>
++/bin/bash: gmolvie: そのようなファイルやディレクトリはありません
@@@ -3,7 -3,7 +3,7 @@@ include ../../../Config/Define.in
  include ../../../../Config/Define.inc
  include ../../../../../Config/Define.inc
  
--all: help exec
++all: help exec exec2 exec3 exec4
  
  help:
        @echo "----- Help Message Check -----"
@@@ -14,4 -14,14 +14,16 @@@ exec
        ../$(OSTYPE)/$(OBJECTNAME)  -i data/121p.shift.pdb -o data/121p.mrc2d -O data/121p.mrc2dStack -s -30 -30 -n 13 13 -d 5 5 -Rot 8 8  -m 3 -sig 3
        @echo "----- Calc check -----"          
  
+ exec2:
+       @echo "----- Execution Check -----"
+       ../$(OSTYPE)/$(OBJECTNAME)  -i data/121p.shift.pdb -o data/121p.mrc2d2 -O data/121p.mrc2dStack2 -s -32 -32 -n 32 32 -d 2 2 -Rot 12 12 -m 3 -sig 3 
+       @echo "----- Calc check -----"          
+ exec3:
+       @echo "----- Execution Check -----"
+       ../$(OSTYPE)/$(OBJECTNAME)  -i data/121p.shift.pdb -o data/121p.mrc2d3 -O data/121p.mrc2dStack3 -s -32 -32 -n 32 32 -d 2 2 -Rot 4 4 -m 3 -sig 3 
+       @echo "----- Calc check -----"          
++exec4:
++
  clean:
@@@ -1,1 -1,1 +1,1 @@@
--/bin/bash: pdbHomologySearch: No such file or directory
++/bin/bash: pdbHomologySearch: そのようなファイルやディレクトリはありません
@@@ -1,1 -1,1 +1,1 @@@
--/bin/bash: pdbMatrixCreate: No such file or directory
++/bin/bash: pdbMatrixCreate: そのようなファイルやディレクトリはありません
@@@ -1,1 -1,1 +1,1 @@@
--/bin/bash: pdbView: No such file or directory
++/bin/bash: pdbView: そのようなファイルやディレクトリはありません