doc/SmallTools/pdbAtomSection.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>pdbAtomSection</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>pdbAtomSection</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: pdbAtomSection
  10 Options:
  11     [-i[nput]            In                  (NULL      ).as(inFile              ) ] :Essential :InputDataFile
  12     [-i[nput of ]f[lags] InFlags             (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :InputFlagsFile
  13     [-o[utput]           Out                 (NULL      ).as(outFile             ) ] :Essential :OutputDataFile
  14     [-dist[ance]         distance            (2.5       ).as(Real                ) ] :Optional  :DistanceOfSections
  15     [-zmin[imum]         zmin                (0.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :Minimum of Z
  16     [-zmax[imum]         zmax                (90.0      ).as(Real                ) ] :Optional  :Maximum of Z
  17     [-f[lag]m[ode]       flagMode            (13        ).as(Integer             ) ] :Optional  :flag mode
  18     [-r[adius]           radius              (1.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :radius of the circle
  19     [-c[ircle]l[ine]w[idth]clinewidth          (0.1       ).as(Real                ) ] :Optional  :circle line width
  20     [-p[eptide bond]l[ine]w[idth]plinewidth          (0.1       ).as(Real                ) ] :Optional  :peptide bond line width
  21     [-fontsize           fontsize            (2.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :font size
  22     [-A[bsolute]S[caleofPSFile]scale               (1.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :absolute scale of PS file (-AS 1 := 1 mm/A)
  23     [-shiftx             shiftx              (0.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :pdb Shift x [A]
  24     [-shifty             shifty              (0.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :pdb Shift y [A]
  25     [-shiftz             shiftz              (0.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :pdb Shift z [A]
  26     [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
  27     [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
  28
  29
  30
  31 format for Flags File
  32 one line of the file
  33 chainIdertifier&sequenceNumber(R123) FlagMode circleRedius circlelinewidth fontsize
  34 FlagMode
  35      0: display nothing
  36      1: one char amino acid name
  37      2: three char amino acid name
  38      4: chain identifier
  39      8: sequence number
  40     16: display any atom
  41      default: 13 (display R123T)
  42 </PRE>
  43 </BODY>
  44 </HTML>