doc/SmallTools/mrc2Dto3D.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>mrc2Dto3D</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>mrc2Dto3D</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: mrc2Dto3D
  10 Options:
  11     [-i[nput]            In                  (NULL      )] :Optional  :InputDataFile
  12     [-I[nput]            In2                 (NULL      )] :Optional  :InputDataFile
  13     [-o[utput]           Out                 (NULL      )] :Essential :OutputDataFile
  14     [-O[utput]           Out2                (NULL      )] :Optional  :OutputDataFile[2DMulti]
  15     [-single             single              (1         )] :Optional  :SingleTiltMode
  16     [-InterpolationMode  InterpolationMode   (1         )] :Optional  :InterpolationMode
  17     [-Double             ] :Optional  :DoubleTiltMode
  18     [-DoubleCounter      DoubleCounter       (NULL      )] :Optional  :DoubleCounter
  19     [-CounterThreshold   CounterThreshold    (1e-6      )] :Optional  :CounterThreshold
  20     [-CounterThresholdModeCounterThresholdMode(0         )] :Optional  :CounterThresholdMode
  21     [-WeightMode         WeightMode          (0         )] :Optional  :WeightMode
  22     [-thicknessWeight    ] :Optional  :ThicknessWeight
  23     [-Sub[Sampling]      SubSampling         (1         )] :Optional  :SubSampling: [pixel]
  24     [-PlusXrot           ] :Optional  :plus x-rotation by 180 for rasmol.
  25     [-N                  Nx                  (0         )Ny                  (0         )Nz                  (0         )] :Optional  :OutputSize
  26     [-SIRT               ] :Optional  :by SIRT
  27     [-max[Iter]          maxIter             (30        )] :Optional  :MaxIteration for SIRT
  28     [-rms                rms                 (1.0       )] :Optional  :Ending Conditions: rms for SIRT
  29     [-CTF[Info]          CTFInfo             (NULL      )] :Optional  :CTFInfo: for SIRT
  30     [-c[onfig]           configFile          (NULL      )] :Optional  :ConfigurationFile
  31     [-m[ode]             mode                (0         )] :Optional  :Mode
  32 ----- Additional Usage -----
  33 -m Option
  34     0:SimpleBackProjection
  35     1:FilteredBackProjection
  36 -single 0|1
  37     0: tilt axis is parallel to x-axis
  38     1: tilt axis is parallel to y-axis
  39 -Double
  40     Double Tilt
  41 -WeightMode
  42     1 : RealSpace: Circle(same density)
  43     2 : RealSpace: Circle(weighted density)
  44     3 : RealSpace: Square(weighted density)
  45     4 : Fourier Space : Plane(same density) -CounterThreshold 0.5
  46     5 : Fourier Space : Plane(Linear Gradient)-CounterThreshold 0.5
  47     6 : Fourier Space : Plane(Cosine Gradient) Current Recommende using -CounterThreshold 0.5
  48 -------------------------------
  49 -I Option file format
  50 filename0 RotationOrder0 rot1 rot2 rot3
  51 filename1 RotationOrder1 rot1 rot2 rot3
  52 .......................................
  53 >>> RotationOrder : Eular Angle Expression <<<
  54 Example: YOYS : RotY(rot3)RotX(rot2)RotY(rot1)*v
  55 First Rotation  : y-axis : Y: Y     : [X|Y|Z] Axis used initially
  56 Second Rotation : x-axis : O: Odd   : [O|E]   Parity of axis permutation
  57 Last Rotation   : z-axis : Y: Yes   : [Y|N]   Repetition of initial axis as last
  58 v1 = A v0                : S: Staic : [S|R]   Frame from which axes are taken
  59 </PRE>
  60 </BODY>
  61 </HTML>