SingleParticle/Reference0/Makefile

   1 #
   2 #       This is makefile of Sample for 3D-Reconstrucion.
   3 #
   4
   5 #### Root Makefile ####
   6 MAKE_ROOT=Refernce0
   7
   8 #### Input extention ####
   9 # These extensions must all be different.
  10 INI_PDB_EXT=pdb
  11 INI_3D_EXT=ini3d
  12 INI_2D_EXT=ini2d
  13 BASE_ROI_EXT=roibase
  14 IN_ROI_EXT=roi
  15 OUT_PAD_EXT=pad
  16 OUT_PCA_EXT=pca
  17 ROI_SINO_EXT=sino
  18 SINO_FET_EXT=fet
  19 SINO_FET0_EXT=width
  20 SINO_FET2_EXT=kurtosis
  21 REF_SIZE_EXT=size
  22 REF_3D_EXT=ref3d
  23 REF_2D_EXT=ref2d
  24 OUT_CORR_EXT=corinfo
  25 NOR_CMAP_EXT=cornor1
  26 NOR_CORR_EXT=norinfo
  27 3D_INFO_EXT=3dinfo
  28 3D_LIST_EXT=3dlst
  29 3D_DIV_EXT=3ddivlst
  30 OUT_FIT_EXT=norfit
  31 OUT_3D_EXT=3d
  32 IN_TIFF_EXT=mrc
  33 IN_1D_EXT=1d
  34 DST_1D_EXT=1ddst
  35
  36
  37 #### Suffixes rule ####
  38 .SUFFIXES: .$(INI_PDB_EXT) .$(INI_3D_EXT) .$(BASE_ROI_EXT) .$(INI_2D_EXT) .$(REF_3D_EXT) .$(REF_2D_EXT) .$(IN_ROI_EXT) .$(OUT_PAD_EXT) .$(OUT_PCA_EXT) .$(ROI_SINO_EXT) .$(SINO_FET_EXT) .$(SINO_FET0_EXT) .$(SINO_FET2_EXT) .$(OUT_CORR_EXT) .$(NOR_CORR_EXT) .cordst .cornor1 .cornor2 .cornor3 .cornor4 .$(3D_INFO_EXT) .$(OUT_FIT_EXT) .$(3D_LIST_EXT) $(3D_DIV_EXT) .$(OUT_3D_EXT) .$(IN_TIFF_EXT) .tiff .txt .$(IN_1D_EXT) .$(DST_1D_EXT)
  39
  40
  41 #### INCLUDE ####
  42 SHELL=/bin/bash
  43
  44 -include ${EOS_HOME}/tutorial/TIPS/Help/Makefile/Makefile-lib
  45 -include BASE_ROI_LIST
  46 -include IN_ROI_LIST
  47 -include ROI_SINO_LIST
  48 -include OUT_PAD_LIST
  49 -include OUT_PCA_LIST
  50 -include SINO_FET_LIST
  51 -include OUT_CORR_LIST
  52 -include 3D_INFO_LIST
  53 -include NOR_CORR_LIST
  54 -include OUT_3D_LIST
  55 -include IN_TIFF_LIST
  56 -include 3D_LIST_LIST
  57 -include IN_1D_LIST
  58
  59
  60 #### Definition ####
  61 # Target structure name
  62 TARGET=Target
  63
  64 # Interpolation mode(CommonSetting: Input, Ref, Output)
  65 IN_MODE=2
  66
  67 ###For Input Data
  68 ## For mrc3Dto2D(Input)
  69 # RotMode
  70 IN_ROTMODE=XEYS
  71 # Rot1
  72 IN_ROT1MIN=0
  73 IN_ROT1MAX=150
  74 IN_ROT1D=30
  75 IN_ROT1N=`expr \( $(IN_ROT1MAX) - $(IN_ROT1MIN) \) / $(IN_ROT1D) + 1`
  76 # Rot2
  77 IN_ROT2MIN=0
  78 IN_ROT2MAX=330
  79 IN_ROT2D=30
  80 IN_ROT2N=`expr \( $(IN_ROT2MAX) - $(IN_ROT2MIN) \) / $(IN_ROT2D) + 1`
  81 # Rot3
  82 IN_ROT3MIN=0
  83 IN_ROT3MAX=0
  84 IN_ROT3D=10
  85 IN_ROT3N=`expr \( $(IN_ROT3MAX) - $(IN_ROT3MIN) \) / $(IN_ROT3D) + 1`
  86 # 0:Mercator 1:Mollweide
  87 IN_EX_MODE=1
  88 # Noise/Signal-Ratio(if you wish no-noise, set 0)
  89 NSRATIO=0
  90
  91 ## Pre-processing(Pad)
  92 # InputPadSize
  93 PAD_W=64
  94 PAD_H=64
  95
  96
  97 ###For Ref Data
  98 ## For Calc Width with PCA
  99 # Percentage of BackGround-Threshold
 100 PERSD=0.6
 101
 102 ## For Calc Width with Sinogram
 103 # Sinogram delta phi
 104 DPHI=1
 105
 106 ## For Calc Volume
 107 # Molecule Number
 108 #MOLNUM=43000
 109 MOLNUM=19420
 110
 111 ## mrc3Dto2D(Ref)
 112 # RotMode
 113 ROTMODE=$(IN_ROTMODE)
 114 # Rot1
 115 ROT1MIN=$(IN_ROT1MIN)
 116 ROT1MAX=$(IN_ROT1MAX)
 117 ROT1D=$(IN_ROT1D)
 118 ROT1N=`expr \( $(ROT1MAX) - $(ROT1MIN) \) / $(ROT1D) + 1`
 119 # Rot2
 120 ROT2MIN=$(IN_ROT2MIN)
 121 ROT2MAX=$(IN_ROT2MAX)
 122 ROT2D=$(IN_ROT2D)
 123 ROT2N=`expr \( $(ROT2MAX) - $(ROT2MIN) \) / $(ROT2D) + 1`
 124 # Rot3
 125 ROT3MIN=$(IN_ROT3MIN)
 126 ROT3MAX=$(IN_ROT3MAX)
 127 ROT3D=$(IN_ROT3D)
 128 ROT3N=`expr \( $(ROT3MAX) - $(ROT3MIN) \) / $(ROT3D) + 1`
 129 # Expansion mode
 130 # 0:Mercator 1:Mollweide
 131 EX_MODE=$(IN_EX_MODE)
 132
 133 ### For mrcImageCorrelation
 134 # Rot(2D)
 135 STEP=12
 136 ROTMIN=0
 137 ROTMAX=359
 138 nROT=`echo "" | awk 'BEGIN {printf 360 / $(STEP)}'`
 139
 140 # mode
 141 COR_MODE=18
 142
 143 # For Reduce List(range :0 <= p < 100)(if you wish no-reduce, set 0.)
 144 REDUCE_P=0
 145
 146 # For Divide List(range: 0 <= p < 100)(if you wish no-divide, set 0.)
 147 DEVIDE_P=0
 148
 149 # For Fourier Shell Correlation
 150 THRES_FSC=0.5
 151
 152 ### 1D Data Destribution
 153 #Delta y(data)
 154 DATAN=40
 155 #Percentage of border y(Data)
 156 PERBORDER=0
 157
 158 #### For Works ####
 159 JOP_NUM=-j 3
 160
 161
 162 #### Rules of the list created ####
 163 $(IN_ROI_EXT):$(BASE_ROI_LIST:.$(BASE_ROI_EXT)=.$(IN_ROI_EXT))
 164 $(OUT_PAD_EXT):$(IN_ROI_LIST:.$(IN_ROI_EXT)=.$(OUT_PAD_EXT))
 165 $(OUT_PCA_EXT):$(OUT_PAD_LIST:.$(OUT_PAD_EXT)=.$(OUT_PCA_EXT))
 166 $(ROI_SINO_EXT):$(OUT_PAD_LIST:.$(OUT_PAD_EXT)=.$(ROI_SINO_EXT))
 167 $(SINO_FET_EXT):$(ROI_SINO_LIST:.$(ROI_SINO_EXT)=.$(SINO_FET_EXT))
 168 $(SINO_FET0_EXT):$(SINO_FET_LIST:.$(SINO_FET_EXT)=.$(SINO_FET0_EXT))
 169 $(SINO_FET2_EXT):$(SINO_FET_LIST:.$(SINO_FET_EXT)=.$(SINO_FET2_EXT))
 170 $(OUT_CORR_EXT):$(OUT_PAD_LIST:.$(OUT_PAD_EXT)=.$(OUT_CORR_EXT))
 171 $(NOR_CORR_EXT):$(OUT_CORR_LIST:.$(OUT_CORR_EXT)=.$(NOR_CORR_EXT))
 172 cordst:$(OUT_CORR_LIST:.$(OUT_CORR_EXT)=.cordst)
 173 $(3D_INFO_EXT):$(NOR_CORR_LIST:.$(NOR_CORR_EXT)=.$(3D_INFO_EXT))
 174 $(OUT_FIT_EXT):$(3D_INFO_LIST:.$(3D_INFO_EXT)=.$(OUT_FIT_EXT))
 175 $(IN_TIFF_EXT):$(OUT_3D_LIST:.$(OUT_3D_EXT)=.$(IN_TIFF_EXT))
 176 tiff:$(IN_TIFF_LIST:.$(IN_TIFF_EXT)=.tiff)
 177 txt:$(3D_LIST_LIST:.$(3D_LIST_EXT)=.txt)
 178 $(DST_1D_EXT):$(IN_1D_LIST:.$(IN_1D_EXT)=.$(DST_1D_EXT))
 179
 180 BASE_ROI_LIST::
 181         touch BASE_ROI_LIST
 182         echo "BASE_ROI_LIST=\\" > BASE_ROI_LIST
 183         ls -1 *.$(BASE_ROI_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(BASE_ROI_EXT)/$(BASE_ROI_EXT)\\\\/ >> BASE_ROI_LIST
 184         echo "" >> BASE_ROI_LIST
 185
 186 IN_ROI_LIST::
 187         touch IN_ROI_LIST
 188         echo "IN_ROI_LIST=\\" > IN_ROI_LIST
 189         ls -1 *.$(IN_ROI_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(IN_ROI_EXT)/$(IN_ROI_EXT)\\\\/ >> IN_ROI_LIST
 190         echo "" >> IN_ROI_LIST
 191
 192 ROI_SINO_LIST::
 193         touch ROI_SINO_LIST
 194         echo "ROI_SINO_LIST=\\" > ROI_SINO_LIST
 195         ls -1 *.$(ROI_SINO_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(ROI_SINO_EXT)/$(ROI_SINO_EXT)\\\\/ >> ROI_SINO_LIST
 196         echo "" >> ROI_SINO_LIST
 197
 198 OUT_PAD_LIST::
 199         touch OUT_PAD_LIST
 200         echo "OUT_PAD_LIST=\\" > OUT_PAD_LIST
 201         ls -1 *.$(OUT_PAD_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(OUT_PAD_EXT)/$(OUT_PAD_EXT)\\\\/ >> OUT_PAD_LIST
 202         echo "" >> OUT_PAD_LIST
 203
 204 OUT_PCA_LIST::
 205         touch OUT_PCA_LIST
 206         echo "OUT_PCA_LIST=\\" > OUT_PCA_LIST
 207         ls -1 *.$(OUT_PCA_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(OUT_PCA_EXT)/$(OUT_PCA_EXT)\\\\/ >> OUT_PCA_LIST
 208         echo "" >> OUT_PCA_LIST
 209
 210 SINO_FET_LIST::
 211         touch SINO_FET_LIST
 212         echo "SINO_FET_LIST=\\" > SINO_FET_LIST
 213         ls -1 *.$(SINO_FET_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(SINO_FET_EXT)/$(SINO_FET_EXT)\\\\/ >> SINO_FET_LIST
 214         echo "" >> SINO_FET_LIST
 215
 216 SINO_FET0_LIST::
 217         touch SINO_FET0_LIST
 218         rm SINO_FET0_LIST
 219         ls -1 *.$(SINO_FET0_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n >> SINO_FET0_LIST
 220
 221 SINO_FET2_LIST::
 222         touch SINO_FET2_LIST
 223         rm SINO_FET2_LIST
 224         ls -1 *.$(SINO_FET2_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n >> SINO_FET2_LIST
 225
 226 OUT_CORR_LIST::
 227         touch OUT_CORR_LIST
 228         echo "OUT_CORR_LIST=\\" > OUT_CORR_LIST
 229         ls -1 *.$(OUT_CORR_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(OUT_CORR_EXT)/$(OUT_CORR_EXT)\\\\/ >> OUT_CORR_LIST
 230         echo "" >> OUT_CORR_LIST
 231
 232 3D_INFO_LIST::
 233         touch 3D_INFO_LIST
 234         echo "3D_INFO_LIST=\\" > 3D_INFO_LIST
 235         ls -1 *.$(3D_INFO_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(3D_INFO_EXT)/$(3D_INFO_EXT)\\\\/ >> 3D_INFO_LIST
 236         echo "" >> 3D_INFO_LIST
 237
 238 NOR_CORR_LIST::
 239         touch NOR_CORR_LIST
 240         echo "NOR_CORR_LIST=\\" > NOR_CORR_LIST
 241         ls -1 *.$(NOR_CORR_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(NOR_CORR_EXT)/$(NOR_CORR_EXT)\\\\/ >> NOR_CORR_LIST
 242         echo "" >> NOR_CORR_LIST
 243
 244 OUT_3D_LIST::
 245         touch OUT_3D_LIST
 246         echo "OUT_3D_LIST=\\" > OUT_3D_LIST
 247         ls -1 *.$(OUT_3D_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(OUT_3D_EXT)/$(OUT_3D_EXT)\\\\/ >> OUT_3D_LIST
 248         echo "" >> OUT_3D_LIST
 249
 250 IN_TIFF_LIST::
 251         touch IN_TIFF_LIST
 252         echo "IN_TIFF_LIST=\\" > IN_TIFF_LIST
 253         ls -1 *.$(IN_TIFF_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(IN_TIFF_EXT)/$(IN_TIFF_EXT)\\\\/ >> IN_TIFF_LIST
 254         echo "" >> IN_TIFF_LIST
 255
 256 IN_TIFF_LIST2::
 257         touch IN_TIFF_LIST2
 258         rm IN_TIFF_LIST2
 259         ls -1 *.$(IN_TIFF_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n >> IN_TIFF_LIST2
 260
 261 3D_LIST_LIST::
 262         touch 3D_LIST_LIST
 263         echo "3D_LIST_LIST=\\" > 3D_LIST_LIST
 264         ls -1 *.$(3D_LIST_EXT) | sort -t . -k1,1 -k2 -n |  sed s/$(3D_LIST_EXT)/$(3D_LIST_EXT)\\\\/ >> 3D_LIST_LIST
 265         echo "" >> 3D_LIST_LIST
 266
 267 IN_1D_LIST::
 268         touch IN_1D_LIST
 269         echo "IN_1D_LIST=\\" > IN_1D_LIST
 270         ls -1 *.$(IN_1D_EXT) | sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n |  sed s/$(IN_1D_EXT)/$(IN_1D_EXT)\\\\/ >> IN_1D_LIST
 271         echo "" >> IN_1D_LIST
 272
 273 #### Commands ####
 274 help_Refernce0::
 275         @echo "This is makefile of Sample."
 276
 277 Initial::
 278         make $(TARGET).$(INI_3D_EXT);
 279         make $(TARGET).$(INI_2D_EXT);
 280         make TestData2DSet;
 281         make TestData;
 282
 283 First::
 284         make IN_ROI_LIST;
 285         make $(JOP_NUM) $(OUT_PAD_EXT);
 286         make OUT_PAD_LIST;
 287         make RefSize;
 288         make Ref3d_ellipse;
 289         cp $(TARGET).$(REF_3D_EXT)ini $(TARGET).$(REF_3D_EXT);
 290
 291 All::
 292         make $(TARGET).$(REF_2D_EXT);
 293         make $(JOP_NUM) $(OUT_CORR_EXT);
 294         make OUT_CORR_LIST;
 295         make ReduceLIST;
 296         make CorDistribution;
 297         make $(TARGET).$(NOR_CMAP_EXT);
 298         make CorNormalize;
 299         make NOR_CORR_LIST;
 300         touch $(TARGET).$(3D_LIST_EXT);
 301         rm $(TARGET).$(3D_LIST_EXT);
 302         make $(JOP_NUM) $(3D_INFO_EXT);
 303         make 3D_INFO_LIST;
 304         make $(JOP_NUM) $(OUT_FIT_EXT);
 305         make 3D;
 306         make RMSD;
 307         make 3DTiff
 308
 309 Again::
 310         touch *.$(OUT_PAD_EXT);
 311         cp $(TARGET).$(OUT_3D_EXT) $(TARGET).$(REF_3D_EXT);
 312         TMPNAME=`date +%y%m%d%H%M%S`;   \
 313         mv $(TARGET).$(3D_LIST_EXT)   $(TARGET).$$TMPNAME.$(3D_LIST_EXT);       \
 314         mv $(TARGET).$(OUT_3D_EXT)     $(TARGET).$$TMPNAME.$(OUT_3D_EXT);
 315
 316 TestData2DSet::
 317         mrcInfo -i $(TARGET).$(INI_2D_EXT) -o INFO;
 318         @loopmax=$$(cat INFO | awk '/Tailer/ {printf("%d\n", $$3)}'); \
 319         LineMax=`expr $$loopmax \* 4`; \
 320         for (( LoopNum = 0; LoopNum < $$loopmax; LoopNum++ )) \
 321         do \
 322                 WorkNum=`expr $$LoopNum \* 4 + 4`; \
 323                 rdata=$$(tail -$$LineMax INFO | head -$$WorkNum | tail -1); \
 324                 rot1=$$(echo $$rdata | awk '{printf"%s", $$1}' ); \
 325                 rot2=$$(echo $$rdata | awk '{printf"%s", $$2}' ); \
 326                 rot3=$$(echo $$rdata | awk '{printf"%s", $$3}' ); \
 327                 mrcImageSectionGet -i $(TARGET).$(INI_2D_EXT) -o $(TARGET)-$$rot1-$$rot2-$$rot3.$(BASE_ROI_EXT) -z $$LoopNum; \
 328         done;
 329
 330 TestData::
 331         make BASE_ROI_LIST;
 332         make $(JOP_NUM) $(IN_ROI_EXT);
 333
 334 RefSize::
 335         make RefSizeFromPCA;
 336 #       make RefSizeFromFET;
 337 #       make RefSizeFromPDB;
 338
 339 RefSizeFromPCA::
 340         touch $(TARGET).$(OUT_PCA_EXT);
 341         rm $(TARGET).$(OUT_PCA_EXT);
 342         make $(OUT_PCA_EXT);
 343         sort -n $(TARGET).$(OUT_PCA_EXT)tmp > $(TARGET).$(OUT_PCA_EXT);
 344         rm $(TARGET).$(OUT_PCA_EXT)tmp;
 345         make LengthPCA;
 346
 347 LengthPCA::
 348         @rData=$$(head -1 $(TARGET).$(OUT_PCA_EXT)); \
 349         max=$(PAD_H); \
 350         min=$$(echo "scale=15.6;sqrt( $$(echo $$rData | awk '{printf("%f", $$1)}') ) * $$max" | bc); \
 351         mean=$$(echo "scale=15.6; ( $$min + $$max ) / 2" | bc); \
 352         echo "Min:      $$min" > $(TARGET).$(REF_SIZE_EXT); \
 353         echo "Max:      $$max" >> $(TARGET).$(REF_SIZE_EXT); \
 354         echo "Middle:   $$mean" >> $(TARGET).$(REF_SIZE_EXT);
 355         @rfile=$$(head -2 OUT_PAD_LIST | tail -1 | sed -e s/\\\\//); \
 356         mrcInfo -i $$rfile | head -5 | tail -1 | awk '{printf("Length:  %f\n", $$4)}' >> $(TARGET).$(REF_SIZE_EXT);
 357
 358 RefSizeFromFET::
 359         make FETDistribution;
 360         make LengthFET;
 361
 362 FETDistribution::
 363         make IN_ROI_LIST;
 364         make $(ROI_SINO_EXT);
 365         make ROI_SINO_LIST;
 366         make $(SINO_FET_EXT);
 367         make SINO_FET_LIST;
 368         touch $(TARGET).$(SINO_FET0_EXT);
 369         rm $(TARGET).$(SINO_FET0_EXT);
 370         make $(SINO_FET0_EXT);
 371         make SINO_FET0_LIST;
 372         num=$$(wc -l SINO_FET0_LIST | awk '{printf("%d", $$1)}'); \
 373         mrcImageMake2DArrayImage -i SINO_FET0_LIST -o $(TARGET).$(SINO_FET0_EXT) -N $$num;
 374
 375 FETNormalize::
 376         mrcImageMakeDump -i $(TARGET).$(SINO_FET0_EXT) -o $(TARGET).$(SINO_FET0_EXT).cordst -m 8;
 377         make $(TARGET).$(SINO_FET0_EXT).cornor2;
 378         mrcInfo -i $(TARGET).$(SINO_FET0_EXT) | head -1 | awk '{printf("2 %d %d\n"), $$4, $$5}' > TMP;
 379         cat TMP $(TARGET).$(SINO_FET0_EXT).cornor2 > $(TARGET).$(SINO_FET0_EXT).arraynor;
 380         array2mrc -i $(TARGET).$(SINO_FET0_EXT).arraynor -o $(TARGET).$(SINO_FET0_EXT);
 381
 382 LengthFET::
 383         rData=$$(mrcImageInfo -I -i $(TARGET).$(SINO_FET0_EXT) | head -2 |sed -e s/\(//); \
 384         minnum=$$(echo $$rData | awk '{printf("%d"), $$3}'); \
 385         minangle=$$(echo $$rData | awk '{printf("%d"), $$4}'); \
 386         maxnum=$$(echo $$rData | awk '{printf("%d"), $$8}'); \
 387         maxangle=$$(echo $$rData | awk '{printf("%d"), $$9}'); \
 388         minfile=$$(head -`expr $$minnum + 2` ROI_SINO_LIST | tail -1 | sed -e s/\\\\//); \
 389         maxfile=$$(head -`expr $$maxnum + 2` ROI_SINO_LIST | tail -1 | sed -e s/\\\\//); \
 390         mrcImageRectangleGet -i $$minfile -o $(TARGET).min -m 1 -r $$minangle $$minangle 0 0; \
 391         mrcImageRectangleGet -i $$maxfile -o $(TARGET).max -m 1 -r $$maxangle $$maxangle 0 0;
 392         minthres=$$(mrcImageInfo -I -i $(TARGET).min | head -4 | tail -1 | awk '{printf("%f", $$2)}'); \
 393         mrcImageBinalization -i $(TARGET).min -o $(TARGET).minbin -t $$minthres;
 394         maxthres=$$(mrcImageInfo -I -i $(TARGET).max | head -4 | tail -1 | awk '{printf("%f", $$2)}'); \
 395         mrcImageBinalization -i $(TARGET).max -o $(TARGET).maxbin -t $$maxthres;
 396         mrcImageInfo -I -i $(TARGET).minbin | head -6 | tail -1 | awk '{printf("Min:    %f\n", $$2)}' > $(TARGET).$(REF_SIZE_EXT);
 397         mrcImageInfo -I -i $(TARGET).maxbin | head -6 | tail -1 | awk '{printf("Max:    %f\n", $$2)}' >> $(TARGET).$(REF_SIZE_EXT);
 398         echo "Middle:   10" >> $(TARGET).$(REF_SIZE_EXT);
 399         mrcInfo -i $(TARGET).min | head -5 | tail -1 | awk '{printf("Length:    %f\n", $$4)}' >> $(TARGET).$(REF_SIZE_EXT);
 400
 401 RefSizeFromPDB::
 402         pdbPCA -i $(TARGET).$(INI_PDB_EXT) -oPDB PDB -oU ARRAY;
 403         pdbInfo -i PDB | head -3 | tail -1 | awk '{printf("Min: %f\nMax:        %f\nMiddle:     %f\n", $$9, $$7, $$8)}' > $(TARGET).$(REF_SIZE_EXT);
 404         rfile=$$(head -2 OUT_PAD_LIST | tail -1 | sed -e s/\\\\//); \
 405         mrcInfo -i $$rfile | head -5 | tail -1 | awk '{printf("Length:  %f\n", $$4)}' >> $(TARGET).$(REF_SIZE_EXT);
 406         rm PDB;
 407         rm ARRAY;
 408
 409 Ref3d_ellipse::
 410         rData=$$(cat $(TARGET).$(REF_SIZE_EXT)); \
 411         rx=$$(echo $$rData | awk '{printf("%f", $$2)}'); \
 412         ry=$$(echo $$rData | awk '{printf("%f", $$4)}'); \
 413         rz=$$(echo $$rData | awk '{printf("%f", $$6)}'); \
 414         length=$$(echo $$rData | awk '{printf("%f", $$8)}'); \
 415         nx=$$(echo "$$rx * $$length" | bc); \
 416         ny=$$(echo "$$ry * $$length" | bc); \
 417         nz=$$(echo "$$rz * $$length" | bc); \
 418         mrcImageGaussSphere     -o $(TARGET).tmp  -m 2 \
 419                                                 -sigmax $$rx -sigmay $$ry -sigmaz $$rz \
 420                                                 -W $$nx -H $$ny -S $$nz \
 421                                                 -size $$length; \
 422         mrcImageVolumeCalc -i $(TARGET).tmp -o RINFO -M $(MOLNUM) -D $$length -I 1; \
 423         volume=$$(cat RINFO | awk '/ContourLevel\(100\):/ {printf("%f\n", $$2)}'); \
 424         mrcImageBinalization -i $(TARGET).tmp -o $(TARGET).$(REF_3D_EXT)ini -t $$volume;
 425         rm RINFO;
 426         rm $(TARGET).tmp;
 427         cp $(TARGET).$(REF_3D_EXT)ini $(TARGET).$(REF_3D_EXT);
 428
 429 CorDistribution::
 430         touch $(TARGET).cordst;
 431         rm $(TARGET).cordst;
 432         @rfile=$$(head -2 OUT_CORR_LIST | tail -1 | sed -e s/\\\\//); \
 433         lmax=`expr $$(cat $$rfile | tail -2 | head -1 | awk '{printf("%d\n", $$1)}') \* 2 + 2`; \
 434         fmax=$$(wc -w OUT_CORR_LIST | awk '{printf("%d\n", $$1)}'); \
 435         for (( LoopNum = 1; LoopNum <= lmax ; LoopNum += 2 )) \
 436         do \
 437                 echo CorDistribution: $$LoopNum / $$lmax; \
 438                 Data=""; \
 439                 for (( LoopFile = 2; LoopFile <= fmax; LoopFile++ )) \
 440                 do \
 441                         rfile=$$(head -$$LoopFile OUT_CORR_LIST | tail -1 | sed -e s/\\\\//); \
 442                         Data+="$$(head -$$LoopNum $$rfile | tail -1 | awk '{printf("%15.6f", $$7)}') "; \
 443                 done; \
 444                 echo $$Data >> $(TARGET).cordst; \
 445         done;
 446
 447 CorNormalize::
 448         @lmax=$$(wc -l $(TARGET).$(NOR_CMAP_EXT) | awk '{printf("%d\n", $$1)}'); \
 449         fmax=`expr $$(wc -w $(TARGET).$(NOR_CMAP_EXT) | awk '{printf("%d\n", $$1)}') / $$lmax`; \
 450         for (( LoopFile = 1; LoopFile <= fmax; LoopFile++ )) \
 451         do \
 452                 echo CorNormalize: $$LoopFile / $$fmax; \
 453                 WorkNum=`expr $$LoopFile + 1`; \
 454                 rfile=$$(head -$$WorkNum OUT_CORR_LIST | tail -1 | sed -e s/\\\\//); \
 455                 wfile=$$(echo $$rfile | sed -e s/$(OUT_CORR_EXT)/$(NOR_CORR_EXT)/); \
 456                 touch $$wfile; \
 457                 rm $$wfile; \
 458                 for (( LoopNum = 1; LoopNum <= lmax ; LoopNum++ )) \
 459                 do \
 460                         NorData=$$(head -$$LoopNum $(TARGET).$(NOR_CMAP_EXT) | tail -1 | awk -v x=$$LoopFile '{printf("%15.6f", $$x)}'); \
 461                         WorkNum=`expr $$LoopNum \* 2 - 1`; \
 462                         Data=$$(head -$$WorkNum $$rfile | tail -1 | awk -v v="$$NorData" '{printf("%s %s %s %s %s %s ", $$1, $$2, $$3, $$4, $$5, $$6)}; {printf("%15.6f", v)}; {printf(" %s %s %s %s %s %s %s %s %s %s %s %s\n\n", $$8, $$9, $$10, $$11, $$12, $$13, $$14, $$15, $$16, $$17, $$18, $$19)}'); \
 463                         echo $$Data >> $$wfile; \
 464                 done; \
 465         done;
 466
 467 3D::
 468         @if [ $(DEVIDE_P) -eq 0 ]; then \
 469                 make $(TARGET).$(OUT_3D_EXT); \
 470         else \
 471                 make RefAngleList; \
 472                 make DivideLIST; \
 473                 make TMP3D; \
 474                 make CompareRandom; \
 475         fi;
 476
 477 RMSD::
 478         mrcImageNormalizedSubtraction -i1 $(TARGET).$(OUT_3D_EXT) -i2 $(TARGET).$(INI_3D_EXT) -o $(TARGET).tmp > INFO;
 479         cat INFO | awk '/RMSD/ {printf("%s      "), $$0}' >> $(TARGET).rmsd;
 480         mrcImageNormalizedSubtraction -i1 $(TARGET).$(OUT_3D_EXT) -i2 $(TARGET).$(REF_3D_EXT) -o $(TARGET).tmp > INFO;
 481         cat INFO | awk '/RMSD/ {printf("%s\n"), $$0}' >> $(TARGET).rmsd;
 482         @rmsd=$$(cat INFO | awk '/RMSD/ {printf("%f"), $$2}'); \
 483         if [ $$(echo "$$rmsd <= 0" | bc ) -eq 1 ]; then \
 484                 touch END; \
 485         fi;
 486
 487 3DTiff::
 488         @for (( loop_num = 0; loop_num <= 2; loop_num++ ))      \
 489         do \
 490                 export loop_num; \
 491                 make $(TARGET).$(IN_TIFF_EXT); \
 492                 mv $(TARGET).$(IN_TIFF_EXT) $(TARGET)$$loop_num.$(IN_TIFF_EXT); \
 493         done;
 494         make IN_TIFF_LIST;
 495         make tiff;
 496
 497 3DTiffAll::
 498         make OUT_3D_LIST;
 499         @for (( loop_num = 0; loop_num <= 2; loop_num++ ))      \
 500         do \
 501                 export loop_num; \
 502                 make $(IN_TIFF_EXT); \
 503                 make ListTiff; \
 504                 rm *.$(IN_TIFF_EXT); \
 505         done;
 506
 507 ListTiff::
 508         make IN_TIFF_LIST2;
 509         Number=`expr $$(wc -l IN_TIFF_LIST2 | awk '{printf("%d", $$1)}') / 1`; \
 510         mrcImageMake2DArrayImage -i IN_TIFF_LIST2 -o $(TARGET).tmp -N $$Number;
 511         mrc2tiff -i $(TARGET).tmp -o $(TARGET)$$loop_num.tiff;
 512
 513 ReduceLIST::
 514         @line=`expr $$(wc -l OUT_CORR_LIST | awk '{printf("%d", $$1)}') - 2`; \
 515         endline=`expr $$line \* \( 100 - $(REDUCE_P) \) / 100 + 1`; \
 516         worknum=`expr $$line + 1`; \
 517         cp OUT_CORR_LIST TMP$$worknum; \
 518         cp OUT_CORR_LIST OUT_CORR_LIST_TMP; \
 519         for (( ; $$endline < $$line; line-- )) \
 520         do \
 521                 worknum=`expr $$line + 1`; \
 522                 random=`expr $$RANDOM % $$line + 2`; \
 523                 sed -e "$$random , $$random d" TMP$$worknum > TMP$$line; \
 524                 rm TMP$$worknum; \
 525                 echo $$line / $$endline Delete L:$$random; \
 526         done; \
 527         cat TMP`expr $$line + 1` > OUT_CORR_LIST; \
 528         rm TMP`expr $$line + 1`;
 529
 530 DivideLIST::
 531         touch $(TARGET).$(3D_DIV_EXT);
 532         rm $(TARGET).$(3D_DIV_EXT);
 533         @line=$$(wc -l $(TARGET).$(3D_LIST_EXT) | awk '{printf("%d", $$1)}'); \
 534         endline=`expr $$line \* \( 100 - $(DEVIDE_P) \) / 100 + 1`; \
 535         worknum=`expr $$line + 1`; \
 536         cp $(TARGET).$(3D_LIST_EXT) TMP$$worknum; \
 537         cp $(TARGET).$(3D_LIST_EXT)  $(TARGET)_TMP.$(3D_LIST_EXT); \
 538         for (( ; $$endline < $$line; line-- )) \
 539         do \
 540                 worknum=`expr $$line + 1`; \
 541                 random=`expr $$RANDOM % $$line + 2`; \
 542                 head -$$random TMP$$worknum | tail -1 >> $(TARGET).$(3D_DIV_EXT); \
 543                 sed -e "$$random , $$random d" TMP$$worknum > TMP$$line; \
 544                 rm TMP$$worknum; \
 545                 echo $$line / $$endline Select L:$$random; \
 546         done; \
 547         cat TMP`expr $$line + 1` > $(TARGET).$(3D_LIST_EXT); \
 548         rm TMP`expr $$line + 1`;
 549
 550 TMP3D::
 551         mrc2Dto3D -I $(TARGET).$(3D_LIST_EXT) -o TMP.$(OUT_3D_EXT) -InterpolationMode $(IN_MODE) -Double -CounterThreshold 0.5 -m 1 -WeightMode 2 -DoubleCounter TMP.dc;
 552
 553 CompareRandom::
 554         touch TMP0.$(OUT_3D_EXT);
 555         rm TMP0.$(OUT_3D_EXT);
 556         @line=$$(wc -l $(TARGET).$(3D_DIV_EXT) | awk '{printf("%d", $$1)}'); \
 557         for (( LoopNum = 1; $$LoopNum <= $$line; LoopNum++ )) \
 558         do \
 559                 echo "CompareRandom $$LoopNum / $$line"; \
 560                 head -$$LoopNum $(TARGET).$(3D_DIV_EXT) | tail -1 > TMP1; \
 561                 lmax=$$(wc -l $(TARGET).cordst | awk '{printf("%d\n", $$1)}'); \
 562                 randomline=`expr $$RANDOM % $$lmax + 1`; \
 563                 rData=$$(head -$$randomline REF_ANGLE_LIST | tail -1); \
 564                 randomRot1=$$(echo $$rData | awk '{printf("%f", $$1)}'); \
 565                 randomRot2=$$(echo $$rData | awk '{printf("%f", $$2)}'); \
 566                 randomRot3=$$(echo $$rData | awk '{printf("%f", $$3)}'); \
 567                 echo $$randomRot1 $$randomRot2 $$randomRot3; \
 568                 cat TMP1 | awk -v v1=$$randomRot1 -v v2=$$randomRot2 -v v3=$$randomRot3 '{printf("%s %s %d %d %d\n", $$1, $$2, v1, v2, v3)}' > TMP2; \
 569                 mrc2Dto3D -I TMP1 -o TMP1.$(OUT_3D_EXT) -InterpolationMode $(IN_MODE) -Double -CounterThreshold 0.5 -m 1 -WeightMode 2 -DoubleCounter TMP1.dc; \
 570                 mrc2Dto3D -I TMP2 -o TMP2.$(OUT_3D_EXT) -InterpolationMode $(IN_MODE) -Double -CounterThreshold 0.5 -m 1 -WeightMode 2 -DoubleCounter TMP2.dc; \
 571                 mrcImageFourierShellCorrelation -i1 TMP1.$(OUT_3D_EXT) -i2 TMP.$(OUT_3D_EXT) | awk '$(THRES_FSC) <= $$2 {print $$0} $(THRES_FSC) > $$2 {exit}' | tail -1 > TMP; \
 572                 mrcImageFourierShellCorrelation -i1 TMP2.$(OUT_3D_EXT) -i2 TMP.$(OUT_3D_EXT) | awk '$(THRES_FSC) <= $$2 {print $$0} $(THRES_FSC) > $$2 {exit}' | tail -1 >> TMP; \
 573                 rData=$$(cat TMP); \
 574                 r1=$$(echo $$rData | awk '{print $$1}'); \
 575                 c1=$$(echo $$rData | awk '{print $$2}'); \
 576                 r2=$$(echo $$rData | awk '{print $$4}'); \
 577                 c2=$$(echo $$rData | awk '{print $$5}'); \
 578                 echo "TMP0.$(OUT_3D_EXT)" > AVR_LIST; \
 579                 echo "TMP0.dc" > WGT_LIST; \
 580                 if [ $$(echo "$$r1 > $$r2" | bc) -eq 1 ]; then \
 581                         UseNum=1; \
 582                 elif [ $$(echo "$$r1 < $$r2" | bc) -eq 1 ]; then \
 583                         echo Change; \
 584                         UseNum=2; \
 585                 elif [ $$(echo "$$c1 >= $$c2" | bc) -eq 1 ]; then \
 586                         UseNum=1; \
 587                 else \
 588                         echo Change; \
 589                         UseNum=2; \
 590                 fi; \
 591                 if [ -e TMP0.$(OUT_3D_EXT) ]; then \
 592                         echo "TMP$$UseNum.$(OUT_3D_EXT)" >> AVR_LIST; \
 593                         echo "TMP$$UseNum.dc" >> WGT_LIST; \
 594                         mrcImageAverage -i AVR_LIST -o TMPTMP.$(OUT_3D_EXT) -w WGT_LIST -oW TMPTMP.dc; \
 595                         cp TMPTMP.$(OUT_3D_EXT) TMP0.$(OUT_3D_EXT); \
 596                         cp TMP0.dc TMPTMP.dc; \
 597                 else \
 598                         cp TMP$$UseNum.$(OUT_3D_EXT) TMP0.$(OUT_3D_EXT); \
 599                         cp TMP$$UseNum.dc TMP0.dc; \
 600                 fi; \
 601         done;
 602         if [ -e TMP0.$(OUT_3D_EXT) ]; then \
 603                 echo "TMP.$(OUT_3D_EXT)" > AVR_LIST; \
 604                 echo "TMP.dc" > WGT_LIST; \
 605                 echo "TMP0.$(OUT_3D_EXT)" >> AVR_LIST; \
 606                 echo "TMP0.dc" >> WGT_LIST; \
 607                 mrcImageAverage -i AVR_LIST -o $(TARGET).$(OUT_3D_EXT) -w WGT_LIST -oW $(TARGET).dc; \
 608         else \
 609                 cp TMP.$(OUT_3D_EXT) $(TARGET).$(OUT_3D_EXT); \
 610                 cp TMP.dc $(TARGET).dc; \
 611         fi;
 612
 613 RefAngleList::
 614         touch REF_ANGLE_LIST;
 615         rm REF_ANGLE_LIST;
 616         mrcInfo -i $(TARGET).$(REF_2D_EXT) -o INFO;
 617         @loopmax=$$(cat INFO | awk '/Tailer/ {printf("%d\n", $$3)}'); \
 618         LineMax=`expr $$loopmax \* 4`; \
 619         for (( LoopNum = 0; LoopNum < $$loopmax; LoopNum++ )) \
 620         do \
 621                 WorkNum=`expr $$LoopNum \* 4 + 4`; \
 622                 rdata=$$(tail -$$LineMax INFO | head -$$WorkNum | tail -1); \
 623                 echo $$rdata | awk '{printf"%s %s %s\n", $$1, $$2, $$3}' >> REF_ANGLE_LIST; \
 624         done;
 625
 626 clean-all::
 627 #       rm *.$(INI_PDB_EXT);
 628 #       rm *.$(INI_3D_EXT);
 629 #       rm *.$(INI_2D_EXT);
 630 #       rm *.$(BASE_ROI_EXT);
 631 #       rm *.$(IN_ROI_EXT);
 632 #       rm *.$(OUT_PAD_EXT);
 633         rm *.$(OUT_PCA_EXT);
 634 #       rm *.$(ROI_SINO_EXT);
 635 #       rm *.$(SINO_FET_EXT);
 636 #       rm *.$(SINO_FET0_EXT);
 637         rm *.$(SINO_FET2_EXT);
 638         rm *.$(REF_SIZE_EXT);
 639         rm *.$(REF_3D_EXT);
 640         rm *.$(REF_2D_EXT);
 641         rm *.$(OUT_CORR_EXT);
 642         rm *.$(NOR_CMAP_EXT);
 643         rm *.$(NOR_CORR_EXT);
 644         rm *.$(3D_INFO_EXT);
 645         rm *.$(3D_LIST_EXT);
 646         rm *.$(3D_DIV_EXT);
 647         rm *.$(OUT_FIT_EXT);
 648         rm *.$(OUT_3D_EXT);
 649         rm *.$(IN_TIFF_EXT);
 650         rm *.tiff
 651         rm BASE_ROI_LIST;
 652         rm IN_ROI_LIST;
 653         rm OUT_PAD_LIST;
 654 #       rm ROI_SINO_LIST;
 655 #       rm SINO_FET_LIST;
 656 #       rm SINO_FET0_LIST;
 657         rm SINO_FET2_LIST;
 658         rm OUT_CORR_LIST;
 659         rm 3D_INFO_LIST;
 660         rm NOR_CORR_LIST;
 661         rm OUT_3D_LIST;
 662         rm IN_TIFF_LIST;
 663         rm IN_TIFF_LIST2;
 664         rm 3D_LIST_LIST;
 665
 666 touch-all::
 667         touch *.$(INI_PDB_EXT);
 668         touch *.$(INI_3D_EXT);
 669         touch *.$(INI_2D_EXT);
 670         touch *.$(BASE_ROI_EXT);
 671         touch *.$(IN_ROI_EXT);
 672         touch *.$(OUT_PAD_EXT);
 673         touch *.$(OUT_PCA_EXT);
 674         touch *.$(ROI_SINO_EXT);
 675         touch *.$(SINO_FET_EXT);
 676         touch *.$(SINO_FET0_EXT);
 677         touch *.$(SINO_FET2_EXT);
 678         touch *.$(REF_SIZE_EXT);
 679         touch *.$(REF_3D_EXT);
 680         touch *.$(REF_2D_EXT);
 681         touch *.$(OUT_CORR_EXT);
 682         touch *.$(NOR_CMAP_EXT);
 683         touch *.$(NOR_CORR_EXT);
 684         touch *.$(3D_INFO_EXT);
 685         touch *.$(3D_LIST_EXT);
 686         touch *.$(3D_DIV_EXT);
 687         touch *.$(OUT_FIT_EXT);
 688         touch *.$(OUT_3D_EXT);
 689         touch *.$(IN_TIFF_EXT);
 690         touch *.tiff
 691         touch BASE_ROI_LIST;
 692         touch IN_ROI_LIST;
 693         touch OUT_PAD_LIST;
 694         touch ROI_SINO_LIST;
 695         touch SINO_FET_LIST;
 696         touch SINO_FET0_LIST;
 697         touch SINO_FET2_LIST;
 698         touch OUT_CORR_LIST;
 699         touch 3D_INFO_LIST;
 700         touch NOR_CORR_LIST;
 701         touch OUT_3D_LIST;
 702         touch IN_TIFF_LIST;
 703         touch IN_TIFF_LIST2;
 704         touch 3D_LIST_LIST;
 705
 706 Test::
 707         make OUT_PAD_LIST;
 708         make RefSize;
 709         make Ref3d_ellipse;
 710
 711 ##### Commands(Input to Output) #####
 712 .$(INI_PDB_EXT).$(INI_3D_EXT):
 713         pdb2mrc -i $(TARGET).$(INI_PDB_EXT) -o $(TARGET).$(INI_3D_EXT) -m 1;
 714
 715 .$(INI_3D_EXT).$(INI_2D_EXT):
 716         mrc3Dto2D -i $(TARGET).$(INI_3D_EXT) -o $(TARGET).$(INI_2D_EXT) -EulerMode $(IN_ROTMODE) \
 717                                 -Rot1 $(IN_ROT1MIN) $(IN_ROT1MAX) $(IN_ROT1D) \
 718                                 -Rot2 $(IN_ROT2MIN) $(IN_ROT2MAX) $(IN_ROT2D) \
 719                                 -Rot3 $(IN_ROT3MIN) $(IN_ROT3MAX) $(IN_ROT3D) \
 720                                 -m $(IN_EX_MODE) -InterpolationMode $(IN_MODE);
 721
 722 .$(BASE_ROI_EXT).$(IN_ROI_EXT):
 723         mrcImageNoiseAdd -i $*.$(BASE_ROI_EXT) -o $*.$(IN_ROI_EXT) -NS $(NSRATIO);
 724
 725 .$(IN_ROI_EXT).$(OUT_PAD_EXT):
 726         mrcImageWindowing -i $*.$(IN_ROI_EXT) -o $*.mask -W 0.1 0.0 0.05 0.0 -m 18;
 727         mrcImagePad -i $*.mask -o $*.padtmp -W $(PAD_W) -H $(PAD_H) -m 3;
 728         mrcImageWindowing -i $*.padtmp -o $*.$(OUT_PAD_EXT) -W 0.1 0.0 0.1 0.0 -m 2;
 729         rm $*.mask;
 730         rm $*.padtmp;
 731
 732 .$(OUT_PAD_EXT).$(OUT_PCA_EXT):
 733         mrcImageInfo -i $*.$(OUT_PAD_EXT) -o $*.tmp -I -m 2;
 734         mean=$$(head -1 $*.tmp | awk '{printf("%s", $$2)}'); \
 735         sd=$$(head -2 $*.tmp | tail -1 | awk '{printf("%s", $$2)}'); \
 736         contour=$$(echo "scale=15.6; $$mean + $$sd * $(PERSD)" | bc); \
 737         mrcImageShapePCA -i $*.$(OUT_PAD_EXT) -o $*.$(OUT_PCA_EXT) -C $$contour;
 738         head -10 $*.$(OUT_PCA_EXT) | tail -1 | awk '{printf("%s %s      %s\n", $$1 / $$2, $$1, $$2)}' >> $(TARGET).$(OUT_PCA_EXT)tmp;
 739         rm $*.tmp;
 740
 741 .$(OUT_PAD_EXT).$(ROI_SINO_EXT):
 742         mrcImageSinogramCreate -i $*.$(OUT_PAD_EXT) -o $*.$(ROI_SINO_EXT) -dphi $(DPHI);
 743
 744 .$(ROI_SINO_EXT).$(SINO_FET_EXT):
 745         mrcSinogramFET -i $*.$(ROI_SINO_EXT) -o $*.$(SINO_FET_EXT);
 746
 747 .$(SINO_FET_EXT).$(SINO_FET0_EXT):
 748         mrcImageRectangleGet -i $*.$(SINO_FET_EXT) -o $*.$(SINO_FET0_EXT) -m 2 -r 0 0 0 0;
 749
 750 .$(SINO_FET_EXT).$(SINO_FET2_EXT):
 751         mrcImageRectangleGet -i $*.$(SINO_FET_EXT) -o $*.$(SINO_FET2_EXT) -m 2 -r 2 2 0 0;
 752
 753 .$(REF_3D_EXT).$(REF_2D_EXT):
 754         mrc3Dto2D -i $*.$(REF_3D_EXT) -o $*.tmp -EulerMode $(ROTMODE) -InterpolationMode $(IN_MODE) -Rot2 $(ROT2MIN) $(ROT2MAX) $(ROT2D) -Rot1 $(ROT1MIN) $(ROT1MAX) $(ROT1D) -Rot3 $(ROT3MIN) $(ROT3MAX) $(ROT3D) -m $(EX_MODE);
 755         rfile=$$(head -2 OUT_PAD_LIST | tail -1 | sed -e s/\\\\//); \
 756         mrcInfo -i $$rfile -o INFO;
 757         Data=$$(head -1 INFO | tail -1); \
 758         xPad=$$(echo $$Data | awk '{printf("%d", $$4)}'); \
 759         yPad=$$(echo $$Data | awk '{printf("%d", $$5)}'); \
 760         mrcImage3DPad -i $*.tmp -o $*.$(REF_2D_EXT) -Nx $$xPad -Ny $$yPad -M 1 -v 0;
 761         rm $*.tmp;
 762         rm INFO;
 763
 764 .$(OUT_PAD_EXT).$(OUT_CORR_EXT):
 765         mrcImageAutoRotationCorrelation -i $*.$(OUT_PAD_EXT) -r $(TARGET).$(REF_2D_EXT) -cor $*.cor -O $*.$(OUT_CORR_EXT) -n $(nRot) -m $(COR_MODE) -range $(ROTMIN) $(ROTMAX) -nRot1 $(ROT1N) -nRot2 $(ROT2N) -nRot3 $(ROT3N) 2> /dev/null
 766
 767 .cordst.cornor1:
 768         touch $*.cornor1;
 769         rm $*.cornor1;
 770         @lmax=$$(wc -l $*.cordst | awk '{printf("%d\n", $$1)}'); \
 771         fmax=`expr $$(wc -w $*.cordst | awk '{printf("%d\n", $$1)}') / $$lmax`; \
 772         for (( LoopNum = 1; LoopNum <= $$lmax; LoopNum++ )) \
 773         do \
 774                 echo CorNormalize1: $$LoopNum / $$lmax; \
 775                 ave=0; \
 776                 DataL="$$(head -$$LoopNum $*.cordst | tail -1) "; \
 777                 for (( LoopFile = 1; LoopFile <= fmax; LoopFile++ )) \
 778                 do \
 779                         ave=$$(echo $$DataL | awk -v x=$$LoopFile -v v=$$ave '{v+=$$x} END{print v}'); \
 780                 done; \
 781                 ave=$$(echo $$ave | awk -v v=$$ave -v u=$$fmax '{v/=u} END{print v}'); \
 782                 sigma=0; \
 783                 for (( LoopFile = 1; LoopFile <= fmax; LoopFile++ )) \
 784                 do \
 785                         sigma=$$(echo $$DataL | awk -v x=$$LoopFile -v ave=$$ave -v v=$$sigma '{v+=($$x - ave)^2} END{print v}'); \
 786                 done; \
 787                 sigma=$$(echo $$sigma | awk -v v=$$sigma -v u=$$fmax '{v=sqrt(v/u)} END{print v}'); \
 788                 Data=""; \
 789                 for (( LoopFile = 1; LoopFile <= fmax; LoopFile++ )) \
 790                 do \
 791                         Data+="$$(echo $$DataL | awk -v x=$$LoopFile -v ave=$$ave -v sigma=$$sigma '{zvalue=($$x - ave) / sigma; print zvalue}') "; \
 792                 done; \
 793                 echo $$Data >> $*.cornor1; \
 794         done;
 795
 796 .cordst.cornor2:
 797         touch $*.cornor2;
 798         rm $*.cornor2;
 799         @lmax=$$(wc -l $*.cordst | awk '{printf("%d\n", $$1)}'); \
 800         fmax=`expr $$(wc -w $*.cordst | awk '{printf("%d\n", $$1)}') / $$lmax`; \
 801         for (( LoopFile = 1; LoopFile <= $$fmax ; LoopFile++ )) \
 802         do \
 803                 avelist+="$$(cat $*.cordst | awk -v x=$$LoopFile '{v=v+$$x} END{v=v/NR; print v}') "; \
 804         done; \
 805         for (( LoopFile = 1; LoopFile <= $$fmax ; LoopFile++ )) \
 806         do \
 807                 ave=$$(echo $$avelist | awk -v x=$$LoopFile '{print $$x}'); \
 808                 sigmalist+="$$(cat $*.cordst | awk -v x=$$LoopFile -v ave=$$ave '{sigma+=($$x - ave)^2} END{sigma=sqrt(sigma/NR); print (sigma)}') "; \
 809         done; \
 810         for (( LoopNum =1; LoopNum <= $$lmax; LoopNum++ )) \
 811         do \
 812                 echo CorNormalize2: $$LoopNum / $$lmax; \
 813                 Data=""; \
 814                 for (( LoopFile = 1; LoopFile <= $$fmax; LoopFile++ )) \
 815                 do \
 816                         ave=$$(echo $$avelist | awk -v x=$$LoopFile '{print $$x}'); \
 817                         sigma=$$(echo $$sigmalist | awk -v x=$$LoopFile '{print $$x}'); \
 818                         Data+="$$(head -$$LoopNum $*.cordst | tail -1 | awk -v x=$$LoopFile -v ave=$$ave -v sigma=$$sigma '{zvalue=($$x - ave) / sigma; print zvalue}') "; \
 819                 done; \
 820                 echo $$Data >> $*.cornor2; \
 821         done;
 822
 823 .cordst.cornor3:
 824         make $*.cornor1;
 825         mv $*.cornor1 $*.cornor1.cordst;
 826         make $*.cornor1.cornor2;
 827         mv $*.cornor1.cornor2 $*.cornor3;
 828
 829 .cordst.cornor4:
 830         make $*.cornor2;
 831         mv $*.cornor2 $*.cornor2.cordst;
 832         make $*.cornor2.cornor1;
 833         mv $*.cornor2.cornor1 $*.cornor4;
 834
 835 .$(NOR_CORR_EXT).$(3D_INFO_EXT):
 836         touch $*.$(3D_INFO_EXT);
 837         rm $*.$(3D_INFO_EXT);
 838         awk '/Cor/ { printf("%15.6f %s %s %s %s %s %s %s %s %s\n", $$7,$$16,$$2,$$3,$$4,$$5,$$9,$$11,$$12,$$1)}' $*.$(NOR_CORR_EXT) | sort -n -r | sed -e s/.$(OUT_PAD_EXT)/.$(OUT_FIT_EXT)/ >> $*.$(3D_INFO_EXT)
 839         head -n 1 $*.$(3D_INFO_EXT) | awk '{print $$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$1}' >> $(TARGET).$(3D_LIST_EXT)
 840
 841 .$(3D_INFO_EXT).$(OUT_FIT_EXT):
 842         Data=$$(head -1 $*.$(3D_INFO_EXT) | tail -1); \
 843         Number=$$(echo $$Data | awk '{printf("%f\n", $$10)}'); \
 844         mrcImageSectionGet -i $(TARGET).$(REF_2D_EXT) -o $*.tmp -z $$Number;
 845         mrcImageAutoRotationCorrelation -i $*.$(OUT_PAD_EXT) -r $*.tmp -fit $*.$(OUT_FIT_EXT) -cor $*.cor -n $(nRot) -m $(COR_MODE) -range $(ROTMIN) $(ROTMAX) -nRot1 $(ROT1N) -nRot2 $(ROT2N) -nRot3 $(ROT3N) 2> /dev/null
 846
 847 .$(3D_LIST_EXT).$(OUT_3D_EXT):
 848         mrc2Dto3D -I $(TARGET).$(3D_LIST_EXT) -o $(TARGET).$(OUT_3D_EXT) -InterpolationMode $(IN_MODE) -Double -CounterThreshold 0.5 -m 1 -WeightMode 2;
 849
 850 .$(OUT_3D_EXT).$(IN_TIFF_EXT):
 851         echo $$loop_num;
 852         mrcImageProjection -i $*.$(OUT_3D_EXT) -o $*.$(IN_TIFF_EXT) -m $$loop_num;
 853
 854 .$(IN_TIFF_EXT).tiff:
 855         mrc2tiff -i $*.$(IN_TIFF_EXT) -o $*.tiff;
 856
 857 .$(3D_LIST_EXT).txt:
 858         sort -t - -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4 -n $*.$(3D_LIST_EXT) >> $*.txt;
 859
 860 .$(IN_1D_EXT).$(DST_1D_EXT):
 861         touch $*.$(DST_1D_EXT)lst;
 862         rm $*.$(DST_1D_EXT)lst;
 863         @rData=$$(mrcImageInfo -I -i $*.$(IN_1D_EXT) | head -2); \
 864         min=$$(echo $$rData | awk '{printf("%f"), $$2}'); \
 865         max=$$(echo $$rData | awk '{printf("%f"), $$7}'); \
 866         delta=$$(echo "scale=15.6; ( $$max - $$min ) / ( $(DATAN) + 1 )" | bc); \
 867         out=$$(echo "scale=15.6; $$max + $$delta" | bc); \
 868         thres=$$min; \
 869         for (( loopnum = 0 ; $$loopnum < $(DATAN) ; loopnum++ )) \
 870         do \
 871                 echo $$loopnum $$thres; \
 872                 lowthres=$$(echo "scale=15.6; $$thres - $$delta * $(PERBORDER)" | bc); \
 873                 mrcImageBinalization -i $*.$(IN_1D_EXT) -o $*.tmp -m 2 -t $$lowthres -v $$min; \
 874                 thres=$$(echo "scale=15.6; $$thres + $$delta" | bc); \
 875                 highthres=$$(echo "scale=15.6; $$thres + $$delta * $(PERBORDER)" | bc); \
 876                 mrcImageBinalization -i $*.tmp -o $*$$loopnum.$(DST_1D_EXT) -m 1 -t $$highthres; \
 877                 echo "$*$$loopnum.$(DST_1D_EXT)" >> $*.$(DST_1D_EXT)lst; \
 878         done;
 879         mrcImageMake2DArrayImage -i $*.$(DST_1D_EXT)lst -o $*.$(DST_1D_EXT);
 880         mrc2tiff -i $*.$(DST_1D_EXT) -o $*.tiff -I;
 881         @for (( loopnum = 0 ; $$loopnum < $(DATAN) ; loopnum++ )) \
 882         do \
 883                 rm $*$$loopnum.$(DST_1D_EXT); \
 884         done;
 885         rm $(TARGET).tmp;
 886         rm $*.$(DST_1D_EXT)lst;
 887