how_to_build

   1 --------------------------------------------------------
   2   How to build Molby
   3   Version 0.6.5
   4   Toshi Nagata
   5 --------------------------------------------------------
   6
   7 Building Molby is somewhat complicated because you need static libraries of wxWidgets and Ruby (and CLAPACK in Windows). The procedures are described below for each platform.
   8 In the following, $MOLBY represents the Molby source directory, which should reside within a directory like $HOME/Development or something like that.
   9
  10 (1) Mac OS X
  11
  12 (i) Xcode, gfortran
  13
  14 Install Xcode, if you have not done so yet. The Xcode project included in the source distribution is for Xcode 3.0 and later, thus you need Mac OS 10.5.
  15
  16 To build AmberTools, you need to have gfortran installed. The author uses a binary build available at the "R for Mac OS X" website (http://r.research.att.com/tools/, gfortran-4.2.3.dmg).
  17
  18 We need static linking of libgfortran.a. For that purpose, the following modification should be done after installation of gfortran.
  19
  20 % cd /usr/local/lib
  21 % sudo cp libgfortran.a libgfortran-static.a  #  Copy as a different name
  22 % sudo strip -S libgfortran-static.a  #  Remove the symbols
  23 % sudo ranlib libgfortran-static.a
  24
  25 The last two lines are necessary to avoid linker warnings saying "Can't find atom for N_GSYM stabs."
  26
  27 (ii) wxWidgets
  28
  29 Get wxWidgets-3.0.0 from the wxWidgets official page in sourceforge.net (http://sourceforge.net/projects/wxwindows/files/). Newer versions may work, but they are not tested.
  30
  31 Unpack wxWidgets-3.0.0.tar.gz. Move the resulting directory wxWidgets-3.0.0 to $MOLBY/../.
  32
  33 Build wxWidgets. The commands will be as follows. Take care of the configure options.
  34 $ cd $MOLBY/../wxWidgets-3.0.0
  35 $ mkdir osx-build
  36 $ cd osx-build
  37 $ ../configure --with-macosx-sdk=/Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk --with-macosx-version-min=10.5 --enable-universal_binary=ppc,i386 --disable-shared --with-opengl --enable-monolithic
  38 $ make
  39 (It will take quite long. You do not need to do "sudo make install".)
  40
  41 (iii) Ruby
  42
  43 Get ruby-2.0.0-p353.tar.gz, unpack it, and move the resulting directory ruby-2.0.0-p353 to $MOLBY/../.
  44 $ cd $MOLBY/../ruby-2.0.0-p353
  45 $ CFLAGS='-isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk -mmacosx-version-min=10.5 -O2' ./configure --prefix=$PWD/osx-build --with-arch=i386,ppc --disable-shared --with-ext=date --disable-install-rdoc --with-static-linked-ext
  46 $ make && make install
  47 $ cp enc/libenc.a enc/libtrans.a osx-build/lib  #  We need this for encoding support
  48
  49 The osx-build directory contains lib (which contains libruby-static.a) and include (which contains include files). (There are also bin and share directories, but these are not used for building Molby.)
  50 $ make clean  #  Remove configure files and intermediates; the osx-build directory remains intact
  51
  52 ---- Old description (ruby 1.8.7) ----
  53 Get ruby-1.8.7-p160.tar.gz from the Molby source distribution site. Unpack it, and move the resulting directory ruby-1.8.7-p160 to $MOLBY/../. Rename it to ruby-1.8.7-static (or make a symbolic link).
  54 $ cd $MOLBY/..
  55 $ mv somewhere/ruby-1.8.7-p160.tar.gz ./
  56 $ tar xvzf ruby-1.8.7-p160.tar.gz
  57 $ ln -s ruby-1.8.7-p160 ruby-1.8.7-static
  58
  59 If you want to place ruby-1.8.7-static in another place (and/or another name) than $MOLBY/../, you will need to change the build settings in Xcode.
  60
  61 Patch the Ruby source.
  62 $ cd $MOLBY/../ruby-1.8.7-static
  63 $ patch --backup -p1 < $MOLBY/ruby-1.8.7-p160-tn.patch
  64 ($MOLBY is the location of the Molby source.)
  65
  66 Build Ruby with --disable-shared option.
  67 $ CFLAGS='-isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk -mmacosx-version-min=10.5 -arch i386 -arch ppc -O2' ./configure --disable-shared --disable-thread
  68 $ make
  69 ---- end old description (ruby 1.8.7) ----
  70
  71 (iv) FFTW
  72
  73 Get fftw-3.3.2.tar.gz, unpack it, and move the resulting directory fftw-3.3.2 to $MOLBY/../. $ cd $MOLBY/../fftw-3.3.2
  74 $ ./configure --prefix=$PWD/osx-build --disable-fortran CFLAGS="-isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk -mmacosx-version-min=10.5 -arch i386 -O2"
  75 $ make && make install  #  sudo is not necessary
  76 $ ./configure --prefix=$PWD/osx-ppc-build --disable-fortran CFLAGS="-isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk -mmacosx-version-min=10.5 -arch ppc -O2"
  77 $ make && make install  #  sudo is not necessary
  78 $ cd osx-build/lib
  79 $ mv libfftw3.a libfftw3.i386.a
  80 $ lipo -create libfftw3.i386.a ../../osx-ppc-build/lib/libfftw3.a -output libfftw3.a
  81 ranlib libfftw3.a
  82
  83 (v) Build on Xcode
  84
  85 Open xcode-build/Molby.xcodeproj, and build. Note that there are two configurations, Debug and Release. In the "Release" build, the Ruby scripts update_version.rb and Documents/makedoc.rb are executed before compilation; update_version.rb modifies the version strings in the source files (by looking up the file Version), and makedoc.rb creates the HTML docments in the doc directory.
  86
  87 (2) Windows
  88
  89 The Windows binary is built by using tdm-gcc/msys. If you use VC++ or Cygwin, you need to help yourself. I use Windows only occasionally, so there may be errors and misunderstandings in the following descriptions. Feedback is welcome!
  90
  91 (i) MinGW, MSYS, gfortran
  92
  93 Install msys and tdm-gcc. The author uses msys-1.0.11, tdm-gcc-4.7.1-2, and gcc-4.7.1-tdm-1-fortran.tar.lzma.
  94 Read instructions carefully in installing tdm-gcc.
  95 In installing msys-1.0.11, please make sure findutils is installed. Otherwise, find.exe of Windows is invoked from make and cause strange errors.
  96
  97 (ii) wxWidgets
  98
  99 Get wxWidgets-3.0.0 from the wxWidgets official page in sourceforge.net (http://sourceforge.net/projects/wxwindows/files/). Newer versions may work, but they are not tested.
 100
 101 Unpack wxWidgets-3.0.0.tar.gz. Move the resulting directory wxWidgets-3.0.0 to $MOLBY/../.
 102
 103 Build wxWidgets. The commands will be as follows. Take care of the configure options.
 104 $ cd $MOLBY/../wxWidgets-3.0.0
 105 $ mkdir msw-build
 106 $ cd msw-build
 107 $ ../configure --with-msw --with-opengl --disable-shared --with-libjpeg=builtin --with-zlib=builtin --enable-monolithic
 108 $ make
 109 (It will take quite long. You do not need to do "sudo make install".)
 110
 111 (iii) Ruby
 112
 113 Get ruby-2.0.0-p353.tar.gz, unpack it, and move the resulting directory ruby-2.0.0-p353 to $MOLBY/../.
 114 $ cd $MOLBY/../ruby-2.0.0-p353
 115
 116 If you use gcc 4.6 or later, comment out the following line in cygwin/GNUmakefile.in
 117 #  DLLWRAP += -mno-cygwin
 118 (gcc 4.x deprecates the -mno-cygwin option, and from 4.6 it causes 'unrecognized option' error.)
 119
 120 $ ./configure --prefix=$PWD/msw-build --disable-shared --with-ext=date --disable-install-rdoc --with-static-linked-ext
 121 $ make && make install
 122 $ cp enc/libenc.a enc/libtrans.a msw-build/lib  #  We need this for encoding support
 123
 124 The msw-build directory contains lib (which contains libmsvcrt-ruby200-static.a and libmsvcrt-rubuy200.a) and include (which contains include files). (There are also bin and share directories, but these are not used for building Molby.)
 125 $ make clean  #  Remove configure files and intermediates; the msw-build directory remains intact
 126
 127 --- Old description (ruby 1.8.7) ---
 128 Get ruby-1.8.7-p160.tar.gz from the Molby source distribution site. Unpack it, and move the resulting directory ruby-1.8.7-p160 to $HOME. Rename it to ruby-1.8.7-static.
 129 $ cd $HOME
 130 $ mv somewhere/ruby-1.8.7-p160.tar.gz ./
 131 $ tar xvzf ruby-1.8.7-p160.tar.gz
 132 $ mv ruby-1.8.7-p160 ruby-1.8.7-static
 133
 134 Patch the Ruby source.
 135 $ cd $HOME/ruby-1.8.7-static
 136 $ patch --backup -p1 < $MOLBY/ruby-1.8.7-p160-tn.patch
 137 ($MOLBY is the location of the Molby source.)
 138
 139 Build Ruby with --disable-shared option.
 140 $ ./configure --disable-shared --disable-thread
 141 $ make
 142
 143 (iv) CLAPACK
 144
 145 Get clapack-3.1.1.1.tar.gz from the CLAPACK official site (http://www.netlib.org/clapack/) and unpack it. (clapack-3.2.1 may cause trouble because it uses symbolic links.)
 146 $ cd $MOLBY/..
 147 $ mv somewhere/clapack-3.1.1.1.tgz ./
 148 $ tar xvzf clapack-3.1.1.1.tgz
 149
 150 Patch the clapack source.
 151 $ patch -p0 <$MOLBY/clapack-3.1.1.1-mingw.patch
 152
 153 Build CLAPACK.
 154 $ cd CLAPACK-3.1.1.1
 155 $ make
 156
 157 In my case, uninit.c caused an error. It turned out that float.h in GCC needed modification. In c:/tdm-gcc-32-471/lib/gcc/mingw32/4.7.1/include/float.h, a line "#include_next <float.h>" was inserted just before the last "#endif".
 158
 159 Modify libf2c.a, so that the 'main' entry does not interfere the main program.
 160 $ cd F2CLIBS
 161 $ cp libf2c.a libf2c_nomain.a
 162 $ ar d libf2c_nomain.a main.o
 163 $ cd ..
 164
 165 Copy the library and header files to CLAPACK-3.1.1.1/lib
 166 $ mkdir lib
 167 $ cp F2CLIBS/libf2c_nomain.a lib
 168 $ cp blasMinGW.a lib/libblasMinGW.a
 169 $ cp lapackMinGW.a lib/liblapackMinGW.a
 170
 171 (v) FFTW
 172
 173 Get fftw-3.3.2.tar.gz and unpack it. Move the resulting directory fftw-3.3.2 to $MOLBY/../. $ ./configure --prefix=$PWD/msw-build --disable-fortran CFLAGS="-O2"
 174 $ make
 175 $ make install  #  sudo is not necessary
 176
 177 (vi) Inno Setup 5
 178
 179 Install Inno Setup 5 (http://www.jrsoftware.org/isinfo.php). This is necessary to create the Molby Installer.
 180
 181 (vii) Build
 182
 183 Now you can start building Molby! Go to the project directory and do make.
 184 $ cd somewhere/Molby/msw-build
 185 $ make
 186 $ make setup  #  To make the installer
 187
 188
 189 2010.1.21.
 190 2010.1.31. Added notice on AmberTools1.3
 191 2010.4.29. Update description for MinGW/MSYS
 192 2011.8.3.  Added notice on static linking of libgfortran for Mac
 193 2012.11.23. Added notice on FFTW
 194
 195 Toshi Nagata