doc/SmallTools/mrcImage2pdb.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>mrcImage2pdb</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>mrcImage2pdb</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: mrcImage2pdb
  10 Options:
  11     [-i[nput]            In                  (NULL      ).as(inFile              ) ] :Essential :InputDataFile
  12     [-o[utput]           Out                 (NULL      ).as(outFile             ) ] :Essential :OutputDataFile
  13     [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
  14     [-m[ode]             mode                (5         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
  15     [-hi[gh]             h                   (0         ).as(Real                ) ] :Optional  :Value of high threshold. Default is the MAX.
  16     [-lo[w]              l                   (0         ).as(Real                ) ] :Optional  :Value of low threshold. Default is the MIN.
  17     [-L[attice]                                                                    ] :Optional  :Atoms are on lattice points
  18     [-Skip               Skip                (1         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Skip atoms.
  19     [-R[andom]           Random              (0         ).as(Real                ) ] :Optional  :Random
  20     [-d[elta]            delta               (0.1       ).as(Real                ) ] :Optional  :Delta to select atoms to avoid too much concentration. Requiers 0-0.5 value. For mode2-4.
  21 ----- Additional Usage -----
  22 mode0: One atom for one boxel.
  23 mode1: Eight atoms for one boxel.
  24 mode2: On the surface of high threshold. Atoms few.
  25 mode3: On the surface of high threshold. Atoms medium.
  26 mode4: On the surface of high threshold. Atoms many
  27 mode5 (Default) : On the surface of high threshold. Mesh mode.
  28 </PRE>
  29 </BODY>
  30 </HTML>