doc/SmallTools/pdbTwoProteinFit.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>pdbTwoProteinFit</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>pdbTwoProteinFit</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: pdbTwoProteinFit
  10 Options:
  11     [-i[nput]            In                  (NULL      ).as(inFile              ) ] :Essential :InputDataFile
  12     [-i[nput]res[idue]   InResidue           (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ResidueInformationOfInputData
  13     [-i[nput]sel[ectResidue]SelectIn            (NULL      ).as(outFile             ) ] :Optional  :Output: Selected residue of in after fitting
  14     [-r[ef]              Ref                 (NULL      ).as(inFile              ) ] :Essential :ReferenceDataFile
  15     [-r[ef]res[idue]     RefResidue          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ResidueInfomationOfReferenceData
  16     [-r[ef]sel[ectResidue]SelectRef           (NULL      ).as(outFile             ) ] :Optional  :Output: Selected residue of after fitting
  17     [-o[utput]           Out                 (NULL      ).as(outFile             ) ] :Essential :OutputDataFile
  18     [-o[utput]Matrix     Matrix              (stdout    ).as(outFile             ) ] :Optional  :OutputMatrix
  19     [-o[utput]Param      Param               (stdout    ).as(outFile             ) ] :Optional  :OutputParam
  20     [-o[utput]Dis[tance] outDis              (stdout    ).as(outFile             ) ] :Optional  :Output: PDB Distance as Temp
  21     [-o[utput]Dis[tance]2outDis2             (stdout    ).as(outFile             ) ] :Optional  :Output: Distance List for Ca
  22     [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :ConfigurationFile
  23     [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
  24 >>>> Input and Reference File Format<<<<
  25 ResidueNumberToBeFitted
  26 ...
  27 If |, all residules are sellected till the residue in the next line
  28 </PRE>
  29 </BODY>
  30 </HTML>